Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164721.2
Sequence Length
4111 nt
GC Content
0.5300
ACCUGCUUCCUGAGCUCCCCGAGAAGUCAUCCAGGACCUCCCCGAGAAGCCGUCCAGGAAACAUGCUCUCAGGGGACCCCCAUCUGCCUCAGCCUCUUUGUCACUGCCUGGACCAUUGUCCCUGCUGUUUCUCAGACAGCAUAGAGGCUGAGGCUGGGGCCAGGACCCAGACAGAGACACACGGUCACUGCAGCUGAAGCCGCUGCCCCUGCUACAGGCACCACCAGGACCAGCUGAUCAUUCCAGCCCACAGCAAUGGAGCCACAUGACUCCUCCCACAUGGACUCUGAGUUCCGAUACACUCUCUUCCCGAUUGUUUACAGCAUCAUCUUUGUGCUCGGGGUCAUUGCUAAUGGCUACGUGCUGUGGGUCUUUGCCCGCCUGUACCCUUGCAAGAAAUUCAAUGAGAUAAAGAUCUUCAUGGUGAACCUCACCAUGGCGGACAUGCUCUUCUUGAUCACCCUGCCACUUUGGAUUGUCUACUACCAAAACCAGGGCAACUGGAUACUCCCCAAAUUCCUGUGCAACGUGGCUGGCUGCCUUUUCUUCAUCAACACCUACUGCUCUGUGGCCUUCCUGGGCGUCAUCACUUAUAACCGCUUCCAGGCAGUAACUCGGCCCAUCAAGACUGCUCAGGCCAACACCCGCAAGCGUGGCAUCUCUUUGUCCUUGGUCAUCUGGGUGGCCAUUGUGGGAGCUGCAUCCUACUUCCUCAUCCUGGACUCCACCAACACAGUGCCCGACAGUGCUGGCUCAGGCAACGUCACUCGCUGCUUUGAGCAUUACGAGAAGGGCAGCGUGCCAGUCCUCAUCAUCCACAUCUUCAUCGUGUUCAGCUUCUUCCUGGUCUUCCUCAUCAUCCUCUUCUGCAACCUGGUCAUCAUCCGUACCUUGCUCAUGCAGCCGGUGCAGCAGCAGCGCAACGCUGAAGUCAAGCGCCGGGCGCUGUGGAUGGUGUGCACGGUCUUGGCGGUGUUCAUCAUCUGCUUCGUGCCCCACCACGUGGUGCAGCUGCCCUGGACCCUUGCUGAGCUGGGCUUCCAGGACAGCAAAUUCCACCAGGCCAUUAAUGAUGCACAUCAGGUCACCCUCUGCCUCCUUAGCACCAACUGUGUCUUAGACCCUGUUAUCUACUGUUUCCUCACCAAGAAGUUCCGCAAGCACCUCACCGAAAAGUUCUACAGCAUGCGCAGUAGCCGGAAAUGCUCCCGGGCCACCACGGAUACGGUCACUGAAGUGGUUGUGCCAUUCAACCAGAUCCCUGGCAAUUCCCUCAAAAAUUAGUCCCUGCUUCCAGGCCUGAAGUCUUCUCCUCCAUGAACAUCAUGGACUGAGCUGGGGGAAGAAGGGAUAUCUACUGUGGUCUGGGCACCACCUCUGUGGGCACUGGUGGGCCAUUAGAUUUGGAGGCUACCUCACCUGGGCAGGGAUGAUGGCAGAGCCAGGCUGUUGGAAAAUCCAGAACUCAAAUGAGCCCCUUCAUCCGCCUGUGGGCGCAUACUACAGUAACUGUGACUGAUGACUUUAUCCUGAGUCCCUUAAUCUUAUGGGGCCGGAAGGAAUGUCAGGGCCAGGUGCAGACCUUGGGGGAAGACUUUAAACCACCUAGUUCUCCCCGAUGGGGCAUCGGUCUAAAGCUUUGGGGGAGUGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUCAUGGGUCAAGAGAUCGAGACCAUCCUGGCCAACAUUGUAAAACCCCAUCUCUACUAAAACAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCACACGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAACCUAGAUUGCACCAUUGCACUCUAGCCUGGCAACAGAGCGAGAUUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCUUUGGGCAACUACUCUCAAGUGAUAGAGGUAGACUGGGUUAGGAAAGGACACUGCCCUCACUGUAUGGCACUACCUUGGGGCAGACUUUUGAGCUAAGAUGUUGCCAUCCUCUCUCCACCCUCCGGCACAAGGUCUUUGUGACCUUUCUCAGGGGAAGGGGCUUGAUGGAACCUUCUCUGACUCAUCUGGCAACCUGUCCCUAAUGGUGACCAAAGAAGAUAAAACAUGAACAGACCAAAAGCUAGGACAAGAGCUUGCUUCCCAAGACAGACGUGUCUGUCUGCAAAGGCCUUGCCUCUAGUCCAGUCAGCUCUGGGGGAGUGGGAAGGAGAUGCCCACCUCCUCUUUCUGUCUCAACAAUAGUCCCUAAUUAAGUACCUUCUGUGGGGCAGCCACCCACUGAGGGUGGGCAAAGGCCCCUUGAAAGCAAAAUUGGGGCUGGGCUCAGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGCAGAUCACCUGAGGUCCGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACGUGGUGAAACGCCAUCUCCACUAAGAAUACAAAAAUAUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGUACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCCGAUCAUUUGAAGUUAGGAGUUUGAGACCAGCCUGACCAAUAUGGUAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCCUGGCGUGGUGGCGCAUGCCUGUAGUCCCAUAGGCUGUAGCUACUGGGAGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCACGCCACUGCUCUCCAGCCUGGGCGACAGAGUGAGACUCUGUGUCAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGCAAAAUUGGAGCUGUCCAGGCCAGGACACCCCGAUGUCCAGGGGCUUCCAUACGAACAGGCACAUGGGCUGGGAAGUACAUGAGGCCCCUGGGUAGAAGGGUCUGUCAGUUCUCUCCUCCCUUGCCCUCUGGGAGGGUCCUCCUAACAUAGCUUCCAGGAGGUGGGAGGAGCAGUUACUGUCAGCAGGUGUCAGCCAGGUGUCAGCUUCUCCUGGGGAUCUCUAGAUGUCUGCUUGUGAUUUUUGGCAAGUAUAUGCAAAUGAGCCUCCUCUCCUGCCCUGAGACAAGUAUCUGCAGUGUGAACCUGGCAGCCUCAGACCCAAGGGGCUCAGAGGAAACUUCUCUGGUUUCUAGAGCUCUGUGCUCCUUCAGAGAAGUCUUCCUUCCUUCCAGUCAGUGUCCCUGUGAAGCUGGGAUACUCAUUUCCUGUGUACCGGGCAAACACCGGAUUGCUGAUUUUGAGAAAUGCCUCUCGAUGGACCUGUAACCUGCUGGAGUCUGGGAUGGUAGCUGUGGGCUGGACUUGGCUGAUGGGAUGACCCGGUGGCUAGUGCAGCAUCACACAAGCCUGGUUCAAGUCUUGGCUGUGUCAUUUCCUGCUGAGGGACCAGGCACUGAAUUUCCUACCUCUUAGGGUCAUUACCUAUGAGGUUAAAGCUACCUCAUGGGAUUGUUAUACGCCACUAAUGUUGAGGCAGACACCUCUUGGCAGGGUGACUGCUCAUCUUAGACCCUCCCCUUUUCUGCGAAUUUGGGCCCCUUGAUCCUCUGAUGGGAGCUGAAAGGAUGAGAGGUGGGCAUCUAGAUUUAGGGAGGCUGUUCAGGCUUUGCAGGUCCCUUACCUGAACACAUAGAAACCCUGGAGCUGUGACUGUGUCCAUGUGUGUGUGUUUGUCUGUGUGUGUUGCGGGGGAUGGGCACCUGCAUGAAUGUGGUAGAGAAAAUGGCUCUGCUCAGAGGGAAGAUACGCAUAGCAAGGCAGGGACCAGAGGAAUCACAGGCGCCUGGAGAGCAGCCGGGCACCGCCUCCAGGGACCUGCCGGCUUCCCUCAGUCCUCCAGGGGCCCAGCACUCUUCCUUUAGGCCCUGUGAGCGUCCCUUGUCAGGAUACAUUCUCUCAUUUUGCUGAAGCUGAUUUGAUUGGGUGUCUGUUUCUCGCAGCCAAAAGAGCUCUGAAUGAGGAAAGUGCUUCUGUGCUAACUCCCCGCGUCUCCUGAAUUUCAGUCAUUCAUGUACCCGCCUCGAAAUUUUUGCAAUAUCUGUGUACCAACUGUCCAUUUACUUAAUAAAGAAGUUUUCUUUAAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1506.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1579.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 1093.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((..(((((...(((((((((.((..(((.(((((((...))).....)))).))).....)))))).))))).(((((...((((((((((((............((((....)))).((((((((...)))))))).))))))))))))))))).)))))..))).....((((...((((((.(((((.......)))))......(((((((....(.((((((.((((.......)))).(((((((.((.((((((((((((((...((((.(((...((((((.....(((.((.......)).)))....))).)))))).))))...))))))).))....))))).))))))))))))))).)...)))))))...(((((((((.(((...(((((....)))))((((((((...))))))))(((....))).........((((.((((......(((((((((...........(((((((.(((((...((((((.....(((.(((.(.((((((((.((((..............(((.((((((.(.((((((((((((((..............)))..)))))..(((.((((((((((.....(((.((..((((.(.(......).)))))........((((((((.((((.(((((......((((((......)))))).((((...(((((((.((.((((...((((((..((((((...(((((((((.((.....)).))).)))))).........(((((((.((.((..((((.......(((.........)))...........((((((((.((((.......((((((((.(((((((((((((..(((((((((....))))..))))).(((((.((((..((((.......))))..((((((.((((((((((.((((.((....)).)))).))))))))))...))))))(((...))))))).)))))(((((....((((((..((((....))))..))))))......)))))......))))))...)))))))....(((.(((((((.........((..(((((.(((((....(((((((((((((((.((..(((((((((..((((.....(((.......((((.((....)).)))).)))...))))..))).((.....))...(((((((.....((((((.......)))))).((((((.....((((((((....((((..((((....)))).))))......(((.(((((((...)))))))..))).))))))))..))))))...(((((((((.((.((.((((....(((((....((.((((((((.((((((((.....((.(((((((....(........)....))))).))..))....))))))..)).)))).))))))...)))))..)))))).)).)))))))))...))))))).(((((((.(((.(.(((((..........)))))))))..))).))))(((((.(((((...((.(.(((((.((((...........)))).))))).).)).))))))))))..))))))..))))).))).))))).((((((..(.((..((((((....)))))).)).)..))))))))))...)))))..)))))..))(((((((((((.....(((((......................)))))......)))))).)))))(((....))).(((((....)))))..))))))).)))))))))))(((((((((.....((((((((.(((.(((((........)))))))).)))).)))).(((((....))).))(((((...)))))...........................(((...)))........))))))))).)))).))))))))..))))..)))).)))))))))))))..))))))...))))))..........((((..(((.(((((.((((.((.(((((((((((...((((((.....))))))..((((((.((((..((....))..)))))))))).((.(((((..(((..........)))..))..))).))....................((((.((((.(((((..((((....(((((((....)))))))....))))...).)))).))))....))))))))))).))))))))))...(((((((((((((..((((((((.((..((...((.....))...))..))))))))))((((((.....))))))((...((((((..............))))))..)).((((((((((.((((((..((((((....))))))(((((.(((...(((.....))).((((((.....)).)))).))))))))...((((.((.......)).))))...((.((((.......(((....)))......(((((....)))))(((((((((((((...((((((((..((((((.(((...)))...))))))))).))))).....)))))))).....................)))))((((((......)))))))))).))..)))))))).)))))))))))))))).((((...((((((.((.........)))))))).))))....))))).(((((((...)))))))...........................))))).)))..)))))))))))..))))))))).)))).))))))))........)).)))....))))))))))...)))..)))))).).)))))).)))(.(((.((((.((((((((((..(((.((((((((................)))))))).))))))))))).))..)))).)))))))))))))))).))))))).......))))))..))))).(((.(((((((.(....).)))))))...)))...(((....)))...))))))))))))...)))))))).)))).(((..((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((......((((.....))))..)))))))))).))))))......(((((((((((..(((..(((.((((((.........)))).)).)))...))).))).))))))))((((((......))))))(((.(.((((((......((.(((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))).)))))...(((((((((....((((((.............)))))))))))))))..........)))))))))))).))....((((((((((.......))))))))))...)))))).))))((((.(.((((.(((.(((((.......))))).))))))).)))))......................)))))))))))....)))))...).))))..)))....((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((.(((((.....))))).((((((((((((.(....((((.(((...))))).))....).)))..)))))))))((((((((((((((((((((....(((((((((((((.......)))))))..((((((((.............((((((..((.((((.......((.((((((.......)))))).)).))))..))..))))))..)))))))).(((((.((((((.(...(((....((....))....)))...).))))))..)))))))))))..(((..((((....)).))..)))..))))))))))))))))))))....))))).))))))(((...(((((....)))))..)))...)).)).))))))))).))......)))..))))))))))).))))))))).....))).)))...))))...........(((((((...)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((..(((((.{,(((((((({,(,,,(((.(((((((...}}}.....)))).)))....})))))).))))).{((((...((((((((((((..,.........((((....)))).{((((((,...,))))))).))))))))))))))))),)))))..))),,{{.((((,,.((({{{.(((((.......)))))....,.(((((((......((((({.((((.......)))),(((((({,((.{(((((((((((((...((((.(((...(((((,.....{{(.{{.......)).)))....})).)))))).))))...)))))))},)....))))}.))))))))))))))}.}...)))))))...(((((((((.(((...(((((....})))}{(((((((...))))))))((({{{,||.,|...,,||(((({(((({,.{{{((.{{{,,,....,}}},.,(((||{,.(((((...((((((.....(((.((,{(.((((((((.((((...........,,.{{(,((((((,{.((((({((((((((,.............}))..})))),.{{{.{(((((((((..,,,,(({,({,((,..,....,...},})))}|.,|,,,.((((((((,((((.(((((,.....((((((......)))))).{(({...{{((({(.{{.((({...((((((..((((((...(((((((((.((.....)).)))}}})))).........(((((((.((.((..((({.......,{(,,.......))),..........((((((((.((((.......((((((((.(((((((((((((..((((({(((....)))}..))))).(({((,((((..{{{{,..,,..}))),.((((((.((((((((((.((((.((....)).)))).))))))))))...))))))(((,..}}))))}.)))))(((((....((((((..((((....))))..))))))......)))))......))))))...)))))))....(((.(((((((.,,,.....{,|{|((((.(((((,{..{((((((((.{(({(.{,..{{,{{{{({,,{((,..,..{{,....,,.(({{.({.,,,)}.}}}}{{||...,,,,.})))|{,.{{{{((,,.{(({...(({{{(((({.,||||||}},||{{,,,|})))...,{{{{{{{,......((((((((,,(({{{(({....{(((((({(((((((...)))))))..,,,..})))))))})))}},,,,(({{((((({((,((.((((....|||||}.,,{{.||||||||}|||{{{(({{...||}|,|||||}}}}|}}}}},}}),.,})))||,|},{||,...))))),.,}}.,}}},)))}}},},,)))},,)))))),)).}))}}))}}.}}}}}||||,(({((((.((({(.(((((.,,....,,.))))))))},,}},.)))}{((((.((({{...((,{.(((((.((((...........)))).))))).).)),)))))))))}..,}})))},))))}||}|.}}}}},{{{{{{..{.{{..((((({....}))))).)).).,))))))}))},}.)))))}})),)}..,,(((((((((((.,,..(((((......................)))))...,,.)))))).)))))(((....))).(((((....)))))..))))))).)))))))))))(((((((((.....((((((((.((,{(((((........)))))))).)))).)))).(((((....))).))(((((...)))))...........................{{{..,|}}........))))))))).)))).))))))))..))))..)))).)))))))))))))..))))))...})))}}{{{.....||((({.,(({,(({((,(({(,(({(({((((((((...((((((.....))))))..{{{||||{{||,,{{.,,,))..)}})))}}),,||,{,{||..,{|,,,}},....))),,)),.,},.},.............,,,,....{{{.(({(.(({((..((({....(((((((....)))))))....}))},..)|}))).))))|}}.,},,}}))))),)))}|,}}}},.,{{{{|{{|||||,..{{(({{{,,{,..{{.,{(({{{,..,.{{{(((.{{(((,,..,,,|||}}.}}))))||((...{||||{..,....,..,,,,)))))){,|},{{{,((({,,.|||{,{..((((({....,)))))(((({{((({{{{{{....,))}.(((((({...,)).)))).))))))))...(((({(...}}}}})|,||,,...,....,,......,((({{,.}||,||..((((((....))))))|}},||})))))))}|,.,||||..|||||||{{..{{{{{..,....((({...)))).....,.,))))).,}|...............,,,)}}}|||||||||||,||,|||{{{......))))))}}.|)))}}}))))}}|(((((((...((((((.((.{......,)))))))).)))).))))}|||,(((((((...)))))))}},........................)))},.,}),.}))}))))))),.}))|}}}||.}}}},||||||||,{{..,,,,,.|||.,..}}})))))}}..,))}..)))))),),)))))}.}))|,(((.((((.((((((((((..{((,{(,|{|||}}.,|||||.......))})))))}))))))))))).))..)))).))).)))))))))))).))))))).......))))))..))})).{(({((((({{.(,,..|{||,,|||{{.|||,..(((....}}),,.||||||||||,,.....||||||.},,,.|||,,|||{((((((,,(({(((({{((((((((((((((((((......((((.....))))..)))))))))).)))))}...{{{(((((((((((..(({..(((.(({(((.,,.....,)})),)).)))...))).))),,)))))),((((((......)))))).}},.,}}...}}}..}||,|||||||{,(((((.(((((((((.(({,(((({.((((....)))).}))))))).)))).)))))...(((((((((....((((((.{.,......},.)))))))))))))))...,.....,|||}}}}})))))},,...((((((((((.......)))))))))).,}}},},}}}}|},,}}},..{|||}}}}||||},.,})))))))),}}|||||||||}}},,||||,....,,.,.,...,|}||||||}}}....}}}}}.))).)))},,)))..,,||||||||||{{{(((((((((((.((.(((((((((((.(((((.....))))).((((((((({((.{....((((.(((...))))).))....}.)))..)))))))))((((((((((((((((((((,...(((((((((((((.......))))))}..((((((({....,,...||..((((((..((.((((.......((.((((((.......)))))).)),))))..))..)))))).,)))))))).{{(((,{((((({{...{{,....{|....)),,,}))).}.)}))))}}..)))))))))))..{((..{,((....)).})..))}.,))))))))))))))))))))....))))).)))))){.(({.(((((....)))))...)))..)).)).))))))))).)).....,)))}.})))))},))).)))))))))...,,))),})}..,))))...........(((((({...}))))))......
Back