Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001170688.2
Sequence Length
3053 nt
GC Content
0.6911
GCCCUUCGGGUCCCACAGUUUCCAGCCGCCGCUCUCCUCAGUGCCCGGUGGCCCAGGAGGGCCUGGGAGCCCGAAGCCGUCCCCGAGUCGCUCCUAGGUCACUGGCGCGAUGCGGGCCGUCCUCUCGGCUGAUGGGUUGGAAGCCCAGCGAGGCUAGAGGCCAGUCCCAAAGUUUCCAGGCAUCAGGGCUGCAGCCCAGGAGCCUCAAGGCGGCCCGGCGGGCGACUGGACGGCCGGACAGGUCCCGAGCAGCCCGGCCCACCAUGGACCCCUCUGCCCACAGGUCCCGAGCAGCCCCGCCCAACAUGGACCCAGACCCCCAGGCGGGCGUGCAGGUGGGCAUGCGGGUGGUGCGCGGCGUGGACUGGAAGUGGGGCCAGCAGGACGGCGGCGAGGGCGGCGUGGGCACGGUGGUGGAGCUUGGCCGCCACGGCAGCCCCUCGACACCCGACCGCACAGUGGUCGUGCAGUGGGACCAGGGCACGCGCACCAACUACCGCGCCGGCUACCAGGGCGCGCACGACCUGCUGCUGUACGACAACGCCCAGAUCGGCGUCCGGCACCCCAACAUCAUCUGUGACUGCUGCAAGAAGCACGGGCUGCGGGGGAUGCGCUGGAAGUGCCGUGUGUGCCUGGACUACGACCUCUGCACGCAGUGCUACAUGCACAACAAGCAUGAGCUCGCCCACGCCUUCGACCGCUACGAGACCGCUCACUCGCGCCCUGUCACACUGAGUCCCCGCCAGGGCCUCCCGAGGAUCCCACUAAGGGGCAUCUUCCAGGGAGCGAAGGUGGUGCGAGGCCCCGACUGGGAGUGGGGCUCACAGGAUGGCAAGCCGGCGGAGCUGCAGCGCAGGGUGAGUGCUGACAGCCAGCCCUUCCAGCACGGGGACAAGGUCAAGUGUCUGCUGGACACUGAUGUCCUGCGGGAGAUGCAGGAAGGCCACGGCGGCUGGAACCCCAGGAUGGCGGAGUUUAUCGGACAGACGGGCACCGUGCAUCGUAUCACGGACCGCGGGGACGUGCGCGUGCAGUUCAACCACGAGACGCGCUGGACCUUCCACCCCGGGGCGCUCACCAAGCACCACUCCUUCUGGGUGGGCGACGUGGUCCGGGUCAUCGGCGACCUUGACACAGUGAAGCGGCUGCAGGCUGGGCAUGGCGAGUGGACGGACGACAUGGCCCCUGCCCUGGGCCGCGUCGGGAAGGUGGUGAAAGUGUUUGGAGACGGGAACCUGCGUGUAGCAGUCGCUGGUCAGCGGUGGACCUUCAGCCCCUCCUGCCUGGUGGCCUACCGGCCCGAGGAGGAUGCCAACCUGGACGUGGCCGAGCGCGCCCGGGAGAACAAAAGCUCACUGAGCGUGGCCCUGGACAAGCUUCGGGCCCAGAAGAGUGACCCAGAGCACCCGGGAAGGCUGGUGGUGGAGGUGGCGCUGGGUAACGCAGCCCGGGCUCUGGACCUGCUGCGGAGGCGCCCAGAGCAGGUGGACACCAAGAACCAAGGCAGGACCGCUCUGCAAGUGGCUGCCUACCUGGGCCAGGUGGAGUUGAUACGGCUGCUGCUACAAGCCAGGGCGGGCGUGGACCUGCCGGACGACGAGGGCAACACGGCACUGCACUACGCGGCCCUGGGGAACCAGCCCGAGGCCACCAGGGUGCUCCUGAGUGCUGGGUGCCGGGCGGACGCCAUCAACAGCACCCAGAGCACAGCACUGCACGUGGCCGUGCAGAGGGGCUUCCUGGAGGUGGUGCGGGCCCUGUGUGAGCGCGGCUGUGACGUCAACCUGCCCGACGCCCACUCGGACACGCCCCUGCACUCCGCCAUCUCGGCGGGCACUGGAGCCAGCGGCAUUGUCGAGGUCCUCACGGAGGUGCCAAACAUCGAUGUUACCGCCACCAACAGCCAGGGUUUCACCCUGCUGCACCAUGCCUCCCUCAAGGGUCACGCGCUAGCUGUGAGAAAGAUUCUGGCUCGGGCGCGGCAGCUGGUGGACGCCAAGAAGGAGGACGGCUUCACGGCGCUGCAUCUGGCUGCCCUCAACAACCACCGCGAGGUGGCCCAGAUCCUCAUCCGGGAGGGCCGCUGUGACGUGAACGUGCGCAACCGGAAGCUGCAGUCCCCGCUGCAUCUCGCCGUGCAACAGGCCCACGUGGGGCUGGUGCCGCUACUGGUGGACGCUGGGUGCAGUGUCAACGCCGAGGACGAGGAGGGGGACACAGCCCUGCACGUGGCGCUGCAGCGUCAUCAGCUGCUGCCCCUGGUGGCUGAUGGGGCCGGGGGGGACCCAGGGCCCUUGCAGCUGCUGUCCAGGCUACAGGCCUCGGGCCUCCCCGGCAGCGCGGAGCUGACGGUGGGCGCGGCGGUCGCCUGCUUCCUGGCGCUGGAGGGCGCCGACGUGAGCUACACCAACCACCGCGGUCGGAGCCCGCUGGACCUGGCCGCCGAGGGUCGCGUGCUCAAGGCCCUUCAGGGCUGCGCCCAGCGCUUCCGGGAGCGGCAGGCGGGCGGGGGCGCGGCCCCGGGCCCCAGGCAAACGCUCGGGACCCCCAACACCGUGACGAACCUGCACGUGGGCGCCGCGCCGGGGCCCGAGGCCGCUGAGUGCCUGGUGUGCUCCGAGCUGGCGCUGCUGGUGCUGUUCUCGCCGUGCCAGCACCGCACCGUGUGUGAGGAGUGCGCGCGCAGGAUGAAGAAGUGCAUCAGGUGCCAGGUGGUCGUCAGCAAGAAACUGCGCCCAGACGGCUCUGAGGUGGCGAGCGCCGCCCCCGCCCCCGGCCCGCCGCGCCAGCUGGUGGAGGAGCUGCAGAGCCGCUACCGGCAGAUGGAGGAACGCAUCACCUGCCCCAUCUGCAUCGACAGCCACAUCCGCCUCGUGUUCCAGUGCGGCCACGGCGCAUGCGCCCCCUGCGGCUCCGCGCUCAGCGCCUGCCCCAUCUGCCGCCAGCCCAUCCGCGACCGCAUCCAGAUCUUCGUGUGAGCCGCGCCGUCCGCCGCGCCCGAGCUGCCUUCGCGUGCCCCCGCCCUGUGUUUUAUAAAAAGAAAGAUUCUCGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1523.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1570.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 730.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(.((((((((....(((((((((((((.(((.(((((((.(((((((.((((((((.((((.((........)).)))).))).))))).))))))))))))....(((((((.(((...((((..(((((((..(((((...(((.((.(((((..........))))).)).).)).))))).)))))))..))))...)))))))))).(((((..((.(..((((.....)))).).))..)))))(((((((..(((((............)))))...(((..((((((.....(((..........)))))))))..))).))))))).)).))).)))).))))).))))......)))))))).).)))..(((((((((((((((.(((((.(((((((((.((..((((((.((((((..((((((.((((((....(((((((((((((((((((...((((...(((((.((...(((((...))).))...))))))).....)))))))))))))))).(((((......)))))..((....)).....)).)))))..((((......)))))))).)))))))).))).(((((.(((.((((...((((((((((((((..((((((((((.(((.(((((.......))))))))(((((((.(((((..((((((......(((.((((((((((((.(((.(((...(((((((((...((.(((((((((((((......))).))))))..))))))((((((((((((((((((((.(((((((...((((..(......)..))))(((.(.((((((((((.......)))))).))))).))))))))))...(((...((((((...((((((.(((((.(((..((((((.(((...(.(((....((....))..))).).)))))))))..))).))))).)))))).(((..(.(((((..((((...))))..))))))..)))((((((...((......))...))))))..))))))...))))))))).))).....))))))..)))))..)))))).))))))(((.(((((......))))).))).((((......))))..))).))))...)))))))).))).((((.((((((.......)))))).))))....))))))..))).)).))).).)))....))))))))))..)))).)))))(((((.((((...((((((((((((.((.(.((((....))))).))((((((((((.(((.(..((((..(((.(((((((((((((......(((((...((((((((((.((...((((.(((..((......)).))).))))....((((.((((((((.....((((((....((((((...((((.((((((((.(((((((.((.((((...((.(((((.((...((.((.....((((((..(((((.....)))))))))))...(((((..(((((.((((((((((((((.((((((...((((((.(.((((..(((..((.....)).)))...)))).).(((((((((..((((.((((.......)))).)))).((((((.((((((..(((((((((((.((((....))).....).))))))..)))))....(((((((....))))))))))))).))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))...)))))))))))....))))))).)).....))))))).)).)))).)).)))))))..)))))))).).)))...((((((((((((...)))).))).....)))))))))))))))))..((((.(((((...)))))))))))))).))))))))).)))))))))).......))))).....))))..)))))))))(((((((((((.(((((..((((........))))..)))).).)))).)))))))))).....))))..).)))))))....))))))...))))))))(((.(((((((....))).))))..)))..))))..)))))))))((((......))))..)))))(((((((((((((((.((.((.(((((((((((((....)))))))..)))).......)).)).)).)).))))))..))))))).((.(((((.......))))).))..((((((((.((((((((((((((((.(((.(((((..((.((((........)))).))))))).)))))))))))))((((((((((((.(((.(((((((((....))).((((((.((((((...((((((.....(((((.((.(..(((..(((((((((..((....))..))))))).))..))).).))))))).(((((....)))))))))))))))))...))))))(((.((.((((((((((((((((.((((((((.(((...((((((((...))).....((((.((....)))))).)))))....))))))))))).))))))((.((((((((((((((.(...((((((((((((((((.((....)).)))))))))..(((((.(.....).).)))))))).)))......).))))))))))))))))((((.(((((.(((......)))(((((((....)))).)))))))).)))))))))))))))).)))(((((.(((.(((((.(.(.(((..((.((...(((..((((((((((.((.............))))))))))..))..)))....)).))))).).).)))))..)))..)))))...)))))).)))))))))))))))..((....)))))))).))))))))......))))..))).))))).....)))))).))))).))).)))))).))))).))))))))))).)))).(((....((.((((.......)))).))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.{.((((((((...(((((((((((((,,,((.(.(((((((((((((.((((((((,{(((,((........})}))}).))).))))).)))))))))))),...(((((((.(((...((((..(((((((..(((((...(({,((.(((((..........))))).}),).)).))))).)))))))..))))...)))))))))).(((((..((,(..((((.....)))),).))..)))))(((((((..(((((....,,....,.)))))...(((..((((((.....{((..........}}}))))))..))).)))))))..}.))).)),).))))).,)).)))))})))))))).}.))).,(((((((((((((((.(((((.(((((((((.((..((((({{({(({{{{((({(,.{,,.{(({(((...|||||||||,,|{|||.(((((((.(((((.........((((((((({{({{{{{((((((((.,,{{{,{{,|},,|...{((((......))))),{{(({((((..((...((((((.((.{{....,.}))))))).))..)))).}}}}|})),.}})})))))))))))}(((((((((..((((((((((.(((.(((((.......))))))))(((((((,(((((,.((((((......(((.((((((((((((.(((.(((...(((((((((,{,(,((((((((((((((......))).))))))..)))))}{,,(((((((((((((((((.(((((((...((((..(....,,}..))))(((.{.((((((((((.......)))))).))))}.)))))))))),..((({..{(((((.{((((((...})))))),{{{((((((({..{{{|{{||..,(({.{{,|,,((((,.,.||}},,||,|||.||||.||}}.,.,,})))).})|)|)))),,..,.,,..})))}))}})))((((((...((......))...)))))).,)))))).,.))))))))).))).....))))))},}}})),.)))))).)))}}}(((.(((((......))))).))).{{({......))))..))).))))...)))))))).))).((((.((((((.......)))))).))))....)))))),,)}),)).))).).))),...))))))))))..)))).))))).|,((,{(,....|,|}}||((((,(((.(.((((....))))).)))|))|,{((,.,,|}|..||||}}}.}}|||,,((((((,.......|||,|}}.||||||||||}|...,(((({((({{(,.....{{|{|||.||},....(((,{(((((((((((,.(((((({,{{(((..|...||||,((((((((.(((((((.((,((((...((.(((((.((...{{..,.....((((((..(((((.....)))))))))))...(((((,.(((((.((((((((((((((.(((,((.,.((((((.(.((((..(((..((.....)).)))...)))).).(((((((((..((((.({((,......)))},)))).((((((.((((((..(((((((((((.{(((....))).....}.))))))}.,))))....(((((((....))))))))))))).))))))..))))))))))))))))})}))))))))))),..})))))))))).,..))))),,.}}.....))))))).)).)))).)).)))))))..)))))))).,,|||..,({{({(((((((...)))).))).....}))))))))))})))))..((({{(((((...)))))))))})))).)))))))))..)))))))||,|,.,..}}}||.....)))),})))})))||(((((((((((.(((({..({{(........)))).,||}|.},|}||,||}}|||{,,.....{((({.,..))))){((.,{{||,.,,}.))))))))|}}|{{|{{|,...}))})))}.,}})},)))|.,|}})}}}}||||,,,,{|{}}||,.{{{|{(({{{{|||{|||{{,((.({.{((((((((((((....)))))))..)))),.,,.,,}),)),)).)).))))))},)}))))),||}|{{||},},,},)))))})),,((((((((.((((((((((((((((.(((.(((((..((.((((........)))).))))))).)))))))))))||((((((((((((.{((.((((((((({,,{(((,((((((,(((((({,.((((((.....(((((.((.(..(((..(((((((((..((....))..)))))))},)..))).).))))))).{((((....))))))))))))))))}..,))))}}})),||}((((((((((((((((.((((((((.(((...((((((((...))).....((((.({....}))))).)))))....))))))))))).))))))((.(((((((((((((({{..,(({(((((((((((((.({....)).))))))))).||{{((.(,,||,,.}.}}))))))})}),.,...}.})))))))))))))))((((.(((((,{({,,....}}}((({{{{.,..)))}.)})))))).))))))))))))))||,|||.((((((({{{{.(((((((..((((..((,{{(....})||((((((.((...,.......,.))))))))}}.))..))))..).))))))..,)}.....)))))))..}))))).))))))),)}}))))))))))))..||....)))))))).)))))))),,,.,.||||,||||,,...,....,)))))).))))).))).)))))).))))).))))))))))).)))).(((....((.((((.......)))).))...))).
Back