Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166349.2
Sequence Length
2688 nt
GC Content
0.5971
CUGUCCCCGGCGAUUCCUGCGGACCCAGCUGCGGCGACGCCAGGAGACCCCAAGCUGCAUCGCCGAGUGGCCCCACCGUAGAGAUGCCUUCUUCGGUGACGGCGCUGGGUCAGGCCAGGUCCUCUGGCCCCGGGAUGGCCCCGAGCGCCUGCUGCUGCUCCCCUGCGGCCCUGCAGAGGAGGCUGCCCAUCCUGGCGUGGCUGCCCAGCUACUCCCUGCAGUGGCUGAAGAUGGAUUUCGUCGCCGGCCUCUCAGUUGGCCUCACUGCCAUUCCCCAGGCGCUGGCCUAUGCUGAAGUGGCUGGACUCCCGCCCCAGUAUGGCCUCUACUCUGCCUUCAUGGGCUGCUUCGUGUAUUUCUUCCUGGGCACCUCCCGGGAUGUGACUCUGGGCCCCACCGCCAUUAUGUCCCUCCUGGUCUCCUUCUACACCUUCCAUGAGCCCGCCUACGCUGUGCUGCUGGCCUUCCUGUCCGGCUGCAUCCAGCUGGCCAUGGGGGUCCUGCGUUUGGGGUUCCUGCUGGACUUCAUUUCCUACCCCGUCAUUAAAGGCUUCACCUCUGCUGCUGCCGUCACCAUCGGCUUUGGACAGAUCAAGAACCUGCUGGGACUACAGAACAUCCCCAGGCCGUUCUUCCUGCAGGUGUACCACACCUUCCUCAGGAUUGCAGAGACCAGGGUAGGUGACGCCGUCCUGGGGCUGGUCUGCAUGCUGCUGCUGCUGGUGCUGAAGCUGAUGCGGGACCACGUGCCUCCCGUCCACCCCGAGAUGCCCCCUGGUGUGCGGCUCAGCCGUGGGCUGGUCUGGGCUGCCACGACAGCUCGCAACGCCCUGGUGGUCUCCUUCGCAGCCCUGGUUGCGUACUCCUUCGAGGUGACUGGAUACCAGCCUUUCAUCCUAACAGGGGAGACAGCUGAGGGGCUCCCUCCAGUCCGGAUCCCGCCCUUCUCAGUGACCACAGCCAACGGGACGAUCUCCUUCACCGAGAUGGUGCAGGACAUGGGAGCCGGGCUGGCCGUGGUGCCCCUGAUGGGCCUCCUGGAGAGCAUUGCGGUGGCCAAAGCCUUCGCAUCUCAGAAUAAUUACCGCAUCGAUGCCAACCAGGAGCUGCUGGCCAUCGGUCUCACCAACAUGUUGGGCUCCCUCGUCUCCUCCUACCCGGUCACAGGCAGCUUUGGACGGACAGCCGUGAACGCUCAGUCGGGGGUGUGCACCCCGGCGGGGGGCCUGGUGACGGGAGUGCUGGUGCUGCUGUCUCUGGACUACCUGACCUCACUGUUCUACUACAUCCCCAAGUCUGCCCUGGCUGCCGUCAUCAUCAUGGCCGUGGCCCCGCUGUUCGACACCAAGAUCUUCAGGACGCUCUGGCGUGUUAAGAGGCUGGACCUGCUGCCCCUGUGCGUGACCUUCCUGCUGUGCUUCUGGGAGGUGCAGUACGGCAUCCUGGCCGGGGCCCUGGUGUCUCUGCUCAUGCUCCUGCACUCUGCAGCCAGGCCUGAGACCAAGGUGUCAGAGGGGCCGGUUCUGGUCCUGCAGCCGGCCAGCGGCCUGUCCUUCCCUGCCAUGGAGGCUCUGCGGGAGGAGAUCCUAAGCCGGGCCCUGGAAGUGUCCCCGCCACGCUGCCUGGUCCUGGAGUGCACCCAUGUCUGCAGCAUCGACUACACUGUGGUGCUGGGACUCGGCGAGCUCCUCCAGGACUUCCAGAAGCAGGGCGUCGCCCUGGCCUUUGUGGGCCUGCAGGUCCCCGUUCUCCGUGUCCUGCUGUCCGCUGACCUGAAGGGGUUCCAGUACUUCUCUACCCUGGAAGAAGCAGAGAAGCACCUGAGGCAGGAGCCAGGGACCCAGCCCUACAACAUCAGAGAAGACUCCAUUCUGGACCAAAAGGUUGCCCUGCUCAAGGCAUAAUGGGGCCACCCGUGGGCAUCCACAGUUUGCAGGGUGUUCCGGAAGGUUCUUGUCACUGUGAUUGGAUGCUGGAUGCCGCCUGAUAGACAUGCUGGCCUGGCUGAGAAACCCCUGAGCAGGUAACCCAGGGAAGAGAAGGAAGCCAGGCCUGGAGGUCCACGGCAGUGGGAGUGGGGCUCACUGGCUUCCUGUGGGAUGACUGGAAAAUGACCUCGCUGCUGUUCCCUGGCAUGACCCUCUUUGGAAGAGUGGUUUGGAGAGAGCCUUCUAGAAUGACAGACUGUGCGAGGAAGCAGGGGCAGGGGUUUCCAGCCCGGGCUGUGCGAGGCAUCCUGGGGCUGGCAGCACCUUCCCGGCUCACCAGUGCCACCUGCGGGGGAGGGACGGGGCAGGCAGGAGUCUGGGAGGCGGGUCCGCUCCUCUUGUCUGCGGCAUCUGUGCUCUCCGAGAGAAAACCAAGGUGUGUCAAAUGACGUCAAGUCUCUAUUUAAAAAUAAUUUUGUGUUUUCUAAAUGGAAAAAGUGAUAGCUUUGGUGAUUUUGUAAAAGUCAUAAAUGCUUAUUGUAAAAAAUACAGGAAACCACCCCUCACCCUGUCCACUUGGGUGAUCAUUCCAGACCCCUCCCCAAACAUGCAUAUGUACCUGUCCGUCAGUGUGUGGAUGUAUGUUUACAGUUCUACAUAAAUGGGAUCAUUUUAUACAUGGUGCUCUGGAACCCACAUUUUUCAUGCAGUCAUUUGCAGUGAAUUAUUUAUUGUGAUAAUAAAUAGCAUUAGAAUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1125.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1167.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(.(((((.....(((((((((((((((((.((((((((((((((...((((..((((((((.(((..(........)..)))...))))))))))))...))))).((((((.....))))))..(((.(((((((......((((.(((((......)))))...)))).)).)))))))).))))))))).)))))..)))).....(((.((.(((((..((((.....))))..))))).))))).((((......))))..((((((((((.((((.((((((..((((........))))..))))))))))........((((....))))......(((((.........(((.(((....(((((((((...(((......)))...)))))))))....))).)))...)))))((((((((.(((.......(((((((.(((((.(.....).))))).)))..)))).)))))))))))....))))))))))..(((.(((((((((....(((.(((((((.......((..(((((((((((..((.(((.(((((((((((.............((((((.((((....(((((..((...))..)))))))))))))))((((((.(((..(((((((((.((.(..(((......)))..))).)))))))))..)))..(((.((....))))))))))).)))))))))).).)))((((.((...(((((((....(((.((((....((((((((((((((((...)))))((((((....))).)))))).))).)))))..(((((..(((..((((((....))))))..(((....)))(.(((((((....(((((((((((((.....))))......)))))))))...)))))))))))..))))).......((((((.........(((((((..((((.((((.....)))).))))...(((((((.(((..(...(((((...(((((((.((((((((...(((((((((((((....)))(((........))).....))))))...))))...))))))).....).)))))))...))))).)..))).)))))))))))))).........)))))).)))).))))))))))...))))))...)).))).)))))))).)).((((.(((((.((((((((((((((((....((((((((((((((.(((.....((.((((.((((......)))...........((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((........(((...((((.((.((((....)))).))))))...))).(((((((((...(((...(((((((.(((((((((((...))))))))))).(((((((.(((.(((((..(((.(((((((.....((((((((.(((.(((((..(((((((.((....)).))))((((.((((((..((..(((((((((.....))).))))(((((((.(((.....)))...).))))))))..))..)))))).))))(((....)))..)))..)))))((((((((((((.((.(((..((((.(((((((.((......)))))))))))))..)).).))..))))))))...))))...((((((...))))))......((((((..(((((.(..((.....)).).))))).)))))).(((((....)))))...((.(((((((...((......)).))))))).))..)))))))))))))))))))))))))).((((((..((.((((..((.(((((((((....))).(((((((...((((.....(((....)))((((....)))).)))))))))))...)))))))).)))).))...))).)))...))))))))))((.((.....)).)).(((((((((.......(((((...........)))))..........))))))))).))))))))))))))))))))))))))).))).))))....)))))))))).)).....(((((((((.(((((.(((.(((((((((((((...))))).)))).((((.....))))..............)))).))).))))).))).))))))..))))).))))...).))))))))).))))).)))))))))))))))..))))))).))).))))).))))...))))))).)))..))))))))).))).)))))))).....))))).).))))(((((((((((...))))..((((((((.(((((...(((.....)))((((((((((((((......)))))).)))))))).....)))))))))))))((((((...))))))............((((.....))))((........))((((((.........))))))...(((((((...............(((((((((..(((((.....((((((((((((....))))..))))))))....))).)).....))))).))))))))))).........(((((((((....))))).)))).(((((((((...)))))))))))).))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.(.(((((.....((((((((.((.(((((.((((((((((((((..,(({({.((((((((.(((..(........)..)))..,)))))))),}))}}}))))).((((((,...,)))))).{(((.,,,,))}}{((,,,,||}(({(({{{,{{{{|,,..,)))).))}))),)),,.))))))))).))))).((((((((......))))))))..((((,...,)))).((((((.((((((.((((....((((........))))..))))...)))),,).)))))).((((((((((((.(((((.{{.{{.,,((({....||}}{((...,.|},.....{{{{(((.....)))||||.{,({,...,({{......)}}.,,,,))}||,(((((((({.......{{(,{(((((.(((.{{....(((((((.(((((.(.....).))))).)))..)))).)))))))))))}.,{{{,..,((((((((....)))...........))))){{{......})}......(((((({..((((.......))))..})).))))...(((((...(((((.............)))))...)))))|((((.((((((...))))))....))))}.,}},)))))))))},})),)),))))).)))))))((((((((((.(.(((.,.((....)).,.))).}))))}}})))}(.((((((((((((.(({(({(.{({,.,({((({,(((((.,,||||}{((((((...(((((((({({{..,.}))....|{{{{((,|({{{(,..(((((({{.{||||,|.{(((({..{{(({{{((((...}}}}{{..(((((({..{{||||||,|.,,,(((((((....{((.....)))....))))}})...((((((.........(((((((..((((.((((,...,)))).))))...(((((((.(((..{...(((((...(((((((.((((((((...(((((((((((((....))){((........))}.....)))))}..,))))...))))))).....).)))))))...))))).)..))).)))))))))))))).........)))))).{||{{{|..{(.((((({{|,|,,..,))},.{{{((((,,,....)}}}}||((({((,,((((((((((((..,.(((({{,(,{{{,,.|||,},}},|.||||.}|||...}}}),,}}}}}..}}}}||||.||||||}{{{{{{.,,{|(((((((((((((((........(({.,.((((.((.((((....)))).))))))..,))).(((((((((...(((...((((((({(((((((((((...))))))))))){(((((((.(((.(((((.,(((.(((((((.....((((((((.(((.(((((..(((((((.((....)).))))((((.((((((..(({{(((((((((.,,..}))},}}}{({{{{{.{{{..,,.)))...),))))}}}}..))..)))))).))))(({....})).,)))..))))){{((((((((((.((.(((..((((.(((((((.{(......)))))))))))))..)).).))..))))))))}..}})).,{((((((...)))))),}.,..((((((..(((((.{.,{{.....}).).))))).)))))).(((((....))))}...{{.(((((((...((......)).))))))).}}..)))))))))))))))))))))))))).{{{{({{{((.((((..((.(((((((((....))}.(((((((...,|||.....(((....))){{((,,..))}}.}},,))))))),.,)))))))).)))).)).,,))).)))...))))))))))|,.,,.....,,.,}.(((((((((.......(((((.{.......,,)))))..........))))))))).))))))))))))))))))))))))))).))).)))),}}})))))))))}.)).....,|||||(((.(((((.(((.((((({(((((((...})))).))}|{{{{{.....})))}},...........)))).))).))))).))),))))),,,))))).))))})}).)))))}})),)))))})))))),)),,,)))}}))))))).))),,)),)})))}..))))))),.})))).).....))))))))))))))).....))))).).)))}(((((((({((...)))}..((((((((.(((((...(((.....)))((((((((((((((......)))))).)))))))).....))))})))))))|((((({...})))))},..,,||,..,((({.....)))}((.......,},((((((.........))))))...{((((((.,,,.......,,,,(((({{{((,,{({{{..},,{((({(({|(({....)})}..}))))))}..,}))},,,.....}}}}}))})}))))))}.........(((((((((....))))).)))).(((((((({...})))))))))))}})))......
Back