Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001170650.2
Sequence Length
2293 nt
GC Content
0.5421
GGAGUGAGGGUAGCACGCUGAGCUGAAGGCUGUGCGGAGCGGCGCGGCACAGAGCCUGUUGUUGAGCUCAGUAUGUCGUGGGAAUCCGGGGCCGGGCCAGGUCUAGGUUCCCAGGGGAUGGAUCUCGUGUGGAGUGCGUGGUACGGAAAGUGCGUUAAAGGGAAAGGGUCGUUGCCACUCUCGGCCCACGGCAUCGUGGUCGCCUGGCUCAGCAGGGCCGAGUGGGACCAGGUGACGGUUUAUCUGUUCUGUGACGACCAUAAGUUGCAGCGGUACGCGCUUAACCGCAUCACGGUGUGGAGGAGCAGGUUUGUGAAUCUUAUCUCAGAGAGGAAGACAAAGUUUGCCAAGGUCCCCCUCAAGUGUCUGGCUCAAGAGGUAAAUAUUCCGGAUUGGAUUGUUGACCUUCGCCAUGAGUUGACCCACAAGAAAAUGCCCCAUAUAAAUGACUGCCGCAGAGGCUGCUACUUUGUCCUGGAUUGGCUCCAGAAGACCUAUUGGUGCCGCCAACUGGAGAACAGCCUGAGAGAGACCUGGGAGUUGGAGGAGUUCAGGGAAGGGAUAGAGGAAGAGGAUCAAGAGGAAGAUAAGAACAUUGUUGUUGAUGACAUCACAGAACAGAAACCAGAGCCUCAGGAUGAUGGGAAAAGUACGGAGUCAGAUGUAAAGGCCGAUGGAGACAGCAAAGGCAGCGAAGAGGUGGAUUCUCAUUGCAAAAAGGCCCUGAGUCAUAAAGAGCUAUAUGAAAGAGCCCGAGAACUGCUGGUAUCAUACGAAGAGGAGCAGUUUACGGUGCUGGAGAAAUUUAGGUAUUUACCUAAGGCCAUUAAGGCGUGGAAUAACCCGUCCCCACGUGUAGAAUGUGUCCUGGCAGAGCUCAAGGGCGUUACAUGCGAGAACAGGGAGGCUGUGCUGGAUGCUUUUCUGGAUGAUGGCUUCCUUGUCCCCACAUUUGAACAGUUGGCAGCUUUGCAGAUAGAAUAUGAAGAAAACGUGGACUUGAAUGACGUCCUGGUGCCAAAGCCGUUCUCUCAGUUCUGGCAGCCCCUGCUCAGGGGCCUGCACUCCCAGAACUUCACGCAGGCCCUAUUGGAGAGGAUGCUCUCUGAACUGCCAGCCUUGGGGAUCAGCGGGAUCCGGCCUACCUACAUCCUCAGAUGGACCGUUGAACUGAUCGUGGCCAACACCAAGACUGGACGGAAUGCUCGCCGAUUUUCUGCAGGCCAGUGGGAAGCAAGAAGGGGCUGGAGGCUGUUCAACUGCUCCGCCUCCCUUGACUGGCCCCGGAUGGUUGAGUCCUGCUUGGGCUCACCUUGCUGGGCCAGCCCCCAACUCCUUCGGAUCAUCUUCAAAGCCAUGGGGCAGGGCCUGCCAGACGAGGAGCAGGAGAAGCUGCUGCGCAUCUGUUCCAUUUAUACCCAGAGUGGAGAAAACAGCCUGGUGCAGGAGGGCUCUGAGGCCUCCCCCAUUGGGAAGUCUCCAUAUACACUAGACAGCCUGUAUUGGAGCGUCAAGCCAGCCAGCUCCAGCUUCGGGUCUGAAGCAAAGGCCCAGCAACAGGAGGAGCAGGGCAGUGUUAAUGAUGUCAAGGAAGAGGAGAAGGAGGAGAAAGAGGUCUUGCCAGACCAGGUAGAGGAGGAGGAAGAAAAUGAUGACCAAGAGGAGGAAGAGGAGGAUGAAGAUGAUGAAGAUGAUGAAGAGGAAGACAGAAUGGAGGUGGGGCCUUUCUCUACAGGGCAAGAGUCCCCCACUGCCGAGAAUGCUAGGCUUCUGGCCCAGAAAAGAGGAGCUUUGCAGGGCUCUGCAUGGCAGGUUAGCUCAGAAGACGUGCGAUGGGACACAUUUCCCCUAGGCCGAAUGCCAGGUCAGACCGAGGACCCAGCAGAGCUCAUGCUGGAGAAUUAUGACACCAUGUAUCUUUUGGACCAGCCUGUGCUAGAGCAGCGGCUGGAACCCUCAACAUGCAAGACUGACACCUUGGGCCUGAGCUGUGGUGUCGGCAGUGGCAACUGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAACUUCGAGGGCCUUCUCUGGAGCCAGGGGCAGCUGCAUGGGCUCAAAACUGGCCUGCAGCUCUUCUGAUGGCCAUCCCUGGUGCAAGUGUUCAUCCAGCCGUGCCAGGGCAACAGCCCACCCCCUAGUACAACUGAUGCUCCCUGAGACAACCUGGGAGACAGCCUGGAUCAGCCACAUCAACUCAGUUGUCCACCACAGGGGAAUUUUGAAUGUCUUUUGUUUUUGUUUUGUUUUGAAAAAUAAUAAACAGGCAACUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-826.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -867.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 689.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((..((..(((.((((((.(((.((((((.(((.((((((((((((.(((((.......).)))).))....(.((((((((..(((((......))))).)))))))).)(((((((((((.((((((((.((((((.(((.((((((((.....(.((..((((((((((((((..((((((((....)))))..))).(((((....))))))))))(((.(((((((....))))))).)))))))))))).....)).)......))))))))..))).))))))((((((.((......((((((..((....((((..((((..(((.............)))..)))).......((((....(((((.((((.(((.....))).)))).))))).))))))))..))..))))))......)))))))).....))).)))))))).((.((.((((..(((((.(((((.....(((((((.(((((...))))).....(((((((((.....(((.(((((((.(((....(((((((...((((((.((((((...(((((.((.((..........)).)).)))))..((((.(((((.((...((((((((((.((..((((((.....(((.((.((((.......((((..((....))((....)).((((.((((.....)))).)))).....)))))))).))...................((((((.((((((((....((.......))..)))))))).))).))).......(((((((....)))))))(((.....))))))......)))))).)).(((((((....(((((((((...)))..)))))))))))))..........))))))...))))...)).)))))))))....))))))))))))....)))))))..((((((.(..((((...((..((((.......))))..))....)).))....).))))))..)))..))))))).)))..((((((((.((..(((((((((................))))))))).((((((((....)))))))).(((((((.((((((((((.....)))))((((.((...(((((......))).........))...))))))....))))).)))).)))..((((..(((.....(((.....))))))..)))))).)))))))).)))))))))..((.((((.(((((((((((((((((.(.(.(((.((((((.....))))))))).).).))))))((((....(((((((.((......)).......((..((.(((((((((((((..(((((.(((...(((((((.((...(((((((............(((((((......(((((((..(((((.((...)).)))))..)))))))...)))))))(((((..........))))))))))))....))))).))))))).)))))..)))))..))..)))))).))..)))))))))..))))............)))))))..))))....)))).))....)))))))))))).)))))..)))))).))...........((((((.(.(((((..(.((((((.....((.((....)).))........((.((...(((.(((((((.....((((........))))..))))))).)))....))))..((((((((((((((...((((..((((((((((((((((((.(((.(((..(...)..))).))).))((((......))))...(((.....))).((((........))))..))))))))).))).))))..........(((.........))).((((((..(((....)))..))))))..(((((...........((((((((...(((....)))..)))))))).(((.((..((((.((....)).))))..)).)))..))))))))).))))).))))))))).((((((.((.(........).))))))))))))))..)..)).)))))))).))...)))))))).)))))))).((((....))))......((((...)))).(((((((...........))))).))))))).).)))))...))).)))))))))))..)))..............(((((...(((((((((((.......))))))).)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(({((({.((((((((((((((.,(((((((((,(({((|(((({{{(,,,}}},.,}}}.)))}.,|{{.{(.(((((({(,.(((((......))))).)))))))).)|,|||,.(((({,(((({{,.((((((.(((.((((((((....,{.(,..((((((({((((((.,((((((((....))))),,}||,(((((....))))))))))|{{,{((((({....}}))))).)}|||))))))).....)).)......))))))))..))).)))))),(((((,((.{(({,(((((,..((({..{,,.,,}}||..{||}},.}}}})..,(((({{|(((...{{{{(,{({{..(((((.((((.(((,...,))).)))).))))).|||}|}}},,}}|||}}}}}....,,||||||,,.....,||,||||||,}||{,({.((((,,(((((.{((((.,,,,{{{{(({.{((({...))))}..},.{{{(((((({(({(({..((({((((((..{,.(((((((...((((({{{(((((...(((((.((.((..........)).)).)))))..((((,(((((.((...((((((((((..({{,,({{,.......|,,.}}}...,,,....(((..((.......}}..))).((((.((((.....)))).)))).....,{{{{{{{{({{{{........}}}},...((((((.((((((((....((....,..}}..)))))))).))).)))........((((((....))))))|(((,,,..}||{|{{.....}}}}}}.)|||||.|..,}}}||||{||||...}))).})))),))}}}}},.........))))))...))))...)).)))))}})),},.))))))))))))..,.)))))))..||..})))}}}.)))........,,.......,..((((.,.....,.)))),(({......)))}}))))))}}.,}},,((((((((,{{..(((((((((................))))))))).((((((((....)))))))).(((((((.((((((((((.....)))))((((.,{...{{((,...|,})|,..||,|....}.,.}}))))....))))).)))).)))..,(((.{({{....,|,,..}},.})))),.}))}.,.}))))))).})))))))),.((.((({.((((((((({(((((((.(.(.((,{((((((.....))))))))).).).))))))|(((,,..(((((((.{,,,.,,{||....{{.{(..((.(((((((((((((..(((((.(((,..(((((((.((..,(((((((,,,.......},|||||{,..,|..(((((((..(((((.((...)).)))))..)))))))..,}}||||}{((({,,.....,..)))))))))))}....)))))},)))))).)))))..)))))..)),.,))))).))..)}))})}})..}}}}...........,)))}})),,))}),...)))),))....,|||||}}}})),))}}),,)})},),,},.............{||}|.|||||..|,|{||{.||,,.{{.,{....,,.,}...|||..||,|}...,.|,}),|||}})))})))),}}((((....)})),})))|,|)}|}}.{{(.,{(((((({{{{{{,....,||||||||,|||{{|||||||||}||{.{||,,|,,,)..}}),))).,,((((......)))),,.(((,....}}}.||||.....,,,}}}|{{|||},,,,}.)))}||,{,..,{{{....))}},.}}}},,||.((((((..(((....)))..)))))).,}))}},,,,|,||.,.{{{{{{{{.,,|{{,.,.)))..))))))))}|{|,((..((((.((....)).))))..)).,)}||,||||,}}}))))}),},((((((.(((((({.(({(.,.....,)}))))))))))))))).,{{|},}}}|||||||...|,,}},})),}}.))))),((((....))))..(((((.(({(((((({(((((((.{,......|,))))).))}..||,..}})}}...,,,..))))))))..,,.}}})))).........||||,.{{((({(((((((.......))))))).))))))))},}},,.
Back