Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001166691.2
Sequence Length
2975 nt
GC Content
0.3630
CAAACGUGUUUGCGGAAAGGAGUUUGGGUUCCAUCUUUUCAUUUCCCCAGCGCAGCUUUCUGUAGUUUUUUUCUUAGAAAUGGAAUCCGAGGAUUUAAGUGGCAGAGAAUUGACAAUUGAUUCCAUAAUGAACAAAGUGAGAGACAUUAAAAAUAAGUUUAAAAAUGAAGACCUUACUGAUGAACUAAGCUUGAAUAAAAUUUCUGCUGAUACUACAGAUAACUCGGGAACUGUUAACCAAAUUAUGAUGAUGGCAAACAACCCAGAGGACUGGUUGAGUUUGUUGCUCAAACUAGAGAAAAACAGUGUUCCGCUAAGUGAUGCUCUUUUAAAUAAAUUGAUUGGUCGUUACAGUCAAGCAAUUGAAGCGCUUCCCCCAGAUAAAUAUGGCCAAAAUGAGAGUUUUGCUAGAAUUCAAGUGAGAUUUGCUGAAUUAAAAGCUAUUCAAGAGCCAGAUGAUGCACGUGACUACUUUCAAAUGGCCAGAGCAAACUGCAAGAAAUUUGCUUUUGUUCAUAUAUCUUUUGCACAAUUUGAACUGUCACAAGGUAAUGUCAAAAAAAGUAAACAACUUCUUCAAAAAGCUGUAGAACGUGGAGCAGUACCACUAGAAAUGCUGGAAAUUGCCCUGCGGAAUUUAAACCUCCAAAAAAAGCAGCUGCUUUCAGAGGAGGAAAAGAAGAAUUUAUCAGCAUCUACGGUAUUAACUGCCCAAGAAUCAUUUUCCGGUUCACUUGGGCAUUUACAGAAUAGGAACAACAGUUGUGAUUCCAGAGGACAGACUACUAAAGCCAGGUUUUUAUAUGGAGAGAACAUGCCACCACAAGAUGCAGAAAUAGGUUACCGGAAUUCAUUGAGACAAACUAACAAAACUAAACAGUCAUGCCCAUUUGGAAGAGUCCCAGUUAACCUUCUAAAUAGCCCAGAUUGUGAUGUGAAGACAGAUGAUUCAGUUGUACCUUGUUUUAUGAAAAGACAAACCUCUAGAUCAGAAUGCCGAGAUUUGGUUGUGCCUGGAUCUAAACCAAGUGGAAAUGAUUCCUGUGAAUUAAGAAAUUUAAAGUCUGUUCAAAAUAGUCAUUUCAAGGAACCUCUGGUGUCAGAUGAAAAGAGUUCUGAACUUAUUAUUACUGAUUCAAUAACCCUGAAGAAUAAAACGGAAUCAAGUCUUCUAGCUAAAUUAGAAGAAACUAAAGAGUAUCAAGAACCAGAGGUUCCAGAGAGUAACCAGAAACAGUGGCAAUCUAAGAGAAAGUCAGAGUGUAUUAACCAGAAUCCUGCUGCAUCUUCAAAUCACUGGCAGAUUCCGGAGUUAGCCCGAAAAGUUAAUACAGAGAAACAUACCACUUUUGAGCAACCUGUCUUUUCAGUUUCAAAACAGUCACCACCAAUAUCAACAUCUAAAUGGUUUGACCCAAAAUCUAUUUGUAAGACACCAAGCAGCAAUACCUUGGAUGAUUACAUGAGCUGUUUUAGAACUCCAGUUGUAAAGAAUGACUUUCCACCUGCUUGUCAGUUGUCAACACCUUAUGGCCAACCUGCCUGUUUCCAGCAGCAACAGCAUCAAAUACUUGCCACUCCACUUCAAAAUUUACAGGUUUUAGCAUCUUCUUCAGCAAAUGAAUGCAUUUCGGUUAAAGGAAGAAUUUAUUCCAUAUUAAAGCAGAUAGGAAGUGGAGGUUCAAGCAAGGUAUUUCAGGUGUUAAAUGAAAAGAAACAGAUAUAUGCUAUAAAAUAUGUGAACUUAGAAGAAGCAGAUAACCAAACUCUUGAUAGUUACCGGAACGAAAUAGCUUAUUUGAAUAAACUACAACAACACAGUGAUAAGAUCAUCCGACUUUAUGAUUAUGAAAUCACGGACCAGUACAUCUACAUGGUAAUGGAGUGUGGAAAUAUUGAUCUUAAUAGUUGGCUUAAAAAGAAAAAAUCCAUUGAUCCAUGGGAACGCAAGAGUUACUGGAAAAAUAUGUUAGAGGCAGUUCACACAAUCCAUCAACAUGGCAUUGUUCACAGUGAUCUUAAACCAGCUAACUUUCUGAUAGUUGAUGGAAUGCUAAAGCUAAUUGAUUUUGGGAUUGCAAACCAAAUGCAACCAGAUACAACAAGUGUUGUUAAAGAUUCUCAGGUUGGCACAGUUAAUUAUAUGCCACCAGAAGCAAUCAAAGAUAUGUCUUCCUCCAGAGAGAAUGGGAAAUCUAAGUCAAAGAUAAGCCCCAAAAGUGAUGUUUGGUCCUUAGGAUGUAUUUUGUACUAUAUGACUUACGGGAAAACACCAUUUCAGCAGAUAAUUAAUCAGAUUUCUAAAUUACAUGCCAUAAUUGAUCCUAAUCAUGAAAUUGAAUUUCCCGAUAUUCCAGAGAAAGAUCUUCAAGAUGUGUUAAAGUGUUGUUUAAAAAGGGACCCAAAACAGAGGAUAUCCAUUCCUGAGCUCCUGGCUCAUCCAUAUGUUCAAAUUCAAACUCAUCCAGUUAACCAAAUGGCCAAGGGAACCACUGAAGAAAUGAAAUAUGUUCUGGGCCAACUUGUUGGUCUGAAUUCUCCUAACUCCAUUUUGAAAGCUGCUAAAACUUUAUAUGAACACUAUAGUGGUGGUGAAAGUCAUAAUUCUUCAUCCUCCAAGACUUUUGAAAAAAAAAGGGGAAAAAAAUGAUUUGCAGUUAUUCGUAAUGUCAGAUACCACCUAUAAAAUAUAUUGGACUGUUAUACUCUUGAAUCCCUGUGGAAAUCUACAUUUGAAGACAACAUCACUCUGAAGUGUUAUCAGCAAAAAAAAUUCAGUAGAUUAUCUUUAAAAGAAAACUGUAAAAAUAGCAACCACUUAUGGCACUGUAUAUAUUGUAGACUUGUUUUCUCUGUUUUAUGCUCUUGUGUAAUCUACUUGACAUCAUUUUACUCUUGGAAUAGUGGGUGGAUAGCAAGUAUAUUCUAAAAAACUUUGUAAAUAAAGUUUUGUGGCUAAAAUGACACUAACAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-658.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -720.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 926.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((((((..(((((((.................))))).))..)))))))))(((((((((.(((((((.(((((....)))))..(((((((.((((((.(((..(((......((((((((((((((...((((...............)))).....)))))).....(((.(((..(((((...(((((.(((......)))....((((((...((((..(((...........)))..)))).))).)))..((((((((((.....)))).))))))))))).....))))).))).)))((.((.((((........(((((((.......)))))))......)))).)).)).............((((((...(((((((.((((......(((..((.(.(((..(((((........))))).))))))..))).....))))..)))))))..))))))(((((((.(......).)))))))))))))))..)))..)))..))))))...)))))))..((((.((((.....((((.....)))).........((((((((.(((((.(((((.(((.((....)).)))..))))).))))).........(((((....(((((....)))))....)))))....................))))))))..(((.((((((((((((.......)))))..))))))).))).......((((..((....))..))))....))))...))))........)))))))...)))))))))..((((((((((((.(((((((((((((.((((((((.(((((((............((...((((((..((..(((((((((.((........))))))))))).))...))))))...))((((((((.((.(((((..((....((((((.......(((....((((((((.....(((((...((((((((.((.(((.......))).)).(((((((((....(((((..(((.........))))))))....)))))))))..((((((((((((.(((((..........)))))............((((((......................))))))..((((((((.....)))))))).(((....))).......))))))))))))......)))))))).....))))))))).))))...)))....(((((((((..(((((.((((................)))))))))(((.......)))....)))))))))..))))))....))..)))))))..))))))))..(((((.((((((((((......................(((((......)))))....(((((..(((((((.........))))).)).)))))))).))))))).)))))..((((((.....))))))......((((((.(.....((..(((..(((((((........(((((((...((.....((((((((((((((((..(((((((((...((((....(((((((..(((((((.((((((((....)))))..)))..)))))))............)))))))))))..)))))))))......)))).))))))..))))))...))....)))))))......)))))))....)))..)).....).))))))..........))))))))))).)))))))..............((((((.((((((....((((((.(((((((((((((((((((((((....))))....(((((((....))).)))).))))))).)))).....))))))))((((((..(((..(((((...((((.(((((((((((((....(((((((.((.(....((((((((.((((((..((...((.(((((((((..(((((((....))))).))......(((........)))...))))))))).))......((..(((..(((((.........)))))..)))..))..(((((....)))))....(((((((.(((.((((.(........).))))))).).)).))))...))..)))))).(((....)))...(((..((((.......))))...)))(((((((....(((((.....((((((............((((((((.(((((((.....(((((((((..(((((.............)))))..)))......((((....))))))))))....)))))))........((((((((((..((((...((((...(.(((.(((...))).))))...)))).((((.......)))).......(((((((..(((((.((((..((((......(((......((....)).....))).....))))....)))))))))...))))))).))))..)))))...))))).......(((....((((.........))))..)))..((((((....)))))).))))))))......))))))))))))))))))........(((((.......((((((((........)))).))))....)).)))....))))))))...).))...)))))))....)))))))).........((((.((((.(.(((...))).))))).))))..........))))).)))).)))))..)))..))))))...........(((....))))))))).....))))))..))))))...))))))).)))))))))).....((((((..(((..((((((........))))))..)))..))))))........(((((((((....))))))))))))))......)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((((((((((..(((((((.................))))).})..))))))))){,{,{{,,,..||}}|{{(((((....|||||..,{,{{{{,{{||||,|,,,||}|||},,...,,{{{{((({,({({((,..,{{{{(((((({..,,,,......|||||{.,,.....(((..(((......))).)))....,,,}}}.,,.((((((...((((..(((..,.....,..)))..)))).))).)))..((((((((((.....))))}}}))))......((((((,.(((.((((((.((((,((({,,.....(((((((.......))))))),,..,{||||{||(((..{{{........|||{{{...{{(((((..{(,,....{((({((({{(((({(({{{{....}}}.||||{,{{{|,|,,|{,.,|..,|||,.}}}|}}}..}}}}}|(((((((..((((,...})))),))))))),{,{{{{{{.{(.{{{.,,,....})))),}}}))}.}}},.....{{{{.....}}||{{,{,....{{{{{{{|.{((((.(((((.(({,{{,...,},)))..))))).)}))),........{{{{{....{{(((,,,.|||||,,,,||||}...,{.,{{{{||,||{{{{}}}},|||..,.|,{(((({{((((({{{{{,.|||||.{||||,||{{{...,,,,.{(((,.,{,,|,||,.}|||.,,{||{{,,||,,,..{{{{{{{||{{{,.,{({{{,{{{{,{({{{..{{(((((((({...{(((..,({(((,,{(((({{(({...........,{...((((((.,(,..(((((((((.((........))))))))))).),.,,))))))..,||{{{{(({(.,,.{||{{,,{{...{((((((.....}}|||},..((((((((.....(((((...((((((((,{(.(((.......))).}}.(((((((((....(((((..(((.........))))))))....)))))))))..((((((((((((.(((((,......,,,}}}}},},,.......,((((((......................)))))}.,((((((((.....)))))))).{{{....}}).......))))))))))))......)))))))).....))))))))),,)))...)))..}}||{||{{{|,.|{{{|||||||,,,,,,........})))))}))){((.{,,..,}|}....||}}}}}}|..||||||...,||{{|||||,,..|||}}}}}.}}||}}}},|||,{,{,,.,,,..{,{{..........{((((({,(((((((((.,,,(((((..(((((((.........))))).)).)))))(((((((((((..((((((((({(.{{{(.....)))).},.((((((.({,,,.,({{,{{..(((((((.....,,.(((((((...((..,..((((({((((((((((..(((((((((...,{{,...,{{|{{{{..(((((((.{{({{{((,...)}})).,}},..})))))).......,,.,.|}}}},,.}}}..)))))))))......)))))))))))..))))))...))....))))))).,,...)))))))....))),}))...},,.)))))).......((((((((...((,.(((((.({{..{{{.{{{{....,}}}.}}}..........{{{,({{{{{{{{((((((((({(((({...,,||{{,.,((({{{....,,},)))).,)))}}),)))}.....)))))})),,}}))},,{,....,|.......,..}}).)))..)).,)).)))))))))))))).......))).)))))))))))..,{.(((((((((..{{(((((....))))).}}......(((........)))...))))))))).}|,....,,.,,,.)))))))))..,.}}}}))}..,,,,,...},,|{{{{..}}))))),...{{{{{({.((,{((((.{........}.))))))).|{{|{||||...}}}.)),)))}{{{....)))..|(((..((((.......))))...,)))}..,}))},,)))}}|||},.,|,}|||}}}}}}....,,}},},,.(((((((...,.(((((((((..(((((.............)))))..)))......{({{....}))})))))),}..))))))),{,{{,,,{{{|...,||||,.,}|}||{{,..,|,|||,|||...,,}|}}}|,..,,},.{||{...,,..}}}}||{{,,,,))))}...,,,,|}|||,.,|||.,{{{....,}}|}....}}}}),}}}}},))}}}...}}},,,,}}}.....}))))}}}|||,..}})))))})))})})),}}..}})),}}}})}})))})}}.......,.,,,},.|,,|||,,|{||{{{{{{{{,.......}))))}}|,||,...{((((......})}))}}}}......|{{{|{{{|||,..,,}}}},}}||{.,.|||,,|,{,...,,}},))),})),},,,)))))))})||}|||||}}}})),))}}}|}}||,,,}},,}}}}}))}))))).)))},.........}||||,},||.||||,,.}})}.,}}}},.,,,,.}))}..)))))))))))))))...,,}),)))}}))))))),,,))))}}.|}}}.}}))|,,|{,((((({.,(({,,(((({{...,,,,,}))))),,))).,)))))).,,.{{,.(((((((((....))))))))),}}},......)))))........
Back