Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001172133.3

Sequence Length

2165 nt

GC Content

0.5589

ACCACGUCCCUGGUCCCAGCUCGGGAGCACAUCAGAGGCUUAGAGGCGAGUGGGAAGGGACUCAGACAGUGCAGGACGAGAAACGCCCGCGGCACCAAAGCCCCUCAGAGCGUCGCCCCCGCCUCUAGUUCUAGAAAGUCAGUUUCCCGGCACUGGCACCCCGGAACCUCAGGGGCUGCCGAGCUGGGGGGGCGCUCAAGCUGCGAGGAUCCGGGCUGCCCGCGAGACGAGGAGCGGGCGCCCAGACAAACAAAGCAAAACCGCUCAAGUCUUGAGGUGGCAAAUCUUUCCCAGUUCCCACCAGAAGAGGAUGGGGUGCAUGAAGUCCAAGUUCCUCCAGGUCGGAGGCAAUACAUUCUCAAAAACUGAAACCAGCGCCAGCCCACACUGUCCUGUGUACGUGCCGGAUCCCACAUCCACCAUCAAGCCGGGGCCUAAUAGCCACAACAGCAACACACCAGGAAUCAGGGAGGCAGGCUCUGAGGACAUCAUCGUGGUUGCCCUGUAUGAUUACGAGGCCAUUCACCACGAAGACCUCAGCUUCCAGAAGGGGGACCAGAUGGUGGUCCUAGAGGAAUCCGGGGAGUGGUGGAAGGCUCGAUCCCUGGCCACCCGGAAGGAGGGCUACAUCCCAAGCAACUAUGUCGCCCGCGUUGACUCUCUGGAGACAGAGGAGUGGUUUUUCAAGGGCAUCAGCCGGAAGGACGCAGAGCGCCAACUGCUGGCUCCCGGCAACAUGCUGGGCUCCUUCAUGAUCCGGGAUAGCGAGACCACUAAAGGAAGCUACUCUUUGUCCGUGCGAGACUACGACCCUCGGCAGGGAGAUACCGUGAAACAUUACAAGAUCCGGACCCUGGACAACGGGGGCUUCUACAUAUCCCCCCGAAGCACCUUCAGCACUCUGCAGGAGCUGGUGGACCACUACAAGAAGGGGAACGACGGGCUCUGCCAGAAACUGUCGGUGCCCUGCAUGUCUUCCAAGCCCCAGAAGCCUUGGGAGAAAGAUGCCUGGGAGAUCCCUCGGGAAUCCCUCAAGCUGGAGAAGAAACUUGGAGCUGGGCAGUUUGGGGAAGUCUGGAUGGCCACCUACAACAAGCACACCAAGGUGGCAGUGAAGACGAUGAAGCCAGGGAGCAUGUCGGUGGAGGCCUUCCUGGCAGAGGCCAACGUGAUGAAAACUCUGCAGCAUGACAAGCUGGUCAAACUUCAUGCGGUGGUCACCAAGGAGCCCAUCUACAUCAUCACGGAGUUCAUGGCCAAAGGAAGCUUGCUGGACUUUCUGAAAAGUGAUGAGGGCAGCAAGCAGCCAUUGCCAAAACUCAUUGACUUCUCAGCCCAGAUUGCAGAAGGCAUGGCCUUCAUCGAGCAGAGGAACUACAUCCACCGAGACCUCCGAGCUGCCAACAUCUUGGUCUCUGCAUCCCUGGUGUGUAAGAUUGCUGACUUUGGCCUGGCCCGGGUCAUUGAGGACAACGAGUACACGGCUCGGGAAGGGGCCAAGUUCCCCAUCAAGUGGACAGCUCCUGAAGCCAUCAACUUUGGCUCCUUCACCAUCAAGUCAGACGUCUGGUCCUUUGGUAUCCUGCUGAUGGAGAUCGUCACCUACGGCCGGAUCCCUUACCCAGGGAUGUCAAACCCUGAAGUGAUCCGAGCUCUGGAGCGUGGAUACCGGAUGCCUCGCCCAGAGAACUGCCCAGAGGAGCUCUACAACAUCAUGAUGCGCUGCUGGAAAAACCGUCCGGAGGAGCGGCCGACCUUCGAAUACAUCCAGAGUGUGCUGGAUGACUUCUACACGGCCACAGAGAGCCAGUACCAACAGCAGCCAUGAUAGGGAGGACCAGGGCAGGGCCAGGGGGUGCCCAGGUGGUGGCUGCAAGGUGGCUCCAGCACCAUCCGCCAGGGCCCACACCCCCUUCCUACUCCCAGACACCCACCCUCGCUUCAGCCACAGUUUCCUCAUCUGUCCAGUGGGUAGGUUGGACUGGAAAAUCUCUUUUUGACUCUUGCAAUCCACAAUCUGACAUUCUCAGGAAGCCCCCAAGUUGAUAUUUCUAUUUCCUGGAAUGGUUGGAUUUUAGUUACAGCUGUGAUUUGGAAGGGAAACUUUCAAAAUAGUGAAAUGAAUAUUUAAAUAAAAGAUAUAAAUGCCAAAGUCUUUACCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-809.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -848.74

Frequency: 0.0000

Diversity: 573.74

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..........((.((((.....)))).))....((((((((...((((((((((((((((((.....)))((.((.((.....)))).))(((......))).....(((((((.((((((.(((.(((.((.((((.....))))..)).)))((((((((.((...)).)))).))))))).))))))))))))).....((((((((((((((.((((((..........))))))))))..........(((......)))....((((..(((((..(((........))).)))))..)))).(((((((.((.((........((((((((.....))))).))).............(((....))).....((((...(((..((((((((.((..((((.....)))).((.(((((((.(((((.....((((...(((((((((((((((.(((((((((((((.(((..(((((((((((.(((((.((((....((....((((.(.(((.....)))).))))....))....)))).))))))))))).))))).((((..(((((((((((((.....(((((((...(((((..((....))..)))))((.((((((...((...((.((.((.((((..(((((....)))))(((.((..((((..(((((((.(((((.((...((((........))))...)).))))).((((((.((((((((((.((.((((((.((((....((......))..)))).....(.(((.((((((.........))).))).))).)..(((.((............)))))..)))))))).((((((............)))))).(((.(((.(((....))).))).))).((((....))))..))))))...((((((..(((...)))..))))))..)))).))))))((((((((.(......).))))))))...)))))))..)))).)))))(((...))))))))).)).))))...))))).).)).((((((((((((((((.(((.((((..((((.(((.((...((..(((..((.((....)).))..)))..)).)).)))..)))).)))).)))((((....)))).((((((((..........((((((...............))))))(((((.(........).)))))....))))))))(((((..((((.((.((..((((((((..(((((........)).)))..))))))))..)).)))))).)))))...))))))....)))))))))).((((((...)))))))))))))......))))).))).))).)))))).))))))))..........)))))).)).)))))))))).....)))))....))))..))))).)))..))))))....)).))))))))..)))....)))))).)).)))))))....(((((((..(((((((((.......)))))..............))))..).)).))))...(((((((((((((((.....))))..(((.(((((((((.(((...(((((........)))))))).)))))).))).))))))).))))))))))).))))))((...(..((((((...((..((((.....((((((....(((((((.......((.(((......))).))......(((..(((((((......)))))))..))).....(((........)))........)))))))))))))..))))..)).))))))..)...))((.((((.((((((((.(((..((.....)).)))))).))))).)))))).....))))))))))))((((.((((.((((.(....(((....((....))...)))....).)))).)).))..))))....((.(((((((((((((.(((..(((((((((((((((.(((((((.....((((....))))...))))))))))).)))))))............))))..))).)))))......)))))).)).)).....((((((.......))))))....))).)))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....,,,,,{{,(((({{((((|,(({...,,{{(({{{{{{{((((,{,(((,,({(,({{.{{....((.((.((.....)))).))(((......))),,||.}|||.}{,|||||}}}||||},}}).}}..{{{{{{...,,,,,}}}|||,((((.{,...}).))))}),)))})))))))|||||{{{..|||.,,,|,.(({((({.{||||{,,..,..,.,)))))))))).||.......{({......))),..,||||},|{{({....,,|,,,,,,,}},||}||..}}},}}.||||,((((.(,,(((.,.((((((((.((.((({({{,......,,,{,.....})}..{{{({{,{,{,.....{|{..((((((((.{{..((((.....)))).((.(((((((.(((((.....((((...(((((((((((((((.{((((((((((({{(((,,(((((((((((.(((((.((((.,..{,...,((((.,.(((.....)))}.))))....}},...)))).))))}))))))}})))).((((..(((((((((((((.....(((((((...(((((..((.,..}|.,|||}|{{,,{{,{{...,.,,}|,||||{{.{{{{{{(((((....)))))||||{(,{((((..{((({{{.(((((.{(|.|(({{.},||,..}}})}}})}{|||||,.{{|||,|||{||||{|,||.{|||||.{{{|,.,,{|.....,))..))}}||||{{,{((.{((({{.........)))}})),))),,....((((....}}})....{(({{...))))),..((((((..,......,..))))))..(((((..(((...((((,{{{((((.((,{.((.((......))})}..).)).)))))),.})))..)))..)))))}}.||||,(((((((((,,......).)))))))))..}))))}}{{||,,{||,,,,||}.}))),|}|||{,|{|,.....))),},)})}|((((((((((((((((.(((.((((.(({{(.(((.((...((..(((..((.{,....},.))..))).,)).)).)))..}})).)))).))){(((....)))}.((((((((..........((((((..,{.,.......}}))))))(((((,(.,....}.}.)))))....))))))))(((((..((({,((.((..((((((((..(((((........)).)))..))))))))..)).)))))).)))))...))))))....)))))))))).((((((...)))))))))))))......))))).))).))).)})))).))))))))..........)))))).)).)))))))))).....)))))....))))..))))).)))..))))))....}}.))))))))..)||((((((((((((({..,{,{...||||...{{{.,,,.,}}....}))}})))))))))).}}.....,.,,{.,,.}}}}},,{(((((((((((((((((,...,))))..(((.(((((((((.(((...(((((........)))))))).)))))).))).))))))).))))))))))}}}}||,..|||,...}}).{{{{,||.(({{...........)}.)},)},)))).....})).))))))))))(((((......(((..(((((((......)))))))..)))....)))))..(((((,(((((.(((((...,.(((((((((((((((...(((.((((..(((((((((((.((((((((.(((..((.....)).)))))).))))).))))....)))))))})))...))).,............{{....}}....}..))))).))))))..)))).}..))))))))))....,)))),,,.))))).)))).}}},.{(((((((((((.(((((({.....,{{{....,},}...)))))))))))},))))))}...,{,.,.{{{||,.{(((((((.....)))))))}}}}}),.,,,..{{{{{{......,||||,}...,},}...))))},.......