Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166451.2
Sequence Length
1985 nt
GC Content
0.4504
AUUUAACCUUUGGGAACAAGGCAACUAGCGUCUGGCAGCAGGAAUCCAACCAGUGCCCUGAGUUCUGAGGCAGAGAGGAGGACAGAAGAAACAAGAGGCUGGAGAUUGUCAAAUUCAGUAUCCCAGUUGGCUCUUGAUUCUUGGUGAAACCAUCCCUCAGCUCCUAGAGGGAGAUUGUUAGAUCAUGAAACUAAUUACCAUCCUUUUCCUCUGCUCCAGGCUGCUACUAAGUUUAACCCAGGAAUCACAGUCCGAGGAAAUUGACUGCAAUGACAAGGAUUUAUUUAAAGCUGUGGAUGCUGCUCUGAAGAAAUAUAACAGUCAAAACCAAAGUAACAACCAGUUUGUAUUGUACCGCAUAACUGAAGCCACUAAGACGGUUGGCUCUGACACGUUUUAUUCCUUCAAGUACGAAAUCAAGGAGGGGGAUUGUCCUGUUCAAAGUGGCAAAACCUGGCAGGACUGUGAGUACAAGGAUGCUGCAAAAGCAGCCACUGGAGAAUGCACGGCAACCGUGGGGAAGAGGAGCAGUACGAAAUUCUCCGUGGCUACCCAGACCUGCCAGAUUACUCCAGCCGAGGGCCCUGUGGUGACAGCCCAGUACGACUGCCUCGGCUGUGUGCAUCCUAUAUCAACGCAGAGCCCAGACCUGGAGCCCAUUCUGAGACACGGCAUUCAGUACUUUAACAACAACACUCAACAUUCCUCCCUCUUCAUGCUUAAUGAAGUAAAACGGGCCCAAAGACAGGAUACCGGUGAAUGUACAGAUAAUGCAUACAUCGAUAUUCAGCUACGAAUUGCUUCCUUCUCACAGAACUGUGACAUUUAUCCAGGGAAGGAUUUUGUACAACCACCUACCAAGAUUUGCGUGGGCUGCCCCAGAGAUAUACCCACCAACAGCCCAGAGCUGGAGGAGACACUGACUCACACCAUCACAAAGCUUAAUGCAGAGAAUAACGCAACUUUCUAUUUCAAGAUUGACAAUGUGAAAAAAGCAAGAGUACAGGUGGUGGCUGGCAAGAAAUAUUUUAUUGACUUCGUGGCCAGGGAAACCACAUGUUCCAAGGAAAGUAAUGAAGAGUUGACCGAAAGCUGUGAGACCAAAAAACUUGGCCAAAGCCUAGAUUGCAACGCUGAAGUUUAUGUGGUACCCUGGGAGAAAAAAAUUUACCCUACUGUCAACUGUCAACCACUGGGAAUGAUCUCACUGAUGAAAAGGCCUCCAGGUUUUUCACCUUUCCGAUCAUCACGAAUAGGGGAAAUAAAAGAAGAAACAACUAGUCACCUAAGGUCCUGCGAGUACAAGGGUCGACCCCCAAAGGCAGGGGCAGAGCCAGCAUCUGAGAGGGAGGUCUCUUGACCAAUGGGCAGAAUCUUCACUCCAGGCACAUAGCCCCAACCACCUCUGCCAGCAACCUUGAGAGGAAGGACAAGAAGAAAGAUGGGAUAGAAUUUAAAUAGAGAAGAAUGCCAUUUUAUCACUCUGCCUCUGGGUGAAAUAAAGAUCAGUCUUGAUGUUCUAACUCUAAUUCACAGUGGUCUCCUUUCAGCCCUACCCAUUCUGCAGCAAAUUCCAGCUGGUCAGAGAGUCAGUGCUGUGGCUCUGCCAUGGAGGCUCAUAACCCAACACUGGAACAUUCCCUAGCCAAGGCAGAAGUCCUUAGGCGGGACUUCCUUACCACCACGGGUGCUAAAAGAAGAGUUAGUAGGUCAUGCUUCUACCAGUAAUCUAAGGACUCUCUCCUUCUCUUCUUCCUCUUUCUCCAGAUUUCCAAGCCUUAGCUAAGAGUAAUUUGGCUUGUUUAGUAUUGUUUUCUUAUGGUCCAGUUAAUUACCAAAAAUAUUUUUAAAAUCAUCUCUGUUAAUAGAAUGUCUACCAACUUCUCACUAUCAGAAAAUACUCAACCUCCAAACAAUUUGAAAUUAUCUUUCUGAUCCAGGUAAAGAAGCAAAUUGAAAAUCAAUAAAGUAAAAAGUGACGGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-541.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -579.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 647.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((...((((((((.((.....(((.((((..............)))))))...(((.((((.((.(((((((((((.(((((((.(((((((((((.(((.............))))))))...)))))).))))((((...))))((((((........)))))).((((.((((.(((((.(((((((((..((((((((((...((((((((((((....(((....((..(...(((((((((..((...(((((((....((..((.((((((........)))))).))..)).............)))))))..))...........((((((((........))).)))))..((((.((((((((((......))).)))))))..(((((..(........)..)))))((..(((((((......)).)))))..)))))).)))))))))...)..))..))).....)))))))..)))))....(((((...)))))))))))))))...)))......((((((((((.....(((...((((.....((((((((..((((....(((((...(((((((((((.((((..((((.((((.............)))).))))((((..(((...))).))))......)))).)).)))))............................((((((.....))))))......)))).........(((((.(((((.(((((.......))))).))))).)))))...((((((.(.(((((((.(((((....))))).........))))))).).))))))......((((((((...))).)))))(((...))).........)))))...)))).).))))))).((.(((((((((..(((.(((((..(.(((((...((((................))))...))))))..))))).....(((.((((...(((((.((((((.(((..........(((((...((((((((((..((((((((.....((....(((((..((............(((.((.(.((((.....))))))).)))))..)))))....))......)))))))).))))))................)))).)))))......((((((((..((((((.....(.(((((((.((....))))))))).).....))))))..).....((((.....................(((((((..(..(......)..)..)))).)))))))...((((((((((((.......)))).(((((((((.(((.(.((....)))))))))))).)))..(((.....))).......))))))))..........((((..((((((..(((((((((((.((...................)).))))))).((((((.......))))))............))))..))))))..))))......)))))))...)))))))))))))).)))))))(((........))))))....))))))))))).)))))))))))))))))........(((....))).....((((..((((((((....).)))).)))))))((((.(((.((((...)))).)))..)))).))))))...)))))..)))).)))).....(((((.....))))).)))))))))))))))).)))).)))((((((...(((...))).....))))))....)).))))))))....)))................................(((((((((.((((...))))....(((((.((((((((((((((.((((............))))...))).))))))))...)))..)))))...(((((...)))))...........)))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((,..((((((((.((...,{((((({{(((((.{(,,,{{..||{{{{,,|||,||{(((.((((((((((((((...{((((.(((((((((((.{((((.......))},,)))))))...)))))).))))|(((,..}}}.((((((........))))))((((....})))..........,,,,,.)))))))}})))))).)))||||||....|||....|{|,||..,||{(((({..|,..,|{|||||},,}..,..))}}}|.,.....})}))})))))}|{{.(((((.{(((.{((.((((...,............((((((((........))).))))).{((((((.....))}})))}.))))..))).)))}.)))))}},..{{{{{{.,|({{{(({{{((((((......)).))))}..,|||||{{|||((,{|{,,,..,,.,((({{...,))}||{{(,(((((({.(((((...))))},{,,,{,{{,|..{,.,,..}}}}}})}|||}},,,}}}.}}}|||||....((({{{,.,,{((({((((((((,,{((({((((({{,{{{{..{||{|{({(.............}}|}||}}|{{(,.,(((,{,||,.}|}}.,....))),,)),)},,,.....................,,,,,..((((((.....))))))......)}}|.........(((((.(((((.(((((.......))))).))))).))))).{,((((((.{.(((((((.(((((....))))).........))))))).).)))))),.....{({{{{{,...,||,}||||{({.....,.,.......},,,..)))))),}.)}|)}})|{{.{{{{{{{{|.,,,,.{{{{,..({,,..,}}.{{{{.....,,...,||||,||{{,..,,}))..,))})),....||..|{||.,.|||((|(({(((,{{{..........{{{{{,,,{{({((((((..((((((((,,{...{|...{{{((..((.((((.,,,...{{{.((.{.(({{.....))))})).)))}}..}}}}),,,.))...,..)))))))).)))))),.,,......,,,.,}},,}.)))},.,}}}.,||||{({{{((({((..,..{.(({,,,((((,,,,}}}}||||}.|,,,.,}}}},}..,||..,||||}},....,,,.,......,|,,,|{{{{..|||(((((........(((....}})}.....}}}))((((((({{{{{{.{((,{{((({(((,{{,.|,||...,||||||,|||||.}}}|.(((.....))).......{{||||||{{,..,||,,||||}.{|||,,.,||||(((((((.((....{{{.....}},....}).))))))).{|{,||},,},..||||||,,...,{{{{,.}}}|,,,}}},,..}}},..,)),,)}))))}}.,)))))})))},)),,}|||||{((........))))}.))))),})))))))),.))))))))}.||}}|}},......{||....}))|.,,,||||..||||,||},{{{{{{||..,,,)))))))),...,))))))}))})))...{({{((({{.,{((({..{{{{,,,...)))}}}}}|,,||},,,,)}))}))))))))))))}))))}},)}}}}}((((((...{{{...}}}..,..))))))....)}.))))))))..,.)))...,............................(((((((((.((({...}))}....(((((.((((((((((((((.((((............))))...))).))))))))...)))..)))))...(((((...)))))...........)))))))))
Back