Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164759.1
Sequence Length
2423 nt
GC Content
0.6253
AGCAAGGGGACAGGGGAGUGAGGAAGGAAGCAGCCACCCUCGCCAUGGCCUCCCCGCCCGCCUGCCCCUCGGAGGAGGACGAGAGCCUGAAGGGCUGUGAGCUGUACGUGCAGCUGCACGGGAUCCAGCAGGUCCUCAAAGACUGUAUCGUCCACCUCUGCAUCUCCAAGCCCGAACGCCCCAUGAAGUUCCUCCGGGAGCACUUCGAGAAGCUGGAGAAGGAAGAAAACAGGCAGAUUUUGGCGCGGCAAAAGUCAAACUCACAGUCGGACUCCCAUGAUGAGGAGGUGUCGCCCACCCCCCCGAACCCUGUGGUGAAGGCCCGCCGCCGGCGAGGAGGCGUGAGUGCCGAGGUGUACACCGAGGAGGACGCCGUGUCCUACGUCAGGAAGGUGAUUCCCAAGGACUACAAAACCAUGACUGCGCUGGCCAAGGCCAUCUCCAAGAACGUGCUCUUCGCUCACCUGGAUGACAACGAGAGGAGUGACAUAUUCGAUGCCAUGUUCCCUGUCACUCACAUCGCUGGGGAGACUGUUAUACAGCAAGGGAAUGAAGGAGACAACUUCUAUGUCGUUGAUCAAGGGGAAGUGGAUGUGUACGUGAACGGAGAGUGGGUGACCAACAUCAGCGAGGGAGGCAGCUUCGGGGAGCUGGCGCUCAUCUACGGCACCCCCAGGGCUGCGACCGUGAAAGCCAAGACGGACCUCAAGCUCUGGGGGAUCGACCGGGACAGCUACCGGCGCAUCCUUAUGGGCAGCACGCUGAGGAAACGCAAGAUGUACGAGGAGUUCCUCAGCAAGGUCUCCAUCCUAGAGUCCCUGGAGAAGUGGGAGCGUCUGACCGUGGCGGAUGCGCUGGAGCCCGUCCAGUUUGAAGAUGGAGAGAAAAUUGUGGUCCAGGGAGAGCCUGGGGACGACUUUUACAUCAUCACGGAGGGCACCGCGUCCGUGCUGCAGCGCCGGUCCCCCAAUGAGGAGUACGUGGAGGUGGGGCGCCUGGGACCCUCUGACUACUUCGGGGAGAUUGCACUGCUGCUGAACCGGCCCCGGGCGGCCACUGUCGUGGCCCGGGGGCCCCUCAAGUGUGUGAAGCUGGACCGGCCCCGCUUCGAGCGUGUGCUGGGGCCCUGCUCUGAGAUCCUCAAGAGGAACAUUCAGCGUUACAACAGCUUCAUCUCCCUCACCGUCUGAGCACAGCUCCCGCCCUGCAGCCCCAGCUCCCCAGUGUGGUGGCCGUGCCCUGCUCGUCUGUGUCGGGGGCCCGGGAGCCGCUGUGUGAGGUGUGGGCCGGGUGGGGCUGGGUCCCGGCAGCGUGAGGACUGCCCCUUCCCCGGACUCACUUUUUGGAAUAAAUGAUCACCUUGUGCAUUUCCAAAUCAAAGGACAAGCGGACAAAAUGCAUCCCAAGAUCAAGGAAGGGACAGGCCAGCUUCCUCCCCACACGCCUCCCCGGCUGCCUCUGUGGGCUUCUCCUGGGGGGCCCACCCCACCCCUGCCAGUCUCCUGGAGAUGCUUGAGGAUCGGUCCUCCCCAGAACCAGGCCAGGACGUUGCCCCUGGGGCCUGGUGACCCUGUGAGGUCAGGUCCCCCAGAUUGAGGUCUGAGUGUGGGCAAGUGUGUCAAAAGGGGCUGCCCCCCAGGGGAGAUGAGGCUGAGAGCAGGGAGUUGAGGCCGAAGAAGUCAAGGCCCCUCCCGCAAAUGUGUACCCCUGCCCGCGCCACUGCACCCCGCCGCACCCCCACCUCCCCCGGGGGCCCUGCUGCGGAUGCCGGAGUGGGAGAGUCUCUGAGCUGUGAGAUUGAUCUUGCCCCUAAUUGGAGAGGAAGCCGGGCGCCAAGACACACGGGGCUCCUGCCUUGGGAGCCAGGGCCGCGGCCGCAGGUAGACCCCAGUAGGGGGGGCCGGGCUCGAAGUUCCUUUGGGAGGGGCUGGCGGGACUCCAGCAGGCCGUCCUCACCUUUCUUAGAAAGUCCACCCAGGGCAAGUUGAUGUUGGGGGAAAGCAGAAGUCAAGCCAGCCGCGGGCCCCACACGCCCCGACCCGCUCAACCGACUUGUCCCUUAAAUGUGUCUUGGAUCCCGCAGUGAUGACGUGAGCCAGCCAGGCCCGAAAGGGUGAGGCCAGUGCAGAGAAGCUUCCCAGGGGAUUCCUGGGUUCCCCCGAAAGACAAGCGAGGUCAUUGCAGUUCACCUGAUGUUGCUCCUGUCCCGUGCGUCCCGGGGAGGCUGUCCUUGGUCCGAGGCUGCUCGUUGCAGCCCCUCCCCUGCUGGCGGUUACGAUGCGUGGGGUCCCCCUCCCCACCCAGCCCCGGCCACGUCGCCGUGUCCCGCCUGUGCCUGUGACGUCCCUGUGGACCUGUGAGCCAUCCCCCCCCUUAUCUCUGCUCUGAAUACUGCAUGAAGCAUUAAACGUGCAAUGAAGUAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1031.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1071.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 798.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...((((.(((.((...(((((.(((.(((((((((((.(((((.((((.(((((((...((((((.(((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))))..)))..))))..)))..........)))))).))))))..((((((.(((((((.(((((..((......)).))).))..)))).)..))))))))............))))).....((((.(((.....(((...((((((((((.............((.((((.....)))).))))))...)))))))))..))))))))).)))).)))))))))(((((((.((((((..((..((.(((((((...((((.....)))).)))).)))))..))..)))...))).))...)))))(((....))).(((((....((((((.(((((((..(((...(((((((((.((((((......(((........((((((((((.((((......))))..)))((((....)))))))))))))).......))))))...)))))).))).)))..)))))).).))))))....))))).(((....)))......))))))).))).)))))((((.(((((((((((....((((.(((((((((((..((((((..........))))...)).)))))))))))...).)))((((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((...(..(.....)..)...)))))))))..(.(((((.((((((.....)))).)).).)))).)))))).)))))).))))))))))))))..))))........(((((((((....((((..((((((.....)))))).))))))))).))))..((((((.(......).)))))).)).))))))))).))))....((((((((((((((.((((((((.(((((.((((.(((......((((((((.((((.(((..(((...((((((.((..(((((....))))))).))))))..))))))))))(((((((....((((((((...........)).))))))..((.(((((.((((....))))...))))).)).....)))))))))))))))....))).)))....).)))))....)).)))))).)))).(((.((((..((.(((.((((((.((((...(((((((((((((((((.(((.(.(((((.(((((.(((((((((.((((((((((.((.(((...((((...((((((.((((((((((((((((...(((..((...))..)))))))))).....(((...(((.......))).))).((((..((((..(((((.((((.(((...((((.....(((((...((((.(((((.(.(((((((((((((((((...((((....((.((((....))))))(((((((.(((((.(.((((..(((.(((((((((((........)))..))))))))....))).)))).).)))))((((.(((........))).))))))))))).......))))..))))))))))))).....)))).).)).))).))))))))).......((((..((((((((((....(((((.....((((((.((...(((........)))......((((((..((((((((((((.(((...))).))))))..((((((........))))))......))))))....)).))))..)))))))).....)))))((((((....))))))(((((..(((((.(((((.........((((.....))))))))))))))...)))))..))))))))))))))))))....))).)))))))))..)))))))).....((((.....))))))).))).))).)))))).))))...))).))..)))).)))))).....))))).))))))))))))(((...............))).(((.((.((((....)).)).)).)))(((..((((....))))..)))....((......)).)))))).)).))))))))..))))))).)))).))).))).))).))...)))))))))).)))))))...)).))).))))(((((((((......((((((.((((((.....))))))........(((((.(((.....((.((((((.......)))))).)))))))))).(((((((.(.((.(.....).))).))))))).....))))))....)))).))))))))))......)))).....((((.(((...((((.....)))).))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{{((((.,{((((.({(.((..,(((((.(((.((((((({{{,{(((((.((((.(((((((,,,((((((.((((((({(((({..{||||(((((((((....)))))).)))||,,|}}..}}))},|}|...,......}})))).)))))},.((((({,(({((((.(((((..({......,,.))).))..)))).)..)))))))).},.......,.))))).....((((.(((.....(((..,{(((((((((.,{({,.....}.||,((((.....)))).,.))))...)))))))))..))))))))).)))).))))))|||(((((((.((((((..((..((.(((((((...((((.....)))).)))).))))}..))..))),..,)).)}.,.))))|(((....))),(((((....((((((.(((((((..(((...(((((((((.((((((,.,...,{{,...,,.,{(((((((((.(((,,.....}))),.}}}{({,...,)))}}))})})}}||,.....}))))}.,.)))))).))}.)))..)))))).).))))))....))))),(((....))}.}....))))))).))).)))))((((,((((((((({{....((({.(((((((((((..(.((((..........))))....}.))))))))))).{{|{||,((((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((.{.{..,.....,..,..,)))))))))..(.(((((,((((((.....)))).)).},)))).)))))).)))))).))))))))))))))..)))).,.}}}}.(((((.(,({{{.((((..((((((.....)))))).)))),)))).),))}}}{((((.(......).)))))),}).))))))))),)))}....,({{{({{((({(({((((((((..(((({{(((.(((......((((((({.((((.{{{,.(((...((((((.((.{(((((....))))))).))))))..))))))))}|(((((((....((((((((..,......,.)).))))))..((.(((((.((({....))))...))))).)).....)))))))))))))))....))).)))..{{|{,|||{{{{.|,.||||||.|||}.(({.(((((.,(((,(((((((,,,,,,..}{{,|||||,|||,,|||}|||,|.|}|,|},||||,|||||||||}|||||||(((.(({((({{{({(({..,((((({(((,(((,,{{{{{{...,{((,,(,...,|{,|||||||}},.....{||...{{|,.....,))),)}}...}}},|,||,,((((({(({{{((({{,({{{{{{,,((({{{{{{(({.(((({.{{(({{(((((((((((((...((((....{{.((((....)))||}(((((((.(((((.{.((((..{{{.(((((((((((........))),.})))))))....}}).)))).).)))))((((.(((.,....,.))).))))))))))).},....))))..)))))))))))))}..,.||||.{{|({,(((((..{.((((...........))))}))))){{....,}}|....{{,(((((.((..,(({..((((.((((((((..,......))))).,.})),)))).}}),)},)))))}},|{|||,.,}},..||||,,..}}}}))))},....}}})))).,}))|||..|{{{||||||,(((((.{{{,||,,|(((((..(((((.(((((.|.......{(((....})))}))))))))))...)))))}..))|)))||||||||||{{,,{,||,||,},}))}..,||{{{...)}}}|(((.,,,{||||{,|,|},,}))|))))}..}}.}.,}))..)),,)))|,(((|,......)}))}}.)))))}},,}}|||.,}}))}.....}}})))}}}|.,|}|||{,,..,},}}.|,{||.{{{..((((....))))..)))..}}||.,.,.,))},{{|||{|,.,}))))))..}}}}}}}..|||.|||||}|{||,.|}...,}},,)))),)))))))))})))})}.)))})))))))))|}}}}}.{{...{.((((((.....)))))).,.,,},,{||||.(((.....{(.((((((.......)))))).))))))))))}})}),)))))})))))))}.}))},}}.,}|)}|..,.))))},,,.,}}},)))))))))),.}},})})},,,..{{{(,(((...{{{{.....)))).}}}.}))}.
Back