Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001166425.2

Sequence Length

2135 nt

GC Content

0.5527

GUCCCAGGUUAUGCUGAGUCCCAGCAGGGAACCACCACAGCUCUGAAUCAGCCUGUUAGCCGCUGUCCAUUGCUCUUCAUCUGCUCUUUAUCUGAAAAUCUUCAGAAGCUUUCCUUCAAAUGAGAUGACCACAGCAGUCUUCUCUGCAGGUUGCAGGAAAUGAGAGGUGCUGGGGAGUCAGGGAAGAGCACCAUCGUCAAGCAGAUGAAGAUCAUCCACGAGGAUGGCUACUCCGAGGAGGAAUGCCGGCAGUACCGGGCGGUUGUCUACAGCAACACCAUCCAGUCCAUCAUGGCCAUUGUCAAAGCCAUGGGCAACCUGCAGAUCGACUUUGCCGACCCCUCCAGAGCGGACGACGCCAGGCAGCUAUUUGCACUGUCCUGCACCGCCGAGGAGCAAGGCGUGCUCCCUGAUGACCUGUCCGGCGUCAUCCGGAGGCUCUGGGCUGACCAUGGUGUGCAGGCCUGCUUUGGCCGCUCAAGGGAAUACCAGCUCAACGACUCAGCUGCCUACUACCUGAACGACCUGGAGCGUAUUGCACAGAGUGACUACAUCCCCACACAGCAAGAUGUGCUACGGACCCGCGUAAAGACCACGGGGAUCGUGGAGACACACUUCACCUUCAAGGACCUACACUUCAAGAUGUUUGAUGUGGGUGGUCAGCGGUCUGAGCGGAAGAAGUGGAUCCACUGCUUUGAGGGCGUCACAGCCAUCAUCUUCUGCGUAGCCUUGAGCGCCUAUGACUUGGUGCUAGCUGAGGACGAGGAGAUGAACCGCAUGCAUGAGAGCAUGAAGCUAUUCGAUAGCAUCUGCAACAACAAGUGGUUCACAGACACGUCCAUCAUCCUCUUCCUCAACAAGAAGGACCUGUUUGAGGAGAAGAUCACACACAGUCCCCUGACCAUCUGCUUCCCUGAGUACACAGGGGCCAACAAAUAUGAUGAGGCAGCCAGCUACAUCCAGAGUAAGUUUGAGGACCUGAAUAAGCGCAAAGACACCAAGGAGAUCUACACGCACUUCACGUGCGCCACCGACACCAAGAACGUGCAGUUCGUGUUUGACGCCGUCACCGAUGUCAUCAUCAAGAACAACCUGAAGGACUGCGGCCUCUUCUGAGGGGCAGCGGGGCCUGGCGGGAUGGGCCACCGCCGACUUUGUACCCCCCAACCCCUGAGGAAGAUGGGGGCAAGAAGAUCACGCUCCCCGCCUGUUCCCCCGCCGCUUUUCUCCUCUUUCCUCUCUUUGUUCUCAGCUCCCCCUGUCCCCUCAGCUCCAGACGUAGGGGAGGGGUUGCCACAGGCCUCCCUGUUUGAAGCCUGCCCUUGUCUGAGAUGCUGGUAAUGGCCAUGGUACCCCCUUCUGGGCAUCUGUUCUGGUUUUUAACCAUUGUCUUGUUCUGUGAUGAGGGGAGGGGGGCACAUGCUGAGUCUCCCAAGGCUGCGUCUGGAGGGGCCCCUGCUUCUCCAGCCUGGACCCCCAGCUUUGCCCAACACCAGCCCCUGCCCCAGCCCAAGUCCAAAUGUUUACAGGGAGCCUCCUGCCCAGUCCCCCAACCCCAGCCGCUCGGAGGCCCCAAAGGAAAAAGCACAAGAAGCGUGAGACGCCACCAUUCCUGGAAACCACAGUCCACCUGCUCAUUCUCGUAGCUUUUUAAAAAAAUGAAAGUAAAGGAAAAAAAAAAAACUGCAAAUCUAGAAAACUUUUUAGAGAAAAACUAUUUAAAACUGUCAGAUCCUGACCAGCAAGCCCCCCCCCAGCCCCCCUUCCAAGUGACUCCGUGCCUUGAGUGUGUCUGCGUGUUUACACCCGUCCCUCUGCUGGCCGCCCCCGUGCGAGCGGCACCCCUGCCCUGCCCUCCACAGAAUUGGGUUCCAAGGGCUGUUCCAGACAACUGCCAACGUCACUGAGGGCCCUGCCCCAGCGGCCCUGGCCCCAGGCUCUAUUAACCUAAAAUGUAGCUCCCUAGCGCUAACCUAGGAACCGCCGCUGCCUGCUGGGGGGCCACGCCCCUCAUGCCCUUGUCCCAGGCCCGGGGCCUUCAGCGUUGAACACUUCCUUGCUUUUUUCACAUGUUUUAUGGAAUUGUUCACCUGGUUUGAAAUAAUAAAAUGUAGAAAGAAAAAAAAUACCGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-735.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -774.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 524.27

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((((.((((((((((((.((((((.......(((((.((((.........))))..))))).......((((((((((((.....((((((....)))))).(((((((((.......(((..((.(((((.((((.((((((...))))))....))))..)))))))..))))))).)))))..........)))))))))))).(((((....)))))(((.(((((.((.((...((((((((....((((((.(((..(((((((((((((((((..(((((((((((((......(((...))).(((.(((..(((((..((.((((((((((((((((((.((((((.(((((.((((.((((.(((.(((.((.....)).))).))))))).....))))..))))).)))))).)))....)))))))(((((((....(((((((...((((((((.((.(((.((......(((((.........))))).......))))).)).)).))))))..)))))))..(((.((((((((((.((((......)))).((((......))))........)))))).))))...)))......(((...)))(((((((..((((.....))))))))))))))))))((.(((.((((((((((((....))))....(((.(((......))).))))))))))).)))))...((((((........))))))(((((((((((((((((((((((((.((..((...(((.((.(((((...))))).)))))..)).)).)))))))).(((((.((((.((.................)).)))).)))))(((((((((......(.((((((((((((..((((..((((((......))))))...........((((.(((.....))).))))))))....)))..)))...(((....(((((((.((.....((.(.((....(((((.....))))).....))).))..((((.....)))))).)))).)))..)))..((((....))))..............)))))).).((((....))))(((.((((((.(.((((((...(((....)))((((((....((((((..((....))....))))))...)))).))......)))))).)...)))))).)))))))))))).....))))))))))))))))).((((((((............)))..))))))))))))).))(((((.((.......)).))))).....))).))..))).)))))))))))))))...(((....))).........(((((...))))).......)..))).))))..(((.(((((((...((((((((((....)))))..(.((((((((((....)))))))))))((((....))))((((((...........(((((...((.............))....))))).((((((.((....................))..))))))((....))(((((((((.(((((((((.(((....(((....)))........))))))..)))...))).)).)))))))............))))))....................(((((((....)))))))..................(((((...)))))))))).))))))))))...........((((..((...))..))))...)))).))).)))..))).))))))..))))))))...)))).)).))).)))..)))))).(((.......)))..(((((...(((((((((((...))))...((((..(((.(((.((((...))))))).)))..))))..(((((........((((.....((((........))))...))))..........))))).((((((((...)))))))).))))))).)))))....)))))..))))))).(((((.((((......................)))).))))))))))).........................................

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((((.,((((({,,{,|}|||(({.....,,,((({{(((,..{||{{|,,.{{{{({|,,.....}}((((((((((((.....((((((....)))))).(((((((((.......(((..((.(((((.(((((((((({...})))))....})))}.)))))))..)))))))))))))..........)))))))))))).(((((....)))))||,.{(({{.((.((...((((((((....((((((.(((..(((((,(((((((.(((((((.((((((..........))))))(((((..,.......,...))))){,..(((((.....(((.((((((.(((((.{,,{.((((.(((.(((.((.....)).))).))))))).....)},,..))))).)))))).)))))))).}})))))))...)))))))||.((((......))))||((.,{(.,,{{,{,((({......{{||,||.......,)))).,,.,,,,}}||}}}}}}).|,)|)}..((((((({{(.((((......)))),((((...,,.}}}}.......,))))}).))))(((((((({,,,,...,{{((((({{((,.(((({...|}})}}))}|||((((((.(((((({((((({({{((({...||}}.,,.((,.(((,,,...}}}.}}|||||}|||{{{{((((((((({{...,,,,,||}|||(((((((((((((((((((((((((.((..{{...(((.((.(((((...))))).)))))..}}.)).)))))))).(((((.((((.((.................)).)))).)))))(((((((((,.....{.((((((.{,{{{..((((,.{(((((......)))))}...........((((.(((.....))).))))||}},...}}},}.}},,,||.....{{{{,.{{{{.....{|.,.,|,.,.(({((,..,,||}|}.....|,|,|...{{{{,,,..)))))))))||,|}},|},..,{{|{||..}}}}..{......,},,.)))))),)|((((....))))|((.((((((.{.((((((..{(((....)))((((((....((((((.,{(,...))..,.))))))...)))).))...,..)))))).}...)))))).)))))))))))).....))))))))))))))))).(((({.((((((((,{{{((((((.((((.{(({.((...(((((....)))))...}}.))).)))))))))){||{|,(((({{.{((((,((,.,,(({....)))..,},,...})))}.}},)))).,}}}}......,.},))))))))})))||{,...{{{{.,,....||||||||}{|((((((((((....)))))))))).,{{{,,..})))|||||........}}}}..,}}},,,}))}}},}}}....}}}},...(((.((((((.((...,,............,,.))..)))))))))...}},{{{{||{{.|||{|{{||.|||},,.,||....}}),.....,.})))}},,))}..,}}}.}}.||||||}........},,}}}..,}},..................(((((((....)))))))................,,||}))))))))))),,,..,..........}}...,,,,.,,|}}},,...}},}))))))))))))))).)))..))).))))))..)))))))).,|}}}}.}).)||.|||,....,}}|{|{|||,,,.}.,...,|||}..,,|||||||||.,})),,.},|,{(,{({,.((({(((({{{|||,|||{|||,,||||..||||{,.,.....,{{{....,{||{..,,,{|.|},,..,))))....}}})}}),,,|{((((((((...)))))))).))},,,,.,.,}))}..))))))))))))))}(((((.((((..{,...........,,.....)))).))))))))))).........................................