Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164730.2
Sequence Length
3741 nt
GC Content
0.4133
GUUUCUUAUGCAGAAAGUGCUGAGCAACGGACAGACUGAAGAGGUUAGGUCUGGAUCCAGGCUUAUAUUUGGCACCCUUUACCCUGCGUAUUAUUCCUACAAGGCUGUGAAAUCAAAGGACAUUAAGGAAUAUGUCAAAUGGAUGAUGUACUGGAUUAUAUUUGCACUUUUCACCACAGCAGAGACAUUCACAGACAUCUUCCUUUGUUGGUUUCCAUUCUAUUAUGAACUAAAAAUAGCAUUUGUAGCCUGGCUGCUGUCUCCCUACACAAAAGGCUCCAGCCUCCUGUACAGGAAGUUUGUACAUCCCACGCUAUCUUCAAAAGAAAAGGAAAUCGAUGAUUGUCUGGUCCAAGCAAAAGACCGAAGUUACGAUGCCCUUGUGCACUUCGGGAAGCGGGGCUUGAACGUGGCCGCCACAGCGGCUGUGAUGGCUGCUUCCAAGGGACAGGGUGCCUUAUCGGAGAGACUGCGGAGCUUCAGCAUGCAGGACCUCACCACCAUCAGGGGAGACGGCGCCCCUGCUCCCUCGGGCCCCCCACCACCGGGGUCUGGGCGGGCCAGCGGCAAACACGGCCAGCCUAAGAUGUCCAGGAGUGCUUCUGAGAGCGCUAGCAGCUCAGGCACCGCCUAGAAUCCUUCGAUCUCGCUUCAGGAAGAAAAGUACCUCAUCCUCGGCCACCGAAACCACGUGAGUGAGAUGAGCCAACAGCACCGGAUCCACAGAAUGUUUCUUCUCUGCCUUAAAGAGCUAUUCACUAAUAACAUAGAAAUCCGCAAGCUGGGUGUGCUUUGAGUGUGCAGCCUCACAAACAUGGCCUUUUCUCUCUCCCCUUCCACUUUUAAGGAUUUAUUUUUUUCCCCCUUUUCUUUAUUUUGCUGGGGAGAGGCUAAAGGGAAAGGUAGUAGGGGCGGGGGUGGUGACCUUUAAGUCUUCUGAGGUUGGUAAUUUUCCACAAUUGGAUUGUCAUUAUAGACAGCAGUGUGUUUUUUAGAAAGAUAAGAGAAUCACCCCUAUGCUGCUGAGAUGUACAUUUGUAAUUUAUCUGUUGCAUACUUAGUUUUUAGUCCUGUAAAUGCAAACACAGCAUUUUUUACAACUUUCUUUGUUCUUGGUACUUAUACUUUGAACUAUGAUGUACAUAUUUAUGGCUUUUGGCUUUUAAUAUAAUGGACUUGCAAGGGCUGCCAGAGGUUCUGAUAUGUAAGAAAACUGCAAAAACAAAUAUAGACAAAUAUUUUGAUUCUAGAGAACGUCUCAGAUGUGCUUAUAAAGCUUCCAAAUACAACUCCAGUAAGACAUCCCUUUCCCUGCAGGAGUGUGGUCUAUAUUCUUUAGAUAGUUGUUUAGUCAAAAGACCAGACAAGUUACAAACUAAGAGAAACAAUAUUUCACAACACAGUAAAGUGUGAUGAGAGGUCAGGGGAACAUCCCAGUAAAAGAGAAGAGUCACAGGAAGCUCAUCUCCUCCCUGGAUUCUGGAUUAGGAGCUUCUGAAUCUUUUCCAGGGAUAGGCAGGUAGCUCACUCUUGGUGCAAUUUCUUGAGGAUGGGAACAUGUAGAGCUGCUGGAAGGAGUAAUUCUGUGCUUGACAAAGGACGAUUUCUCCUUUAUCGUGACCAGUGCUGCCGAUUUCCUGACAGAGGAGCUUACACUCUGAGCACCUUGUUUUAGCGAACUCUAGCAAAACUUGUUUAGCUUAGCAAAAACAAACACACAAAAAACUGAGAACUCUGCUGUUUCAGAUAUGCCAUAACAUACAUCUGAAACACAUGUGUAACAAUCAAAAUGGUGGGCUCUAGAAUGGUUUUGGAGCUCGAGAUCUUCAUGGGUUAGACUUGCUGGUCAGACCCAGGAGCACCUGUGGCUCACACCUUCUGUUCCCCUCCUGGCCUGUGCAGAAUGUAAACAGCAGACUCAUACUCAAUGGGCACUACAGGCCUUAUCAGACGUUUUAUACAAGCCUGGAUUGCUUAGUAGGGGAAUAAGGCAUUCUCUGAGGGGGCUUUCCACUUAGAUUGAGAAUUUUAUUUGAAAAGAAUCUGGUUUAAAUGGCAUUGUGGUCCGAGGUAGCUGCUCUCCCCACUGAGAGCUGAGCCGAAAUAUAAGAAUAAUAUAUUUGUGCUUCGAGUUGGUGUUUCUUUCAGUGUAAUGCAUGCAGUGGUCACAACCCAGUUACUCAUAAUAUUUGGAUUGUAUUUGUUCGUAGAUAUGCCCAGAAGACUAGAGAAUUAGUGUUAUAUACCAUAUAGAACUUACUGUCAGUCAACUAUAAACAGGCCCAAUUAAAAACUGUUCCAUUACUACGCAAACACAUAUUAGAGGCCUUUGCUGAUGACACAUUAGCUGGAUCUUAGCCACCCCAGAAAGGGUUUGAUUUGAAGCUGAUUGUUGCCAGAUAUGCAUAUUGGAAUCCCAUCUACCCAUAGUUCCUCUGAAGGUGAUUUUGUAAUUUGCAAAAGGGUAUAGGAAAAUAUACCUAAAAGCGAAUUUGUGGCUGAGAGGAUAAACAGAAGCUGUUUGCUCAUGUUCUGUGCCCCACACCCACCAAUACCUAAAUCUGUUAAGGAAGACAGAAAAUGUUUUCUUUGUGCUCAUUGAGUAGUUCCAGACAGAAGAAGAAUAUACUCUUUAAAAUGUAUUUACCUGUUAGUUGGAAGUACCCAGAAUUAUCAGAAACGAAUGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCUUACACAGCUUCUUAGCAAUUUUUUUUUUUUUGCCGAAACAAUAAAUUGCCUUUAGCAGCAGUUUAAAAUCCUAUCGUGAACAACCUAUAUUUUCGCCAUUUUACAAUGGAGAGUUGUGACAAGUACAGGUUAUCAAGUUUGCACUUAACUAUGCCAAAAAAAGUUUGAAGCGCUCUAUUCUCAGACAUGCUGUAUUAUUACUUCUCAUUCAAGAUUGAAAAAUAUAAAGGUAUCCAAACUCUGUCUUAAUGUAAAUGUAACUAUUUUUCCUUCAAGUGUUGACUAGGGAGUCGGUUUCUCUCUUAAAGACACUCACUGUACAACUGAAAGCAGCUGUCAUAUUUCUGGCAAAAUGUGUUUACGUAUCUGACAAGUUGUACAUUUGUGUAUGAACUGACAUAAAAUGUGAAAGCCUGUAAGUGUACAUGUAGUGGUGUGGUGUUCUGUCUAGAGGAUACAACUGAAUGUUUUUAAUUUGCUGACUUACAGACACAGGCUGUUUACAAAAUGCUAGCUGGAAAGUCUGUAAUGUUCAUGUCAUAACUUUUAGUUAAUUGCCAUUGAGCACCUGUUCUGAGGAGGUGAGAUGUGGACUUGUGCUUAUAAACUGGAGAGUUUAGUCAUAAUCCCUCCUGGCUUUGUGUGAAUAGCUUGCUCACUUUGCUGGCCUUUGAAAUGUGUUCUCCGUGAUAAGCUAUCCAUGUGUUUGUGAUAAGAGUGCUUGUCAACCAUGACCAUCUUUGAGCCUUCCUAGUCCUCCACCUGGCACAGUAUUUGAAAUGGCAAAGGAUGUGCUUCAUCCUCUAACAGUGUACACUCCCAGAGCUGAUAUUCUGGAUUUUGACUGUGCACAUUUCCUCUAGUUCAUGUCUGUAGUCCCUAUAGAAUGAUCUGUAAUAAAAUAGUAUACUGGACUGUGCAUCAAAGGGAUGUAAAAUUACAGUAUUCCAAAGGUUGAAGUUCUGCUGUUUUGUUAUAAUGCCUGAUACACAUCUUGAAUAAAGUCUUAACAUUUUUCUUUUAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1056.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1127.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 1232.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((.(((.....))))))).))).........((((((((((((.((...((((((((((((...((((((((.(.((((...........((((((((((((((((((((..(((((........)))))....(((.(((((.(((((.....(((((.............))))).....)).)))))))).)))....))))))))(((......)))........))))).)))))))...(((((..((((...........))))..)))))...(((((((.....))))))).(((.((((.(((.........((((..((((.(((((.((.((((.........)))))))))))))))..)))).........))).)))))))...(((.(((((((.(((((...))))).))))))))))..))))).))))))))........(((((.(((((((((((((..(((((((((((((((...((((((........))))))..((((((((((((........)))))))))).))(((...)))(((((((....(((..((((((.....(((((((....))))))).(((((((((((...)))).)).....((.(((((((((..(((.((........)).)))((((...))))........)))))))))))(((..((((..(((((.....(((((.(((((..........))))).))))).(((......)))..)))))...))))))).((((((.(((((((((((..........)))((((..(((((((((...((....((((((...................))))))...))..)))))))))..))))(((((((((((.(((((((((.(((..(((((((((((((.(((((..((((((..((((....)))).((((......))))(((((((((((...(((((((..............(((....(((((((((((((..((.....))..)).))))).))))))...))).(((((((((((.......)))))..((((((((((((((((...((((...........((((((((((((.((((((..((((....((((((((((((..((...((((...(((((.(((((((((((.((((........((((...(((((((((((.((((((((.(((.(((.((((...)))))))...((((...)))).............(((((((..(((((((....(((.(((((((((.(((((.......)))))(.((((((.(((....))).)))))).).....((((((((........(((((..((((......))))..)))))......((((...)))).......((((.((((........)))).)))).((((((((....(((((.(((...))).)))))..))))))))..(((.....)))..)))))))))))..)))))))))..))))...))).....)))))))(((((.((.((.((.(((....))).)))).))))))).....(((((((.((((((..(((.(((((..(((((((....((((.((((((.(((((((.((.......(((((...))))).......)).))))))).............((((...((((((((((((((((((......))))..)))))..((((.(((.....((((...))))(((((((((((...))))))))))).....((((.((((((.((((....)))).))))))))))))).))))......((.((((((.(.((....))...).)))))).)).))))))))))))).......(.((.((((((((((..((((((..(((((.....((((..(((.(((....))).))).))))(((((((((((((....))).))))....))))))......)))))....))))))......))).))))))))).)(((..(.((((((......)))))).).))).(((((((.......))))))))))))).))))....))))))))))).).)))))).))).)))))))...........))).))))))))..))))))))))).))))..........((.((((......)))).))......)))))))))))).))).))))).......(((((.............)))))..........)))).)).)))))))))))).........((((.((((((((((((......((((......))))..)))))..))))))))))))))))))))).))))(((....)))......)))))))).(((((...((((((((.(((((((....(((((((......)))))))....))))))).((((.((.(.((....((((((..((......))..))))))..))).)).))))...........((((((((((((((((.....)))))))))).(((((...)))))......)))))).(((((......))))).....((((((.((........)))))))).))))))))))))).((((..(((((((((((((((........(((((.....)))))........)))))))))))))))........((((((((........))))))))........)))).................))))....)))).))))))))))))....))))))...........((.(((((((...........))))..))).))))).)))).)))))))))))...)))))))))))...))))))........)))))))..)))..)))))))))............)))))))))))....((((((....((((((.......))))))....))))))...))))).))).))))))))))).))))))..)))....)))))))..((((((.(((.(((.(((((((((((........)))).)))))))..))).))).)).)))).....)))))).)).)))))))((((((((...(((((((.(((.......((..(((((((((((...((((((.........)).)))).....)))))))).)))))......))).)))))))..(((((((((((((.((((((..(.(((((.((..(.(((.(((((....((((((....))))))..)))))))))..)).))))).)..))))))..)))))....((((((((......(((.(((.....((((((((((((((......)).)))).....)))))))).....))))))....(((.((....))..))).....))).))))).....))))))))((((((.....))))))......(((((((.((((((((......)))))).....)).)))))))...)))))))).((((.(((((((...))))))))))).((((......)))).((((((.....((((((.....))))))......)))))).......))))))))))))).)))))..))))).)))))...........))....)).)))))).))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.{{((,(((,...,|||||||,}}}{{,{(((((,{{,,,,||{||}|||..|}|{{|||||,,...{||||{{|,|.{{||||||,......{{,((((({((((,,((({,.{({(((,..{{{{.}}},|{({.(((.(((((.(((((.....(((((.............))))).....)).)))))))).)))}))},}}}})))|.{{{.....,)}}.....,|||||,}||}|||,,,(((((..((((...........})))..)))))...((({{(({,...,}|||||,((,.,(((,(,(({{,,.,..,(((,,{(((,{(((,,(({((({,,,,,....}}}|||||||||||,..,,))}}}.}}}}})||{||||}||{{.,.{{{{((((({,,,,|}}}))))}.,)))))))))}.|||||.||||||}|{{{{.{{,({{{{,(((({(((({{((,{((((((({((((((((.((((((({{.{{.{{{{|||{{{((({((((((((........))))))))||{,|(((.{.|,,...|.||))}.}}},..,,,,,.{(({({,{,||}}}.(|(||||.{({{(({(((({|,{|||,|.....,((.(((((((({{{(((.((........)).))){(((...)))}.......,)))))))))))|,...{{{{..(((((.....(((((.{{{{,,,,,......,)))).}}}}}.{{{......)))..)))))...})))))))}|||||}|||,|||||||}}........}|{((((,,(((((((((...,,....((((((...................))))))...,}..))))))))}..,,})||||||||{|{,|||||||||}||,,,{{{{{{,,{||||}|||||.,|||,,,..((((....)))).((((,,,.,,|}||(((((({{((({{{(......}}}}}}}..}}}..,,.|||}||||{||||{|||..(({,,,.,}..})}})))}.}}}}}}...,||{(((((((((((.......))))}..|||||{{,,((,,,(({{.,((({....}}}}..||||,{,||,||.{(((((..,(((,...||||{{{|||||..,||,,|,||,,}|||||.{{|||||||||,|||||,.,....||||...{{((((((((,.{{{{||||,||,.{({.((({...})))})),|,{(({...})))............}|||.||}}},}},}|||.|||||,,{{{{(({({{{{||,,}}}}||||,,..{(((((.(((....))).)))))},|{,,,,{|,..{{{,,.,..,,(((((..{{{(,,,,,,|||},.}}}||{|{{||{{{|{{.(((((,,....((({,({(({.((,{,,{(({((((((((((((((....(((((,((,...))).}))))..)))))))}.,||{||||,|||,,.}}}}}|,||,,||}||},,||.|}}|}.,{||,.{{{.,{({((((((((.{(,({.((.(((....))).)))),},))))))....(((((((.((((((..,{,.(((((..(((((((,..,((((.((((((.(((((((.((.....,,(((({...})))).}}....)).))))))).............{(((...(((({(((((((((((((......)))}.,)))))},||{{,|{{|....,{{,...,}}}(((((((((({...})))))))))),,,..{{{{.((((((.((((....)))).))))))}}|}|||,|}}||,,|,{{{,({{(((,(,((..,.}}..,|,}}}}}}|}}..}))))))}}}}},.,,...{,((.(({{(({(((..{(((({..{{{{...,,.|||{,.{{{.{{{...,)))}))).)))},{{{(((((({({....})).))))}}..,}}}}|.,,,,|||||,}}..)))})),,,,,.))}.})))))))).}|||.|{|((((((......)))))).,,)),.(((((((.......))))))))))))).)))).},.))))))})))).).,},))).))).)))))))...}))))..}))}.}}}}||||,.|||||||}}}}.}}))|||,|,,,,.|{{((({{,....,|||.||,{{{..,)))))),)))}.})}}))))).......,((((.............))))},||||{,{,,|...,{{{,}}|||}||||},..(((((((...}}}}}||{{{,(({{({({((((,.....)))}..||||{.,|}|||,,||||},}})))),}}),,)|{|},,,,,|,,.,,,}}|||}}},,|||,,||||||{,{{,{((((((....(((((((......)))))))....))))))}.||||}||}|,((,,,,((({{(,{{{...},,},,,))}))).,,}).}}.}}}}...........,,,{{(((((((((((.....))))))))))}.||,,..{|.(((.(((((({{{{..(,,(({{{{,.,,,,.....}}}}}}}..))}}}..}))))).))).))},.,,.,}}}...,,...(((((((((((((((........(((((.....)))))........)))))))))))))))........{{||||||,,,,,,.,)))))}}}..........|||||,.,,.,.{{{,{{,||||,,..,,}},})}}}}}}||}|.,,||||||||,.,,,,{{{,{{,,,,,,,,.|},.......,||||||,|,,,,,,.,,,},)))),}}))}}|,,,}))},}}}}}...|}}}}},,......}}}})))..}}}..}))}))))}.,|,..,,,,,.}}}}}}}}}}}....((((((....((((((.......))))))....))))))..,|||||{,||,,,}})}}}|||||||||,.,))},,,}))))}}}}}||,,||,|||,|||,{((((((((((........)))))))})))),.)))})})}))})),}.}))})))))),)),))}})))|||{||||,,,|{{{|||,|||....,,.,{..(((((((((((.,.((((({.........)},)))).,...)))))))).))))).}},..}}),))}))}},.||||||{||||||,|||{{{..{,|||||,||..{,|||,||{{{|,,.{{{|||,,.,))))}}..}}))}}))).,)),))))).}..})}}}}..)))})},,,|||||{{,..}||||||}|||},,,,((((({{{,,{{{|||.,,,))}))},.,,..)))))}}},},,.)))})),,))}}|.,|,,,,,|,,|.......))},)}},.,,,},))))))},{|||||,,,..)}))))......(((((((.((((((({......}))))).....)).)))))))...}}}}}|||.((((.(((((((...))))))))))).||{{......||||.((((((.....((((((.....))))))......)))))}.,....,))))}))}}})))}))))),,}}))),)))))}}.}},}}}}}},....,},,,...,.,,,,,...........
Back