Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001171622.2
Sequence Length
3375 nt
GC Content
0.5156
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGCUAGCACCAGCGCUCUGUCGGGAGGCGCAGCGGUUAGGUGGACCGGUCAGCGGACUCACCGGCCAGGGCGCUCGGUGCUGGAAUUUGAUAUUCAUUGAUCCGGGUUUUAUCCCUCUUCUUUUUUCUUAAACAUUUUUUUUUAAAACUGUAUUGUUUCUCGUUUUAAUUUAUUUUUGCUUGCCAUUCCCCACUUGAAUCGGGCCGACGGCUUGGGGAGAUUGCUCUACUUCCCCAAAUCACUGUGGAUUUUGGAAACCAGCAGAAAGAGGAAAGAGGUAGCAAGAGCUCCAGAGAGAAGUCGAGGAAGAGAGAGACGGGGUCAGAGAGAGCGCGCGGGCGUGCGAGCAGCGAAAGCGACAGGGGCAAAGUGAGUGACCUGCUUUUGGGGGUGACCGCCGGAGCGCGGCGUGAGCCCUCCCCCUUGGGAUCCCGCAGCUGACCAGUCGCGCUGACGGACAGACAGACAGACACCGCCCCCAGCCCCAGCUACCACCUCCUCCCCGGCCGGCGGCGGACAGUGGACGCGGCGGCGAGCCGCGGGCAGGGGCCGGAGCCCGCGCCCGGAGGCGGGGUGGAGGGGGUCGGGGCUCGCGGCGUCGCACUGAAACUUUUCGUCCAACUUCUGGGCUGUUCUCGCUUCGGAGGAGCCGUGGUCCGCGCGGGGGAAGCCGAGCCGAGCGGAGCCGCGAGAAGUGCUAGCUCGGGCCGGGAGGAGCCGCAGCCGGAGGAGGGGGAGGAGGAAGAAGAGAAGGAAGAGGAGAGGGGGCCGCAGUGGCGACUCGGCGCUCGGAAGCCGGGCUCAUGGACGGGUGAGGCGGCGGUGUGCGCAGACAGUGCUCCAGCCGCGCGCGCUCCCCAGGCCCUGGCCCGGGCCUCGGGCCGGGGAGGAAGAGUAGCUCGCCGAGGCGCCGAGGAGAGCGGGCCGCCCCACAGCCCGAGCCGGAGAGGGAGCGCGAGCCGCGCCGGCCCCGGUCGGGCCUCCGAAACCAUGAACUUUCUGCUGUCUUGGGUGCAUUGGAGCCUUGCCUUGCUGCUCUACCUCCACCAUGCCAAGUGGUCCCAGGCUGCACCCAUGGCAGAAGGAGGAGGGCAGAAUCAUCACGAAGUGGUGAAGUUCAUGGAUGUCUAUCAGCGCAGCUACUGCCAUCCAAUCGAGACCCUGGUGGACAUCUUCCAGGAGUACCCUGAUGAGAUCGAGUACAUCUUCAAGCCAUCCUGUGUGCCCCUGAUGCGAUGCGGGGGCUGCUGCAAUGACGAGGGCCUGGAGUGUGUGCCCACUGAGGAGUCCAACAUCACCAUGCAGAUUAUGCGGAUCAAACCUCACCAAGGCCAGCACAUAGGAGAGAUGAGCUUCCUACAGCACAACAAAUGUGAAUGCAGAUGUGACAAGCCGAGGCGGUGAGCCGGGCAGGAGGAAGGAGCCUCCCUCAGGGUUUCGGGAACCAGAUCUCUCACCAGGAAAGACUGAUACAGAACGAUCGAUACAGAAACCACGCUGCCGCCACCACACCAUCACCAUCGACAGAACAGUCCUUAAUCCAGAAACCUGAAAUGAAGGAAGAGGAGACUCUGCGCAGAGCACUUUGGGUCCGGAGGGCGAGACUCCGGCGGAAGCAUUCCCGGGCGGGUGACCCAGCACGGUCCCUCUUGGAAUUGGAUUCGCCAUUUUAUUUUUCUUGCUGCUAAAUCACCGAGCCCGGAAGAUUAGAGAGUUUUAUUUCUGGGAUUCCUGUAGACACACCCACCCACAUACAUACAUUUAUAUAUAUAUAUAUUAUAUAUAUAUAAAAAUAAAUAUCUCUAUUUUAUAUAUAUAAAAUAUAUAUAUUCUUUUUUUAAAUUAACAGUGCUAAUGUUAUUGGUGUCUUCACUGGAUGUAUUUGACUGCUGUGGACUUGAGUUGGGAGGGGAAUGUUCCCACUCAGAUCCUGACAGGGAAGAGGAGGAGAUGAGAGACUCUGGCAUGAUCUUUUUUUUGUCCCACUUGGUGGGGCCAGGGUCCUCUCCCCUGCCCAGGAAUGUGCAAGGCCAGGGCAUGGGGGCAAAUAUGACCCAGUUUUGGGAACACCGACAAACCCAGCCCUGGCGCUGAGCCUCUCUACCCCAGGUCAGACGGACAGAAAGACAGAUCACAGGUACAGGGAUGAGGACACCGGCUCUGACCAGGAGUUUGGGGAGCUUCAGGACAUUGCUGUGCUUUGGGGAUUCCCUCCACAUGCUGCACGCGCAUCUCGCCCCCAGGGGCACUGCCUGGAAGAUUCAGGAGCCUGGGCGGCCUUCGCUUACUCUCACCUGCUUCUGAGUUGCCCAGGAGACCACUGGCAGAUGUCCCGGCGAAGAGAAGAGACACAUUGUUGGAAGAAGCAGCCCAUGACAGCUCCCCUUCCUGGGACUCGCCCUCAUCCUCUUCCUGCUCCCCUUCCUGGGGUGCAGCCUAAAAGGACCUAUGUCCUCACACCAUUGAAACCACUAGUUCUGUCCCCCCAGGAGACCUGGUUGUGUGUGUGUGAGUGGUUGACCUUCCUCCAUCCCCUGGUCCUUCCCUUCCCUUCCCGAGGCACAGAGAGACAGGGCAGGAUCCACGUGCCCAUUGUGGAGGCAGAGAAAAGAGAAAGUGUUUUAUAUACGGUACUUAUUUAAUAUCCCUUUUUAAUUAGAAAUUAAAACAGUUAAUUUAAUUAAAGAGUAGGGUUUUUUUUCAGUAUUCUUGGUUAAUAUUUAAUUUCAACUAUUUAUGAGAUGUAUCUUUUGCUCUCUCUUGCUCUCUUAUUUGUACCGGUUUUUGUAUAUAAAAUUCAUGUUUCCAAUCUCUCUCUCCCUGAUCGGUGACAGUCACUAGCUUAUCUUGAACAGAUAUUUAAUUUUGCUAACACUCAGCUCUGCCCUCCCCGAUCCCCUGGCUCCCCAGCACACAUUCCUUUGAAAUAAGGUUUCAAUAUACAUCUACAUACUAUAUAUAUAUUUGGCAACUUGUAUUUGUGUGUAUAUAUAUAUAUAUAUGUUUAUGUAUAUAUGUGAUUCUGAUAAAAUAGACAUUGCUAUUCUGUUUUUUAUAUGUAAAAACAAAACAAGAAAAAAUAGAGAAUUCUACAUACUAAAUCUCUCUCCUUUUUUAAUUUUAAUAUUUGUUAUCAUUUAUUUAUUGGUGCUACUGUUUAUCCGUAAUAAUUGUGGGGAAAAGAUAUUAACAUCACGUCUUUGUCUCUAGUGCAGUUUUUCGAGAUAUUCCGUAGUACAUAUUUAUUUUUAAACAACGACAAAGAAAUACAGAUAUAUCUUAAAAAAAAAAAAGCAUUUUGUAUUAAAGAAUUUAAUUCUGAUCUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1248.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1310.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 867.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((((.(((((((....((((.((..((((.((((((..((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.....))))).)..)))..))).)))).))))))))).))))))))....((((..(((((((((.(((.......((((..(((((((((...(((.((((....)))).)))....((((((...........((((((((..(((....((((.(((....((((...))))(((((((..........)))))))..)))..))))....))).....))))))))))))))...((.(((....))))))))))))))..)))).(((((((((..(((.((((((((((((((....))))(((.(((((((((.(((((((((..(((...(((((((((..((((((..((((((.....))))).).))))))(((...)))...((((((((((....))).)))).))).....(((...(((.((((((((.(((((..(((((.((.(((((..(((((((..(((.(..((..((((((.....))))))..))..).)))..).))).))).))))).)))))))..))))).))))...)))).)))...))).........(((((.....)))))((((((((((((...)))))((((((((((.(((((....))...))).))))).)))))....((((...((((((..((((((.((....)).((((((((((((((((((((..(((.((((((((((..((((((..(((((((..((.(((((((((((((((((((..(((..(((.(((((((((((..((((.....))))....))))).))).)))))).(((...((((((..(((((((((((.(((.........))).))..))).))))))....)))))))))))).)))))).....(((((..((((...(((((.(.(((.((..((((....))))..((((((((((((((((.(((((((((((.((((((...((...)).))))))(((..(((((.....)))))...))).))))))))...........))).)))))))(((((((...))))))))))))))))..(((((((((.((((...))))...............)))))))))(((((((((((((.(((((.((((((.((((.((((((.......(((((((((((((((........))))))).(((((..((..((((((.(((.(((((.((((.....)).)).).))))..))).)).((((.....))))...))))..))..).)))))))))))))))))).)))).................(((..((((((((((....((....))((((.((..(((((((((.((....)).))))..((((((........(((((((...(((......)))....)))..))))......))))))...)))))))))))............((....))....(((((....(((....))).....))))).((((.((.((..(.((((((((.....((((((((..(.(((((((((((((.((....((((((.(((((..(((((.((.......((((((.((.....))))))))....)).))))).....)))))..)))))).(((.((((((..(((((((.((((.....(((....)))....))))...........(((((((((((((...))))))))))))))))))))..)))))).)))(((((((((...))))))))).............(((((.......))))).(((((((((((((((((.(.(((..(((((((.((((((...((((((((((...((((..(((...((((....)))).)))..))))..(((.(((((((((................(((((...))))))))))))))))))))))).))))(((..(.((.((((((((((.((((........((.((((....))))..))........)))))))))))).))..)))..)))....))))))..)))).)))..))).).))).))).........))))))))))))))))).)).))))))).)....)))).))))......)))))))).))).))))))))))).)))))..)))))))))....)))))..))).))))))))))...)).))).).)))))...))))..)))))....))))))))).)))).))..).))))))...((.(((((((.((((.(..(((...(((.((((.......))))..)))....))).)))))))))))))))))))).)))))))))).)))((((....))))..(((((.....((((....))))(((((((((...(((((....(((((......)))))....)))))..))).))))))..)))))..)))))))).))))))..)))))).))))))..)))))))))).)))).)))))))))).))))).))))).)))).).(((.((((.........((((.....)))).(((((........(((((((((((((((..((((((.....)))))))))))))))))..))))........))))))))).)))........((((((........))))))....)))))))))))....))))))))...(((((........))))).........))..)))..)))))))))))).)))))))))..)))).((((.....(((((......)))))....))))...)))))).))))...))))))...)))))))))))))).......((((......)))).....((((((((..(((((.(((((((((((...(((((........)).)))..))))))))))))))))..))))))))..(((((((((......)))).)))))...((((((((((...(((.........)))..))))))))))(((((((..((((.((((((......((((((((.....((((((((....((((.(((.((((((((((.(..((((((.((.(((((((((((((((((...........)))))).)))))...)))))).)))).))))..).)))))))...((((....))))...))).))).))))))))))))...)))))))).....)).)))).))))...)))))))..)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((({{((((.(((((((..,.((((,((..((((.((((((..((((((((((((((((((((((((.((({.(((((.....))))).}..)))..))).)))),})))))))).))))))))....((((..(((((((((.(((......,((((..(((((((((,..(({,((((,,,.}}||,}}}.,{{{{((((.{{{{......((((((((.,(((....((((.(((....((((...))))(((((((..........)))))))..)))..))))....))).....))))))))}}}))),}}||.|||,,..))}}})))))))))..}))),|||||||{{.|((|,,{((((((((((((....}}}}}.|,.{{,...}|.(((((((((..(((.,.,,(((((({,.((((((..{(((((.....))))).,.)))))}(({...)))...((((((((((....})).)))).))),.,,.(((...(((.((((((((.(((((..(((((.((.(((((..(((((((..(({.{..{{..((((((.....)))))},,|}.,|,|}}..))))}.))),))))).)))))))..))))).))))...)))).)))...)))...,,.,,,{{(({.....))))){{{(((((((((...)))))((((((((((.(((((....))...))).))))},)))))....((((...((((((..((((((.((....}).((((((((((((((((((((..{{{.((((((((((..((((((.,(((((((..((.(((((((((((((((((({{{,((.,(((.(((((((((((..((((.....))))....))))).))).)))))).|{||,,||||||..((((((((({(,(((.........))).))..})).)))})).{{{||||||||||},..|||||{.{{((,(,(,{,((({(.,,|||}||,,|}|}}}}|||}}{{{{||..((((((((((((((((,((,((((((({.{(((((...({...}}.)))))}(((,,{(({(.....))))}...})).}))))))}.}}}}...},}))).)))))},{((((((...)))))))))))))))),{(((((((((.((((...))))..,,.....,.,...)))))))))}|(((((((((((.(((((.{(((({.{....,}})}},....{,(,,(((({(((((((........))))))).||,}},,||..{.((((..((.((((((((.{{..({(((((((...,,...,,.({{.....))}||,,....}}.,.((((((((((({.,|,|,,,.,,||{((({{{{{.,,(({,....,||||..((,.{(((((,...{,,,.((((((,,{{..{{|,(((((......)))))|||.{((((((.{,.....(((((((,..(((......)))....})}..))))....,.))))))..||}}}}}}}.,.......,},..,||,.},,.....(((((..,.(((....))).....})))),{{(..,,||||{{.{{{{||.,,||||||{{(({(..,,,{,}}}}||||||}||....((((((.(((((..,((((.{{.......{|(({.{((.....))),))}}....,},))))),,...)))))..)))))),{{{.{(((((..{{{{{||,|(((...,.{{,....,}}....,,)}..........||{{{{{(((((((,,,|}|||||||||}||}}}}}}..}})}))})))|||||||||..}))))))))}.............{{(({.,.....)))}}.{(((((((((({(...((((((((.{{{((((,((,(((((,{(((((,{.....}))))}))}}}.}}|({{{.{((.{{{({{((,{,.(((.(((((((((..{{........,,,,(((((...))))))))))))))))))),})|{{.{{....}}.}|,{{((((((((.((((........{{.((({....})))..,,........)))))))))))).})...))))))}.,))},,)))}.,,},.}}}...,}})}.,,.)))))))).,,.))))))))))}|||||}.,,.)))))}))))))))}}},,,.},,))))).))))))))))))))))),,..)}..)))))))).))}.)))).)))))..))).))))))))}}}}.))})}}.)))))))}..))))}.}})}}.,,.))))))))),,))).))..).)))))),}.((.(((((((.((((.(..(((...(((.((((.......))))..)))....))).,))))))))))))))))))).)))))))))).|}|(((.....)))}.,{((((....,((((....))))|((((((((...(((((....(((((......)))))....)))))..))).)))))}..))))).,)))))))).))))))..))))))}))))))..)))))))))).}})}},})))))))).})))).))))).)))){{((({(((((.((((({.{(((({..,,|,,,{(((((.....,,.((((((((((((((({{,(((({.....)))))))))))))))))..)))).,,.....)))))}..,,,,,||,,,,,.{{((({........)))))),,.}}}}})}))))))))})))))))}...{{{{{........)}})}.,,,,....,},,)))..}))))))))))).)))))))))..)))).((((..{..(((({......})))}....)))).,.)))))).)))))},))}}))...)))))))))))))).......{{{{,,,,,,,}}),,}},((((((((..(((((.(((((((((((...(({((........)),),},.))))))))))))))))..))))))))..(((({((({......|))).}}}})..,((((((((((...(((.........))}..))))))))))(((((((..((((.{(((,{......(((((({{..,..((((((((.....,,{.,,..{,,(((((((.(..((((((.{{.(((((((((((((((((...........)))))).)))))...)))))).}})).))))..).)))))))..,|,{{....}},,....,,.,}},,,},))))))))...}))))))}.....}).)))}.))))...)))))))..,))))........
Back