Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166392.2
Sequence Length
2884 nt
GC Content
0.5114
ACCCGGAGGCCGACCUUCCGCCGAGGCGGUGCAGGAAGGAACGGGAGAGGGAGAAGUUUGGUAGGGAAGGAAUUGGGGAUUAAGCGGUCCCUCAGAGGAUCCAGCGAGGGGCGCCAACAAGAGGCGAAGAGGUGGCACCAGGGCGGCGGCAGGAAGAGGAGCGGGAGCAGGAGCGCGGAGCGGAGCGUCCCGACCCGCCGUGCGUACUUUCUGGAGGGAAGGGGCGGGGGAAUCGGCCCCUGAGGGAAGCGCCCGGUGGCGAGGGGGUUAGCCAAGUUCCGGCUGCGGCGCCACUCCCUCGGUUCCACGAGAGGAAAGUUUUUUUUUUCCAGACGCUUCCGCCGGCUCGCGCCCUCCGGGCCCAGCCUCCCGAGCCUUCGGAGCGGGCGCCGUCCCAGCCCAGCUCCGGGGAAACGCGAGCCGCGAUGCCUGGGGGGUGCUCCCGGGGCCCCGCCGCCGGGGACGGGCGUCUGCGGCUGGCGCGACUAGCGCUGGUACUCCUGGGCUGGGUCUCCUCGUCUUCUCCCACCUCCUCGGCAUCCUCCUUCUCCUCCUCGGCGCCGUUCCUGGCUUCCGCCGUGUCCGCCCAGCCCCCGCUGCCGGACCAGUGCCCCGCGCUGUGCGAGUGCUCCGAGGCAGCGCGCACAGUCAAGUGCGUUAACCGCAAUCUGACCGAGGUGCCCACGGACCUGCCCGCCUACGUGCGCAACCUCUUCCUUACCGGCAACCAGCUGGCCGUGCUCCCUGCCGGCGCCUUCGCCCGCCGGCCGCCGCUGGCGGAGCUGGCCGCGCUCAACCUCAGCGGCAGCCGCCUGGACGAGGUGCGCGCGGGCGCCUUCGAGCAUCUGCCCAGCCUGCGCCAGCUCGACCUCAGCCACAACCCACUGGCCGACCUCAGUCCCUUCGCUUUCUCGGGCAGCAAUGCCAGCGUCUCGGCCCCCAGUCCCCUUGUGGAACUGAUCCUGAACCACAUCGUGCCCCCUGAAGAUGAGCGGCAGAACCGGAGCUUCGAGGGCAUGGUGGUGGCGGCCCUGCUGGCGGGCCGUGCACUGCAGGGGCUCCGCCGCUUGGAGCUGGCCAGCAACCACUUCCUUUACCUGCCGCGGGAUGUGCUGGCCCAACUGCCCAGCCUCAGGCACCUGGACUUAAGUAAUAAUUCGCUGGUGAGCCUGACCUACGUGUCCUUCCGCAACCUGACACAUCUAGAAAGCCUCCACCUGGAGGACAAUGCCCUCAAGGUCCUUCACAAUGGCACCCUGGCUGAGUUGCAAGGUCUACCCCACAUUAGGGUUUUCCUGGACAACAAUCCCUGGGUCUGCGACUGCCACAUGGCAGACAUGGUGACCUGGCUCAAGGAAACAGAGGUAGUGCAGGGCAAAGACCGGCUCACCUGUGCAUAUCCGGAAAAAAUGAGGAAUCGGGUCCUCUUGGAACUCAACAGUGCUGACCUGGACUGUGACCCGAUUCUUCCCCCAUCCCUGCAAACCUCUUAUGUCUUCCUGGGUAUUGUUUUAGCCCUGAUAGGCGCUAUUUUCCUCCUGGUUUUGUAUUUGAACCGCAAGGGGAUAAAAAAGUGGAUGCAUAACAUCAGAGAUGCCUGCAGGGAUCACAUGGAAGGGUAUCAUUACAGAUAUGAAAUCAAUGCGGACCCCAGAUUAACGAACCUCAGUUCUAACUCGGAUGUCUGAGAAAUAUUAGAGGACAGACCAAGGACAACUCUGCAUGAGAUGUAGACUUAAGCUUUAUCCCUACUAGGCUUGCUCCACUUUCAUCCUCCACUAUAGAUACAACGGACUUUGACUAAAAGCAGUGAAGGGGAUUUGCUUCCUUGUUAUGUAAAGUUUCUCGGUGUGUUCUGUUAAUGUAAGACGAUGAACAGUUGUGUAUAGUGUUUUACCCUCUUCUUUUUCUUGGAACUCCUCAACACGUAUGGAGGGAUUUUUCAGGUUUCAGCAUGAACAUGGGCUUCUUGCUGUCUGUCUCUCUCUCAGUACAGUUCAAGGUGUAGCAAGUGUACCCACACAGAUAGCAUUCAACAAAAGCUGCCUCAACUUUUUCGAGAAAAAUACUUUAUUCAUAAAUAUCAGUUUUAUUCUCAUGUACCUAAGUUGUGGAGAAAAUAAUUGCAUCCUAUAAACUGCCUGCAGACGUUAGCAGGCUCUUCAAAAUAACUCCAUGGUGCACAGGAGCACCUGCAUCCAAGAGCAUGCUUACAUUUUACUGUUCUGCAUAUUACAAAAAAUAACUUGCAACUUCAUAACUUCUUUGACAAAGUAAAUUACUUUUUUGAUUGCAGUUUAUAUGAAAAUGUACUGAUUUUUUUUUAAUAAACUGCAUCGAGAUCCAACCGACUGAAUUGUUAAAAAAAAAAAAAAUAAAGAUUCUUAAAAGAAUUACAGUGUGUGCAAGUUUGCUUUGAAAAAAGGAUGAAGGGCAGGAGUAUUCAAUGGUCUUGGUUCCGAUGAUAAUUAUUACUUAACAUAGCUGAGAAUCAAACUGUAGCAAUGUCUAAUAUAAAUAGACUUGGGAGAUCGUUUUGAAAUGGUGGAUCCUUUUAGUAUUUAAAUGGAGAGUUUGAGUAUUCAUGUGACUGUAUGGUCCCAAAGUUAAUGCUAUUUAUGAAACAGUUUUGUAAGAACAUAAUGAAGUUGGUAAAAGCUAAGCGUUCUGCACAAUAAACAGUUCCCAGUUUGGGGCUUUUUCAAGGCUAAUGAAGUUAUUGUUGGUCUAGAAAAAUAGUAUUUACUUAAUAAAACUCUGUUUGAAAUUGUUCUGUGGAUUUUUAGAGCAGAAUUUGAAACAAAUGUAAUGCAAAUAAAUAUAAAGAUAAAGUGUCUUAAAGACAAUAUUCUGAAAUAAAAGAUAUAAAAUAUAAUUUAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1026.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1074.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 768.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.((((((((((...))))...))))))..)))(((((((((((((((((((((((.((((((((((.....(((((.((((.(((.((((((((.((((((((.......))).....(((((..(((((((((((.(((((.((((((.(((((((((((((((..((((..((...))..))))..))))).......((.((((.(((((((((((.(((((((..((((.(.((((((((((((((((((((..(((.(((....)))..)))...)))))))))...))))....((((((......)))))).((.(((......)))))(((((((((((((...(((((.((...(((((((((((((.........)))).)))))))))...)).)))..))...)))))))))))))(((((((((...))).)))))).))))))).).).((((((((.....)))))))).)))..))))))).)).))))))))).)))).))))))..)).)))).)))))).)))).).))))).))))))...)))))(.(((((..((((....)))).))))))...))))).))))).)...)).))).)))).(((((((........))))))).)))))((((((..((((((((((.(((......))).....(((((((.((((.(((....((((...(((((.((((.((.....))))))((....))((((((((....)))))))))))))(((((...........))))).))))...))).)))))))))))))))))).))).((((((((((((...(((...(((.((..((.((((........)))).))..))))).....)))...)).))))))..))))..(((((((((...)).((((((((((((....(((.(.((((((((((((((((..(((((.....(((.....)))...))))).))))))))))(((((((((((((.((((.....))).).))))))...)))))))((((.((.((((((((..((.((((............)))))))))))))).....))))))..(((((((((.(((.(((.....))).)).).)))..)))))).(((.(((((............)))))...)))....(((((....)))))((((((((((((.(((((........)).))).)))....(((((.(((...((((.......))))...))).).)))).....(((((((.((.((((((....)))))...).)))))))))....(((((((((((((..(((((((......((((...............)))).......(((((((((((((.............(((((.(......).))))))))))))))))))......))))))).)))))...))).))))))))))))))..(((((((...))).)))).........)))))).).)))....)))))))))))).........((((.....)))).)))))))(((((..(((..((((.....(((....)))...))))..)))..)))))....))))))......))))))))))..((.((.(((((.............)))))..)).))......(((((((...)))))))...........)))))))))))))).)))).)))))..)))))...(((((((((.(((((((((.(....(((((.((((........)))).)))))..))))))))...)).)))).))))).......((((...((((.((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((...........((((.((((((.....((((...(((((.(((.......))).)))))))))....)))))).))))((((...((.(((((..((((....)))).((......)).......))))))).)))).)))))))))))).......((((((((((.((((((.(((((((.........((((((..((.((((((((((((.........((((((........))))))............((((.((.....))))))..(((.(((((.((((((.((((.(((..((((((..((((..(((.......)))..)))).............(((((((((((.........(((((((.(((((((((.((((((............))))))))))))))))))))))........)))...))))))))...............((((((....)))))))))))).))).)))).)))))).......))))).))).(((((.(((...))).))))).....)))).))))))))..))..))))))))))))).))))))...(((.(((((.......))))))))(((.((((((....))))))...)))....(((((((((((.....)))))))))))..((.((((....)))).))..........))))))))))...(((((...))))).....))))..))))))))))).......)))))))).....))))...)))))))..((((((.((((((((((.....)))))))))).))))))..(((((((.............(((((.(((((((((((........)))))))..)))).))))).............)))))))..(((.....(((((...)))))....)))................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((((.((((((((({...))))...))))))..)))(((((((((((((((((((((((.(({,,((((({(,..,,|||}||||.((({(,,,(((({((((((((.......)))}....(((((.,(((((((((((.(((((.((((((.(((((((((((((((..((((..((...))..)))),.))))}.......((.((((.(((((((((((.(((((((,,((((((.((((((((((((((((((({..{||.{{|.,,.))),.))),,.}}))))))),..}}}},.,.((((({......)))))|,{{{(({||{.{{{(|,.(((((((((((((...(((((.((...(((((((((((((.........)))).)))))))))...)).)))..))...))))))))))))).{||||(((..,))},)))))),}}))))))),,,((((((((.....)))))))).}}}..))))))).))}))})))))).)))).))))))..)).)))).)))))).)))).).)))))}}))))).,.))))),.(((((..((((....)))).)))))}.{{||,,,{}||||.{{{.{|{|||.||||||{|((((||.,,,..}||||}....)))|,,,||,,,{(((({(({.{({......}}|.....((((((,,((((.(((....((((..,({(((,((((.((.....))))))((....||((((((((....)))))))))))))|{{{{...........))))}.))))...))).)))))))))))))))))))}})}||||,|||,|||,..|||,..{||,((..((.((((........)))).))..))})}}}}},)))}}}))},||||,...)))}.(((,((((({{.,,.(({(({((((((,...{{{.,.({{{{{{{((((((((.,,((((.....(((.....)))...))))|.))))))}|||((((.({((((((.((((,,,,.|}}.}.)))))),).)))))||{{((,({,((((((({..,,.,(((,...........)))),))))))))).,...}))}))}.(((((((((.(((.(({.....})).)).}.)))..)))))).{{{.(((((............)))))...}}}...||{{|{....|||||{{,||||||}||,|{|||,}}},,,.)).))}.,))}}}}|,|||.((({{{((,,,.,,,{{||||,.,|||{{.,,,,..,,,({((((({((,.(((((....))))).,,|,|||||}}}|{{{.{((((((((((((..(((((((......((((.........}.....)))).......(((((((((((((,....},....,.(((((.(......).))))))))))))))))))......))))))).)))))}..})).)))))))))}}}}}..{{{(((({.,|||{|||,...{||||,||||||.,.,,,.)}}))),,)))))),.......,.((((.....)))).}}),)))||}}}}}|.{,.||||,,...((({{......}}))),..,))..}))))}}))))),,,......|||||||}},..(((((...,))))).....,,.}})).,...)),})}}.}}}||||,||}.,,,)))))}}}...,}},.)))))))))))))).)))).)))))..)))))..,{({((((((.(((((((({,(....(((((.((((.,......)))).)))))..)))))))}...)).)))))}||{({.,{,,..,||,,,.,}}}|(((((((((((.{((((((..((((,(((((((({{((.(((.,,,..((((.((((((.....((((...(((((.(((,....,.))).)))))))))....)))))).)))).}}}..})).}}..|..((((....)))),({{(((,{{..,,....}}}},||,,,.,.|}}}}}}}}}}|.,,,...{{{{{{{{{,.((((((.((((((,........{((((((..({.((((((((((((.........((((((........))))))...............,..(((((......))))),,.,.((((((,(({(,,({(,{..,,((((,.{{((,.{{,.......,||{{||||.,,,{{,...,,.((({{((((((,,,,,....((((((,{(((((((((.,(((((,......,,,}})}}}},))))))))))))))))........|||...|})}}}},...............((((((....)))))),})))}.))).})))}))))))}...,}})}))),))}))))||}||..,.})).))))))....)))).))))))))..))..))))))))))))).))))))...{{,.(((((.......)))))|||(((.((((({....}}}}}}.,.})),...|((((((((((.....))))))))))},.{{.{{({....)))),))..||,,,})))))))}))}}...{{{{{,|.,}})}.....))))..))))))})))).......)))))))}....,{,{(((,...}))))}|(((((.((((((((((.....)))))))))).))))),..(({(({{.............(((((.(((((((((((........)))))))..}))).)))))...}}........}}}}}}}..,{{.....{((({...})))).,,.|||........}}},}}....,,,...........
Back