Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164722.3
Sequence Length
4029 nt
GC Content
0.5279
ACCUGCUUCCUGAGCUCCCCGAGAAGUCAUCCAGGACCUCCCCGAGAAGCCGUCCAGGAAACAUGCUCUCAGGGGACCCCCAUCUGCCUCAGCCUCUUUGUCACUGCCUGGACCAUUGUCCCUGCUGUUUCUCAGGCACCACCAGGACCAGCUGAUCAUUCCAGCCCACAGCAAUGGAGCCACAUGACUCCUCCCACAUGGACUCUGAGUUCCGAUACACUCUCUUCCCGAUUGUUUACAGCAUCAUCUUUGUGCUCGGGGUCAUUGCUAAUGGCUACGUGCUGUGGGUCUUUGCCCGCCUGUACCCUUGCAAGAAAUUCAAUGAGAUAAAGAUCUUCAUGGUGAACCUCACCAUGGCGGACAUGCUCUUCUUGAUCACCCUGCCACUUUGGAUUGUCUACUACCAAAACCAGGGCAACUGGAUACUCCCCAAAUUCCUGUGCAACGUGGCUGGCUGCCUUUUCUUCAUCAACACCUACUGCUCUGUGGCCUUCCUGGGCGUCAUCACUUAUAACCGCUUCCAGGCAGUAACUCGGCCCAUCAAGACUGCUCAGGCCAACACCCGCAAGCGUGGCAUCUCUUUGUCCUUGGUCAUCUGGGUGGCCAUUGUGGGAGCUGCAUCCUACUUCCUCAUCCUGGACUCCACCAACACAGUGCCCGACAGUGCUGGCUCAGGCAACGUCACUCGCUGCUUUGAGCAUUACGAGAAGGGCAGCGUGCCAGUCCUCAUCAUCCACAUCUUCAUCGUGUUCAGCUUCUUCCUGGUCUUCCUCAUCAUCCUCUUCUGCAACCUGGUCAUCAUCCGUACCUUGCUCAUGCAGCCGGUGCAGCAGCAGCGCAACGCUGAAGUCAAGCGCCGGGCGCUGUGGAUGGUGUGCACGGUCUUGGCGGUGUUCAUCAUCUGCUUCGUGCCCCACCACGUGGUGCAGCUGCCCUGGACCCUUGCUGAGCUGGGCUUCCAGGACAGCAAAUUCCACCAGGCCAUUAAUGAUGCACAUCAGGUCACCCUCUGCCUCCUUAGCACCAACUGUGUCUUAGACCCUGUUAUCUACUGUUUCCUCACCAAGAAGUUCCGCAAGCACCUCACCGAAAAGUUCUACAGCAUGCGCAGUAGCCGGAAAUGCUCCCGGGCCACCACGGAUACGGUCACUGAAGUGGUUGUGCCAUUCAACCAGAUCCCUGGCAAUUCCCUCAAAAAUUAGUCCCUGCUUCCAGGCCUGAAGUCUUCUCCUCCAUGAACAUCAUGGACUGAGCUGGGGGAAGAAGGGAUAUCUACUGUGGUCUGGGCACCACCUCUGUGGGCACUGGUGGGCCAUUAGAUUUGGAGGCUACCUCACCUGGGCAGGGAUGAUGGCAGAGCCAGGCUGUUGGAAAAUCCAGAACUCAAAUGAGCCCCUUCAUCCGCCUGUGGGCGCAUACUACAGUAACUGUGACUGAUGACUUUAUCCUGAGUCCCUUAAUCUUAUGGGGCCGGAAGGAAUGUCAGGGCCAGGUGCAGACCUUGGGGGAAGACUUUAAACCACCUAGUUCUCCCCGAUGGGGCAUCGGUCUAAAGCUUUGGGGGAGUGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUCAUGGGUCAAGAGAUCGAGACCAUCCUGGCCAACAUUGUAAAACCCCAUCUCUACUAAAACAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCACACGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAACCUAGAUUGCACCAUUGCACUCUAGCCUGGCAACAGAGCGAGAUUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCUUUGGGCAACUACUCUCAAGUGAUAGAGGUAGACUGGGUUAGGAAAGGACACUGCCCUCACUGUAUGGCACUACCUUGGGGCAGACUUUUGAGCUAAGAUGUUGCCAUCCUCUCUCCACCCUCCGGCACAAGGUCUUUGUGACCUUUCUCAGGGGAAGGGGCUUGAUGGAACCUUCUCUGACUCAUCUGGCAACCUGUCCCUAAUGGUGACCAAAGAAGAUAAAACAUGAACAGACCAAAAGCUAGGACAAGAGCUUGCUUCCCAAGACAGACGUGUCUGUCUGCAAAGGCCUUGCCUCUAGUCCAGUCAGCUCUGGGGGAGUGGGAAGGAGAUGCCCACCUCCUCUUUCUGUCUCAACAAUAGUCCCUAAUUAAGUACCUUCUGUGGGGCAGCCACCCACUGAGGGUGGGCAAAGGCCCCUUGAAAGCAAAAUUGGGGCUGGGCUCAGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCAGGCAGAUCACCUGAGGUCCGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACGUGGUGAAACGCCAUCUCCACUAAGAAUACAAAAAUAUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGUACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCCGAUCAUUUGAAGUUAGGAGUUUGAGACCAGCCUGACCAAUAUGGUAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCCUGGCGUGGUGGCGCAUGCCUGUAGUCCCAUAGGCUGUAGCUACUGGGAGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCACGCCACUGCUCUCCAGCCUGGGCGACAGAGUGAGACUCUGUGUCAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGGCAAAAUUGGAGCUGUCCAGGCCAGGACACCCCGAUGUCCAGGGGCUUCCAUACGAACAGGCACAUGGGCUGGGAAGUACAUGAGGCCCCUGGGUAGAAGGGUCUGUCAGUUCUCUCCUCCCUUGCCCUCUGGGAGGGUCCUCCUAACAUAGCUUCCAGGAGGUGGGAGGAGCAGUUACUGUCAGCAGGUGUCAGCCAGGUGUCAGCUUCUCCUGGGGAUCUCUAGAUGUCUGCUUGUGAUUUUUGGCAAGUAUAUGCAAAUGAGCCUCCUCUCCUGCCCUGAGACAAGUAUCUGCAGUGUGAACCUGGCAGCCUCAGACCCAAGGGGCUCAGAGGAAACUUCUCUGGUUUCUAGAGCUCUGUGCUCCUUCAGAGAAGUCUUCCUUCCUUCCAGUCAGUGUCCCUGUGAAGCUGGGAUACUCAUUUCCUGUGUACCGGGCAAACACCGGAUUGCUGAUUUUGAGAAAUGCCUCUCGAUGGACCUGUAACCUGCUGGAGUCUGGGAUGGUAGCUGUGGGCUGGACUUGGCUGAUGGGAUGACCCGGUGGCUAGUGCAGCAUCACACAAGCCUGGUUCAAGUCUUGGCUGUGUCAUUUCCUGCUGAGGGACCAGGCACUGAAUUUCCUACCUCUUAGGGUCAUUACCUAUGAGGUUAAAGCUACCUCAUGGGAUUGUUAUACGCCACUAAUGUUGAGGCAGACACCUCUUGGCAGGGUGACUGCUCAUCUUAGACCCUCCCCUUUUCUGCGAAUUUGGGCCCCUUGAUCCUCUGAUGGGAGCUGAAAGGAUGAGAGGUGGGCAUCUAGAUUUAGGGAGGCUGUUCAGGCUUUGCAGGUCCCUUACCUGAACACAUAGAAACCCUGGAGCUGUGACUGUGUCCAUGUGUGUGUGUUUGUCUGUGUGUGUUGCGGGGGAUGGGCACCUGCAUGAAUGUGGUAGAGAAAAUGGCUCUGCUCAGAGGGAAGAUACGCAUAGCAAGGCAGGGACCAGAGGAAUCACAGGCGCCUGGAGAGCAGCCGGGCACCGCCUCCAGGGACCUGCCGGCUUCCCUCAGUCCUCCAGGGGCCCAGCACUCUUCCUUUAGGCCCUGUGAGCGUCCCUUGUCAGGAUACAUUCUCUCAUUUUGCUGAAGCUGAUUUGAUUGGGUGUCUGUUUCUCGCAGCCAAAAGAGCUCUGAAUGAGGAAAGUGCUUCUGUGCUAACUCCCCGCGUCUCCUGAAUUUCAGUCAUUCAUGUACCCGCCUCGAAAUUUUUGCAAUAUCUGUGUACCAACUGUCCAUUUACUUAAUAAAGAAGUUUUCUUUAAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1457.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1529.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 971.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((...((((.((...(((((((((((.((..(((((((((((((((.((((((...((.((((((.(((....)))..(((((((((((((((.((((((((((((......((.((((........)))).))..)))))..))).)))).......((((((((((.((.((((((((((((((...((((.(((...((((((.....(((.((.......)).)))....))).)))))).))))...))))))).))....))))).))))))))))))...((.(((((((((....))))...........(((((....))))).(((((((...)))))))))))).))..((((((((((((...((((((((((((...(((((((.((....(((((((...(((((...(((((......(.((((.(.(((((..(((.(.(((((((.........((((((.(((.(((.....((((.(....).)))).....)))..)))))))))...((((((...((((..(((((((((((((.......((.((((.((((((((((((((.(((..(((((((((...((((((......)))))).(((..(((.(((.(.((((((.(((((((((((((..((((......))))..)))....(((((..((((((.((((.((.((.(((.(((((((...........(((.........)))............))))).......................))))).)).))...))))...)))))).))))).(((((.((..(((((...)))))..))...)))))))))))))))(((((((.((((.((....)).)))).)))))))......((((((((....(((((((.((((.(((((((((..((...)).)))..)))))).))))........(((((((((....(((((.....((((........)))).....))....(((((((((.............((((((((((........))))...((((.((.....................)).))))))))))((((........))))........)))))))))........((((((.......)))))).((((((.....((((((((....((((..((((....)))).))))......(((.(((((((...)))))))..))).))))))))..)))))))))....))))))))))))))))...)).))))))))))))))))...)))..)))))))))).))..))).))))))))).)).))))))).))))))))...........(((....))).....((((((((((((((.......)))))).....)))...)))))......))))))).......))))...))))))))))))).).)))))))).))))).)...(.(((((.((((...........)))).))))).)))))).....)))))..))))))))).)))))))((((((.....)).))))..((((((....))))))..))))))).)))))......)))))))))...)))(((((((((((.....(((((......................)))))......)))))).)))))(((....))).(((((....)))))..)))))))))))))))))))...)).))..)))))).)))(((((..(((((((((((((.((((.(((..((......(((((....))).))(((((...)))))...........................))..)))))))((((.(((........))))))).)))))))(((..((....))..)))))))))((((((.((.(((((..(((....)))..))))).)).))))))))))).....((....))....(((((.....)))))))))).)))).)))..)).)))))...)))))).))))))...))))....(((((....)).))).(((((((((...(((((((..(((...(((((........))))).((((((((((((((....)))))))((((.....))))((((..(((((......)))))))))))))))).(((((((((((((((((((((((((((.....((.((((((((..((((((((.(((((.......))))).))))))((((....)))).......))..))))))))))((((..((.(((((((((.((((.((((((....)))))).(((((((((((((((.((.(((((((((((((.....(((..(((((((..((((((((...)))))).....((((.....((((....((((((((..(.((..((((((....)))))).)).)..))))))))....))))...)))).(((..(((((.......((((...))))........))))).)))...................((((((.(((((((.(((((((....(((((..(((....)))..)))))..((((((((...((((((.((.........)))))))).)))).)))).(((.(((((((...)))))))))).......................)))))....))..)))).))).))))))..((((...((((((((((((((..(((...(((.(.....).)))....)))...))))))))))))))...))))(((.((((.((((((((((..(((.((((((((................)))))))).))))))))))).))..)))).))).....))..)))))))))).....))))...))))))).)).)))))))))))....))))))...)))).)))..))))))..)).....)))))))))))((..((........))..))(((..(((((((..(((((((((((((((((((((((((((......((((.....))))..)))))))))).))))))......(((((((((((..(((..(((.((((((.........)))).)).)))...))).))).))))))))((((((......))))))(((.(.((((((......((.(((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))).)))))...(((((((((....((((((.............)))))))))))))))..........)))))))))))).))....((((((((((.......))))))))))...)))))).))))((((.(.((((.(((.(((((.......))))).))))))).)))))......................)))))))))))....))))).))..)))))))))..).)))))))))))))(((((((((((.((.(((((((((((.(((((.....))))).((((((((((((.(....((((.(((...))))).))....).)))..)))))))))((((((((((((((((((((....(((((((((((((.......)))))))..((((((((.............((((((..((.((((.......((.((((((.......)))))).)).))))..))..))))))..)))))))).(((((.((((((.(...(((....((....))....)))...).))))))..)))))))))))..(((..((((....)).))..)))..))))))))))))))))))))....))))).))))))(((...(((((....)))))..)))...)).)).)))))))))..))).))))))).............((((((........(((.((.....)).)))........)))))).))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((,,{,{,(((((((({,({{,(((.(((((((...}}}..,..)))).)))....,)))))).)))))..,.{.{(((((((((((((({.((((((((((((......({.((((........)))).}}..)))))..))).))},.......((((((((({,((.{(((((((((((((...((((.(((...{((((,.....{{(.{{.......)).)))....})).)))))).))))...)))))))},)....))))}.)))))))))))).,,{(,(((((({{,....|}}}.,....,,.,.(((({....}))}}{(((((((...)))))))))})).,.,,,{{||{{{||{{...((({{{{(((((...{,,,,,..||,,,.{((({{,..,|{{{,...(((({......{.{((.,{.(((((,,(((,(.{{(({{{.........((((((.(((.{((,,...{{((,(....|.}}}}.....}}}..))))))))}...{(((((,,.{{({.{(({{{((|,.....,.{{,{((.((((.((((((((((((((.(((..(((((((((...((((((......)))))).(((..(((.(((.(.((((((.(((((((((((...((((((((({{({{,.{(,....|(((((|,{(((({.,{((((({(({({,..||}}.{............,,..},},.},)))},}||.......,,|{,...,,.............{{{{,,||,{{{,..,.,.,|||...|||..,.))))},)))))}},}}||||}...})))}.}))),})))))))))))))))(((((((.((((.((....)).)))).)))))))......(((((((({...(((((((.((((.(((((((((..((...)).)))..)))))).))))........(((((((((....((({,.....((({.......,)}}}.,,..|||,..,,,|||{{,.,|||.,.,,...(((((({,,{........}}},...{(((.((......,......,.......)).))))))))))((((........)))){{,,,...(({{.,{({...(({{{((((...}))))))))))..}}}},))),..,{{{{{,,....{{{(,,((((.,,,}}}}.}}}}.,,,,{({{.(((((((...)))))))..)}}.})))))))}.))))))}))....))))))))))))))))....)}))))))))))))))))...)))..)))))))))).))..))).))))))))).)).))))))).)))}|{||,...,})},..{{{..,,|}|,,,..,||,.,|||}},}))),,,,.,|{{{|...}})))..}}}}}},.....}}}}}||,,,..,.}}}),.}))))))))))))}.).))))))}),)))}},},,.{.(((((.((((...........)))).))))),),)))),,,}})))},..)}}})))})|,||||||,{{{{,}}}}}),}}}}}..{(((({....}))))),,)}}))))))))))......}}}}}}}})},,,},(((((((((((.,,..(((((......................)))))...,,.)))))).)))))(((....))).(((((....)))))..)))))))))))))))).).{((((((({....,((((((((.((,,(((((........)))))))).)))).)))).(((((....))).))(((((...)))))...........................||{.,|})}..,,,,.,}})))))}}.))))))).,,,}|||{{({{{(((({((((((.((..(((......)))..))))))))....,,{.((..(((((((((..,(((.((.(((((((((((...((((((.....))))))..(((((((((((..((....))..)))))))))).{{.{{(((..{((..,.......))),.))}..},.},.....................(((.((((.(((((..((((....(((((((....)))))))....))))...),}))).))))}}}..),,))))))).)))))))))((((((((((((({(({((((((((((.....((,((({((((..,,{(((((.(((((.......))))).)))))){(((....)))),..,...,}..))))))))))((((..{(.(((((((((.((((.((((({....}))))).(((((((((((((((,{{.{{(((((((((((.....(((..(((((((..,,((((((...)))))){{{{,{{,,.....{{{{....(((((({{,{(,{{..((((((....)))))).}}.,,,)))))))}....}))}..,}}})}}|,..(((((..,....((({...))))........))))).,||..................|((((((.(((((((.(((((((....(((((..(((....)))..)))))..((((((((...((((((.((.{......,)))))))).)))).)))).(((,(((((((...)))))))))).......................)))))....))..)))).))).)))))).|((((,..((((((((((((((..(((...(((.(.....).)))....)))...))))))))))))))...)))}(((.((((.((((((((((..(((,(({{((((||,.,,||,.......}))))))),))})))))))).))..)))).))),,}}})),.)))))))))).....))))...))))))).}).}))))))))))....))))))...)))).))}..))))))..}}.....))))))))))).,..,{.,{,,...,..}}}|{(,,(((((((..(((((((((((((((((((((((((((......((((.....))))..)))))))))).)))))}...,{,(((((((((((,.(({..(((.(({(((.,,......)})),)).)))...))).))),,)))))),((((((......)))))).||,...,,,.,,.|,.{({(((((((({(((((.(((((((((.(({,(((({.((((....)))).}))))))).)))).)))))...(((((((((....((((((.{.,......},.)))))))))))))))..,,,...,{(({,,...))))}}|,...((((((((((.......))))))))))...,......|,{,({,.,{,{({{({,{.{{||||...,,}})))).)))),)))))))))),,,,}........},}....)))))))))))....))))).))..))})}}))),.).))))))))))))}{((((((((((.((.(((((((((((.(((((.....))))).((((((((({((.{....((((.(((...))))).))....}.)))..)))))))))((((((((((((((((((((,...(((((((((((((.......))))))}..((((((({....,,...||..((((((..((.((((.......((.((((((.......)))))).)),))))..))..)))))).,)))))))).{{(((,{((((({{...{{,....{|....)),,,}))).}.)}))))}}..)))))))))))..{((..{,((....)).})..))}.,))))))))))))))))))))....))))).)))))){.(({.(((((....)))))...)))..)).)).))))))))}..,........|.....,....},.......)))))))))..))..,,,.))))).}}}.}}}}}|((((({...}))))),......
Back