Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166215.2
Sequence Length
2430 nt
GC Content
0.5967
AGCGGGAACCUAUCUGCUGGUGGGAGAGGACUCAGGCUAAGGUGGCCCCCACUGAAGACUCCUGCUAAGCAACCCACUGAAGACCCCUCCGAAUCAUCGACGGGGCGUCCUUGGGGUGCAGCCCAGGAAGCUCAGUUCACAGCCUUGGGGCGCGCGGCCCAUGGAGUCGGGGCUGCUGCGGCCGGCGCCGGUGAGCGAGGUCAUCGUCCUGCAUUACAACUACACCGGCAAGCUCCGCGGUGCGCGCUACCAGCCGGGUGCCGGCCUGCGCGCCGACGCCGUGGUGUGCCUGGCGGUGUGCGCCUUCAUCGUGCUAGAGAAUCUAGCCGUGUUGUUGGUGCUCGGACGCCACCCGCGCUUCCACGCUCCCAUGUUCCUGCUCCUGGGCAGCCUCACGUUGUCGGAUCUGCUGGCAGGCGCCGCCUACGCCGCCAACAUCCUACUGUCGGGGCCGCUCACGCUGAAACUGUCCCCCGCGCUCUGGUUCGCACGGGAGGGAGGCGUCUUCGUGGCACUCACUGCGUCCGUGCUGAGCCUCCUGGCCAUCGCGCUGGAGCGCAGCCUCACCAUGGCGCGCAGGGGGCCCGCGCCCGUCUCCAGUCGGGGGCGCACGCUGGCGAUGGCAGCCGCGGCCUGGGGCGUGUCGCUGCUCCUCGGGCUCCUGCCAGCGCUGGGCUGGAAUUGCCUGGGUCGCCUGGACGCUUGCUCCACUGUCUUGCCGCUCUACGCCAAGGCCUACGUGCUCUUCUGCGUGCUCGCCUUCGUGGGCAUCCUGGCCGCUAUCUGUGCACUCUACGCGCGCAUCUACUGCCAGGUACGCGCCAACGCGCGGCGCCUGCCGGCACGGCCCGGGACUGCGGGGACCACCUCGACCCGGGCGCGUCGCAAGCCGCGCUCGCUGGCCUUGCUGCGCACGCUCAGCGUGGUGCUCCUGGCCUUUGUGGCAUGUUGGGGCCCCCUCUUCCUGCUGCUGUUGCUCGACGUGGCGUGCCCGGCGCGCACCUGUCCUGUACUCCUGCAGGCCGAUCCCUUCCUGGGACUGGCCAUGGCCAACUCACUUCUGAACCCCAUCAUCUACACGCUCACCAACCGCGACCUGCGCCACGCGCUCCUGCGCCUGGUCUGCUGCGGACGCCACUCCUGCGGCAGAGACCCGAGUGGCUCCCAGCAGUCGGCGAGCGCGGCUGAGGCUUCCGGGGGCCUGCGCCGCUGCCUGCCCCCGGGCCUUGAUGGGAGCUUCAGCGGCUCGGAGCGCUCAUCGCCCCAGCGCGACGGGCUGGACACCAGCGGCUCCACAGGCAGCCCCGGUGCACCCACAGCCGCCCGGACUCUGGUAUCAGAACCGGCUGCAGACUGACACCCUCGGCCCACGACUGUCUUCCCAAGUUUUACAGACUUGUUCUUUUUACAUAAAGGAAUUUGUAGGAAAUGCAGCCAAAGGUGCAGUCGGAAAAGAUGCAGGGGAAAUGUAUUUAUGCAGCGACACCCCACAAUGUGAACAAACAGACAAAAAAUCUGUGCCCUCGUGGAAUUGACGUUCUGCUUGGGAACACAGAAAAGAACUCGGUGAUGAAAUAAUGGAGAUGAUUCCAGUGACAAACGACAGAGAUGGUGAUGGUGGUCAGGGAAGACCUCUCUGCAGAGGUAGUGACUUGUGAUGUGAGCUGAGACCUCUGUCCUGGGAAGACCAAAAGAAAAGCAUUUCAGGAUGAGGGAAUGGCAUGCGCAAAGGCCCUGAGGCUGAAAUGUGCCCAUGUGUUCUAAGAAAUGCAGCGAUGCUGGUGUGCCUGGAGCAGGGACGGAGGGGGAGAAUGGGAGGAGACAAGGAGCUGAAGGAGUAGUUCCCGAAGGACCUUGUGGGUGAUAUAGAGGACUUCGCUUUUGCUCUGAGUGAGGUGGGAGCCAUAGAAGCUUCUAAGCAGAAGAGGGACUUGCCCUAAUUCAGGUGAUCACAGGUGUCUUGUGGCCUCCAUGGGAGGUUGAAAACCAGAGAAGGUGAAGGGGGGCUGCACUGAGCCACAGGAACAAUGAUGGAGAUUCCAGCUAAGCCCAGACCCCGUGGAUUCUAGAUAGAUUUUAGAGGCAGCAGACAGAAUUACUGAGGAAUUGAGUGUAAGAGUGGAAUAAAGUUAUCAAGGACAAUGCCAAGGGUGGGGCACCCCCAAAUUUGACUCUGGGAGACUCAGCCAAAUCCUAUCUGGUAAUAAAAUUUCUUUUUUAUUUUUCUUUUCUUUCUUUCUUUCUUUUUUUUUUUUUUGAGUUGGGAUCUUGUGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGGGCACAAUUAUAGCUCACUGCAGCCUGGAACUCCUGGGAUCAAGCCUGGAGUUCCUGCUUCAGCCUCCCUAGUAGCUGGGACUACAGGCAUGCACCACCAUGCCCAGUUAAUAAAAUUUCUUCAAAUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1021.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1061.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 663.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((........)))))(((((.((((.((...((((.(((((((((((.((.(((((.((((.............(((..(((((((...((((((.((((((..(((((.((((((..((((((..(((........)))))))))))))(((((((.((....)))))))))(((((..(((((((((((((.(((.......))))).))))....((((((.((.((.(((((((((((((.....(((((...)))))..))))))....)))))))...)).)).))))))(((((..((.((.((((((...))))))))...))..))))).))).))))..)))))((((((..(((((.((((((((((((.((((((((((.((....))))..((((((((((((((((....(((.((.(((......))).))))).((.((((..((..((.(((((((.((........)).)))).))).))..))..)))))).....((((((((((((((.(((....)))))..)))).))).))))).........((((((((((((((....))))((((((....))))))(((((..(((..((((....(((((.(((((((((((...((..(((((((.....(((((.....)))))....)))))))..))...)))))..)))))).......))))).....))))..)))..)))))...)))))))))).((((....))))..((((((.(.((..(((((.(.....).)))))..))).))))))...(((....)))))))))))))))))))..(((((((....(((((....))))).)))))))(((((((.((..((((((((((((..(((...))).)).))))).)))))..))((((((((((.(((((((.....(((((.(((((.((((...((((((((.(((((((...)))))).).))))(((((....)))))((((.((((.....)))).))))(((.((.((.((((((((((.((((((((((.....((((.((...(((.....)))(((.((((....)))).))).((((((.(((.(((((((..(.((......)))))))))))))))))))..)).))))(((((((.((...(((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((.(....).)))).))))))).(((((.........)))))...)))).))....)))))))....)))))..)))))).....)).))))))).(((..((((....)))).)))(((((((((((.((((...(((...............(((((((...)))))))(((((((.....)))))))..((((.....)))))))...))))))))).....(((((((.......))))))).))))))............(((......))).........(((((((((..(((((((....)))))))..)))..))))))......(((.((..........((((......))))..........)).)))..)))))))).)))))))....((((((....))))))))))).)))).))).))))...(((....))).(((.....))).......))))...))))).)))))..))))))))))))))))).((.(((........)))))((((((......))))))))))))).))).)))))))))))))))))....)))))..))))))........((((((......)))))))).))))))))))).))))))...))))(((((((((.......)))))))))((((((.......)))))).....(((.((((.....))))..))).)))..))))))).)))))..(((((((...)))))))....(((......)))..))))))))))).)).))))...............((((((((((((....(((.......))).(((((((.....))))))).....(((.((((.....((((((..(((.(((((((.(((((...(((((((((((......((((..(((((...)))))..))))...(((((...))))).....))))...)))))))...))))).)))))))..)))..))))))..)))).)))..............)))))))))))))).)))).))))).(((((((((((((.(((((.........))))).))).....((((((((.((.......)).)))))))).))))))))))(((........)))(((...((((((......)))))).)))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((,.....||}}}}((((({{({{.,{.,.((((.,{(((({|{|||||{,||..|||||,,..{{{.{{{{.,(({(,,,(({{,{,{{{{||,{{||||,.||{{|,||{|||.,{,||||,,{|||,||{{{{.{{{||,((,((((((((((.{(....)}))))))).}||,}}{|{|{{,{{(((({((({{..{{{||,||,||||,,,.((((((.((.((.(((((((((((((...{,(((((...))))).}),)))).,.}))))))).,,)).)).))))))|{{{{..{{.((.((((((...)))))))).},))..))))).,))}))}||{||}}.((((((..(((((.{(((((((((((.((((((((.{,(({{{,}|,..,((((((((((((((((....(((.((.(((......))).))))).((.((((..((..{{.{((((((.((........)).)))).))|,||..}}..}})))}.....(((((((((((({(.(((....)))}}..)))).))).))))).....,..,|((((((((((((,..{{,|||(,{,,,...}))),))(((((..(((..((((,,..(((((.(((((((((((...((..(((((((.....(((((.....)))))....)))))))..))...)))))..)))))).......))))).....))))..)))..))))).}})))))))))||||||..}}))))..((((((.(.((..(((((.(.....).)))))..))).))))))...(((,...})))))))))))))))))}.|(((((((....(((((....))))).)))))))((({,(({(({{((,,,,||,|||,}|||.|||||{||.}})))|}}}}},,..(((((((((,{(((((((.....(((((.(((((.((((.,,.{,.{{{(,{((((((...)))))).).||,|(((((....)))))|,||.,,,({{{{{||||{,||,{.{{(({{{{(((({((((,{((((((((((.....{(((.{{...,(({...{|}|(({.((((,,..}}||,}||.((((((.(((.(((((((..{.{{......)},)))))))))))))))),})),))))|{|((((,((({,(((((((({{(,({{{{{||,.|||||||||(({{{,.|}},})})))),)))}))).{|||(,,,,,,...||}})...))))|))...,|}|}|||{,,.,,))},,)))})),},..},.}}}}})),{|{..((((....)}}}.|||(((((({{{{({((,,.({(,,...}}}.|}}}.,,.(((((({...})))))){((((((.....))))))}..||||}},,.}))))))...))))))))),.....|||||,{(({...{({|....}))),,....)))}....{((......}}}.........(((((((((..(((((((....)))))))..)))..))))))......,{{}||,,}},.....((((,....,)))),{........}}.)))..)))))))).)))))))}...((((((....)))))).,,...,,))}).))}.)))}.}.}}...))))}))))}}.,,....,...))))...))))).)))))..))))))))))))))))).,|.(((........)))},,{{{{{....,.,}}))))))}))}.))).))))))))))))))))}....)))))..))))))....,..{|||||...||.}},))}))}.}))}})))))),))))}}...))})|||||||{{.,,,.,,||||}|||}{{(((((,,,,..|(({|,..,|,|||,{{||.,,,.)))).,))),})),..||||||}.})}})))||||||..{||||||{{{,.(((......)))....,,|||||||{,|{||||.,,.......,,.,}{(((((((((((..,.({{.......})).,((((((.....))))))}...,.(((.((((.....((((((..(((.(((((((.(((((...(((((((((({....,,{{{(,,(((((...))))}..||||...{((({...))))).},.,))))...)))))))...))))).}))))))..)))..)))))}..)))).)))..............)))))))))))}||{||||.}||||{(,,,|||,|||||.,||||}}.......))))).))))}}}}((((((((.((,......)),)))))))).,,))))))))}||,,.{{{{{|||.,,...(({{{{..,,..}}})))})))},........,}}},,......
Back