Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164617.2
Sequence Length
2336 nt
GC Content
0.4692
AGGUAGCUGCGAGGAAACUUUUGCAGCGGCUGGGUAGCAGCACGUCUCUUGCUCCUCAGGGCCACUGCCAGGCUUGCCGAGUCCUGGGACUGCUCUCGCUCCGGCUGCCACUCUCCCGCGCUCUCCUAGCUCCCUGCGAAGCAGGAUGGCCGGGACCGUGCGCACCGCGUGCUUGGUGGUGGCGAUGCUGCUCAGCUUGGACUUCCCGGGACAGGCGCAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGGACGCCACCUGUCACCAAGUCCGCUCCUUCUUCCAGAGACUGCAGCCCGGACUCAAGUGGGUGCCAGAAACUCCCGUGCCAGGAUCAGAUUUGCAAGUAUGUCUCCCUAAGGGCCCAACAUGCUGCUCAAGAAAGAUGGAAGAAAAAUACCAACUAACAGCACGAUUGAACAUGGAACAGCUGCUUCAGUCUGCAAGUAUGGAGCUCAAGUUCUUAAUUAUUCAGAAUGCUGCGGUUUUCCAAGAGGCCUUUGAAAUUGUUGUUCGCCAUGCCAAGAACUACACCAAUGCCAUGUUCAAGAACAACUACCCAAGCCUGACUCCACAAGCUUUUGAGUUUGUGGGUGAAUUUUUCACAGAUGUGUCUCUCUACAUCUUGGGUUCUGACAUCAAUGUAGAUGACAUGGUCAAUGAAUUGUUUGACAGCCUGUUUCCAGUCAUCUAUACCCAGCUAAUGAACCCAGGCCUGCCUGAUUCAGCCUUGGACAUCAAUGAGUGCCUCCGAGGAGCAAGACGUGACCUGAAAGUAUUUGGGAAUUUCCCCAAGCUUAUUAUGACCCAGGUUUCCAAGUCACUGCAAGUCACUAGGAUCUUCCUUCAGGCUCUGAAUCUUGGAAUUGAAGUGAUCAACACAACUGAUCACCUGAAGUUCAGUAAGGACUGUGGCCGAAUGCUCACCAGAAUGUGGUACUGCUCUUACUGCCAGGGACUGAUGAUGGUUAAACCCUGUGGCGGUUACUGCAAUGUGGUCAUGCAAGGCUGUAUGGCAGGUGUGGUGGAGAUUGACAAGUACUGGAGAGAAUACAUUCUGUCCCUUGAAGAACUUGUGAAUGGCAUGUACAGAAUCUAUGACAUGGAGAACGUACUGCUUGGUCUCUUUUCAACAAUCCAUGAUUCUAUCCAGUAUGUCCAGAAGAAUGCAGGAAAGCUGACCACCACUGAAACUGAGAAGAAAAUAUGGCACUUCAAAUAUCCUAUCUUCUUCCUGUGUAUAGGGCUAGACUUACAGAUUGGCAAGUUAUGUGCCCAUUCUCAACAACGCCAAUAUAGAUCUGCUUAUUAUCCUGAAGAUCUCUUUAUUGACAAGAAAGUAUUAAAAGUUGCUCAUGUAGAACAUGAAGAAACCUUAUCCAGCCGAAGAAGGGAACUAAUUCAGAAGUUGAAGUCUUUCAUCAGCUUCUAUAGUGCUUUGCCUGGCUACAUCUGCAGCCAUAGCCCUGUGGCGGAAAACGACACCCUUUGCUGGAAUGGACAAGAACUCGUGGAGAGAUACAGCCAAAAGGCAGCAAGGAAUGGAAUGAAAAACCAGUUCAAUCUCCAUGAGCUGAAAAUGAAGGGCCCUGAGCCAGUGGUCAGUCAAAUUAUUGACAAACUGAAGCACAUUAACCAGCUCCUGAGAACCAUGUCUAUGCCCAAAGGUAGAGUUCUGGAUAAAAACCUGGAUGAGGAAGGGUUUGAAAGUGGAGACUGCGGUGAUGAUGAAGAUGAGUGCAUUGGAGGCUCUGGUGAUGGAAUGAUAAAAGUGAAGAAUCAGCUCCGCUUCCUUGCAGAACUGGCCUAUGAUCUGGAUGUGGAUGAUGCGCCUGGAAACAGUCAGCAGGCAACUCCGAAGGACAACGAGAUAAGCACCUUUCACAACCUCGGGAACGUUCAUUCCCCGCUGAAGCUUCUCACCAGCAUGGCCAUCUCGGUGGUGUGCUUCUUCUUCCUGGUGCACUGACUGCCUGGUGCCCAGCACAUGUGCUGCCCUACAGCACCCUGUGGUCUUCCUCGAUAAAGGGAACCACUUUCUUAUUUUUUUCUAUUUUUUUUUUUUUGUUAUCCUGUAUACCUCCUCCAGCCAUGAAGUAGAGGACUAACCAUGUGUUAUGUUUUCGAAAAUCAAAUGGUAUCUUUUGGAGGAAGAUACAUUUUAGUGGUAGCAUAUAGAUUGUCCUUUUGCAAAGAAAGAAAAAAAACCAUCAAGUUGUGCCAAAUUAUUCUCCUAUGUUUGGCUGCUAGAACAUGGUUACCAUGUCUUUCUCUCUCACUCCCUCCCUUUCUAUCGUUCUCUCUUUGCAUGGAUUUCUUUGAAAAAAAAUAAAUUGCUCAAAUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-725.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -768.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 556.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((....))))))))).((((((((.(((((.((((((((((((((.(((.((((..(((((..(((((((((.(((.((((((((((.((((.((((((..(((((.(((.((((.(((........))))))).))))))))..))).)))))).).))..((((((((((..(((((...(((((..((....))..))))))))))...))))))))))((.((((...............))))))...........))))..)))))))))))))....((((.......)))).(((((.............(((.((((((..(((...)))....))))))))).......((.(((..........))).))....)))))........(((((.((((((..((.((((.......(((((....)))))........)))).))..)))))))))))..((((..(((.....(((((((..((((.((.............)).)))).....)))))))....)))))))....(((((((((....)))))))))(((((...)))))(((((((......)))))))(((((((.........((((((((((.(((((((........))))..........)))))))))))))..........))))))))))..))))).((((....))))........)))).))).))))))))))).((((((........((((((......)))))).(((((((..(((((((((((((..((((....((((((.((.(((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((.......)))))))....(((((.....)))))(.((((((....((((((.(.(((.((((.(((...((((((((((..((((....))))..)))..)))))))...((((.((....)))))).))).)))).)))..).))))))..(((.((((((.(((((.((((....)))).))).....)).)))))).))).(((.((((....(((((...)))))....))))))))))))).)..)))))...)))).)))))(((((((..(((((((((.....(((((..((((...(((((((..((.(.((((((.(((.((............))))).))))))).))((.(((((((..........((((((..(((..(........)..)))...))))))..((((((..............))))))(((((((..((.....(((........)))((((((...))))))......(((.((((.(((..((((((.........(((((((((.(.....).)))))))))...((..(((((((((((........))))).........))))))..))....))))))..)))..)))).)))..((((((((((......(((....))).....(((.(((.........))).)))..)))))))))).))..)))))))))))))).)))))))))..(((((....)))))..................)))))))))(((......))).((((....))))...))))))))).....)))))))....)))))))).))).)))))))..))))))..........))))..)))))))).))))....)..))))))).((.((((((..(((..((((.((..(.(((..(((((.(((..((((.((((((.(.((((((((...........)))))...(((...)))...........))).).)))))).....(((((..((((........))))..))))).)))))))))))))))))).)))).)))..))))))))))).))).))))).))).))))))))....((((((.....))))))...(((((.(((((......))))))))))...............(((((((((((...(((((((((((((.(.((((((((((((((....((((((((((.....)))).)))))).....)))..))))......))))))).))))).....)).)))))))...(((..((((...((((((((.((((.........((.(((...(((((((...........))))))).))).))((((((...))))))..............................)))).)))))))).)))).)))..)))))))))))...))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((({(((((((({....})))))))).((((((((.((((((((({,,((((((((.((({{{({,.(((((,.({,((((((.(((.((((((((((.((((.((((((..(((((.(((.((((.(((......}.))))))).))))))))..))).)))))).).))..((((((((((..(((((...(((((..((....))..))))))))))...)))))))))){.{((((...............)))))}...........))))..)))))))))))))..,,(((({......,,,},{((((..,,,........((,{((((((..(((...)))....))))))))).......{{.(((.{......}.))}.}}....)))}}.,{{{{{{(((({.((((((..((.((((.{{,..,(((((....)))))...,..}})))).))..)))))}}}))}.,,{{{,,|{|....,(({((((..,,,{,,,.|}}}.,,..},,,}})}))}}}},,,,,,,,....)}}}}}},...(((((((((....)))))))))(((({...}))))(((((((......)))))))(((((((.........((((((((((.(((..((,...{{({...)))}...,},.)))))))))))))..........))))))}}||,,|}}}}.,,||}||{|||...,,,...})))})}}.)))))))))))}}}|(({{(.,{((,,(((((......)))))),}}..|,,...,||||||{{{{{({(((({{,,(((,{{,((,,,,||||(((((((({(((((.((((.((({{(((((((.......))))))).,..{((((.....))))){.(((({....{{(((((.{.(((.((((.((,...((((((((((..((((....))))..)))}.,))))))...{((|.{{..,,)})))),))),)))).)))..).)))))},,(((.((((((.(((((.((({....}))).))).....)).)))))).))){(((.((((....(((({...}))))....))))))))})))),|,.|}}|}..,)))).)))))(((((((,.(((((((((.....(((({.,((((...(((((((..,{.{,((((({.{((.((............}}}}).))))))}.}}{(.(((((((...,,...,{({((((,.{{,.,{|},,.,.,}..,,,...}}||||,.((((((.,..........}.)))))),,,||||,.,......||,......{{|,|((((((...)))))},}.,,}(((.((((.(((..((((((..,,.....(((((((((.(.....).))))))))).||||{{(,,{{{{({({.,....,.}}|}},|}}..,}})))|,,...,....))))))..)))..)))).}))..((((((((((......(((....))).....,((.(((.........))).)))..)))))))))),},..,,}}}))))))))).)))))))))..(((({....})))).....,............))))))))).,.......|||.((((....)))).,.))))))))).....)))))))....)))))))))),,.)))))))}}))))))..,}}|,,|,|{{||{|||{{{{{{||{|{({.{{,{{{{.....,.{{{{.,{{({{{{{((.{{{..}|{||.,,,,,...,}.,||||,,|||||,|,|{{(((((...........)))))...((({.,{{.....|{{,...,,,.,,))),,,.))},|||{{...,,,))))},)))}},}))))}},,}}}}|},||}}},,,|||}))}|||},,,,}}}}},)))))))),)))),))).))))))))....((((((.....))))))...(((((.(((((......))))))))))....,,,{{{,,,,,,{{{{,{{{{{...(((((((((((((.(.((((((((((((((....((((((((((.....)))).)))))).....)),.,))))......))))))).)))))}....,).)))))))...(((..((((...((((((((.((((............,||...(((((((.{,......},))))))).}},{({((((((...)))))),,............................)))).)))))))).)))).)))..))))))))))),..)))}..........
Back