Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001171625.2
Sequence Length
3591 nt
GC Content
0.5127
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGCUAGCACCAGCGCUCUGUCGGGAGGCGCAGCGGUUAGGUGGACCGGUCAGCGGACUCACCGGCCAGGGCGCUCGGUGCUGGAAUUUGAUAUUCAUUGAUCCGGGUUUUAUCCCUCUUCUUUUUUCUUAAACAUUUUUUUUUAAAACUGUAUUGUUUCUCGUUUUAAUUUAUUUUUGCUUGCCAUUCCCCACUUGAAUCGGGCCGACGGCUUGGGGAGAUUGCUCUACUUCCCCAAAUCACUGUGGAUUUUGGAAACCAGCAGAAAGAGGAAAGAGGUAGCAAGAGCUCCAGAGAGAAGUCGAGGAAGAGAGAGACGGGGUCAGAGAGAGCGCGCGGGCGUGCGAGCAGCGAAAGCGACAGGGGCAAAGUGAGUGACCUGCUUUUGGGGGUGACCGCCGGAGCGCGGCGUGAGCCCUCCCCCUUGGGAUCCCGCAGCUGACCAGUCGCGCUGACGGACAGACAGACAGACACCGCCCCCAGCCCCAGCUACCACCUCCUCCCCGGCCGGCGGCGGACAGUGGACGCGGCGGCGAGCCGCGGGCAGGGGCCGGAGCCCGCGCCCGGAGGCGGGGUGGAGGGGGUCGGGGCUCGCGGCGUCGCACUGAAACUUUUCGUCCAACUUCUGGGCUGUUCUCGCUUCGGAGGAGCCGUGGUCCGCGCGGGGGAAGCCGAGCCGAGCGGAGCCGCGAGAAGUGCUAGCUCGGGCCGGGAGGAGCCGCAGCCGGAGGAGGGGGAGGAGGAAGAAGAGAAGGAAGAGGAGAGGGGGCCGCAGUGGCGACUCGGCGCUCGGAAGCCGGGCUCAUGGACGGGUGAGGCGGCGGUGUGCGCAGACAGUGCUCCAGCCGCGCGCGCUCCCCAGGCCCUGGCCCGGGCCUCGGGCCGGGGAGGAAGAGUAGCUCGCCGAGGCGCCGAGGAGAGCGGGCCGCCCCACAGCCCGAGCCGGAGAGGGAGCGCGAGCCGCGCCGGCCCCGGUCGGGCCUCCGAAACCAUGAACUUUCUGCUGUCUUGGGUGCAUUGGAGCCUUGCCUUGCUGCUCUACCUCCACCAUGCCAAGUGGUCCCAGGCUGCACCCAUGGCAGAAGGAGGAGGGCAGAAUCAUCACGAAGUGGUGAAGUUCAUGGAUGUCUAUCAGCGCAGCUACUGCCAUCCAAUCGAGACCCUGGUGGACAUCUUCCAGGAGUACCCUGAUGAGAUCGAGUACAUCUUCAAGCCAUCCUGUGUGCCCCUGAUGCGAUGCGGGGGCUGCUGCAAUGACGAGGGCCUGGAGUGUGUGCCCACUGAGGAGUCCAACAUCACCAUGCAGAUUAUGCGGAUCAAACCUCACCAAGGCCAGCACAUAGGAGAGAUGAGCUUCCUACAGCACAACAAAUGUGAAUGCAGACCAAAGAAAGAUAGAGCAAGACAAGAAAAAAAAUCAGUUCGAGGAAAGGGAAAGGGGCAAAAACGAAAGCGCAAGAAAUCCCGUCCCUGUGGGCCUUGCUCAGAGCGGAGAAAGCAUUUGUUUGUACAAGAUCCGCAGACGUGUAAAUGUUCCUGCAAAAACACAGACUCGCGUUGCAAGGCGAGGCAGCUUGAGUUAAACGAACGUACUUGCAGAUGUGACAAGCCGAGGCGGUGAGCCGGGCAGGAGGAAGGAGCCUCCCUCAGGGUUUCGGGAACCAGAUCUCUCACCAGGAAAGACUGAUACAGAACGAUCGAUACAGAAACCACGCUGCCGCCACCACACCAUCACCAUCGACAGAACAGUCCUUAAUCCAGAAACCUGAAAUGAAGGAAGAGGAGACUCUGCGCAGAGCACUUUGGGUCCGGAGGGCGAGACUCCGGCGGAAGCAUUCCCGGGCGGGUGACCCAGCACGGUCCCUCUUGGAAUUGGAUUCGCCAUUUUAUUUUUCUUGCUGCUAAAUCACCGAGCCCGGAAGAUUAGAGAGUUUUAUUUCUGGGAUUCCUGUAGACACACCCACCCACAUACAUACAUUUAUAUAUAUAUAUAUUAUAUAUAUAUAAAAAUAAAUAUCUCUAUUUUAUAUAUAUAAAAUAUAUAUAUUCUUUUUUUAAAUUAACAGUGCUAAUGUUAUUGGUGUCUUCACUGGAUGUAUUUGACUGCUGUGGACUUGAGUUGGGAGGGGAAUGUUCCCACUCAGAUCCUGACAGGGAAGAGGAGGAGAUGAGAGACUCUGGCAUGAUCUUUUUUUUGUCCCACUUGGUGGGGCCAGGGUCCUCUCCCCUGCCCAGGAAUGUGCAAGGCCAGGGCAUGGGGGCAAAUAUGACCCAGUUUUGGGAACACCGACAAACCCAGCCCUGGCGCUGAGCCUCUCUACCCCAGGUCAGACGGACAGAAAGACAGAUCACAGGUACAGGGAUGAGGACACCGGCUCUGACCAGGAGUUUGGGGAGCUUCAGGACAUUGCUGUGCUUUGGGGAUUCCCUCCACAUGCUGCACGCGCAUCUCGCCCCCAGGGGCACUGCCUGGAAGAUUCAGGAGCCUGGGCGGCCUUCGCUUACUCUCACCUGCUUCUGAGUUGCCCAGGAGACCACUGGCAGAUGUCCCGGCGAAGAGAAGAGACACAUUGUUGGAAGAAGCAGCCCAUGACAGCUCCCCUUCCUGGGACUCGCCCUCAUCCUCUUCCUGCUCCCCUUCCUGGGGUGCAGCCUAAAAGGACCUAUGUCCUCACACCAUUGAAACCACUAGUUCUGUCCCCCCAGGAGACCUGGUUGUGUGUGUGUGAGUGGUUGACCUUCCUCCAUCCCCUGGUCCUUCCCUUCCCUUCCCGAGGCACAGAGAGACAGGGCAGGAUCCACGUGCCCAUUGUGGAGGCAGAGAAAAGAGAAAGUGUUUUAUAUACGGUACUUAUUUAAUAUCCCUUUUUAAUUAGAAAUUAAAACAGUUAAUUUAAUUAAAGAGUAGGGUUUUUUUUCAGUAUUCUUGGUUAAUAUUUAAUUUCAACUAUUUAUGAGAUGUAUCUUUUGCUCUCUCUUGCUCUCUUAUUUGUACCGGUUUUUGUAUAUAAAAUUCAUGUUUCCAAUCUCUCUCUCCCUGAUCGGUGACAGUCACUAGCUUAUCUUGAACAGAUAUUUAAUUUUGCUAACACUCAGCUCUGCCCUCCCCGAUCCCCUGGCUCCCCAGCACACAUUCCUUUGAAAUAAGGUUUCAAUAUACAUCUACAUACUAUAUAUAUAUUUGGCAACUUGUAUUUGUGUGUAUAUAUAUAUAUAUAUGUUUAUGUAUAUAUGUGAUUCUGAUAAAAUAGACAUUGCUAUUCUGUUUUUUAUAUGUAAAAACAAAACAAGAAAAAAUAGAGAAUUCUACAUACUAAAUCUCUCUCCUUUUUUAAUUUUAAUAUUUGUUAUCAUUUAUUUAUUGGUGCUACUGUUUAUCCGUAAUAAUUGUGGGGAAAAGAUAUUAACAUCACGUCUUUGUCUCUAGUGCAGUUUUUCGAGAUAUUCCGUAGUACAUAUUUAUUUUUAAACAACGACAAAGAAAUACAGAUAUAUCUUAAAAAAAAAAAAGCAUUUUGUAUUAAAGAAUUUAAUUCUGAUCUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1308.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1376.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 848.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((((.(((((((....((((.((..((((.((((((..((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.....))))).)..)))..))).)))).))))))))).))))))))....((((..(((((((((.(((.......((((..(((((((((...(((.((((....)))).)))....((((((...........((((((((..(((....((((.(((....((((...))))(((((((..........)))))))..)))..))))....))).....))))))))))))))...((.(((....))))))))))))))..)))).(((((((((..(((.((((((((((((((....))))(((.(((((((((.(((((((((..(((...(((((((((..((((((..((((((.....))))).).))))))(((...)))...((((((((((....))).)))).))).....(((...(((.((((((((.(((((..(((((.((.(((((..(((((((..(((.(..((..((((((.....))))))..))..).)))..).))).))).))))).)))))))..))))).))))...)))).)))...))).........(((((.....)))))((((((((((((...)))))((((((((((.(((((....))...))).))))).)))))....((((...((((((..((((((.((....)).((((((((((((((((((((..(((.((((((((((..((((((..(((((((..((.(((((((((((((((((((..(((..(((.(((((((((((..((((.....))))....))))).))).)))))).(((...((((((..(((((((((((.(((.........))).))..))).))))))....)))))))))))).)))))).....(((((..((((...(((((.(.(((.((..((((....))))..((((((((((((((((.(((((((((((.((((((...((...)).))))))(((..(((((.....)))))...))).))))))))...........))).)))))))(((((((...))))))))))))))))..(((((((((.((((...))))...............)))))))))(((((((((((((.(((((..(((((.......))))).....(((..((((((((((((........))))))).)).))))))....((((..((.((((((((.((..(((((((((...........(((.....)))((......))...((((((((((((..((((((........))))))...((((.....))))....(((((((((((((((..((((...................))))..((...(((....((((......((.(((((((((((((.((.((((.((((((((((((.(.((((((...((((((((..((((.......((((((((....))))..)))).........((((((.(((((........))))).))))))........))))..)))))))).....((....))((((.((..(((((((((.((....)).))))..((((((........(((((((...(((......)))....)))..))))......))))))...)))))))))))..............(((......))).....(((.....(((.......)))....)))..)))))).).)))))....))))))).)))))).))....((((((..((...(((((.(((.((((......))))))))))))...))..))))))........)))))))).)))...)).....))))((((..(((((((......)))))))..))))(((....))))))..))..................(((((((((((.(((((((((((((.((........))))))))))))))).))))))))))))))))))))....(((((.......)))))..((((((((((((((((.(.(((..(((((((.((((((...((((((((((...((((..(((...((((....)))).)))..))))..(((.(((((((((................(((((...))))))))))))))))))))))).))))(((..(.((.((((((((((.((((........((.((((....))))..))........)))))))))))).))..)))..)))....))))))..)))).)))..))).).))).))).........)))))))))))).)))).((.(((((((...))))))).))....))))).)))))))))))).))))....))..)))))))).))..)))).)))))..))).))))))))))...)).))).).)))))...))))..)))))....))))))))).)))).))..).))))))...((.(((((((.((((.(..(((...(((.((((.......))))..)))....))).)))))))))))))))))))).)))))))))).)))((((....))))..(((((.....((((....))))(((((((((...(((((....(((((......)))))....)))))..))).))))))..)))))..)))))))).))))))..)))))).))))))..)))))))))).)))).)))))))))).))))).))))).)))).).(((.((((.........((((.....)))).(((((........(((((((((((((((..((((((.....)))))))))))))))))..))))........))))))))).)))........((((((........))))))....)))))))))))....))))))))...(((((........))))).........))..)))..)))))))))))).)))))))))..)))).((((.....(((((......)))))....))))...)))))).))))...))))))...)))))))))))))).......((((......)))).....((((((((..(((((.(((((((((((...(((((........)).)))..))))))))))))))))..))))))))..(((((((((......)))).)))))...((((((((((...(((.........)))..))))))))))(((((((..((((.((((((......((((((((.....((((((((....((((.(((.((((((((((.(..((((((.((.(((((((((((((((((...........)))))).)))))...)))))).)))).))))..).)))))))...((((....))))...))).))).))))))))))))...)))))))).....)).)))).))))...)))))))..)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((({{((((.(((((((..,.((((,((..((((.((((((..((((((((((((((((((((((((.((({.(((((.....))))).}..)))..))).)))),})))))))).))))))))....((((..(((((((((.(((......,((((..(((((((((,..(({,((((,,,.}}||,}}}.,{{{{((((.{{{{......((((((((.,(((....((((.(((....((((...))))(((((((..........)))))))..)))..))))....))).....))))))))}}}))),}}||.|||,,..))}}})))))))))..}))),|||||||{{.|((|,,{((((((((((((....}}}}}.|,.{{,...}|.(((((((((..(((.,.,,(((((({,.((((((..{(((((.....))))).,.)))))}(({...)))...((((((((((....})).)))).))),.,,.(((...(((.((((((((.(((((..(((((.((.(((((..(((((((..(({.{..{{..((((((.....)))))},,|}.,|,|}}..))))}.))),))))).)))))))..))))).))))...)))).)))...)))...,,.,,,{{(({.....))))){{{(((((((((...)))))((((((((((.(((((....))...))).))))},)))))....((((...((((((..((((((.((....}).((((((((((((((((((((..{{{.((((((((((..((((((.,(((((((..((.(((((((((((((((((({{,,((.,(((.(((((((((((..((((.....))))....))))).))).)))))).|{||.}||||||..(((((((((((,(((.........))).))..))).)))))).{{{||||||||||},..|||||{.{{((,(,(.{,(((,(.,,|||}||,,|||}}}||||}}{{||||..((((((((((((((((,(({((((((((.{(((((...((...)).)))))}(((,,((({(.....))))}...})).)))))))}.}}}}...,,}))).)))))},(((((((...)))))))))))))))),{(((((((((.((((...))))..,,.....,.,...)))))))))}|(((((((((((.(((((.{(((((.,....,}))}}},...{{{..{((({(((((((........))))))).}).))},}}..,.((((..((,((((((((.{{..(((((((((...........(((.....))){|......}}...((((((((((((..,.{,.....,{(((((((({.,{(((,.....||||..|||,,...,{{{{{{(({.,(((,.{.{{{{{{{,,...,..||||,.{{...((({..,((((......,..,||{|,,,,,.||}|{,||((.((((((((((((.{.((((((...((((((((..((((.......((((((((....)))}..}))).........((((((.(((((........))))).))))))........))))..)))))))),.....,.,.{({((({,((.,(({,(((((......)))))))).,((((((.,......(((((((...(((......)))....)))..))))....}.))))))..})))))))),},......,}....||..,.}.....(((((..,.(((....))).....})))).,||,...)))))).}.)))))....))))))|,||}}}}.,,,,,,((((((..((,{,(((((.(((.((((......))))))))))))}).))..))))))......,}))))))))})))..,}}...{,||||((((,.{(((({{..,,,,}))))))|.))))|{|,...}}},,,.,,,.............,,,,,(((((((((({.((((((((({{{{{{{........))))))))))))))).})))))))))),}}}}}},,....{{{({.,.....}))}}.,(((((((((({(...((((((((.{{{((((,((,(((((,{(((((,{.....}))))})))}}.}}|({{{.(((,{{{({{((,{,.(((.(((((((((.,{{........,,,,(((((...))))))))))))))))))),}}|{{.{{,...}}.}|,{{((((((((.((((........{{.((({....})))..,,........)))))))))))).})...))))))}.}))},,)))}.,,}}.}}}...,}})}.,,.)))))))).,,.))))))))))|(((((.....))))),)))))))))}),...,.,))))).))))))))))))})}))....})..)))))))).)),.)))).)))))..))).))))))))}}}}.))}),,.)))))))},.))))}.}}}}}....))))))))),,))).))..).)))))),}.((.(((((((.((((.(..(((...(((.((((.......))))..)))....))).,))))))))))))))))))).)))))))))).|}|(((.....)))}.,{((((....,((((....))))|((((((((...(((((....(((((......)))))....)))))..))).)))))}..))))).,)))))))).))))))..))))))}))))))..)))))))))).}})}},})))))))).})))).))))).)))){{((({(((((.((((({.{(((({..,,|,,,{(((((.....,,.((((((((((((((({{,(((({.....)))))))))))))))))..)))).,,.....)))))}..,,,,,||,,,,,.{{((({........)))))),,.}}}}})}))))))))})))))))}...{{{{{........)}})}.,,,,....,},,)))..}))))))))))).)))))))))..)))).((((..{..(((({......})))}....)))).,.)))))).)))))},))}}))...)))))))))))))).......{{{{,,,,,,,}}),,}},((((((((..(((((.(((((((((((...(({((........)),),},.))))))))))))))))..))))))))..(((({((({......|))).}}}})..,((((((((((...(((.........))}..))))))))))(((((((..((((.{(((,{......(((((({{..,..((((((((.....,,{.,,..{,,(((((((.(..((((((.{{.(((((((((((((((((...........)))))).)))))...)))))).}})).))))..).)))))))..,|,{{....}},,....,,.,}},,,},))))))))...}))))))}.....}).)))}.))))...)))))))..,))))........
Back