Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166057.2
Sequence Length
1715 nt
GC Content
0.5767
GCACUUCACGUGACGCCGGUGCCGGGCGAACAUGGCGGCGGCCACCGGACCCUCGUUUUGGCUGGGGAAUGAAACCCUGAAGGUGCCGCUGGCGCUCUUUGCCUUGAACCGGCAGCGCCUGUGUGAGCGGCUGCGGAAGAACCCUGCUGUGCAGGCCGGCUCCAUCGUGGUCCUGCAGGGCGGGGAGGAGACUCAGCGCUACUGCACCGACACCGGGGUCCUCUUCCGCCAGAUUGCCAGCGUCCUGACGUCACAGAAGCCCUCUGUCCUCCUCACUUUGCGUGGCGUCAACACGGACAGCGGCAGUGUCUGCAGGGAGGCCUCCUUUGACGGCAUCAGCAAGUUCGAAGUCAACAAUACCAUUCUUCACCCAGAGAUCGUUGAGUGCCGAGUGUUUAAGACGGAUAUGGAGCUGGAGGUUCUGCGCUAUACCAAUAAAAUCUCCAGCGAGGCCCACCGUGAGGUAAUGAAGGCUGUAAAAGUGGGAAUGAAAGAAUAUGAGUUGGAAAGCCUCUUCGAGCACUACUGCUACUCCCGGGGCGGCAUGCGCCACAGCUCCUACACCUGCAUCUGCGGCAGUGGUGAGAACUCAGCCGUGCUACACUACGGACACGCCGGAGCUCCCAACGACCGAACGAUCCAGAAUGGGGAUAUGUGCCUGUUCGACAUGGGCGGUGAGUAUUACUGCUUCGCUUCCGACAUCACCUGCUCCUUUCCCGCCAACGGCAAGUUCACUGCAGACCAGAAGGCCGUCUAUGAGGCAGUGCUGCGGAGCUCCCGUGCCGUCAUGGGUGCCAUGAAGCCAGGUGUCUGGUGGCCUGACAUGCACCGCCUGGCUGACCGCAUCCACCUGGAGGAGCUGGCCCACAUGGGCAUCCUGAGCGGCAGCGUGGACGCCAUGGUCCAGGCUCACCUGGGGGCCGUGUUUAUGCCUCACGGGCUUGGCCACUUCCUGGGCAUUGACGUGCACGACGUGGGAGGCUACCCAGAGGGCGUGGAGCGCAUCGACGAGCCCGGCCUGCGGAGCCUGCGCACUGCACGGCACCUGCAGCCAGGCAUGGUGCUCACCGUGGAGCCGGGCAUCUACUUCAUCGACCACCUCCUGGAUGAGGCCCUGGCGGACCCGGCCCGCGCCUCCUUCCUUAACCGCGAGGUCCUGCAGCGCUUUCGCGGUUUUGGCGGGGUCCGCAUCGAGGAGGACGUCGUGGUGACUGACAGCGGCAUAGAGCUGCUGACCUGCGUGCCCCGCACUGUGGAAGAGAUUGAAGCAUGCAUGGCAGGCUGUGACAAGGCCUUUACCCCCUUCUCUGGCCCCAAGUAGAGCCAGCCAGAAAUCCCAGCGCACCUGGGGGCCUGGCCUUGCAACCUCUUUUCGUGAUGGGCAGCCUGCUGGUCAGCACUCCAGUAGCGAGAGACGGCACCCAGAAUCAGAUCCCAGCUUCGGCAUUUGAUCAGACCAAACAGUGCUGUUUCCCGGGGAGGAAACACUUUUUUAAUUACCCUUUUGCAGGCUCCCACCUUUAAUCUGUUUUAUACCUUGCUUAUUAAAUGAGCGACUUAAAAUGAUUGAAAAUAAUGCUGUUCUUUAGUAGCAACUAAAAUGUGUCUUGCUGUCAUUUAUAUUCCUUUUCCCAGGAAAGAAGCAUUUCUGAUACUUUCUGUCAAAAAUCAAUAUGCAGAAUGGCAUUUGCAAUAAAAGGUUUCCUAAAAUGGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-662.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -693.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 444.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.....)))..(((((((((.(((...(((((.((.((((((((((((((.(((((..((((((((.((.((((((..((((((((.((((((....(((.......))))))))).)))..((((.(((.(......(((((((.((((((.(.((......)).).)))))).)))))))......).)))))))...))))).....))))))..)))))).))))((((((.(((((((((((((((.((((................))))..)))))))))....)))).))))))))((((((((...((((((......((((((((((...(((((((..............)))).....)))...))))).))))).((((((.....))))))...((((((((((.................)))))))))))))))).(((....)))..((((.(((((....(((((((....((....((((((((((.(((((....((((....))))......)))))((((((.((.....(((((((..((((....))))..)))).)))......))))))))......((....)).((((((.....((.((((..((.....(((((((........)))))))....))..))))..))......)))))).))))))).)))....))...)))))))..)))))...)))))))))))).....(((..(((((((((((..(((....))).....)))).))))))).)))..))))).))).)))))))))))......((((((((((((((...((.(((.......)))))..((((....))))..(((.((..(.(((.(((((......))))).))))..)).)))(((((((...(((....(((((((.((......((((((.((((.((((.(.(((((((......))).....)))).).)))).))))...))))))...)).))))))).)))..))))))).....)))))))))..))))))).)))))..))).)))))).....((.((((..((((((.((((.(((((((((((.......))))........((..(((((((((((........)).)))))))))..))))))).)).)))).))))))..))))))((((.((((((((((((((((.((((((((.((((((((..(((...(((((((.(((.(((.(((...))).)))....(((((((....((((((((((((((.(......).)))))..))))..............)))))...)))))))))).))))))).)))..)))))...))).)))))))))))(((((.((.((((((((((......((.((((...((....))....)))).)).......)))))))))).))(((((..............................)))))...(((((((.((((((....((((((((...))))))))..))))))))))))).....)))))...((((((....)))))).))))))..))))))).)))).(((((......)))))((((....))))((((.....))))...........((((((......)))))).....(((...))).....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((({,(((((..(((((.,.((((((.((.....(((((({.({.{{{|,.(((,.......)))||.,(((((.({((({{({...,.{{..,..||}}||||}}||,|,,.||||||||,|,.....(((((((.(((((({(,{(......))}).)))))).))))))),,,...}.})))))),}.)))))}}.}},))))))).)}.)))))),.))))).))).)).).))))))....((((((((.(((((.(((....(((((((((((..{(({{({,{{,.|}|||||((({{.((((((,.,.,,(((({(((((...{(({{{{............,,|}}}.....))}...))))},))))).|{|{{,....,}},,,,...((((((((((.,,..............)))))))))))))))).,{{,,,.|||..{{{{.(((((....(((((((.,..{(....((((((((({.(({{,.,,{((((....|||}..,,,,|||||(((....)))...|||||,.,..((({....}|||,.||||,|{|..{{{.{{{(({||.....,|||.||}|,,{|||||||}..|.,|||..{|,}.,,|{{{{||,,...,,,)}))))),...})||)|||{{||..}}}})))}}))))))))).)))..,.}}...)))))))..)))))...}))}})))))}||.,{,({((({{,.{((((((..{,,((({|{((((|,,|(({{,,{((((((,,,,.(((((((((...,(((......))}.,,.)))))))))..,,|}}|||}..,}},)))))}}|{{{.,,,)))),||||.{{,||,(((.(((((......))))).))),..}),))))))))}}...)))))))}))}),,}))).}))}))),...))))))).))))..)))))))).....)))))))))))))).))...((({((((((((((((((.,..,((((.,(((..(((.......)))..))).,)))).,.)))))).))))))).}}.....((.((((..((((((.((((.((((((({(((,...,,,}}}},,,.....((..(((((((((((......,.))}}))))))))..))))))).)).)))).))))))..))))}){{({.((((((((((((((((.((((((((,(((((({(,,({(.,.||{{{{{..,,.,||}|||,.{|||{|||{(,.(((((((....((((((((((((((.{......).)))))..))))..............)))))...)))))))},.{|||}},,.,,),.)))))}}}))),))))))))))){{{{{.((.((((((((((...,.,(({(((,{{.,,...}),})}})))).,........)))))))))).))(((((.,.................{,,.....,}})))))...(((((((.((((((....((((((((...))))))))..))))))))))))).....}}}}}...{(((((....}))))}.))))))..))))))).}}}}.{((((......))))),{{,,.,,||,|((({.....})))}.,,,,.....((((({......)))))}.....{{|,..)}}......)))
Back