Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164278.2
Sequence Length
2566 nt
GC Content
0.5511
GUCCUAUUCGGGCUCCCGCCUCUGUUCAGUUCCAGAGACAAUUCAUGGGUCUUGGGGCCACCGAGGCGCUGUCCCUGACCACCAGCACGAGACCCCUUUCUAUCGCGCCAGUCCUGUGGUCUCCGCACCUCUCCAGCUCCUGCACCCCCGGCCCCCGUGGUUCCCAGCCGCACAGUAGCGUGUCCUGGGUAGCGUGAGGACCCACGGGGCUGGGCAGGACACUGGGUCCCCUUGGAGCCUCCCCAGGCUUAAUGAUUGUCCAGAAGGCGGCUAUAAAGGGAGCCUGGGAGGCUGGGUGGAGGAGGGAGCAGAAAAAACCCAACUCAGCAGAUCUGGGAACUGUGAGAGCGGCAAGCAGGAACUGUGGUCAGAGGCUGUGCGUCUUGGCUGGUAGGGCCUGCUCUUUUCUACCAUGGCAGCCCAGGGCUAUGGCUAUUAUCGCACUGUGAUCUUCUCAGCCAUGUUUGGGGGCUACAGCCUGUAUUACUUCAAUCGCAAGACCUUCUCCUUUGUCAUGCCAUCAUUGGUGGAAGAGAUCCCUUUGGACAAGGAUGAUUUGGGGUUCAUCACCAGCAGCCAGUCGGCAGCUUAUGCUAUCAGCAAGUUUGUCAGUGGGGUGCUGUCUGACCAGAUGAGUGCUCGCUGGCUCUUCUCUUCUGGGCUGCUCCUGGUUGGCCUGGUCAACAUAUUCUUUGCCUGGAGCUCCACAGUACCUGUCUUUGCUGCCCUCUGGUUCCUUAAUGGCCUGGCCCAGGGGCUGGGCUGGCCCCCAUGUGGGAAGGUCCUGCGGAAGUGGUUUGAGCCAUCUCAGUUUGGCACUUGGUGGGCCAUCCUGUCAACCAGCAUGAACCUGGCUGGAGGGCUGGGCCCUAUCCUGGCAACCAUCCUUGCCCAGAGCUACAGCUGGCGCAGCACGCUGGCCCUAUCUGGGGCACUGUGUGUGGUUGUCUCCUUCCUCUGUCUCCUGCUCAUCCACAAUGAACCUGCUGAUGUUGGACUCCGCAACCUGGACCCCAUGCCCUCUGAGGGCAAGAAGGGCUCCUUGAAGGAGGAGAGCACCCUGCAGGAGCUGCUGCUGUCCCCUUACCUGUGGGUGCUCUCCACUGGUUACCUUGUGGUGUUUGGAGUAAAGACCUGCUGUACUGACUGGGGCCAGUUCUUCCUUAUCCAGGAGAAAGGACAGUCAGCCCUUGUAGGUAGCUCCUACAUGAGUGCCCUGGAAGUUGGGGGCCUUGUAGGCAGCAUCGCAGCUGGCUACCUGUCAGACCGGGCCAUGGCAAAGGCGGGACUGUCCAACUACGGGAACCCUCGCCAUGGCCUGUUGCUGUUCAUGAUGGCUGGCAUGACAGUGUCCAUGUACCUCUUCCGGGUAACAGUGACCAGUGACUCCCCCAAGGAUGUUGCUUUCUGGACUCUGGCUCUUCACCCUCUCGCGGAGCUCACAGGCUUUACAGAGCAUGAGCUCUGGAUCCUGGUAUUGGGAGCUGUAUUUGGUUUCUCCUCGUAUGGCCCCAUUGCCCUGUUUGGAGUCAUAGCCAACGAGAGUGCCCCUCCCAACUUGUGUGGCACCUCCCACGCCAUUGUGGGACUCAUGGCCAAUGUGGGCGGCUUUCUGGCUGGGCUGCCCUUCAGCACCAUUGCCAAGCACUACAGUUGGAGCACAGCCUUCUGGGUGGCUGAAGUGAUUUGUGCGGCCAGCACGGCUGCCUUCUUCCUCCUACGAAACAUCCGCACCAAGAUGGGCCGAGUGUCCAAGAAGGCUGAGUGAAGAGAGUCCAGGUUCCGGAGCACCAUCCCACGGUGGCCUUCCCCCUGCACGCUCUGCGGGGAGAAAAGGAGGGGCCUGCCUGGCUAGCCCUGAACCUUUCACUUUCCAUUUCUGCGCCUUUUCUGUCACCCGGGUGGCGCUGGAAGUUAUCAGUGGCUAGUGAGGUCCCAGCUCCCUGAUCCUAUGCUCUAUUUAAAAGAUAACCUUUGGCCUUAGACUCCGUUAGCUCCUAUUUCCUGCCUUCAGACAAACAGGAAACUUCUGCAGUCAGGAAGGCUCCUGUACCCUUCUUCUUUUCCUAGGCCCUGUCCUGCCCGCAUCCUACCCCAUCCCCACCUGAAGUGAGGCUAUCCCUGCAGCUGCAGGGCACUAAUGACCCUUGACUUCUGCUGGGUCCUAAGUCCUCUCAGCAGUGGGUGACUGCUGUUGCCAAUACCUCAGACUCCAGGGAAAGAGAGGAGGCCAUCAUUCUCACUGUACCACUAGGCGCAGUUGGAUAUAGGUGGGAAGAAAAGGUGACUUGUUAUAGAAGAUUAAAACUAGAUUUGAUACUGAACACUGUCAGUGAUUCAUUUUUUCAAAGUGAGACAGCUUCCUUGGGAAAUAUUGUCAAUACCUGCUCUUUCCACCCCAAAAUGGAAAGACUUCAUUUCCCUGGAAUGGGGAAGCUGAAGUGUAGAUGGACUCCUUUAAAACUCAUGCCUCCUCUGCCUUCACCUGAACAUUGAAUAGUUCAAUGAUUAUUUUAGAGAUAAAGCUAUUGGGUUGUGGACAGAUUAAAUAACUUGAUGGAGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1008.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1055.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 644.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.....))))(((((((((..(((((...(((.((((......(.(((((((.....))))))).))))).))).......((.(((............))).)).((((((((((..(((.(((((.(((((..(.(((((...((((.....(((...)))))))....)).))).)..))))).)).))).))).))))))))))((((((((((..(((((......((((((....)))))).....(((((..((((((((....((.((((((...((((.((((((.(((((((((((.........((((((((((((....((((((((.(((.((((((((((((.((((((((((((((((.(((..........))).)))))..((((((((((((.((((((((.((((.(((((((..(((((...)))))..)...))))))))))..)))))...)))...............(((.(((..........))).)))......))))))))))))(((....)))....(((((........)))))((((((((((((..(((((((((((((...)))).....(((((((((.((((((((....)))).)))))))))))))..........))))))))).)))))))..)))))...............))))....))))))).)))))..))))))).)))))))))))....((((.(((((((...))))))))))).((..((((((...))))))))..((((..(((((.....(((..((((.((....))))))..)))....(((((..(...)..)))))(((((...))))).....(((((((.....(((((((........)))).)))((((((.((((((....))))).).))))))))))))).................))))).)))).......))))))).))))).(((((.(((((((((....((((((...))))))((((((((((((((..((((((((((((((.((((((((....))).........)))))))))))))))(((((((((((((.(((.((..(((....(((.(((((.((.....)).)).))).))))))..))))).)))...((((((((((((.(((((((((((.((((((.(.((.(((........))).))).))))))((((......)))))))))))).)))..(((((((((((..(((.(...((((......))))...)))).)))))))))))..((((((...)))))).))).))))..))))).(((((((.....)))).))))))))))))).))))..)))))).))..)))))).........((((((((.(((((((((((((((...((((....)))).)))))))))......((((.((((.(((((((..((.....))..))))))))))).))))....((((........))))))))))........((((((.((((((((..((((((......))))))...((((....((.(((((((((.......)))))))))..))...))))))))..))))...))))))....((((((((((((.((..((((........((((((.....))))))))))..)).))).....((((.((..(((...)))..)).))))...))))))))).)))))))).))))))))).)))))..(((((....)))))(((((.(((((((.....))))))).))..)))..(((...((((.(((((((((((..((((((............(((((...((((.....)))).)))))))))))...)))).))))))).))))))).)))))))..........(((.......)))....)))).))).))).))))....)))))).))..)))))))).)))))((((((..(((((.......)))))..))))))..................)))))))))))))))....................)))))..)))))...((((((....)))))).(((...(((((............)))))...))).(((((((((((((....)))))))))................(((((((.((((((((((((((..(((.(((((.((....)).))))).)))....((((((((((..(((((((.((((.(((...((((((......)))))).)))))))..)))......(((((((...)))))))(((((.((((...))))...)))))...))))..))))))))))(((...)))..(.(((((((((((((.....))))))).)))))).).))))..................))))))))).).))).))))..(((((((...)))))))........))))......((((((((((((...........)))))))))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.....))))(((((((((.((...(((((({{({{......,,,||}||||}}}.}).))))).((((((.{((((...,((.{(({,......,}..}}).}},((((((((((,{((({({{{{.,,{{({.,.{||,,.,.(((,..}}},||..,||||}}|{,,.},.}}),),.))))).,),)}),))).))))))))))|(((((((((..((({(..,..,((((((....)))))}.....(((((..((((((((....,,.((((((...((((.(((((({(({{(((((((.........((((((((((((....((((((({.(((.((((((((((((.(((((((..,,(((((.(((.......,..))).)))))..(((((((((((((((((,((({(({{.((((((,..(((((...)))))..,...))))))))))}})|||,...)))|,........,,...{{{,({,......,,,,))}.)))))....)))))))))))),{{{,,.||,{{{{(({{(...,..,.}}}}}((((((((((((..(((((((({{(({...}))}{{...((((((((({((((((((....)))).)))))))))))))....,,....))))))))).)))))))..))))),,......}}}}})})}))}}..))))))).))))},.))))))).)))})))))))....((((.(((((((...))))))))))),|{.,((((({,((,||.{|{(({({({..,,,({{{...,,,..}}}).,,.{{,|{|||..,|,{{{..(((((..,...}..))))).,))).,)))))...},.((((((({....(((((((........)))).))}{(((((.{(((({....))))).}.))))))))))))).,}},}}.}.,...,,,,,||{{,,,,.}}),..))))))).))))).(((((.(((((((((.,,.((((((...)))))),(({((((((((((..((((((((((((((.((((((((....))).........)))))))))))))))((((((((((.,{,({((((..((({{....((((((.,..(((((((...((..((({{({{.....))))))}.)).)))))))..,..)))))).|}}||,|||}{{(,(((({,{.....,}}|}}}}}||||,((((,.....)|||||}}},,)}}}}..(((((((((((..,((.({..((((......))))...)))).)))))))))))..(((({{,{{|},}}}.||}|))))})}},,}.{{{{{{{,....))))},)})))))))))).))))..)))))).},.,||||||{{.,,.{{{(((({(((.{{{(({(((((((((...((((....)))).))))))))),,....((((.((((.(((((((..((.....))..))))))))))).))))..,.,{||,,,,,.,,))),})))))|||,,,{|((((((,((((((((..((((((,....,))))))...((((....{{.(((((((((.......)))))))))..}}...)))))))),.)))}...)))))),},.((((((((((((.((..((((......,.((((((.....))))))))))..)).))),....((((,{({.(({...}))}}}),))))},.))))))))).))}}})}).))))))))).))))),,(({{{....))))}(((((.(((((((.....))))))).)}..})).{(((,,.((((.(((((((((((..,,,{,(,.,,{{{.....(((((...((((.....)))).))))))))))),..)))).))))))).))))))).)))))))..,},.....|,{.......|}},..,)))).)))},}}.))))....)))))).}}..)))))))).)))))((((((..(((((.......)))))..))))))...............,..))))))))))))))}{,,........,,{{((((,((({.{,({((({..((({(({{..||||||.,,....|,|||,,}.}..}}}}.))),,...)).}}}}.|{{||||}}}.})}})}}),,)}|.,||,,|}}}.,,,(((({{(,(((((((((({{{,..(((.(((((.((....)).))))).)))....((((((((((..(((((.(,{,{,..{,.,,{(({{{......}))}}}{{(({.,...,))))},..(((((({...}))))))(((((.((((...))))...)))))..,))))..))))))))))(({...}))..{.(((((((((((((.....))))))).)))))).}.||,|{.................))))))))).},))).))))..(((((({...})))))).,,.,,,..,,},},,,},},,}}))))}.)))))),,,,.....,}})))}},)))}.
Back