Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164270.2
Sequence Length
2314 nt
GC Content
0.4745
AAUUCUGAAAGCCGCUGGCGGACCGCGCGCAGCGGCCAGAGACCGAGCCCUAAGGAGAGUGCGGCGCUUCCCGAGGCGUGCAGCUGGGAACUGCAACUCAUCUGGGUUGUGCGCAGAAGGCUGGGGCAAGCGAGUAGAGAAGUGGAGCGUAAGCCAGGGGCGUUGGGGGCCGUGCGGGUCGGGCGCGUGCCACGCCCGCGGGGUGAAGUCGGAGCGCGGGGCCUGCUGGAGAGAGGAGCGCUGCGGACCGAGUAAUGGCAAUGCAGAUGCAGCUUGAAGCAAAUGCAGAUACUUCAGUGGAAGAAGAAAGCUUUGGCCCACAACCCAUUUCACGGUUAGAGCAGUGUGGCAUAAAUGCCAACGAUGUGAAGAAAUUGGAAGAAGCUGGAUUCCAUACUGUGGAGGCUGUUGCCUAUGCGCCAAAGAAGGAGCUAAUAAAUAUUAAGGGAAUUAGUGAAGCCAAAGCUGAUAAAAUUCUGGCUGAGGCAGCUAAAUUAGUUCCAAUGGGUUUCACCACUGCAACUGAAUUCCACCAAAGGCGGUCAGAGAUCAUACAGAUUACUACUGGCUCCAAAGAGCUUGACAAACUACUUCAAGGUGGAAUUGAGACUGGAUCUAUCACAGAAAUGUUUGGAGAAUUCCGAACUGGGAAGACCCAGAUCUGUCAUACGCUAGCUGUCACCUGCCAGCUUCCCAUUGACCGGGGUGGAGGUGAAGGAAAGGCCAUGUACAUUGACACUGAGGGUACCUUUAGGCCAGAACGGCUGCUGGCAGUGGCUGAGAGGUAUGGUCUCUCUGGCAGUGAUGUCCUGGAUAAUGUAGCAUAUGCUCGAGCGUUCAACACAGACCACCAGACCCAGCUCCUUUAUCAAGCAUCAGCCAUGAUGGUAGAAUCUAGGUAUGCACUGCUUAUUGUAGACAGUGCCACCGCCCUUUACAGAACAGACUACUCGGGUCGAGGUGAGCUUUCAGCCAGGCAGAUGCACUUGGCCAGGUUUCUGCGGAUGCUUCUGCGACUCGCUGAUGAGAUUGUAUCUGAGGAAAGGAAGAGGGGAAACCAGAAUCUGCAAAAUCUACGACUCUCCCUGUCUUCCUGAAGCUGAAGCUAUGUUCGCCAUUAAUGCAGAUGGAGUGGGAGAUGCCAAAGACUGAAUCAUUGGGUUUUUCCUCUGUUAAAAACCUUAAGUGCUGCAGCCUAAUGAGAGUGCACUGCUCCCUGGGGUUCUCUACAGGCCUCUUCCUGUUGUGACUGCCAGGAUAAAGCUUCCGGGAAAACAGCUAUUAUAUCAGCUUUUCUGAUGGUAUAAACAGGAGACAGGUCAGUAGUCACAAACUGAUCUAAAAUGUUUAUUCCUUCUGUAGUGUAUUAAUCUCUGUGUGUUUUCUUUGGUUUUGGAGGAGGGGUAUGAAGUAUCUUUGACAUGGUGCCUUAGGAAUGACUUGGGUUUAACAAGCUGUCUACUGGACAAUCUUAUGUUUCCAAGAGAACUAAAGCUGGAGAGACCUGACCCUUCUCUCACUUCUAAAUUAAUGGUAAAAUAAAAUGCCUCAGCUAUGUAGCAAAGGGAAUGGGUCUGCACAGAUUCUUUUUUUCUGUCAGUAAAACUCUCAAGCAGGUUUUUAAGUUGUCUGUCUGAAUGAUCUUGUGUAAGGUUUUGGUUAUGGAGUCUUGUGCCAAACCUACUAGGCCAUUAGCCCUUCACCAUCUACCUGCUUGGUCUUUCAUUGCUAAGACUAACUCAAGAUAAUCCUAGAGUCUUAAAGCAUUUCAGGCCAGUGUGGUGUCUUGCGCCUGUACUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUUUAAGUCCAGCUUGGCCAAGGUGGUGAAAUCCCAUCUCUACAAAAAAUGCAGAACUUAAUCUGGACACACUGUUACACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGAUAGCCUGAGGUGGGAGAAUCACUUAAGCCUGGAAGGUGGAAGUUGCAGUGAGUCGAGAUUGCACUGCUGCAUUCCAGCCAGGGUGACAGAGUGAGACCAUGUUUCAAACAAGAAACAUUUCAGAGGGUAAGUAAACAGAUUUGAUUGUGAGGCUUCUAAUAAAGUAGUUAUUAGUAGUGAAUGUGCUGUUUAUAGCAAUUAUUGCAGUGCAAGCUAUUUCAAGACAGGGUUUCCAUAAUCUUUUUGGCACUGUAUAGGGGUGAUCAGUUUCUGUUGCUUCAAGAUUUGAAACCAGAAAGGAAAGUCCCACUUGCAGAUGAUUGUGCUUAAAAGCUAAUGGAAAAAUAAAAGAAAGACAUACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-752.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -796.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 722.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((...((((((((((.....))).)))))))))))((((((((((((.(((((((((((((.(((((..(((.....)))))))).)))..(((((.((((((((((((..((((...(((.((((..((((.(((((..((((((.(.(((((((((....((((((((.......))))).)))))))))((((((((((.((((..(((((.((((.((....)).)).)).)))))..)))).)........((((..(((........)))..))))((....)).((((..((((....))))...))))(((((((((((((((....(((.(((((((....)))).))).)))........(((((.........))))).)))))))((((....))))..((.((......)).))..............(((((((((...(((..((((((......)).))))..)))......)))))))))))))))))))))).))))..((.(((((((((.....((((.((.((((.....)))).))))))((((....))))((((.........))))))))))))).)).(((((....)).)))....(((((((....)))))))((((....))))...))).).)))))).))).))..))))..))))))).((((((.((((((..(((((((....(((((...........((((((....))))))(((((........))))).((((((((((((..(((....(((((..((..(((..(((((..(..(((....)))..)..)))))..))).))..))))).)))...)))).........)))))))).)))))........(((..((((((((......)).)))))).)))..)))))))........)))))).))))))((((((((((((((....((((((((((((..((((..((.(((((....)))))))..).))).))))..)))))))).....((((((((((((.....((.((............)).))))))).)))))))...)))))))....))))))).........(((((((.(((((((.((((.((.....)).)))))))))))))))))).....))))..)))).)))))))))))))..)))))).)))).)))))))).((((.(((((.((((((((.....((((((((.......))).(((((..((((........)))))))))..)))))..))))))))..))))).))))((((((.(.(((((.....((((((((((((((...........((((..(.((((..((((((((.((((((.(((((....(.((((((.(.((.(.((.(((((((....((((((((...(((((.(((((((((((((.((((..........((((((...(((.(((((....(((((((((((...............((((........))))...(((....)))..)))))).)))))((.(((((.........)))))))......))))).))).)))))))))))))))).....((((..((((.(((.(((((.(((...((...))...))))))))))))))).)))).((....((((((......(((.(((((.....((((((((((..................))))))..))))....))))))))))))))....))((((...(((((((....)))))))....)))).))))))).)))))))))))))..)))))))..)).).)).).)))))).)...))))).)))))).....(((((((....((((((.(((.((((((((((......)))).(((((.((.(..........))).))))).....((((..((((...))))..)))).)))))).))).)))))).....)))))))..)))))))).)))).)..))))..(((((((......)))))))..)))))))..)))))))))))).).)))))).(((.(((((((.....))))))).))).......(((((((((((.....((((...)))))))))....))))))))))(((((...(((((.(((((((((.(((((.......((((((....(((((...)))))..)))))).......))).)))))).......))))).)))))...)))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,((((...((((((((((.....))).)))))))))))|,((((((((((.((((((((({(((,(((((..{((.....))}))))}.}))..((({{,{{||{{||||{(..{((({({,(({{{(({{(({(,{{{{({.,((({(,{{({((((((,{{{,{(((,(((({{.{{{||,...))).)))))|||,|||,,(.((((..(((((.((((.((....}},)}.)).)))))..)))).}...,,,..((((..(((........)))..)))),,..|,}}.((((..((((....))))..,)})),{{{|,,{{{{{{{|,.,,(((,(((((((....))))}.||,|}}......}}}||,,..,.{{{{{|||,.{|||||,|,((({{..||,,,{({.,,...{{{||{||{.............(((((((((,..(((..((((((......)).))))..)))..}...)))))))))..|{{||||||||{||||..((.(((((((((..,{.{(((,((.((((.....)))).))})))((((....))))|{||.......,,),,.))))))))).)).((((,....||.||}....{((((((....))))))){(({.,,,))))}.,}}|{|{||||||.}||.{{{{||||{{|||||||.,,,,,,,||||||,|||||{||...{{|{.,||,,..|,,}|,,(((({{{{||||,|((({....|||,,}}))),}))))},|}}}))}},,})))|||||}}||}.{{{.,((({{..(,,(((....)))..},,))}}}..})).,}..}})))}}}})))))))).,,..}|||||}}}.),)))})})}}})}}|,|..{|||||||......}).)))))),),)}}}}))}}}........}}}}}},}}})}|{{{{{{{|||{{((,{{{({{{,{{{|||||}{{||,,||}||{{{}}},)))}),}}}}}))|,||}}..,}))))}|{{,..((((((((((((...,,{{.,,.......,,,..,,.||)}))}.}))))))...|}}}|}},,..,)))))),......,,|{{||{{.(((((({.{(({.({.....}}.)))))))))))))))}}}.....))))..}))),})))))),,})}}..}))))).)))).)))))))).((((.(((((.((((((((...{{({,(((((..,{{{{,,,.{{,,...,,,,........)))))))))).)))),..))))))))..))))).))))((((((.{.(((({....{(((((({(((((((.{{{{{.....{(((..(.((((..((((((({.((((((.(((((.,..{.((((({.,.({.(,{{.((((((({(..((((((((...(((((.(((({((((((({.{{{..,....,..{({((((...(((.(((((....(((((((((((.....,.........((((........))))...,,,....}),..)))))).)))))((.(((((.........)))))}},.....))))).})).))))))}}})))}))),,,.,|{{|,|{{,{.({,{((({{((((.,,{{...,,,,,))))))))))).}|||},,,.||}...{|{{({,,{{{{(({{(((((.....((((((((({..{{,.{(......)).)))))))..})))....))))))}}}}}}}|,...)}|||{{..(((((({....,)))))),,}.)))),))))))).))))))))))))).)))))))).,}}.),}).,.)))))).)...))))).)))))).....{((((((....((((((.(((.((((((,((,..,{,,||||,({{{{,||,|.,....,..,}}}||}}}}...,,||||..||||,..)))),.},)).)))))).))).)))))).....)))))))..}))))))).)))).)..)))}..,{((({{......))})))),.)))))))..}))))))))))).).)))))).(((.(((((({.....})))))|,|||...{(((((((..{{{{,...}}},)))))))).))}}},....,,,,}))|{(((((...(((((.(((((((((.,{(((,..{{..((((((..,.(((({...})))).,)))))).}}..,.))).,,)))),......})))).))))).,.)))))}.....................
Back