Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001164796.1
Sequence Length
2154 nt
GC Content
0.4777
UUCAGAAUCACGCCGGCCUCAUUCUACCGCUGCUCUCUCCUGGAUCUCGGCCACGGAUCUUUUGCUCGCGAAAGUUCCUCCGUCUAGCUGCACACAACGCUGCUGCAGGAAACCGAGGUAAGGGAUUUGCCGAGACUUAGCUCCACCACACUCCCCGAGGCCCCGCCCCUCCUCUCUGGCCCUCCCCUAGGCCCAGGUGUCUCGCGUUGCACGUGCAGUUGUUGUGGUUCUACGUCACGUGGUCCCGGAAGUUCAAGACAGACCCGCCUCAAACAUGGCGGCGCCCAGCGCGCGAGGACGUGAUCCGCUUCUGCUCCGGCUUGGAUUGUAGCCUUGACGAGGUCUGAGCGACCAUGGACCGGCCGGGGUUCGUGGCAGCGCUGGUGCUGCUGCAUUUUUUAUCACCUAUGAAUAUGUGAAGUGGUUUUUGCAUGCUGAUUCAUCUUCAUAUUUGACACCUAUGAAACAUAUGUUGGCUGCCUCUGCUGGAGAAGUGGUUGCCUGCCUGAUUCGAGUUCCAUCUGAAGUGGUUAAGCAGAGGGCACAGGUAUCUGCUUCUACAAGAACAUUUCAGAUUUUCUCUAACAUCUUAUAUGAAGAGGGUAUCCAAGGGUUGUAUCGAGGCUAUAAAAGCACAGUUUUAAGAGAGAUUCCUUUUUCUUUGGUCCAGUUUCCCUUAUGGGAGUCCUUAAAAGCCCUCUGGUCCUGGAGGCAGGAUCAUGUGGUGGAUUCUUGGCAGUCAGCAGUCUGUGGAGCUUUUGCAGGUGGAUUUGCCGCUGCAGUCACCACCCCUCUAGACGUGGCAAAGACAAGAAUUACGCUGGCAAAGGCUGGCUCCAGCACUGCUGAUGGGAAUGUGCUCUCUGUCCUGCAUGGGGUCUGGCGGUCACAGGGGCUGGCAGGAUUAUUUGCAGGUGUCUUCCCUCGAAUGGCAGCCAUCAGUCUGGGAGGUUUCAUCUUUCUGGGGGCUUAUGACCGAACGCACAGCUUGCUGUUGGAAGUUGGCAGAAAGAGUCCUUGAAGCAGAGACAAGCCUCACCUCCACUUCUGUCAAGAGAGGGGCCUGCAGUGCAAACCCUCUUCCGCUGAGCAGCUGUCUGAACUAUAGGCCCCAGUGCUGAAGACCAGUUGUGCUAAGAUACCGGCAUGGAGAUUGUGCCAUCCGUGGUAUAGGCUGGCUGGUAUGAAGUCAUUGGCCUGUAUGCCAGAGAGCUAAGAGAAGAAAACGGGGUCUGUGGCGGUACUCUGAACAAUUUCCUCAGAACCUCUUAAUAAAUAAGUUUGGUAAUGCUGAGGCCAGGCCUUUUAGAGCUUUCAUUUGAUCUGUAUCUGAUCUUUCAUUUCCUGCCACCUGAUGGUGGAUUCAGCAGAAGGCAAGAUGGUUAUAAUUCUAAAAGAAUAGCUUGUUUGUUUGUUUGGGAAAAGGAGACUUGGGGAAGAGUUGUGUAUGUGGGUGUUUCUCCCCCUAGUUAAUUCCUGUUGUGUAAGGGUAGGCUUUGUUGAAAAAGAAAGAAAGAUUGAACUACAGGUGCAUAGCAAGCACUCUUUCUGGGUAACUAGGCUGCUGGUUUUAAUUACCCUCAGAUUUCACCCAUAAAAACGCACAAUUGUAUUAUUUUACAGAGAUGUGUCCAGCGCCCCCUGUGGUGUGUGAGAGAAAGCAGCUGCAACUCAAGUGACUAGGUGGGCCCAGCUGGCUUCGUGCAGGAGGGCACGGUGGGUGAGCCAUUCUCGCCAUUCUCAUGUCAGACUGAAAGGAGGGCCUGGGCCAGCUUUGAAAAGGCAGGAUGAAAUGGAAAGGUCACCACACUUAGGGAUUUUAGACCUUGACUAACAAGCUCCAGGUGUAGAAAAAUUCAAAACAAAAUGUCAGGAAUCUAGCAGUGUUGUCUGCCCUGGAGCAAACAAACAGUAUGUGAUUUUGCUUCGCCUAUUUUUUUUUUCUUUUUUGGGGGAAGAUAAUUAAAGGCAGAAUGACUGCGUUUGUAAAAGAAGGACCACCAACUAUACUGACAUUUAUAAAUGAACCUUUAUUAAAGACACUUCAAUGCCAUUUGUUAGACACUUCAAUAUUUUACAUGGUUUUCAAUGUACACUGUACCAAAAUUUCUAUAAAUAAAUAACUUUGUACAUAAAAGUAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-690.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -733.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 558.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((..(((((((((.....(((((((((((.((((..(((((((....(((.((((((....)))))).)))(((...((((.((.......)).))))..)))..)))))))..))))..((((((((......(((((((((......((((.......))))......((((........))))((((((((((((((.((..((((.(...((.(((..(((((...)))))..))).))...)..........((((........))))))))...)))))))).)))((((.(((((((...((((((..(((..((((((.......((((.....))))..(((((......)))))((((((((......))))))))........(((..((((((...(((((..(((........)))..))))).))))))..))).((.((((...)))).)).)))))).))))))))))))))))))))..)))))....(((....((((((((((((.(((((((..((....)).)))))))..)).....))))))))))...))).....((......))(((((((....(((((..........(((.....))).........(((((((......)))))))........(((((....))))))))))....)))))))(((((((....))))))).))))))))).))))))))((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((((....(((............)))))))))))...........)))).)))))))))..)).))).)))))))))((((..(......)..))))....)))))..))))))....)))))))))..))))..(((.((((((((.....(((((((((....(((((.(((..(((....(((((((...((....(((((...((..((.((((((.((.(((((((((...(((....)))....(((((((..(((.((((((..(((((.(...(((((((...(((...)))..)))))))..((...))((((.((((...((((((((..((((((....((((((((.(((...(((((((.((((........))))))..))))).)))))))))))....)).))))))))))))...)))).)))).).))))).....)))))..).))).)).)))))........((((((.(((.((((.....))))...)))....))))))((((((((((.....((((((((((((.((....(((....)))....((((((((....)))))...))).(((((((.(((((((.....(((((((.((((((.....)))))).)))))))..((((((((.((((.((((................)))).)))).))))...))))((((((((...((((.((((.((........)).))))......))))...))))))))..........(((((((((((((....)))))......)))))..)))..((((((((......(((((.(((((......)))))...)))))((((((((((((..(((...((((.....((....))..))))....)))))).))))...)))))...(((((......))))))))))))))))).))).))).)))))).)))))).))))))))))))))))))))))))).))..)))))).))...))....)))))))....((((((........)))))).......((((((((.(((((.........((((...(((.((....)).))).)))).)))))))))))))..((((((.(((.((.(((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))).)))...))))))))).)))))))))))...)))))))..)))..))).)))))((((....))))...((((...)))).........)))))))))..)))))))))))..((((((....((((..(((((((..((.......................))..)))))))))))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((..(((((((((.....(((((((((((.((((..(((((((....(((.((((((....)))))).)))(((...((((.((.......)).))))..)))..)))))))..))))..((((((((......(((((((({......((((,...,,,,,}},...{{(({(,.......))})|||{{{{((((((({{(.,({((.{,,,{(.(((..(((((...)))))..))).)},,,,...,,.,.,{((((........))))),}}.,,)))))))}})))|||{.(((((({,,,{({(((,,{({,,((((((,,{{,.,((({.,.{{||||{{{{{((,,,.,,)))}}||{((((({,...,))})))))........{((..((((((...(((((.,(((........)))..))))).))))))..))}.,,.{{{{...}}},.)},}}},))})},)))))}},}))))}})),.))}}}....(((....((((((((((,{,(((((((..((....)).)))))))..,,..,..))))))))))...))).....{{......}}|||{{|{....{{{||,,,..,|||||||,,,{,|||...}}}},.(((((((....,,))))))}|},,,,,.{((((....))))},))}}....)))}})}{((((((....)))))))}))))))))),))))))))((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((((....({{............))}))))))))...........)))).)))))))))..)).))).)))))))))((((..(......)..}}}}....))))}..))))))....)))))))))..))))..(((.((((((((.....(((((((((....{((((.(((.,(((,,..((((((({{({{....(((((...,.,,((.((((((.{(.((((((((({((((({({.{{({...(((((((..(((.{(((((..{((((.{,..(((((((...(((...)))..)))))))..,{...}}((((.((((...((((((((..((((((....((((((({.(((...(((((((.((((........))))})..))))).)))})))))))....)).))))))))))))...)))).))))...}}})),....))))}.,}.))).)).)))))........((((((.(((.((((.....))))...)))....)))))),,(((({{,,.,,.}|||{{,{,{((({(({{,,{(({{{{{{.{(({,,.(((((....))))).,{{{{{(({{(((,{{,,{{({{,..{((({{,.||||||,,...)))))).}))))}}..{(((((((.((((.((((...,........,...)))).)))).)))}...)))),,|{||{{,..,|{{,||||}||},,...}}))}))))}}},..,)))}}})}}},,.))}).))))))))}(((({{{{({.,,,}}))}......,)))}.,}}...,,||||,.....,,((({,.(((((......)))))...)))))((((,(((((((.,(((.{{((((({,,{(({{{{{...||||.....,,,}}}))),.}})))}}}}|(((((......)))))},}||||||,....))}))).})))),.,,)).)})},,))),))))))))))))))))).))..)))))).))...}}....))))}}}...,|{{|||......,,))))},.......((((((((.(((((......,...{({...(((.((....)).))).,,)),)))))))))))))..((((((.(((.((.(((((((((.....(({,(((((((({.....))))))))).}},...))))))))).)))))))))))...}))}))}..}))..))}.})))},,,,....,|}}...|||}....,}},........)))))))))..))))))))))}..{{{({{.,,.{{{{..(((((((..((......,,,......,,......))..))))))),}))}))}},...........
Back