Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001164269.2

Sequence Length

2335 nt

GC Content

0.4668

AAUUCUGAAAGCCGCUGGCGGACCGCGCGCAGCGGCCAGAGACCGAGCCCUAAGGAGAGUGCGGCGCUUCCCGAGGCGUGCAGCUGGGAACUGCAACUCAUCUGGGUUGUGCGCAGAAGGCUGGGGCAAGCGAGUAGAGAAGUGGAGCUAAUGGCAAUGCAGAUGCAGCUUGAAGCAAAUGCAGAUACUUCAGUGGAAGAAGAAAGCUUUGGCCCACAACCCAUUUCACGGUUAGAGCAGUGUGGCAUAAAUGCCAACGAUGUGAAGAAAUUGGAAGAAGCUGGAUUCCAUACUGUGGAGGCUGUUGCCUAUGCGCCAAAGAAGGAGCUAAUAAAUAUUAAGGGAAUUAGUGAAGCCAAAGCUGAUAAAAUUCUGACGGAGUCUCGCUCUGUUGCCAGGCUGGAGUGCAAUAGCGUGAUCUUGGUCUACUGCACCCUCCGCCUCUCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGUUGGGACUACAGGUGGAAUUGAGACUGGAUCUAUCACAGAAAUGUUUGGAGAAUUCCGAACUGGGAAGACCCAGAUCUGUCAUACGCUAGCUGUCACCUGCCAGCUUCCCAUUGACCGGGGUGGAGGUGAAGGAAAGGCCAUGUACAUUGACACUGAGGGUACCUUUAGGCCAGAACGGCUGCUGGCAGUGGCUGAGAGGUAUGGUCUCUCUGGCAGUGAUGUCCUGGAUAAUGUAGCAUAUGCUCGAGCGUUCAACACAGACCACCAGACCCAGCUCCUUUAUCAAGCAUCAGCCAUGAUGGUAGAAUCUAGGUAUGCACUGCUUAUUGUAGACAGUGCCACCGCCCUUUACAGAACAGACUACUCGGGUCGAGGUGAGCUUUCAGCCAGGCAGAUGCACUUGGCCAGGUUUCUGCGGAUGCUUCUGCGACUCGCUGAUGAGUUUGGUGUAGCAGUGGUAAUCACUAAUCAGGUGGUAGCUCAAGUGGAUGGAGCAGCGAUGUUUGCUGCUGAUCCCAAAAAACCUAUUGGAGGAAAUAUCAUCGCCCAUGCAUCAACAACCAGAUUGUAUCUGAGGAAAGGAAGAGGGGAAACCAGAAUCUGCAAAAUCUACGACUCUCCCUGUCUUCCUGAAGCUGAAGCUAUGUUCGCCAUUAAUGCAGAUGGAGUGGGAGAUGCCAAAGACUGAAUCAUUGGGUUUUUCCUCUGUUAAAAACCUUAAGUGCUGCAGCCUAAUGAGAGUGCACUGCUCCCUGGGGUUCUCUACAGGCCUCUUCCUGUUGUGACUGCCAGGAUAAAGCUUCCGGGAAAACAGCUAUUAUAUCAGCUUUUCUGAUGGUAUAAACAGGAGACAGGUCAGUAGUCACAAACUGAUCUAAAAUGUUUAUUCCUUCUGUAGUGUAUUAAUCUCUGUGUGUUUUCUUUGGUUUUGGAGGAGGGGUAUGAAGUAUCUUUGACAUGGUGCCUUAGGAAUGACUUGGGUUUAACAAGCUGUCUACUGGACAAUCUUAUGUUUCCAAGAGAACUAAAGCUGGAGAGACCUGACCCUUCUCUCACUUCUAAAUUAAUGGUAAAAUAAAAUGCCUCAGCUAUGUAGCAAAGGGAAUGGGUCUGCACAGAUUCUUUUUUUCUGUCAGUAAAACUCUCAAGCAGGUUUUUAAGUUGUCUGUCUGAAUGAUCUUGUGUAAGGUUUUGGUUAUGGAGUCUUGUGCCAAACCUACUAGGCCAUUAGCCCUUCACCAUCUACCUGCUUGGUCUUUCAUUGCUAAGACUAACUCAAGAUAAUCCUAGAGUCUUAAAGCAUUUCAGGCCAGUGUGGUGUCUUGCGCCUGUACUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUUUAAGUCCAGCUUGGCCAAGGUGGUGAAAUCCCAUCUCUACAAAAAAUGCAGAACUUAAUCUGGACACACUGUUACACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGAUAGCCUGAGGUGGGAGAAUCACUUAAGCCUGGAAGGUGGAAGUUGCAGUGAGUCGAGAUUGCACUGCUGCAUUCCAGCCAGGGUGACAGAGUGAGACCAUGUUUCAAACAAGAAACAUUUCAGAGGGUAAGUAAACAGAUUUGAUUGUGAGGCUUCUAAUAAAGUAGUUAUUAGUAGUGAAUGUGCUGUUUAUAGCAAUUAUUGCAGUGCAAGCUAUUUCAAGACAGGGUUUCCAUAAUCUUUUUGGCACUGUAUAGGGGUGAUCAGUUUCUGUUGCUUCAAGAUUUGAAACCAGAAAGGAAAGUCCCACUUGCAGAUGAUUGUGCUUAAAAGCUAAUGGAAAAAUAAAAGAAAGACAUACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-811.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -859.14

Frequency: 0.0000

Diversity: 561.67

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((...((((((((((.....))).)))))))))))......(((((...((((..((..((((((((.((((((((((((.(((...........))).))))))))))......)).))).)))))......((((((..(((...)))..((((..(((........)))..))))..))))))..((..((((...(((((((((.(((..(((...(((((((....(((.(((((((....)))).))).)))........(((((.........))))).)))))))((((....))))..((.((......)).)).............))).....)))..))))))))).......))))..))..((((((((((((((((.((((((((((((.(((.((((((((((((.((((((.(.(((((((.(((((((.((((((((((((((((((((.((..(((((((((((((((((((((......(((((.(((....((.((((....))))))....)))((.(((((....))))).))...(((((.((..(.(((((.(((((((..(((.......)))(((.((((.........))).).))).......((((((....))))))(((.....))).)))))))))))).)..))))))))))))..((((((((.(((((.((((...((.((((.(((.((((((((((..((((((.((((((((((..((((((((((.((....))..))))((((.(((((.(((..((((((((......)).))))))((((((((...................))))...))))((((((((((.(((((((.(((.((.((.((....)))).))))).)))))..)).))))).)))))(((((((((.((((((.((.(((((.((((............((((..((((((((...)))))))).))))......)))))))))..))..)))))).))...)))))))...)))))))).)))).......((((((((((((.....((.((............)).))))))).)))))))..((((((.((..((((.(((((((((......(((((((((((......((.(((...((((((((((((........))))))))..))))...))).))...(((((((((((((..(((((.(.((.(.(((((......))))).).)).).)))))..........((((((...((((........))))))))))..((.(((((((......((((((((........))))))))....))))))).))....)))))))))...)))).((.(.(((.((((((((((...(((((.(((.((....(((..((((((..((((.((......)).))))....))...))))....)))...)).))).)))))...))))))))))..))).).))........)))))))))))...)))))))))..))))....)).))))))........)))))).)))))))).(((((.........)))))....((((((........))))))...)).)))))).))))))..)))).)))((((((.(((...((...))...)))))))))....(((.....))).((((((((((.((.((((((((((........)))))))((((.((......)).))))((((((((.(((..((((((.(((((.((((((..(.((.(((((((....))))))))).)..))))).).)))))))).)))..)))))))))))...)))..))...))))))))))..................))))...))...))))))))))))))))).....)))))))))))))))))))))..)).)))))))))))))))))))).))))))).))))))).).)))))))).)))))))))).))).))))))))))))..)))))))))))))))).(((((((......)))))))((((.((..(((((......))))).)).))))(((.(((((((.....))))))).)))...((((((((..(((.....))).)))))))).))..)))).....)))))((((((...(((((.(((((((((.(((((.......((((((....(((((...)))))..)))))).......))).)))))).......))))).)))))...)))))).....................

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,((((,,.((((((((((.....))).)))))))}}}},.,,,.(((((...{{{,,{((,|((((((((.{((({(((((|{.|||.,||,..,,|.))}.))}})))))),.....)),))),))})}.,,...{,{{{{,.(({...|||..((((..(((........)))..))))..,,||||..,{||{|,,...(((((((((.(((,,(((..,(((((((....(((.{((((((....))))},)}.)))........{((((.........))))}.))))))){(((....))))..((.((......)).))..........,..)))..,}.)))..))))))))).......}))}..,.{.((((((((((((((((.((((((((((((.(((.((((((((((,({((((((.(.(((((((.(((((((.((((((((((((((((((((.((..((((((((((((((((((((({,...,((((({(({{,{,{,,({{,...{((((((....)))))}|{(((....))))).))}||{{||,{(({{(.(((((((((({(({((((,.,,.,.|||{{{{{{(({{{{{.,.{{{(.,{{,{{{{{.|,{{((((,,,{||||,|((({...,|||{|}})}}}}))))},,}))))}},,)))),,||{||||{.{{{{{,{{{{,,,||.{|||.{((.((((((((((..((((((.((((((((((..((((((.,,..,(((({....))))|(((.({(((.(((..((((((((......)).))))))((((((((.....,,......,,....))))...)))),(((((((((.{{(((((.(((.((.({,((....)))).))))).)))))..}}.))))).))))|(((((((((.((((((.((,(({{{.{|||||,.......,.((((..((((((((...}))))))).))))}.....}}}}}}})).,),..)))))).))...))))))),..}))))))).}))),,.....((((((((((((....{({.,,............},.}}))))).)))))))..((((((.((..{{((.(((((((((......(((((((((((..{{{({(({{.,..,.}),)}}}}|{(((((....((((((..(((....(((..,....(((((((((((((..(((((.(.((.{.(((((......))))).}.)),).)))))..........,,((((,..{(((........)))))))))|{.((.(((((((......((((((((........))))))))....))))))).)).,,.)))))))))...)))).,,,)))...))).))))))))))))|(((({{.{.(({{{....,,.,}))))}}},,......,|{((((((..,.((((((((..((((,{......,),.))))..))},)...)))).,..))))))}),}},))))))))))),..)))))))))..}))}....)).)))))).......,))))),.)))))))).(((((.........)))))....((((((........))))))...)).)))))).))))))..)}}).))}((((((((((.,,{{...,,,,,))))))))),,..|||}.,,.,,)}}}}}}},||||||{(((((((((.....((((((((({..{{,.{(......)}.)))))))..})))....|||||||,{.({{{{...)}))),|..{{{|{{|.....)))))))),.,))))))))))}.}||||}||,..{{{,|,,,.,.))),}}}}}}},.{(((((.{....}))))))...,.....,}}|{{,,,...,))))}}}}}}}}))},....,)))))))))))))))))))))..)).)))))))))))))))))))).))))))).))))))).).)))))))}})))))))))).))).))))))))))))..)))))))))))))))),(((((((......)))))))}|||}||,{((,((..,{,.,,}},.}),),,,{{{,{({{{{{....,))))))),|||...{{((((({..{|||,..,}}},)))))))}.))},)}}}.....})}}|((((((.,.(((((.(((((((((.,{(((,..{{..((((((..,.(((({...})))).,)))))).}}..,.))).,,)))),......})))).))))).,.)))))),.............,.,,,,.