Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001171887.2
Sequence Length
2818 nt
GC Content
0.3485
AGUUCUCCGGGAGCGCCGGUCGGAGGCGGUCGGCGGAGGUGUCUACCCCGCCGGUGAUGGCGUUGAACGCCACUGGCUUCCCGGCCUUCCGUCCGCUGCCUCCGUCCGAUUCUGCGUCUGCUUGCUGAGGAGGCGGAUUAGGGGGGCGCGGAGUCUCUUCCCUUGAGUGCAUAGGUCCCGGUUGGUAGAGGGUUUGAGUCCGCAUCGCCACAGCUGAAGGCUGCGAGGGACUAAGAGCAGAAUAUAUCUUUAGAAAUGAGUUGCACAAUUGAGAAGGCACUUGCCGACGCUAAAGCUCUUGUUGAAAGAUUAAGAGAUCAUGACGAUGCAGCAGAAUCUCUGAUUGAGCAAACCACAGCUCUCAACAAGCGAGUAGAAGCCAUGAAACAGUAUCAGGAAGAAAUUCAAGAACUUAAUGAAGUCGCGAGACAUCGGCCACGGUCCACGUUAGUUAUGGGAAUCCAGCAAGAAAACAGACAAAUCAGAGAGUUGCAACAAGAAAACAAAGAAUUACGUACAUCUCUGGAAGAACAUCAGUCGGCCUUGGAACUUAUAAUGAGCAAGUACCGAGAACAAAUGUUUAGAUUGCUAAUGGCUAGCAAAAAAGAUGAUCCGGGUAUAAUAAUGAAGUUAAAAGAGCAGCACUCCAAGGAACUGCAAGCACAUGUUGACCAGAUAACUGAAAUGGCAGCAGUAAUGAGGAAAGCCAUUGAAAUUGACGAGCAACAGGGUUGCAAGGAACAAGAACGAAUAUUUCAACUUGAACAAGAAAACAAAGGCUUGAGAGAGAUCCUUCAAAUAACUCGAGAAUCAUUUUUGAACCUAAGGAAAGAUGAUGCGUCGGAAAGUACUUCUUUGUCAGCAUUAGUGACCAACAGUGAUUUGAGUCUGAGGAAGAGCUGAAGAGUUUCUGAGUCUGUGAGCUUCUUACAUGGCUCCAAAUGGUCAAAUAAGUGAAUGAAUGAAUGGACAGAAAAUUCAAUCCUUUAUUUUUUUCUCUGUAAAUAUGUACAGUGCACGGGCUAUGAGAUAGCAACAAAAAAUGCAUAGUUAAUGGUCAUAGACUUUAUUCCAAAACAUAAUUGGAAAAUAGAAACUGAGCCAUUGCCAAAUGGUAAAGAAAUGAAAAGUUUUCACAGUGACUACUGAAUAUACCAAGAGCUUUUGGCAGUACUGCUGGCUUUCUGGGUGAUUAAUUAGGUAAACUUGAAUAUUCCCAGUAAAUGUUUGAGAAUGCAUAAAAUUAUACCAAUUUAAAAAUAUAAAUUUUUGCCACUGUUUUGUGAACGGAGGAUUUGUACGCUAAAUUUCAUCCUUAUUUGGCGUCAAAGUUGAUGCAAAGUUUAUGUACCAUGAGACUUCUAGUGAUUGCCUACUUUCACAUUUAUUUAAAUUUUUGUGAAAGAAAAUACAGUUUUAAAGGCUAUAGGAAUGUGUUAUAUGUACCUUAAACAGAUAAUUUAAUUUUAGCAAUUUAUCAUAACUGAUACUUAGCUAACAAUUGUCCAUAACUUGUUUAAGUGUAAGAAAUACCAUUUCAGGAAUGAAAAAGAAGGAAUACUACUUUCUAAGAAAGAAGAUCUUAUAAUAGACAUAUUUAGUAGGUUAAACUACUCCUUUGAAAGAAUAAGUUUUGGUUCAAAGUCAAUAAUGAAGACGAGAUUUGUUUUUCUCUUCUCUGGCUGAUUUUUAAGGAUAUUAUGUAGUUCAUUUAGUUAACAGAAUUGAAAUGUUUGAUAUGGCAAGAUAGGUAUGGUAAUUUCAAAGUGAAUUGGGAAUUCCUCUGGCUCAUAGAACCCUUUUUUUUUUCCUUUAAGUAUUCUUGAGAUACAAAAAAAAAAAGUAAAUACAAUUUCAAAAAAAAAGUUCCGGAUCUGUUUUUAAGCUCCAUCUGGUCCUCAUAACCUGCAAGAUUUUUCUUAAAACCUUUCAGCUGAAAGUGGGGGUAAAGGUGGAGUAAUCUGUGGAUUUGUUUCUGUUGUCUUUUAAAAUGUCAAAUAUAUAAUAUGUAAUUUUUUUAAAAACCACCAGAUACAGAAAUGUGCUUUAACAUCAGUUGAAACCUAAAUUUUCUUAUGUUGUGGUGAUUGUAUUAAAAAGGGAUAAAAGAAGAGUGUCAAACAUGGUUAAAUAUAUUGUACUCAUUUAUGUUGAAUACGUAUUAAAAUUAAGACAAAUGGAAAAUUAUACUUUGAGUAUAUAAUUUGUUAAAUAUUACUUUAUAUGGUAAUUUUAUGUAUAAUUUCAUAUAUUGGUAAAAUUCAAAACUACACUUGAGAAUUUUUUUAUCUUAAGUUUGGGGUGAAUGGGGUGGAUGAGACUGAUUGAAUAGAAAAGGGCUAAUGGCCCAAACAUUAUAUAGAUUUCUUUUUUUCAGUCAGAGGCCUUAUUUGAUAUUUUAUAAAUAAAUGACAGUUUUUAUUUUUAAACUUUUUAUUGUUUUUGGGAAAGUAUUCCUUAAUUUAAUGACACAUUCAUUCAGAUACUUCUUAUCCCUGCUAAUAAAGGAAAUCUAUUUCAAGCUACACCAUUGAGAUUAAGUCUGAGGCAGUUCAUUGAGGCAGCUCUACUAUAAAAGCUUACUUGAUAAAUAAUUAUUUUUGUAAACAAGUUGGGUUAACUUAUUCUUCGUCUUUUUGCUUGGAUAUGAAUUUAAGGUCUUCAUGUUUAAAGACAUUUACUUUGUUAUUUAGUGACACAUUUCCAUCCUAUUUUUUUUUUUUUUUUGGUUGUUGUUAAACAGAACCUUAAGUUUAUGUUUGAGGUAUGUACUGCAUAGGAACCUAUUUUAUUAUUAAAGAUGAAUGAUUAAAAUUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-688.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -743.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 670.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((......((((((...(((((...))))))))))).....))))))))).)))))))))))).))((((((((((((.(((((((......)))..)))).)))))))))))).........).)))).....)))))).(((((((((((((.(((((.(.((((...((((...))))))))))))))....((((.(((((((((.......((((.((............))))))(((((.(((...(((((((((((..(((((.(((((..((.(......)))..))))))))))((((........)))))))))))..))))...)))(((.....(((.((..(((....)))..)))))..)))..(((....))).)))))..((((.(..(((.((((((((..((((((..((...........(((((((..(((.....................)))..)))))))...........)).))..)))).)))))))).)))..).)))).((((....))))...((((((.....))))))........(((((((((.((..((((((.....(((((.((.(((....(((((((....((.(((((.(((...........)))))))))).........((((.(((((((((....(((((((((((.((.((.(((.((((.......(((((((...((((..........))))..(.(((((((((.......((((..(((((((((..........)))))))))...))))((((.....))))(((((((.((.((.((((.(((..((((.((.(..((.((.((((...(((((((((((((((((.(.(((..((((((((....((..((....((.(((.(((((((.(((..((....))..))))))))))..))).)).......))..))......)))))))))))..(((........))).........).))))))))))..((((((.......))))))...)))))))..((((((....))))))...((((........)))).))))..)).))..)...)))))).))).)))))).)).)))))))....(((((((((..(((.(((..((((((((((.......))))))))))..))).))))))))).)))...(((((((....))))))).(((......)))...))))))))).)(((((((((.........)))))))))..)))))))......)))).))).)).)).)))))....)).))))...((((((((..............))))))))......))))))))).))))....(((((((((((...((((((((((((((((((.....(((((.(..(((((....)))))..).))))).))))))).......)))))))).)))..........(((((....)))))...((((((((((..(((((((((((((((.(((......))).......(((((......))))).....((((((((((((((((.((((..........))))..)))))))))))))).)).(((((((((((.....(((((..((((((((((((.(((((...((((.(((((((......((((.(......).))))...)))))))........((.....)))))).(((((...((((((((((((.((((((..(((((.....)))))..............(((((((((.........(((((((((((..........(((((((((..(((((((...(((.(((.((((....)))).))).)))......)))))))...))))))))).))))).))))))((((((((.(((((((((((......(((((...))))).....))))))).......))))))))))))....((((((....))))))(((..(((........)))..))))))))))))...)))))).)))))))(((((.(((..(((......))).))))))))...(((((.....)))))..........(((((((.......((((((...))))))..))))))).....(((((.(((((((.((((........)))))))))))..))))).(((((...(((.((((((((.........)))))))).)))..))))))))))..)))))))))).)))))......(((((...)))))......)))))))..)))))....))))))))))).............((((.(((((((........))))))).))))))))).....))))))))))))))))))))......))))))))))).(((((((..........(((........)))......(((((((.........)))))))...))))))))))))))...))))).)))))........(((((((((((((((........)))))...)))).))))))........))))))..)).)))))))))(((((((((((((..((.(((((((.((((.......((((((...)))))).....(((....................))).)))).))))))))))))))))))))))....))))))))).))))....))))))..)))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{{,(((((({({{{((.(((((((((,{((((((((.(((......((((({..,(((((...))))))))))).....))))))))),)})))))))))).))|(((((((((((.(((((({......))}..,))).)))))))))))},,.......)}),})...}.))))))..,,,,,,{{{(((.(((((.(.((((...((((...))))))))))))))....((((.(((((((((.,,,...((({{((.,.........|)))))}((((({(((...(((((((((((..{(((,{(((((..((.(......)))..)))))))))}((((........))))))))))),.})))...))),.,.....{((.((..(((....)))..)))))...,|,.(((....))).}}|||..,||{{{.{((..,,.}|||}}.,}},||...............,((((((..(((.....................)))..))))))}..........)))}))(((((.((((.........)))).))))).,,...,}|||...{(((((.....)))))}.,,,,||.({(((((((.{(..((((((.,,..(((((.((.(({,(,.(((((((....{{.(((((.(((...........))))))))}}.........((((.(((((((((..,.((((({{{|||,|{.((.(((.((((.......(((((({|..{{{{........,,|||}..(,((((,((((,......{(((,.(((((((((..........))))))))).,.)))}.,,{...,{||||,(((({{,(({(,{(,,,.,||.}||||,|,}}}}.}}))}||}}}}},||||||{((((((((({{,.||||||{|||||.....||,|{.,,,{{,(((.(((((((.{{{..{{....))..)))))))))).,}}|.{(((,.....,}}})},,|,.}}|||||}}}}},{{{........))).,,,|{.{{|{||||||||||,.((((((.......))))))..,|||||||.,(({(((,,,.||}))}...{{{{,,,,....)))).((({....}))).....,})}||.}}},)))))),),.}))))))}}}||{(({{{,{,.(((,({,..|||||{{|{{,,,,,..)}}}}}}}}}..})),},,|,||}},,,,.,,{{,{{{{.,,,)))}})}|(|(|||,,.}}),}}))}))}|||{.(((((((((.........))))))))))})))))))......)))).))}.)).)}.))))},,..)}.}))),..((((((((..............))))))))......))))))))).))))....(((((((((((...((((((((((((.{,,,.{((({(((((.{..(((((....)))))..}.))))).)))))........,)))))))).)))..........{((({....)))}}...((((((((((..((((((((((,{{,,.{{{......}}}.......(((((......))))).,{{{(((,(((,,,,{|||,.||||}}}.......}|||,.}||||,}}}}}}}))}}.{((((((((((.....(((((..((((((((((((.((((({..{,,..{({{.(((((((((((({(.,,,..{{,,,{,.{{{(({|,...,,,}}}}},}},)))}},}|||||...{{,((((((((.(((((((..(((((.....)))))..............(((((((((.........{((((((((((..........(((((((((..(((((((...(((.(((.((((....)))).))).)})......)))))))...))))))))).))))).)))))}(({((((,{({{((((((((......(((({...})))}.....)))))))}..,,.,)))}))))}}}}....((((((....)))))}(((..(((........)))..))))))))))))..})))))).)))))))).|||}}}}}}}}..,,,,.,...,}}},{{{{{{(((,(,....}},,,..........(((((((.......((((((...))))))..))))))).....(((((.(((((((.((((........)))))))))))..))))}.(((((...(((.((((((((.........)))))))).)))..)))))}),))}})))))))))).)))))......(((((...)))))....,,))))))}..}))))....))))))))))}..,,,,,,{....,{{{.||||||{....,,{,|}}}}},.,)))}},}}},},.))))))))))))))))))))......))))))))))).,((((((...,,,,,..{{{,.......})}......{{{{{{{,........})))))}...)))))),))))))).})))))).)))))........(((({((((({({{(,,,.....}))))...))))},)))))...,}}..))))))..)).)))))))||(((((((((((((..((.(((((({.((((.......{(((((...)))))}.....(((....................))).)))).})))))))))))))))))))))}))}))))))))).))))....))))}},{{({((({{{.......))}}},.}}}},...
Back