Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164390.2
Sequence Length
3107 nt
GC Content
0.4059
AGACUUGUCUCCGGCCAGUCGCGCGUGGGUAGAGGCCUUAGGCGGGCGUUGCGAAGGGUUGUUUGCUAGAGUUCGGACCUUGUUACGGCGCGAAGUUCCCUCCUUGGGGCGGGGGAAAGGUACCGCACCCGCUACCUAGUGUGAAUGAACUGUGGCGUGGGCUGCUAAGGGCAGGCUGCGGAGUACCCGGGCCGUGGCCAUGAACUCACCCGUGGACCCUGGCGCUAGGCAGGCGUUGAGGAAGAAGCCACCCGAGCGGACUCCCGAGGACUUAAAUACUAUUUAUUCUUAUCUUCAUGGAAUGGAAAUAUUAUCAAAUCUCAGGGAACAUCAGCUUAGAUUAAUGUCUGCAAGAGCACGCUAUGAGAGAUACAGUGGCAAUCAGGUUCUCUUUUGUUCAGAAACGAUUGCCAGAUGUUGGUAUAUCCUACUUUCUGGAUCUGUGCUUGUGAAAGGCUCCAUGGUCUUGCCUCCUUGCAGUUUUGGUAAGCAGUUUGGAGGAAAAAGAGGAUGUGAUUGUCUUGUAUUAGAGCCUUCAGAAAUGAUUGUGGUAGAGAAUGCCAAAGAUAAUGAAGAUAGUAUUCUACAAAGAGAAAUUCCUGCCAGACAAUCCCGAAGAAGAUUUCGGAAAAUUAACUAUAAAGGAGAGCGCCAAACCAUUACUGAUGAUGUGGAGGUUAACAGCUAUCUUUCUCUUCCAGCUGAUCUUACCAAGAUGCAUCUCACAGAAAACCCUCAUCCACAGGUGACUCAUGUGUCUUCUAGUCAGUCUGGUUGUAGCAUUGCCAGUGACUCUGGAAGCAGCAGUUUAUCUGAUAUCUAUCAGGCUACGGAGAGUGAGGUAGGAGAUGUAGAUUUGACACGUCUUCCAGAAGGACCUGUUGAUUCUGAGGAUGACGAAGAGGAAGAUGAAGAGAUUGAUCGAACAGAUCCAUUGCAGGGGCGAGAUCUUGUUCGAGAAUGUCUUGAAAAAGAACCUGCAGACAAAACUGAUGAUGACAUUGAACAAUUGCUGGAGUUUAUGCACCAGCUCCCUGCAUUUGCAAACAUGACCAUGUCUGUAAGGAGAGAACUCUGCUCAGUGAUGAUUUUUGAAGUGGUAGAGCAGGCUGGAGCUAUUAUUCUUGAAGAUGGGCAAGAGCUUGACUCAUGGUAUGUUAUUUUAAACGGCACUGUGGAAAUCAGUCAUCCAGAUGGAAAAGUUGAAAAUUUGUUUAUGGGAAAUAGUUUUGGAAUUACUCCCACUCUGGAUAAGCAGUACAUGCAUGGAAUUGUCAGGACUAAAGUAGAUGAUUGUCAGUUUGUCUGCAUAGCCCAGCAAGAUUAUUGGAGAAUUUUAAACCAUGUGGAAAAAAAUACCCAUAAAGUUGAGGAAGAGGGAGAAAUUGUUAUGGUACAUGAGCAUCGGGAACUAGACCGGAGUGGAACCAGGAAAGGACACAUUGUGAUCAAGGCAACACCUGAGCGUCUCAUAAUGCAUUUAAUAGAAGAACAUUCCAUCGUGGAUCCAACUUAUAUAGAAGAUUUUCUAUUAACUUACAGGACAUUUCUUGAAAGUCCUUUGGAUGUUGGGAUCAAACUAUUGGAAUGGUUUAAGAUCGACAGCUUAAGAGAUAAGGUGACACGGAUUGUAUUAUUAUGGGUAAAUAAUCAUUUUAAUGAUUUUGAAGGUGACCCUGCUAUGACUCGAUUUCUAGAGGAAUUUGAAAAAAAUCUGGAAGAUACAAAGAUGAAUGGUCAUCUCCGGUUAUUGAAUAUUGCCUGUGCUGCAAAGGCUAAGUGGAGACAGGUUGUGCUGCAAAAGGCUUCCCGCGAGUCCCCUCUACAAUUCAGCCUUAAUGGAGGGAGUGAGAAGGGAUUUGGUAUUUUUGUUGAAGGAGUAGAACCUGGUAGCAAAGCUGCUGAUUCAGGACUGAAACGUGGUGAUCAGAUUAUGGAAGUAAAUGGACAAAACUUUGAGAAUAUUACAUUUAUGAAAGCCGUUGAAAUUUUGAGGAAUAAUACUCAUCUUGCACUUACUGUGAAGACCAACAUUUUUGUGUUCAAAGAGUUACUUUUUAGGACUGAACAAGAGAAAUCUGGUGUUCCUCAUAUUCCCAAAAUUGCUGAAAAAAAAAGUAAUCGCCAUUCUAUCCAGCAUGUGCCAGGAGAUAUUGAACAGACAUCACAGGAGAAAGGAAGUAAGAAAGUUAAAGCAAAUACUGUUUCAGGUGGAAGAAACAAAAUCAGGAAGAUUUUGGAUAAAACACGAUUUAGUAUCUUGCCUCCAAAGCUAUUUAGUGAUGGAGGCCUAAGCCAAUCACAAGAUGACAGCAUUGUGGGAACAAGGCACUGUAGGCAUAGUCUGGCUAUAAUGCCCAUCCCUGGAACACUCUCAUCCAGCAGCCCUGAUCUCCUGCAGCCUACCACCAGUAUGUUGGAUUUUUCCAAUCCUUCAGAUAUCCCUGAUCAAGUUAUAAGAGUUUUCAAAGUGGAUCAGCAAAGUUGCUACAUUAUCAUCAGUAAAGACACCACAGCUAAAGAAGUAGUUUUUCAUGCUGUUCAUGAAUUUGGUUUGACCGGUGCAUCCGACACAUAUUCUCUCUGUGAAGUUUCUGUUACUCCUGAGGGUGUCAUAAAACAGAGAAGACUUCCAGAUCAGUUCUCCAAAUUAGCUGAUAGAAUUCAACUCAAUGGAAGGUGAAUAAGCUUAUUAGUGGAUGUGCUUAUUUGUAGAUGUGCUUUUGAAGAUUUCCUGUUAAAACAGCUAUUGUAAGUAGAAACAUUAUCAUGUUUUAGUGCUCCUAAAUUCACUCCAGAAGACGCUUGAUAAAAUAUCUUGUCACUCCUGCUAAAAUAAACUCUUAGAACCACUGAUAUAAUCUAGUUCCUGUUUUUUUAUAGAGGAAGCUGAAUGAUACAAAUCUUCAUAUAUAUCUGAAUGACUGUAUCUACUAAUUUAUAAAUUUGUUUUUAAUAUGGCCAGUAUGUACUUUGGCAAAAGAAGCCAUGGUUUUCACAGUUCUUUUUCUAAGUAGUUUUCCUUUAAUGAAUAUGCAGGAAAAUUUUAAAAAUUUUAAAAUGUGUUCUGAAAAUUAUUUAAUAAACUAGAUUAUUUCUGUAGUACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-848.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -909.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 661.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.(((..((((.(((.(((((.(...((((((((..((.(.(((.((((((........(((((((......((((((((.((..((...((((..(((((((..........)))).)))(((((..(((........))))))))((((.(((((...))))).)))))))).)).)).))))))))..))))))).......))))))..))).).))..)).))))))......).))))).))))))).))).)))).....((((((.........(((((.((((.((((..........(((((.(((.........))))))))...((((.((((((((((((((....(((((((.((((((((.((((((((((...((((((.((((((((.....))))).)))....))))))((((((.((((.....))))..)).))))...(((((..((.((((....)))).))..))))).)))))))))).)))))))))))))))...((((((......(((((((((((.((((............(((.......)))...........)))))))))..))))))(((((......)))))........(((....(((((((..(((((((((((((((((((((..((((((...((((((((((((((.((.(((((((...))))).)).))............(((((((((.(((...))).)))((((((.(((.(((..(((((((....((((.....))))((((....))))..(((((....))))))))))))))).)))..))))))...((((.((((((.(((((.....))))).)))))).)))).)))))).))))))))))))..))...)))))).....(((((((((((((((((.(.((((.(((((((...))))))).)))).).)))..........((((....))))........(((((.((....)).))))).)))))).((((((.((((....)))).))))))..(((((((((......(((((((.(((((((((((((.((..((.((((..((((...(((..((((((((..((((.((((.(((.(.(((((((((....(((((((.......)))).(((((((.(((..((((..(((.((((((.....)))))).)))..))))..)))...))))))).....((((((((.((((.(((((((..(((((((((((((........))))))))(((((((..(((((((((((((..((((((((((((.............((((.......(((((.....(((((((.(((.((............(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((((((.((.....))))).....))))))))..................))).)).))).))).))))..((((((....)))))).......)).)))))))))).....))))).......))))..............))))))))))))((.((.((((.....)))).))...))((((((.(((((...)))))))))))..)))))))))))))..)).......)))))(((((...(((((((...............)))))))((((((((((((..(((((.((((((.(((.........((((.........))))))).))))))((((((.((((.(....(((......((((((((.(((.((.(((..((.....))..))).))))).))))))))........)))...).)))).))))))(((((...)))))((((.((..((......))..))))))....((((..(((((((.....................))))))).....))))........((((........)))).....(((.....)))..))))).))))))))))))....)))))....)))))..))).)))).((((...(((((.................((((((.........))))))))))))))).))))))))))))...(((((((((((..(....(((..((((.((........................)).))))..))).......(((((((.....))))))).........)..)))))))))))(((((((..(((....)))..)))))))....)))......)))))))))((.((((....)))).))......).))))))).))))....)))))))).(((((.........))))))))...)))))))).)).)))))))))......((((((....))))))..)))))).)))....)))).......)))))))))..))))))))((((....)))).)).)))))))))))).......(((((....((((.....))))..))))).........)))))))..(((.....)))............((((.((((((((((((((.((....)).)).....))))))...))))))))))...)))))))....))).(((......)))........))))))((((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))))))).))))...((((....))))........(((((((((((....)))))))..))))......)))).)))))))))....((((((......))))))......((((.........)))).......((.((((((((((((((((...((((((((((((((((...((((((..((((((........)))).)).))))))..........((((......)))).....(((((........)))))(((((((....((.....))...)))))))......))).)))))))).)))))...))))))..((((((((...)))))))).......................)))))))))).)).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((.(((..((((.(((.(((((.{..,((((((((..((.{.(((.((((((...,{...(((((((......((((((((.((...((((((((....|}.))))))}.(((((((({((((((((..(((........))))))))),)|,(((((...))))).}))))).,)))))).))))))))..)))))))...,,..))))))..))).}.))..)).))))))......),))))).))))))).))).)))).....{{{{{{.........(((((.((((.((((..........,{{{{.(({{,.......}},}}}}}...((((.((((((((((((((....(((((((.((((((((.((((((((((.,((({(({,(({{{((({,..|}||}}.}}),...,})))))||,,,.{,||.,,.{||||{....))))}}.(((((..((.((((....)))).))..))))).)))))))))).)))))))))))))))...((((((......(((((((((((.((((...........,(,(,,.....,))}.,,.......))))))))),.,)))))(((((,....,)))))....,,..{{{....(((((((..(((((((((((((((((((((..((((((...{(((((((((((((..{,,.(((({...}))))|||{{{...,,,......((((({,(({((({,.,.|,|||(((((({(((.,(({{(,{,,,,...}}}}|,}}},}}))||||.,,,}}}}|||||{{..{{|||,,|||,},.,,)}),,}})))))}}},||{{.{{{(({.(((({.....})))).)))))).)))).)))))}.)))))))))))),.,}...)))))).....((((((((((((((.,,.,.((((.(((((((...))))))).)))).,.(((((((({{{((((((((..{{((,.,{,,..(((((.((....)).))))).,({((({,{({(,,{((({.,{{(({{{{|.,{,{({,..||||,|||,,,{{{{{(((((,,((((,{,({(((((((...(((,,{,{{,,...,))}})))...)))))).))),,,||.|{||......,}}}.}}||,,}}}}}}))})}(((((((,(({..{{((.(((({(,{(((....,))}})))))).}),}}..)}),,.)))))))..}}}).}})))))}),}}}))}))}}......,}.}})}))))))))))))))))))...,((..((((((((((((({.((((((((((((.,.{,........((((.......(((((.....((((((,{(((.((,,......,,..(((........)))(((((((.(((.((..(((..(((((((({{.{((.....)))}}.....))))))))..,,,....,.,......))).)).))).))),,)))..((((((....)))))).......)}.)))))))))).....)))))....,..)))).........},...))))))))))))|{.((.((((.....)))).))...,,((((((.((((,...})))))))))).,)))))))))))))..)),}.))))))(((((((.((({..,((.((((((((({....,{{{{,,}}}}....((((((....))))))..(({.{{.....,,.))).((((((...(((((..{.(((((((((....(((((..((((((......{((....}}),.......))))))..(((((((((((...((((((..((((((.,,,.,,..((((((,,.((((((((({..,,))))}..||||}.(({{,,,,{{{{..|||,,,,{(((..(((((((.......,,,,..........))))))).....)))},.......(((({{{{,...,,,,{(((.(((.....))))))}{{(,,,(((((,{{{{{|,,,||||.||,,,,)),,))))))},||}},.},))))))))))),)))))),,,.((((((.........)))))).((((..((((((.(((.(((((..(((((((((((......,({(..{{{{.{{....,.............,.....)).))))..|||.......(((((((.....))))))).......,,}..)))))))))))(((((((..(((....)))..))))))).....,...{((({,,,|,....},))})),...,..)))))))).)).))))..))))...)))))).))))))....))))))).))))))))))))).)))))...))))).....)))))){(((((....))))))..))))))).))))))))).))))))).,,....,}..))))))))((((....)))).)}.,))))))))))).......(((((...,(((,...}})))|..)))))...,,....)))))))..(((.....)))............((((.((((((((((((((,(,...})),)}.....))))))...))))))))))...)))))))....}}|.|||......}}}.,,.....))))))((((((((.((((....)))).)))))))))))).)))))))))).))))...|{|{....}})),,..||,.{{{{{((((((....}))))))..})}}......)))).))))))))).,..((((((......))))))......{,,,.........}}}}....,{.((.((((((((((((((((...((((((((((((((((...((((((..((((((........)))).)).))))))..........,,{{......,,,,.....(((((........))))){(((((({{..((,....}}..})))))))......)))))))))))),,))))...))))))..((((((({...})))))))........,......,,,.....)))))))))).)).))))),..
Back