Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164762.2
Sequence Length
2493 nt
GC Content
0.6258
CUCUGGCCGCUAAGGCAGAGUGAGACCCCAGGGAACGGGCGUGCUUGCUGGGUACCGGGUGUCCUGCAGAGGCAGGGAUGUGAUCCCCUAGGUGAAGGAAGCAGCCACCCUCGCCAUGGCCUCCCCGCCCGCCUGCCCCUCGGAGGAGGACGAGAGCCUGAAGGGCUGUGAGCUGUACGUGCAGCUGCACGGGAUCCAGCAGGUCCUCAAAGACUGUAUCGUCCACCUCUGCAUCUCCAAGCCCGAACGCCCCAUGAAGUUCCUCCGGGAGCACUUCGAGAAGCUGGAGAAGGAAGAAAACAGGCAGAUUUUGGCGCGGCAAAAGUCAAACUCACAGUCGGACUCCCAUGAUGAGGAGGUGUCGCCCACCCCCCCGAACCCUGUGGUGAAGGCCCGCCGCCGGCGAGGAGGCGUGAGUGCCGAGGUGUACACCGAGGAGGACGCCGUGUCCUACGUCAGGAAGGUGAUUCCCAAGGACUACAAAACCAUGACUGCGCUGGCCAAGGCCAUCUCCAAGAACGUGCUCUUCGCUCACCUGGAUGACAACGAGAGGAGUGACAUAUUCGAUGCCAUGUUCCCUGUCACUCACAUCGCUGGGGAGACUGUUAUACAGCAAGGGAAUGAAGGAGACAACUUCUAUGUCGUUGAUCAAGGGGAAGUGGAUGUGUACGUGAACGGAGAGUGGGUGACCAACAUCAGCGAGGGAGGCAGCUUCGGGGAGCUGGCGCUCAUCUACGGCACCCCCAGGGCUGCGACCGUGAAAGCCAAGACGGACCUCAAGCUCUGGGGGAUCGACCGGGACAGCUACCGGCGCAUCCUUAUGGGCAGCACGCUGAGGAAACGCAAGAUGUACGAGGAGUUCCUCAGCAAGGUCUCCAUCCUAGAGUCCCUGGAGAAGUGGGAGCGUCUGACCGUGGCGGAUGCGCUGGAGCCCGUCCAGUUUGAAGAUGGAGAGAAAAUUGUGGUCCAGGGAGAGCCUGGGGACGACUUUUACAUCAUCACGGAGGGCACCGCGUCCGUGCUGCAGCGCCGGUCCCCCAAUGAGGAGUACGUGGAGGUGGGGCGCCUGGGACCCUCUGACUACUUCGGGGAGAUUGCACUGCUGCUGAACCGGCCCCGGGCGGCCACUGUCGUGGCCCGGGGGCCCCUCAAGUGUGUGAAGCUGGACCGGCCCCGCUUCGAGCGUGUGCUGGGGCCCUGCUCUGAGAUCCUCAAGAGGAACAUUCAGCGUUACAACAGCUUCAUCUCCCUCACCGUCUGAGCACAGCUCCCGCCCUGCAGCCCCAGCUCCCCAGUGUGGUGGCCGUGCCCUGCUCGUCUGUGUCGGGGGCCCGGGAGCCGCUGUGUGAGGUGUGGGCCGGGUGGGGCUGGGUCCCGGCAGCGUGAGGACUGCCCCUUCCCCGGACUCACUUUUUGGAAUAAAUGAUCACCUUGUGCAUUUCCAAAUCAAAGGACAAGCGGACAAAAUGCAUCCCAAGAUCAAGGAAGGGACAGGCCAGCUUCCUCCCCACACGCCUCCCCGGCUGCCUCUGUGGGCUUCUCCUGGGGGGCCCACCCCACCCCUGCCAGUCUCCUGGAGAUGCUUGAGGAUCGGUCCUCCCCAGAACCAGGCCAGGACGUUGCCCCUGGGGCCUGGUGACCCUGUGAGGUCAGGUCCCCCAGAUUGAGGUCUGAGUGUGGGCAAGUGUGUCAAAAGGGGCUGCCCCCCAGGGGAGAUGAGGCUGAGAGCAGGGAGUUGAGGCCGAAGAAGUCAAGGCCCCUCCCGCAAAUGUGUACCCCUGCCCGCGCCACUGCACCCCGCCGCACCCCCACCUCCCCCGGGGGCCCUGCUGCGGAUGCCGGAGUGGGAGAGUCUCUGAGCUGUGAGAUUGAUCUUGCCCCUAAUUGGAGAGGAAGCCGGGCGCCAAGACACACGGGGCUCCUGCCUUGGGAGCCAGGGCCGCGGCCGCAGGUAGACCCCAGUAGGGGGGGCCGGGCUCGAAGUUCCUUUGGGAGGGGCUGGCGGGACUCCAGCAGGCCGUCCUCACCUUUCUUAGAAAGUCCACCCAGGGCAAGUUGAUGUUGGGGGAAAGCAGAAGUCAAGCCAGCCGCGGGCCCCACACGCCCCGACCCGCUCAACCGACUUGUCCCUUAAAUGUGUCUUGGAUCCCGCAGUGAUGACGUGAGCCAGCCAGGCCCGAAAGGGUGAGGCCAGUGCAGAGAAGCUUCCCAGGGGAUUCCUGGGUUCCCCCGAAAGACAAGCGAGGUCAUUGCAGUUCACCUGAUGUUGCUCCUGUCCCGUGCGUCCCGGGGAGGCUGUCCUUGGUCCGAGGCUGCUCGUUGCAGCCCCUCCCCUGCUGGCGGUUACGAUGCGUGGGGUCCCCCUCCCCACCCAGCCCCGGCCACGUCGCCGUGUCCCGCCUGUGCCUGUGACGUCCCUGUGGACCUGUGAGCCAUCCCCCCCCUUAUCUCUGCUCUGAAUACUGCAUGAAGCAUUAAACGUGCAAUGAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1064.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1106.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 727.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.....)))(((((((((....((((...(((.((((((((.((((.((((((((((.(((.((((.(((((((..((((...)).))..(((((.(((.(((((((((((.(((((.((((.(((((((...((((((.(((((((((((((..((((((((((((((....)))))).)))))..)))..))))..)))..........)))))).))))))..((((((.(((((((.(((((..((......)).))).))..)))).)..))))))))............))))).....((((.(((.....(((...((((((((((.............((.((((.....)))).))))))...)))))))))..))))))))).)))).)))))))))(((((((.((((((..((..((.(((((((...((((.....)))).)))).)))))..))..)))...))).))...)))))(((....))).(((((....((((((.(((((((..(((...(((((((((.((((((......(((........((((((((((.((((......))))..)))((((....)))))))))))))).......))))))...)))))).))).)))..)))))).).))))))....))))).(((....)))......))))))).))).)))))((((.(((((((((((....((((.(((((((((((..((((((..........))))...)).)))))))))))...).)))((((.(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((...(..(.....)..)...)))))))))..(.(((((.((((((.....)))).)).).)))).)))))).)))))).))))))))))))))..))))........(((((((((....((((..((((((.....)))))).))))))))).))))..((((((.(......).)))))).)).))))))))).))))....((((((((((((((.((((((((.(((((.((((.(((......((((((((.((((.(((..(((...((((((.((..(((((....))))))).))))))..))))))))))(((((((....((((((((...........)).))))))..((.(((((.((((....))))...))))).)).....)))))))))))))))....))).)))....).)))))....)).)))))).)))).(((.((((..((.(((.((((((.((((...(((((((((((((((((.(((.(.(((((.(((((.(((((((((.((((((((((.((.(((...((((...((((((.((((((((((((((((...(((..((...))..)))))))))).....(((...(((.......))).))).((((..((((..(((((.((((.(((...((((.....(((((...((((.(((((.(.(((((((((((((((((...((((....((.((((....))))))(((((((.(((((.(.((((..(((.(((((((((((........)))..))))))))....))).)))).).)))))((((.(((........))).))))))))))).......))))..))))))))))))).....)))).).)).))).))))))))).......((((..((((((((((....(((((.....((((((.((...(((........)))......((((((..((((((((((((.(((...))).))))))..((((((........))))))......))))))....)).))))..)))))))).....)))))((((((....))))))(((((..(((((.(((((.........((((.....))))))))))))))...)))))..))))))))))))))))))....))).)))))))))..)))))))).....((((.....))))))).))).))).)))))).))))...))).))..)))).)))))).....))))).))))))))))))(((...............))).(((.((.((((....)).)).)).)))(((..((((....))))..)))....((......)).)))))).)).))))))))..))))))).)))).))).))).))).))...)))))))))).))))))).......)))))))(((((((...............((((((.....))))))))))))).(((((.(((.....((.((((((.......)))))).))))))))))((((....))))....)))).)))..).)))).)))...))))))))))).))).))).))))..)))).)))))...((((.(((...((((.....)))).))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{((.....))|(((((((((....((((...(((.((((((((.((((,({((((((((.(((.((((.((((({{,,{,,,...||,{,..(((((.(((.(((((((((({((((((.((((.(((((((...((((((.(((((({,(((((..(({(((((((((((....)))))).)))))..}))..))))).)}}..........)))))).)))))),.((((({,(({((((.(((((..({......}}.))).))..)))).)..)))))))).},.........))))).....((((.(((.....(((...{(((((((((.,{({,.....}.||}((((.....)))).,.))))...)))))))))..))))))))).)))).))))))}))(((((((.((((((..((..((.(((((((...((((.....)))).)))).)))))..))..))),..,)).))...)))))(((....))).(((((....((((((.(((((((..(((...(((((((((.((((((,.,...,{{....,,.,{(((((((((.(((,......}))),.}}}{((,...,)))}}))))})}}||}.....})))))...)))))).))}.)))..)))))).).))))))....))))),(((....))}.}....))))))).))).)))))(((((({((,((,,......||||,(((((((((((..(.((((..........))))....}.))))))))))).{{(({({(((({(((.(((((((((((((((((.(((.(((((((((((.{.{..,.....,..,..,)))))))))..(.(((((,((((((.....)))).)).},)))).)))))).)))))).))))))))))),||{{,|||.|..|{{.(((({{({(,...((((..((((((.....)))))).))))})))).)})).))|||||}|}}.{{{|.||||}|{||{||||,,|||{||||...{.((((,,,((((.({(({(((({.,((({{((({{(((....||((({{({{.((((.(({,,(({...((((((.({.{(((((....))))))).))))))..}}}}))}}||(((((((,...((((((((..,..,,..,.)).)))))).,{(,(((((.((({....))))...})))).}}.....}})))}}}}}}}|||{,,.|||.|}}{.({((,{(((({(.|..((({({.(({,.(({.{{(((.,(((.(((((((.,,.....},,,}}}||,}||,,|}}}|||.}.}}|,}}.|||},|||}|||||}||||||||||.|{}|||||.({({{{{(((((({(({,{{{,,|||||,....,(({{(.....|{{|||||||,,......|||...,,|,,...,})))}),,...)}}}},||}}|||,|||{||{(({|||{{{{{{{,,((({{,,,|||{,((({{.{|(({((((((((((((((...((((....,{.((((....))))|}(((((((.(((((.{.((((..{{{.(((((((((((........))),.})))))))....,,).)))).}.)))))((((.(((.,....,.))).))))))))))).},....))))..)))))))))))))}..},}}}},|,}||}||{||,,|.{{|{,..,..,,,..))})}}}}}}{{,...{||{....,,||{|||}|{..,||,..{|||},||||,||,}}}}}...)))))}}.)))})))).}})}))}))))|{{.,(((({{.{{{{.||||....}}}|}||||,....}},}})).,|}|(((..((((((((({.(((((.(((.((..((((((..(((((.(((((.{.......((((....})))}))))))))))...))))))..)).))){|((({{,,((({.{.{|,||..,,)))...{{(((...))})}(((.{{{{|,{|{,,.,}.}}))})))))..)).).}}))..))}}))){{(((|,......},}},}.)))))}},,,,||,..)}))}.....))))))))))..)))||,,,..,,,},.}.,|}.(((..((((....))))..))),,)},}}}}}}.}))}((((((|...}))))))..,|||||,..|||.,||{,||.||..||{{.||,..,)),,)))),,,)),))))),.))),))))),))))))))}})))},},((((((.....)))))).)))))).(((((.(((.....{(.((((((.......)))))).)))))))))),,}}))))},.))))))))).)))..).)))).))).},),}))})))))},)).))).))))..)))).))))),..{{{(,(((,..{{{{....,)))).}}}.,}},
Back