Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001171163.1
Sequence Length
1930 nt
GC Content
0.5596
AUUGAGGGGGGCGGACGCCGAGGGGGUGAACACGAGUGGGAAGCUAAGAGAGACACGGGGAGGGGGAGGGGACCGGGAACCAUUUGAAUGAGAGGAGGGGAUCACGGGUAGAGUGGGCUCCAGGAGGUAGGGCGAGCAGGGUGUGACGGGGGCCAGACUCUUGAGCCAGUACAUAUCCAGCCAUACUCAUGGACCCCAGUGAUUUCCCCAGUCCAUUUGACCCAUUGACCCUGCCAGAGAAGCCCCUGGCUGGAGACCUACCAGUAGACAUGGAAUUUGGAGAGGAUCUACUGGAAUCCCAGACUGCCCCAACUCGAGGAUGGGCCCCCCCUGGCCCUUCUCCAUCCUCGGGAGCCCUGGACCUGCUUGAUACCCCUGCUGGCCUGGAAAAAGACCCUGGAGUCCUGGAUGGAGCCACUGAGUUGCUGGGGCUGGGGGGGCUGCUCUAUAAAGCCCCCUCUCCCCCGGAGGUGGACCACGGUCCUGAGGGAACCCUGGCAUGGGAUGCAGGAGAUCAGACCCUAGAGCCUGGACCAGGGGGCCAGACCCCUGAGGUGGUACCACCUGAUCCAGGGGCUGGGGCAAAUUCCUGUUCACCUGAGGGGCUACUAGAGCCUUUGGCUCCAGAUUCUCCAAUAACACUGCAGUCCCCACAUAUUGAAGAGGAGGAGACCACCUCCAUAGCUACUGCAAGAAGGGGCUCCCCUGGGCAGGAGGAGGAGCUUCCCCAAGGGCAGCCACAGAGCCCAAAUGCCCCGCCUAGCCCUUCAGUGGGAGAGACUCUGGGGGAUGGAAUCAACAGUUCUCAGACCAAACCUGGGGGCUCUAGCCCCCCUGCACAUCCUUCCUUGCCAGGAGAUGGCCUGACUGCGAAGGCGAGUGAGAAGCCGCCUGAACGGAAGAGAAGCGAGCGCGUUAGGAGAGCAGAACCUCCAAAACCUGAGGUUGUAGAUUCCACUGAGAGCAUUCCAGUGUCAGAUGAGGAUUCUGAUGCCAUGGUAGAUGACCCCAAUGAUGAGGACUUUGUGCCAUUCCGGCCCCGGCGCUCUCCUCGCAUGUCCCUACGCUCAAGUGUGUCACAAAGGGCCGGGCGCUCUGCAGUGGGCACCAAGAUGACUUGUGCACAUUGCCGGACACCACUGCAGAAGGGGCAGACUGCCUAUCAGCGCAAGGGGCUGCCUCAGCUCUUCUGCUCGUCAUCCUGCCUCACCACUUUCUCCAAGAAGCCCUCGGGCAAAAAGACCUGUACCUUCUGCAAGAAGGAGAUCUGGAACACCAAGGACUCGGUUGUGGCGCAGACUGGUUCUGGAGGCUCCUUCCAUGAGUUCUGCACAUCCGUCUGUCUCUCCCUGUAUGAGGCCCAGCAGCAGCGCCCGAUCCCCCAGUCUGGGGAUCCCGCCGACGCUACUCGCUGCAGCAUAUGCCAGAAGACUGGAGAGGUCCUGCACGAGGUCAGCAAUGGCAGCGUGGUACACCGGCUCUGCAGCGAUUCUUGCUUCUCCAAAUUCCGGGCCAACAAGGGACUGAAAACCAACUGUUGUGACCAGUGUGGGGCUUACAUCUACACCAAGACCGGGAGUCCUGGCCCUGAGCUCCUCUUCCACGAGGGCCAACAAAAGCGGUUCUGCAACACAACCUGCUUGGGGGCGUACAAGAAGGUGGGGCCGAGGGAGUAGUGCAUUAGAGGGCUGUGGAAGGGGGUGUGGUUCUUGGGUUAUAAAUAAAGGUGGCUGAUGGGUCAAGGGCUGGGAGAAAUAAAACAAAUAAAGGGGGUUUCAAUUGUAUCUGUUAUGUUUUAUUUUUGAAGCUGGCUGGUGGAUACACAGGUCUUUGUUACAUCAUCAUCUAUACUUUUUUUGUAUGCCUGAAAUAUUUCAUGUUUAAAACAUUUAAAAAAUAAAAGUGAAGGGACAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-734.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -768.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((....((((.(((((((....((((((((...(((.(.(...(.((((((.(((((((((.(((((..((((((......(((..((((.(((.((((.(((((((((...((((((.(((.(..(((((((((.((((((((((....))).)))........))).).))))))).))..))))....))))))..))))))))).))))..))).((.(((((........))))).))((((((.((((............))))..))).))).((((....))))....))))..)))..))))))..)))....))))))))))).)))))))...)).))).)))))))).)))))))..))))..((........))(((..(((.....))).))).......((((((((((((((((((.........)))))))..((((((((((..((((....))))........(((......)))..(((((((....(.((((((..((((((.((((((......))))))(((((....)))))..))))))..)))))))...)))))))((((.((((((((((((.(((((...))))).))..(((.(((((.................))))).)))(((((......)))))...((....)).....(((((((((((.......))).)))))))).....(((((((......)).....)))))....))))))))))))))......))))))))))((((((.....((((((((.........((((((....)))))).(((.(.(((((((((.(((((...((((((.(((((....)).))).))..))))))))...).))).)))).))).)))...((((...(.((((((........)))))).)...)))).))))))))))))))((((((((.......)))))))).((((((.(....((((....)).))....).)))))).)))))))))))))))))))))..(((((((.((((...(((...))).((((((((.((.((((((((((.((((.(((....))))))).))))))(((.(.((..(((.((..(((((...))))).))...)))..))))))((.((((((((.(((.(....((((((((((((...((((.......(((((((((((.............(((((...)))))(((.(((((....)).))).)))(((((((..((((((((.((.((((((...))))))((((((((((((....(((..((..(((((......(((((....((((.(((.(((((((......)))))))..(((.(((((.((((.(((((.((...((((....))))....)).)))))))))((((....)))))))))))).....))).))))(((((...)))))............)))))....)))))..))..............)))..))))))))))))..(((......)))(((((...)))))...((.((.((((......))))))))....)).))).)))))..)))))))))))))))))).....))))))))))))...))))...).)))...)))))))).)).)))).)).))))))))((((((((((.((((((((.((((((((((((((((...((((((((((((((((...(.(((....))).)...)))).))))))))))))..))))((((.(((....))).))))))))..)).)))))).)))).)))).)))))).))))(((....)))(((((...)))))............)))).))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(((((((((,,..((((.(((((((....((((((((...(({.(.(...{.((((((.(((((((((.(((((..((((((......(((..((((.{({.((((.(((((((((...((((((.{((,,..,,(((((((,(.,,((((({....})).))).,}.}}}}))).)})|}})}}.)),.})))..,.))))))..))))))))).))))..,,,.((.(((((.,......))))).))((((((.((((............))))..))).))).((((....))))....))))..)))..))))))..}}}.,,,))))))))))).))))))}...),}))).)))))))).)))))))..)))),,((........}}{((.,(((.....}}}.))).......((((((((((((((((((.........)))))))..((((((((((..(({(,,..}|||....|,..{|{,.....||}..(((((((.,..(.((((((..((((((.((((((......))))))(((((....)))))..))))))..)))))))..,))))))){{,||((((((((({{{.(((((...))))).}}..{{{.{{{{{....,,..,,.......}}})).}}}(((((......)))))...((....)).....{(((({{{{{({{{,.{{|||.|,,,}}))))}..(({{,,,......))))...,)))),...)))))))))))}))}.....))))))))))((((((.....((((((((.........((((((....)))))).,((.{.(((((((((.{((((...((((((.(((((....)).))).))..))))))))...),))).))}).)}}.))}...((((...{.((((((........)))))).}...)))).))))))))))))))((((((((.......)))))))).((((((.(.,.{({({....}).))....).)))))).))))))))))))))))))))}..(((((((.((((...(((,..}}}.((((((((.((.(((((((((((((({{(((....))))))).}}}},,.||.,.)))))))}}|..(((({...}))))..((((.{...).))))((.((((((((.(((.(..,.(((((((({{((,,,((((.......(((((((((((............{(((((...)))))|{{.{{(((....))},}}.}}}(((((((..((((((((.((.((,{(({,{|||,,,{(((((({((((..,.(({..((..(((((,,....(((((.,,.((((.(((.(((((((......)))))))..(((,{((((.((((.(((((.((...((((....))))....)).)))))))))((((....)))))))))))).....))).)))){|{({...}}))}............))))).,,.)))))..))......,,.,.,}})}}..)}|||||}}}},..|||.,.,..,}}{,|||,},)}|||{{{{|,||.||||......})))))),.}}.}).)))}}))))..)))))))))))))))))).....))))))))))))..,)))},..).)))...)))))))).)).}})).)).))))))))((((((((((.((((((((.(((((({{((({((((...((((((((((((.,{,.,,{{{{{.........,})),)),))))))))))))..)))){(((.(((....))).))))})))..}}.)))))).)))).)))).)))))).)))}{({....}}}|{{({...}}}}}.,..........)))).))))))).................
Back