Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172221.3
Sequence Length
3571 nt
GC Content
0.5531
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCGGGGGAGGGGCCGGGGGAGCCCCCGCCCCGCCCCCCGCCUCAGCCGCCACCGCCAGCUCGGUGGAGCCCCCCGCCGCCCGCCCGCCGCUCUCCCGAGCCGCCCGCCCGCCCCCUUCCCGCGUCUCCGCUCCCUCCCUGCGCAGCGGAAACAUGGCGGCGGGAAGAGAGUGAGCCGCCCCGCGCCCCCGCCGCGCCCUCAGAUGGAGAAAUUAGCAUACAAAGAAACUGACUUGUCAGAAGUCAGAGCAAGGUAUUGGUGGAUCCAGGGAUAAAUCCCAAACUUCUUAACCCCUAGACCGGUUUUUAGUCCAUUGACUAUGCAGCCUAAUGCAACUCUUUUAGCCACGCCGUUCAGCAGAUCCCGAGUUCUUGUCCUGCAACCAGGAAGAAUGAGGUACGCAGACAAGUGGAGGGUGAGCAAGAUGAAGAGGUGCUGUAUUGAGCAAUGGAACAGCUCAGAGAAGACUCACAGUGCCAGGGCGUCCCAGUGAGUGUUCAGCCCCUAGCAGGAAGGAUAGCUCCUCUCUGCAGUGAUAGACUGGAGUGAUGUUAGAAAACACAAAUAUGGUCACCUAUCAGAGUCUGCAUCCCAAUAUCAAGAAGCUGCUGACAUCCUGGAUCUAGGUCAUUUUACCUGGGACAAAUACCUAAAAGAAACAUGUUCAGUCCCAGCGCCUGUCCAUUGCUUCAAGCAGUCCUACACACCUCCAAGCAACGAGUUCAAGAUCAGUAUGAAAUUGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACAUCCACCUGUAUUGCCACAGUAGUUGGACUGACAGGUGCCCGCCUUCGCCUGCGCCUUGAUGGGAGCGACAACAAAAAUGACUUCUGGCGGCUGGUUGACUCAGCUGAAAUCCAGCCUAUUGGGAACUGUGAAAAGAAUGGGGGUAUGCUACAGCCACCUCUUGGAUUUCGGCUGAAUGCGUCUUCUUGGCCCAUGUUCCUUUUGAAGACGCUAAAUGGAGCAGAGAUGGCUCCCAUCAGGAUUUUCCACAAGGAGCCACCAUCGCCUUCCCACAACUUCUUCAAAAUGGGAAUGAAGCUAGAAGCUGUGGACAGGAAGAACCCUCAUUUCAUUUGCCCAGCCACUAUUGGGGAGGUUCGGGGCUCAGAGGUGCUUGUCACUUUUGAUGGGUGGCGAGGGGCCUUUGACUACUGGUGCCGCUUCGACUCCCGAGACAUCUUCCCUGUGGGCUGGUGUUCCUUGACUGGAGACAACCUGCAGCCUCCUGGCACCAAAGUUGUGAUUCCAAAGAAUCCCUAUCCUGCCUCCGAUGUGAAUACUGAGAAGCCCAGCAUCCACAGCAGCACCAAAACUGUCUUGGAACAUCAACCAGGGCAGAGGGGGCGUAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCCAAGACCCUAAUUUCCCAUCCCAUCUCUGCCCCAUCCAAGACAGCUGAACCUUUGAAAUUCCCAAAGAAGAGAGGUCCCAAACCUGGCAGCAAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAGUUUGUAUCUACUUGAACAAGAAUGGCAGCACAGGCCCCCACUUAGAUAAGAAGAAGGUCCAGCAACUCCCUGACCAUUUUGGACCAGCCCGUGCCUCUGUGGUGUUGCAGCAGGCUGUCCAGGCCUGUAUCGACUGUGCUUAUCACCAGAAAACCGUCUUCAGCUUCCUCAAGCAAGGCCAUGGUGGUGAGGUUAUCUCAGCCGUGUUUGACCGGGAACAGCAUACCCUCAACCUCCCAGCAGUCAACAGCAUCACCUACGUCCUCCGCUUCCUGGAGAAACUCUGCCACAACCUUCGUAGUGACAAUCUGUUUGGCAACCAGCCCUUUACACAGACUCACUUGUCACUCACUGCCAUAGAGUACAGCCACAGCCACGACAGGUACCUACCAGGUGAAACCUUUGUCCUGGGGAAUAGUCUGGCCCGCUCCUUGGAACCACACUCAGACUCAAUGGACUCUGCCUCAAAUCCCACCAACCUUGUCAGCACCUCCCAAAGGCACCGGCCCUUGCUUUCAUCCUGUGGCCUCCCACCAAGCACUGCCUCAGCUGUGCGCAGGCUAUGCUCCAGGGGAGUGUUAAAAGGAUCAAAUGAAAGAAGGGAUAUGGAAUCAUUUUGGAAACUAAAUCGUUCCCCAGGGUCGGACCGAUACCUGGAGAGCCGCGAUGCCUCUCGACUGAGUGGCCGGGACCCCUCCUCAUGGACAGUCGAGGAUGUGAUGCAGUUUGUCCGGGAAGCUGAUCCUCAGCUUGGACCCCACGCUGACCUGUUUCGCAAACACGAGAUCGAUGGCAAGGCCCUGCUGCUGCUGCGCAGUGACAUGAUGAUGAAGUACAUGGGCCUGAAGCUGGGGCCUGCACUCAAGCUCUCCUACCACAUUGACCGGCUGAAGCAGGGCAAGUUCUGAACCAGGAGAGGCAGCCUAGACAACCAAGUGGCAGCAGGUGGGGGCAUUCUUCUAGGAAUGAGGGGCAUCAGCCCACCCCAGGCACCUCAGUGGGGUUCCGGGCCACCUCAGGACUCCAAGAGGCUGUGUGGAGCCACCACUCCUAGCCACAGCUGCCAUGAUAAGUCCUUCCAUGAAGGACUGAGGAGGGAGAGUGGGGGUCCAGGGCUGGUGCUGCUCUUCCCUCAGCUCUGCCGGGGCUCUAAGGUCCCUCUAUUUAUUUCUCAACCCUGGCUGGCCUCUCACCAGGAGUUUAGGCUGAAUGCCUUCCACGUGAUGGAGGAAAAGGCCAACUCUGUCCUGGUCUUGCUGUGGCACCCCAUCGCCCCACAGCUCGUACCUUCUCACCAGAUUCCCCUGAAUCCAAACUCGUGGUGCAAACCUCUACCUUUUUUACAAAAAGAUCUUAUUGUUAAUUUAUUGUUUCUGGCACUUGGGCAAACCCUGUAGUUAAUACUCCUCCCACACUAGACACUGGGUUUCAGGAGGAGGGAGACUGCCCUGCUUUGGUCCCAGAGAGGCCCUCUGCAGAUAGGCGUGGCCCCUCUUCAGAGGACACUACCCUAGGGCACUUUCUCUUUGAGGUGGAGAGACCCAUAAAGCCUUGACCACAUCACUCCAUAUGGGGAGGAGAAGGAUCCCUGUCACCUUCUCCUCUCUUCACGGGGCCCUUUUGCAGCCCUAGGCCUCAUCUGUGGGAAGGGAGUCCCUGGCUUAUACUGCCCCCACCACAGCUCCUUGCCCUGGCCAGAACUGCUGUCGAAGAAAAUCAGGCCGGAAGGCCAAGAAGGCGCUAAGGGGGAUGGGAGGGCAGGUUUUCCAGGCUGGAGUCGGUUCCACCCACUCGCCUGUCCACAGGCUUCCUUGUAAGCAAGUCAGCAGCACAGCUACUCACGCUGCCAUCUGGACUUAUUUUAUGUCAAUCUGUUUAUAAAUAAAAACCAAUAUAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1299.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1361.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 832.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.....(((((.((((.((..((((((...((((((((((.(((((.(((((.((((....))))))))).)))))))))))..))))..(((((.....))))).....(((((((((.((..((.((((....)))).))..)).(((.........)))..((((((.((.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))).)).)))...)))))))...(((((((.....................(((((((.....))))))).((((((....((((((.((.((((....))))((((((((........)))..))))).(((((....)))))((((......))))(((((...((((.....((((((((((..(((((...((.((.(((..(((((.....((.((...((((((...(((.((((((.((......(((((.(((((..(((((.........)))))..(((.((((((.((((....))).)...)))))).)))....(((.......)))))))).)))))((.((((.....)))).))((.((((....))))))....)).)))))).)))..))))))..))))..........(((((((......(((((((.(((........(((((((........................)))))))....(((..((((((...))))))...)))...(((........))).......(((((((...((((((.(((..(((..(.((((((((((.....((((((....((((....).)))....))))))((((((.......(((.(((....))).))).................(((.((((((.....((((((((((((((.((....))...((......))...((((((..((....)).))))))))))))))))))))..((((((((..((........))....))))))))(((((((((..(((.(((((((.....(((...)))....)))))))......(((..(((((.(((((.....((....))......))))).)))))..))).......))).))))))))).)))))).)))..((((((((((((((.((.((((((((((((((((.....))))))))))(.(((..........))).))))))))).))))))...)))))))).)))))))))))))))).)..((((((((((.((..(((....)))..))..)))))..)))))...........)))))).))))))....)))))))...))).)).)))))))))))).......((((((((((..........((((((((((((.........(((((..((.((....((....))....))))..)))))...))).)))))))))..))))))))))....((((((................))))))......)))))..))).)).))...)))))..)))))))))).....((((((((..........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...((((((((.((((((((.((((((((((..((.(((((.((.....)))))))..))..(((.(((((((((((..((.((....(..(((((((................)))))))..)...)).))..)))).((((..(((((((.....)))))))..))))(((((((((((.((....((.(((((..((((....)))))))))...((.(((((((.(((((...(((.((...)))))....)).))).)))).))).))..((((.((.(((((...(((.((((.((.((((((((((.(((((..((((((.(((.((.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).((((((((.(((.....((.(.(((((..(((........((((((.....(((((((((((((((.(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).))...((((((...(((.(((((.((((((((((.(((((((((....((((..((((..((...))..))))..))))....))))).))))..)))).....)))))))))))...))).....))))))..........))))))))))).))))....))))))(((((.(.....).)))))..))).))))).))).......))))))).))))))))).))))..))))))).)))))))))).))...(((((.(((...))).)))))...((((((......)))))).))))...)))...))))).))))))...))....)).))))).)))))).)))))))..))))))))))))).((((..............))))..))))).))).(((((.((..(((.(((((((((((((((.((..........(((((.((.((((((.(((((....)))))(((.((((((((((((((((.(((.....((((((((((((.((..((((..(....)..))))..)).))))))).)))))....))).((.((.((.(....((((((((...))))))))...).)).))..)))))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....))))))..................)))))).))))))(((((.((((((((((.....)))).....((((.(((((..(((((((.........)))))))(((((((..(......)..))))))).....)))))))))..(((((....))))).)))))).)))))...........((((((...))))))........................((((((..(((....))).)).))))..((((((((((((...((..(((((((.((((((((((((((.(((((((....((((((((((.((((...(((......))).)))).))))...).)))).).....))))))).))))))).(((.((((.(((...........)))..)))).)))((((....(((((((((((((..........)))))))))))))....)))).))))))).))))).))...))...)))))))..))))).))))).))).))))))).......(((.(((((((((((((.((....((.....))....)).))))))..)))....)))).)))...))))))))..))))))))......))))))))).)).)))))).....(((((....)))))..)))))).(((.(((.(((......))))))...))).)))))))(((.........))).((((((..................)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((.....(((((.(({(,({,,((((((...((((((((((.(((((.(((({,((((....))))))))).)))))))))))..))))..((({,....|))))}.,,..(((((((((.{{..((.((((....)))).))..}}.{((.........|||..((((((.,,.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))),)).)))...)))))))...(((((((........{{.{{{{{.{{,.(((((((.....))))))).,,,,((,...((((((.((.((((....)))),{{{{{{{........}}}..)))),.(((((....)))))((((......)))){((({..,((((.....((((((((((..(((((,{,((.((.(((..(((((..,,.{{.((...((((((...(((.((((((.((......(((((.(((((.,(((((.........))))),.(((.((((((.{{((....}}}.}.,.)))))).)))..,,(((...}}}.,}}))))).)))))((.((((.....)))).)){{.((((....}))))}....)).)))))).)))..)))))).,})),...,,.....(((((((......(((((((.(((.......,(((((((..,.,..............}},..))))))).},,{{{,,{(((((,..||}}||.....,...{((.,,.,,..}}}.......(((((((...((((((.({..{(({..{{((((({((({....{((((((....((((....|||)).,..))))))|{,,((....||,,||,|{{...,})).})),,............,,,{|||((({((..{,,((((((((((((((,((,...})|..,,......,,...((((((..((....)),}))}}}))))))))))))))..|,}||{{||||},|{{{,(((({((((((((.|......((((,.(({.(((((((.....(({...)))....))))))).,.)),|}}})|.....|.)))))))},.)))))),..||},}))))))))),)))),,|,..,|||,,}}|,,.,,|||||||.,....((((((((((((((.(({(((((.((((((((((.....))))))))))|.|||}}}}}.....}}}.}}}}}})}}.}))))),..}))))))).)))))))))))))))}.}..{||||(((((.((..(((....)))..))..))))){{{||,...}}}}}....}))))}.))))))....))))))),,.))).)).))))))))))))..,....((((((((((..........((((((((((((.,.......(((((..,,.(((,..((....))..,.))))..)))))..,))).}))))))))..)))))))))).,{.((((((....,,......,...))))))......)))))..))).)),)),,.)))))..)))))))))).....((((((((,.........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...((((((((,{{,.,(((.((((((((((,.{{.(((((.((.....)))))))..}}..{((.(((((((((((..((.,,....{..(((((((.........,......)))))))..}...}}.))..)))).((((..(((((((.....)))))))..))))(((((((((((.((....((.(((({..((({....})))}))))..,((.(((((((.(((((...(((.{{...}})))....)).))).))))},)).})}|((((.{{.(((((...(((.{(((.((.((((((((((.((((,.{((((((.((({{(.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))),{(({{,,{,({(|,,.,{{.,.{{,,{|,{{{||||||,..|}}}}...,,,,(((((((((((...(((((((,,({{{..{((.........((((.((....)).)))).........)},........||||}.,..,.,,..((((((((((((((.((((((((((.(((((((((....((((..((((..((...)),.))))..))))....))))).))))..)))).....))))))}))))....(((((.{{({.{,...}.}))}.)))))(((((((((...)))).)))))...}))).}.))))),},,,,.)))))))}))),}...)))))),))})))}})))).))))..))))))).)))))))))).)}...(((((.(((...))).)))))...((((((......)))))).))}),,.)))...))))).))))))...))....)).))))}}}))))).)))))))..))))))))))))).....,{(({({.,{{.{,..|...(((((((((((((({,(({((,..{{(((((((((((((,(({{........(((((.((.((((((,(((((....)))))|((.((((((((((((((((.,,(.{{{{((((((((((((.((..((((.,(...,)..))))..)).))))))).)))))..,,||,.,.}||,((.,....((((((((...))))))))...},)),}).,)))))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....)))))).................{||||}|||}}}}))||||,|{||||||||,,...}|||,,,..{{{{.||{||..{((((({......,..))))))}(((((((..,......)..)))))))..,,,||}}}}}}}..(((((....))))).,,}}}}.})))},....,.,...((((({...}))))).......,,,,,,......,,,.,{||{{,..(((....))).}},))}}..,(((((((.{,.((((...))))},....)))))))}}})}}))))))))))))))).,{(((((((({,{{{,,{,.{((.{,{(||((||,.,,)}))...,,,||}}}}))}.,}}))}),.}),)||||||||.({{{{{..,..,|{,...,.}}},|,,.}}}|||((((((((((..........))))))))))}}},,,.|}|||}}|}}}},})},,..))}})}.,|}|||||.{|||,},,}}}(((.......)))},,.},,,||{.,(({(({((((((.({....((.....))....}).))))))..))),..,,,))}}}}...))))))))},))))))))......))))))))).)).)))))).,,,.(((((....))))),}),))))}.||.|{{.{{{......||},,,...)))})))))))(((.........))).((((((.,................)))))).
Back