Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172219.2
Sequence Length
3304 nt
GC Content
0.5578
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCGGGGGAGGGGCCGGGGGAGCCCCCGCCCCGCCCCCCGCCUCAGCCGCCACCGCCAGCUCGGUGGAGCCCCCCGCCGCCCGCCCGCCGCUCUCCCGAGCCGCCCGCCCGCCCCCUUCCCGCGUCUCCGCUCCCUCCCUGCGCAGCGGAAACAUGGCGGCGGGAAGAGAGUGAGCCGCCCCGCGCCCCCGCCGCGCCCUCAGAUGGAGAAAUUAGCAUACAAAGAAACUGACUUGUCAGAAGUCAGAGCAAGGUAUUGGUGGAUCCAGGGAUAAAUCCCAAACUUCUUAACCCCUAGACCGGUUUUUAGUCCAUUGACUAUGCAGCCUAAUGUGAUAGACUGGAGUGAUGUUAGAAAACACAAAUAUGGUCACCUAUCAGAGUCUGCAUCCCAAUAUCAAGAAGCUGCUGACAUCCUGGAUCUAGGUCAUUUUACCUGGGACAAAUACCUAAAAGAAACAUGUUCAGUCCCAGCGCCUGUCCAUUGCUUCAAGCAGUCCUACACACCUCCAAGCAACGAGUUCAAGAUCAGUAUGAAAUUGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACAUCCACCUGUAUUGCCACAGUAGUUGGACUGACAGGUGCCCGCCUUCGCCUGCGCCUUGAUGGGAGCGACAACAAAAAUGACUUCUGGCGGCUGGUUGACUCAGCUGAAAUCCAGCCUAUUGGGAACUGUGAAAAGAAUGGGGGUAUGCUACAGCCACCUCUUGGAUUUCGGCUGAAUGCGUCUUCUUGGCCCAUGUUCCUUUUGAAGACGCUAAAUGGAGCAGAGAUGGCUCCCAUCAGGAUUUUCCACAAGGAGCCACCAUCGCCUUCCCACAACUUCUUCAAAAUGGGAAUGAAGCUAGAAGCUGUGGACAGGAAGAACCCUCAUUUCAUUUGCCCAGCCACUAUUGGGGAGGUUCGGGGCUCAGAGGUGCUUGUCACUUUUGAUGGGUGGCGAGGGGCCUUUGACUACUGGUGCCGCUUCGACUCCCGAGACAUCUUCCCUGUGGGCUGGUGUUCCUUGACUGGAGACAACCUGCAGCCUCCUGGCACCAAAGUUGUGAUUCCAAAGAAUCCCUAUCCUGCCUCCGAUGUGAAUACUGAGAAGCCCAGCAUCCACAGCAGCACCAAAACUGUCUUGGAACAUCAACCAGGGCAGAGGGGGCGUAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCCAAGACCCUAAUUUCCCAUCCCAUCUCUGCCCCAUCCAAGACAGCUGAACCUUUGAAAUUCCCAAAGAAGAGAGGUCCCAAACCUGGCAGCAAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAGUUUGUAUCUACUUGAACAAGAAUGGCAGCACAGGCCCCCACUUAGAUAAGAAGAAGGUCCAGCAACUCCCUGACCAUUUUGGACCAGCCCGUGCCUCUGUGGUGUUGCAGCAGGCUGUCCAGGCCUGUAUCGACUGUGCUUAUCACCAGAAAACCGUCUUCAGCUUCCUCAAGCAAGGCCAUGGUGGUGAGGUUAUCUCAGCCGUGUUUGACCGGGAACAGCAUACCCUCAACCUCCCAGCAGUCAACAGCAUCACCUACGUCCUCCGCUUCCUGGAGAAACUCUGCCACAACCUUCGUAGUGACAAUCUGUUUGGCAACCAGCCCUUUACACAGACUCACUUGUCACUCACUGCCAUAGAGUACAGCCACAGCCACGACAGGUACCUACCAGGUGAAACCUUUGUCCUGGGGAAUAGUCUGGCCCGCUCCUUGGAACCACACUCAGACUCAAUGGACUCUGCCUCAAAUCCCACCAACCUUGUCAGCACCUCCCAAAGGCACCGGCCCUUGCUUUCAUCCUGUGGCCUCCCACCAAGCACUGCCUCAGCUGUGCGCAGGCUAUGCUCCAGGGGGUCGGACCGAUACCUGGAGAGCCGCGAUGCCUCUCGACUGAGUGGCCGGGACCCCUCCUCAUGGACAGUCGAGGAUGUGAUGCAGUUUGUCCGGGAAGCUGAUCCUCAGCUUGGACCCCACGCUGACCUGUUUCGCAAACACGAGAUCGAUGGCAAGGCCCUGCUGCUGCUGCGCAGUGACAUGAUGAUGAAGUACAUGGGCCUGAAGCUGGGGCCUGCACUCAAGCUCUCCUACCACAUUGACCGGCUGAAGCAGGGCAAGUUCUGAACCAGGAGAGGCAGCCUAGACAACCAAGUGGCAGCAGGUGGGGGCAUUCUUCUAGGAAUGAGGGGCAUCAGCCCACCCCAGGCACCUCAGUGGGGUUCCGGGCCACCUCAGGACUCCAAGAGGCUGUGUGGAGCCACCACUCCUAGCCACAGCUGCCAUGAUAAGUCCUUCCAUGAAGGACUGAGGAGGGAGAGUGGGGGUCCAGGGCUGGUGCUGCUCUUCCCUCAGCUCUGCCGGGGCUCUAAGGUCCCUCUAUUUAUUUCUCAACCCUGGCUGGCCUCUCACCAGGAGUUUAGGCUGAAUGCCUUCCACGUGAUGGAGGAAAAGGCCAACUCUGUCCUGGUCUUGCUGUGGCACCCCAUCGCCCCACAGCUCGUACCUUCUCACCAGAUUCCCCUGAAUCCAAACUCGUGGUGCAAACCUCUACCUUUUUUACAAAAAGAUCUUAUUGUUAAUUUAUUGUUUCUGGCACUUGGGCAAACCCUGUAGUUAAUACUCCUCCCACACUAGACACUGGGUUUCAGGAGGAGGGAGACUGCCCUGCUUUGGUCCCAGAGAGGCCCUCUGCAGAUAGGCGUGGCCCCUCUUCAGAGGACACUACCCUAGGGCACUUUCUCUUUGAGGUGGAGAGACCCAUAAAGCCUUGACCACAUCACUCCAUAUGGGGAGGAGAAGGAUCCCUGUCACCUUCUCCUCUCUUCACGGGGCCCUUUUGCAGCCCUAGGCCUCAUCUGUGGGAAGGGAGUCCCUGGCUUAUACUGCCCCCACCACAGCUCCUUGCCCUGGCCAGAACUGCUGUCGAAGAAAAUCAGGCCGGAAGGCCAAGAAGGCGCUAAGGGGGAUGGGAGGGCAGGUUUUCCAGGCUGGAGUCGGUUCCACCCACUCGCCUGUCCACAGGCUUCCUUGUAAGCAAGUCAGCAGCACAGCUACUCACGCUGCCAUCUGGACUUAUUUUAUGUCAAUCUGUUUAUAAAUAAAAACCAAUAUAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1207.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1261.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 845.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.....(((((.((((.((..((((((...((((((((((.(((((.(((((.((((....))))))))).)))))))))))..))))..(((((.....))))).....(((((((((.((..((.((((....)))).))..)).(((.........)))..((((((.((.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))).)).)))...)))))))...(((((((.....................(((((((.....))))))).....((((((((.(......((((....))))((((((((........)))..))))).(((((....)))))(((((.....(.((((((((((...((.((((....))))))....)))))...))))).)..))))).))))))))).....(((((((((....(((((..((((........(((((((........................))))))).)))))))))((((((((((..(((((.......(((((.((((((........)).)).))...))))).....))))).((.((((.(((......((((((....((((....).)))....))))))((((.(((((.((((((((((....((((.(((.......(((.((..((((.(((((..(.((((((((.....))))....))))..((......))..((((((((((((....((.(((((((...((((((((...((((((((..((........))....))))))))...((((.((((((((((.(((.....)))...(((....)))(((.((...(((((((((...(((((((.......))).)))).(((..((((.((.((((..(((.......))).))))))))))..))).)))))))))..)))))((((((((.((((((((((.....))))))))))..))))))))...(((((.(((((((..(((((((((((((..(((...)))..)))))..))))...))))(((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))(((....(((((((..((((.((.(((.......))).)).))))............(((((((((........))))))))).)))))))......)))...))))))).))))).........................)))))))))).))))......)))))))).(((((.......)))))..(..((((.....))))..)..))))))).....((((((...(((((((((((((((.((((..........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...........(((.((((.(((((((((...(((((((((.......((((((...((((..((((.(((.....(((....))).....(((((((................))))))).))).))))..))))..)))).)))))))))))...))))))))).).))).))).......(((......)))...((((....)))).))))...))))))).)))....)))))...))))))..))....))))))))))))..)..))))).))))..))))).......)))))))((((((((((.(((((..((((((.(((.((.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).((((((((.(((....((((((((((.(((((((((((...))))...)))..)))).)))(((...(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).)).)))(((.(((....))).)))........))))))).((((.....((((.((....)).))))((.((((...(((((((..((((...)))).)))))))))))))...(((.(((....))).))).))))......))))))).))))))))).))))..))))))).))))))))))......(((((.(((...))).)))))...((((((......))))))((((((((..((((((((...((((..(((((.((((((......)).))))(((((.......))))).((......))..........)))))..))))...)))))))).....(((...)))(((((((((((.((..........(((((.((.((((((.(((((....)))))(((.((((((((((((((((.(((.....((((((((((((.((..((((..(....)..))))..)).))))))).)))))....))).((.((.((.(....((((((((...))))))))...).)).))..)))))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....))))))..................)))))).)))))))((((.((((((((((.....)))).....((((.(((((..(((((((.........)))))))(((((((..(......)..))))))).....)))))))))..(((((....))))).)))))).))))............((((((...)))))).....................(((((((....((((((...((((.((....((((((((((((...((..(((((((.((((((((((((((.(((((((....((((((((((.((((...(((......))).)))).))))...).)))).).....))))))).))))))).(((.((((.(((...........)))..)))).)))((((....(((((((((((((..........)))))))))))))....)))).))))))).))))).))...))...)))))))..)))))....(((.......)))...)).))))....))))))..))))))).))))))))..........((((....))))...)))))))...))).)).))).)))).))).)))).))...((((.(((...))).))))(((((....)))))...)))).))))))))))))))).((((.......)))))))))))(((.........))).((((((..................)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((.....(((((.(({(,({,,((((((...((((((((((.(((((.(((({,((((....))))))))).)))))))))))..))))..((({,....|))))}.,...(((((((((.{{..((.((((....)))).))..}}.{((.........|}|..((((((.,,.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))),)).)))...)))))))...(((((((.....................(((((((.....))))))).....((((((((.(,.....((((....)))),,,,,{{{..,,,...}}}..)))),.{((((....))))}(((((.,...{.((((((((((...((.((((....}))))}....)))))..,))))).)}.))))),,)))))))).....(((((((((..{{((((..,((((........(((((((..,.,..............}},..))))))).}||||||||{((((((,{{{{((((,.,....,((,,,.,,,,||},,,,,..||.,,.}),..))))).|.,,|||}}.,,,(({...,,.....|{||||{....{{{{.,..)},)),,,,}}|||||{,.((,.,,||,,||||||....|||{||,...........,.{{{{{||||{{{||..{{{((((((((((((((,((,...)),..{{......}}...((((((..((....)),})))})))))))))))))))..,.|||,,|},|}}},,{,(((((((((((((.{......(((({.(({.(((((((.....(((...)))....))))))).,.)),,,}))}.....,.)))))))),.))))))}..)))})))){((|((||{((..,...{(((.{(((.{{{{(((({......}))))(((((((((((.((((((((.((((((((((.....)))))))))),.))))))))}}..((((((.((((({.....}}}|,,,,{..,,{,{{|||{{||}||{{|||,..,{|{{(((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))..........}}}}}.,||{.||.|||.|.},,})))},,,)))))).)))))}...((((((((((..........((((((((((((.,.......(((((..,,.(({{,.((....))..,.))))..))))),.,))).}))))))))..))))))))))))))))))}.........)))))}}}.)})),..,...|||{|((((((((((...)))).....))))))........((((((((,.........(((((.(((((....((.(((.......))).)}))))))))))...{{{{{(((,({,,{(((.((((((((((,.({.(((((.((.....))))))}..}}..,((.(((((((((((..((.,,....{..(((((((.........,......)))))))..}...}}.})..)))).((((..(((((((.....)))))))..))))(((((((((((.((....{{.(((({..((({....})))}))))..,((.(((((((.(((({...(((.{{...}}}))....)).))).))))},)).})}}((((.{{.(((((...(((.,(((.{(.((((((((((.((((,.{((((((.((({{(.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).((((((((.(((....(((((((,((.(((((((((({...}))),..}))}.}))).))|(((...(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).)).)))|,{{(((,...}}}.,)),,,,....))))))).((((.....((((.((....)).))))((.((((...(((((((..((((...)))).)))))))))))))...(((.(((....))).))).))))......))))))).))))})))).))))..))))))).)))))))))).}}...(((((.(((...))).)))))...((((((......)))))).)}}),,.}))...))))).))))))...)}....)).))))}}}))))).)))))))..))))))))))))).,,.,,{{{{{{.,{{.{,.,|,..||{{{{((((((((,.{({(({..{|{{(((((((((((,{({{......,,(((((.((.((((((,(((((....)))))|((.((((((((((((((((.{{(,{{{{((((((((((((.((..((((.,(...,)..))))..)).))))))).)))))..,,||}.,.}||,{{.,....((((((((...))))))))...},)),}).,)})))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....)))))).................{||||}|||}}}}))||||}|{||||||||,,...}|||,{,..{{{{.|||||..{{(({{{......,..)))))}}(((((((,.,......)..)))))))..,,,||}}}}}}}..(((((....))))).,,,,,,.})))},....,,,,..((((({...})))))........,,,,,......,,,,,{{{{{,..(((....))}.}},}}},..,(((((((.{{.((((...})))||....)))))))||}}}})))))))))))))}),,{(((((((({,{{{,,,,.{((,{,{|||{{||}.,,)})),..},,||}}}}))}.,}}))}),.}}|}||||||||.{{{{{,..|.,,|{,,,,,.})}|{,,.}}}|||((((((((((..........))))))))))))),,.,))))|}}}}}}},})}},.,))}})}.,}}}|||},||||}},,}}}(((.......))),,,.},,,|||.,{|{|||{{{|{{.{{....{{.....))....}}.||||}}..)))},,,}}))})),..}))))))))),))))))))..,))))).}}((((.(((...))).)))){||||,,,,))))),,,||||.,}})))))))))))).((((.......)))))))))))(((.........))).((((((.,................)))))).
Back