Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172416.1
Sequence Length
3373 nt
GC Content
0.3685
AGUCCAAGAAGAGAACCUACAAACUAGACUUGUAGAUUAAAAUUAUCUGAUCAAAAAGGCAGACUCUGUAAAUUUCCUUAAGACCUACCUUGGCAUAAAGGCUGACCCAGCAAAAGAACUGAGAAAUACAGCCUGAGAUGGACAGCAGUAAUUGCAAAGUUAUUGCUCCUCUCCUAAGUCAAAGAUACCGGAGGAUGGUCACCAAGGAUGGCCACAGCACACUUCAAAUGGAUGGCGCUCAAAGAGGUCUUGCAUAUCUUCGAGAUGCUUGGGGAAUCCUAAUGGACAUGCGCUGGCGUUGGAUGAUGUUGGUCUUUUCUGCUUCUUUUGUUGUCCACUGGCUUGUCUUUGCAGUGCUCUGGUGCUUUUGUGGCGAAGAUUGCCCGGCCAAAAAAUCGAGCUUUUUCAAUUCGCUUUACUGACACAGCAGUAGUAGCUCACAUGGAUGGCAAACCUAAUCUUAUCUUCCAAGUGGCCAACACCCGACCUAGCCCUCUAACCAGUGUCCGGGUCUCAGCUGUACUCUAUCAGGAAAGAGAAAAUGGCAAACUCUACCAGACCAGUGUGGAUUUCCACCUUGAUGGCAUCAGUUCUGACGAAUGUCCAUUCUUCAUCUUUCCACUAACGUACUAUCACUCCAUUACACCAUCAAGUCCUCUGGCUACUCUGCUCCAGCAUGAAAAUCCUUCUCACUUUGAAUUAGUUGUAUUCCUUUCAGCAAUGCAGGAGGGCACUGGAGAAAUAUGCCAAAGGAGGACAUCCUACCUACCGUCUGAAAUCAUGUUACAUCACUGUUUUGCAUCUCUGUUGACCCGAGGUUCCAAAGGUGAAUAUCAAAUCAAGAUGGAGAAUUUUGACAAGACUGUCCCUGAAUUUCCAACUCCUCUGGUUUCUAAAAGCCCAAACAGGACUGACCUGGAUAUCCACAUCAAUGGACAAAGCAUUGACAAUUUUCAGAUCUCUGAAACAGGACUGACAGAAUAAGACUUAUCCAUUUUUUAAUGUAUUAAAUACACCCAGCCAGUUAUGCAGCUACUUUUUCUUUACUGUAUCUCAUGUUUUCUUUUUUCAAUGCUAAUUAUAGCUCUCUACAUCACGGUAAUCAUGCCUAUGCCUACAUAAGAAUGGCUGAGCUAACAAUACACAUUCUGGAAACAUAACACUCUACAUUACAAAGUUUGUUACCUGCUGAAAUCAAUGUAACUCAACUUGACAGACACUUAUACAGAAAUGUUGCUGGUGAAUUUAUAAGAAUGUGGUAUGAUACUAGUAAUGAAGGCAAAAUGGACAGUGAAGUUUAACACAACUGAACUCUAAGAAAAUCAACCAUUAAUCUCUCAUUUUCAUCUGCAAAUUGAAGCAACAGUUUAGUUUCAAACCUAGCUCCCUGGGUGGAAUGACGACUUCACUAUACUUAGUGAAUAUCCUUUAAGAGCUGGGAUUUUUUUCAAGACAACAAAGAUCAUUCAUUUGGUUCUUUAUACUAUGAAACUUGAGUAAGUAUUACCUCCUUAAUUUUUAACAACUAAGAACAAAAAUUAACGAGAAAAACAACAAAGUACAGAUUUAUACAUAAACCUAAAAGCAUUUGAACAUGACACCCGAACACAUACAUAUAUGUUCACUUAUUUGUGGCAGAAGGUGAUCAGAUAAGCUCCAGCCCAAAUGGAACCUGUGGGGUGGUAUUUUGCAUUGCAAGGAGACGCAAAAUUUUAUUUUAAAACUGUCCUCCAUAAUAAUCAAACGGUGAUUCAUCUAAAUGACUUCUAGCAACCUAAGUAAAAACAUUCCCCUCCUAUGUAUGAUUCAUUUGAUCAUAUAAAACAUCAUGAUGGCUCUAAUUCAUAAAUACAAAAAUAUAUUUAAGUCUUUAUAGAUAUAAAGCUUUACUUAGAUAUAACUUGAGUGAGUAGGGAAAAAAAUCUACAGUAGAUAAAGCAAAAGAUAAUUAGGCAACAAAGCAUUUUCAAACUCAAAUUCCUGUUUCCAACUUCAAAUAGUUUUUUCUAUAAACACAAAAUCAGUGUUUAUUCACCAGUAGGAGGUUGGACUAGAUGAACUCUAUUAUUUCUUUCUAAAUCUAAUAGUCUAUAAAAAUUAUGUUUCCUCUGUUUUUUAUUUUAUCUAUGCUAAAAUGAGCCCUUUCCCUUAUGUCCAGUUUAAGAUGAUCAUUUGCAUGAUUUUCAUUUCAAUAAAAAAAAGAGAAACUGUCCUUAAAACAAAACAAAAACCAAAAAAGUCACCCUAUCAGGUUUCAAACAGAUUUGUGGCUGUUCUUUUCUGAAAUUUCCCUUAUUCAGGUUUCUGUGGGAAAAAUGAAAGAUUAACCUUCCCCACUGGUGAUGACCUAGGCAGGAAUCAUCUCUUGAAAUAAAUACUAGCUGAGUAAAGGCAAGCAGGUGUGAAGAGCAGGGCUCAGCAGCAAGUCACAUUUUUCUACUAUUUGACCAAAAGGAAAAGAAAAUAAAGAAGAACUCUGGAGUGGUCUAAGACUGAUAAUAGCAGAAGAAUAUCAAGAACACAGAAACUUAAUUAUUGUGAACUUUUGCUGUUUGAAAAUCUUAGACAUUCAUUCUUAAGUAGAAAUCAGACCAACAGAUUUUCCCAACCCAAGACUAUUGUAACACAUAAAGACAGCAAGAAUUCUUAUUUCUAUAAUAAAUUAACAAGAUUCACCUAACCUUUGAAAAUAAAGUAGUAUUGAAGACUUACAUGGUAUGUUUUUUCCUAAAGGCACUACAUCACUUACACAGUUCACCCUCUCGCUUGUUAAGUGAAGCUGCCCAAGGUGACAUAAGUGAAUGAGUAAAACCUGAGAUCUAAGGUUCCAUUUAAGUCAGAUGAGUUUCAUAUUAUACUUACUGUUUAUAAUAAAUUUGGCAUUUGAAAACUAAAUAUGACUUCCCCUACACAUGCCAAAAAAAACUAUUGGUAAACUACUGUUAUUUAAUAAACACUUUAUAAAUCUAUAAGAAACGUGAUCCAAAACUUUUUUGCAGGAGAUAGAAAGUUUCUGGGAGGACUGUUCAUUGUUUCUUUCACUUAUUUCAAAUCACAGUUUCUAGGUUAAGGAUUAGGUUUUCUAUAGAAAGACCAUUAUCCUCUGAGGAAAAGGAAGUAACAAUGGAAAAAGGGCGGAAAUUACUGGGAGGGAGGAAUGGCUGCUCUGCCUUUCUGGAUGUGCAGCUCACUAACCUGGAUCAUCUGGGAGCUUGGUCAUGAAGUCUUGCACACAUGAUCAGGAAGACUACUUCGGAACUAACUUUAAACGUUCCUUUGGAAACUGAUAAAGAUAGCAUGACAGUUUCAACAAACUGGAGGCAUGUCGUUACCUAAAAAUCUCAGGGGCCUAGUUUUACAUAUGUACAAGCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-775.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -843.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 666.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((........((((((.......))))))...........(((((((.....(((((((..........((((..((((..((((.(.....((((((..((((........))).).....))))))((((.(((..(((((((((....))))))))))))))))...............).))))..))))...))))(((((((.(((.........(((.(.(((.(((...)))))).).))).((((((((...)))))))).(((....))).....(((((.(((((..(.(((((((.......((((..(((.(((.((...(((..(((((((((((((....)))))......)))))))).))).)).))).)))..))))...........(((((((((......)))))).))).(((.((((.((.((........)).)).)))).))))))))))))))))))))).......(((((((((((((...(((((((((((....(((((((((((((((((((((...(((..(.((.((((....)))))).).)))....))))........)).))))).))).)))))))................................((((((((((.......((((((..((....(((((((((..(((((..............)))))...)).)))))))))))))))......)))...)))))))............((((....((.(((((..((.((((((((.(((((.........)))))..)))).(((.(((((......(((.(((((((((.((((....))))...))))).....)))))))(((((....)))))....((((.....))))))))).))).((((((.......)))))).....(((((....))))))))))).)))))))...))))...............(((((...)))))(((..(((((.((...(((.((((((((....(((....(((((((....(((((((((((((.....((.((...(((.((((((.((((((((..(((...........)))..)).........((((((((((.((((.(((...............))))))).))..(((...((((.((......))))))))).((((...(((....)))....))))........)))))))))))))))))).)).))).))))...(((((((((((.((.(((.......((((((...(((((((.........((((((.(((.(((((((...(((((((.........)))))))((((((....))))))...........(((((((....)))))))...((((((..((((((..(((.((((((((....((((((((......))).))))).......((((((((((((((......(((.(((((((((.............))))))))).)))............((.(((((....................))))).)).............(((((....)))))((((((.((((...))))))))))(((((.(((...((((((((((((((((((((((((((....((((...))))((((..(((...(((((...))))).))).)))).....(((((...((((((.((((((((((((.....................((((.........(((((((((.....))))))))).........))))((((..(((((............(((((((((((((((((....))))))....)))))))))))...)))))))))(((((((....((....((((((((((.((((((((...(((.((((...........................(((((((((..............((((((((.......))))))))..........))))))))).(((((......................))))).................)))).))).)))))))).))))))))))........))....)))))))...)))..)))).)))))))))))....))))).................(((.((.....)))))........................)))))))).)))))))))......)))).)))))..))).))))).......)))))))))))))).(((((.....................))))).((((((..(((....))).)))))))))))))).)))..))))))...))))))...))))))).)))))).)))(((....)))..(((.....((((((((......((....))............(((.....)))((((((((((((((.....(((((((((((.....(((...................)))....)))))))))))......))))))))...))))))..))))))))...))).....)))))))......(((.((((((........(((((.......((((.(((...................))))))).......))))).......)))))).)))..((((((.((((...((((((....))))))(((.(((((((((....((.((((.....((((........)))).......)))))).)))))).))))))..(((((........))))))))).))))))....))))))....))).))))))))))))).......)))))).)))))))..)))))))((((((........((((((.........))))))......((((........)))).........((((((.(((((.((((((.(((((((((..(....)..)))))))))((((((..(((((...(((................)))...))))))))))).....)))))).))))).))))))..........((((...))))...)))))).)))..)))))))))))....)).)))))..)))(((((.(((......))))))))))).)))))))).....))))))).)).))))..))))))))))..)))).))).....)))))))((((....))))(((((...........)))))))))))..((((......(((.(((((((((((.........))))).))))))...)))......))))((((....((.(((....))).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((({........((((((.......))))))...........(((((((.....(((((((,........,((((..((((..((((((.....((((((..,(((........))).).....))))))((((.(({.,(((((((((....))))))))))))))))....,,,...,,,.}),))))..))))...))))|((((((.{((.,,.,....,,|}{,|||,(((..,||||}}.,,|||.((((((((...)))))))).(((....)))..,|,(((((.(((((..{.(((((((.......((((..(((.(((.((...(((..(((((((((({((....}}))}......)))))))).))).)).))).)))..))))...........(((((((((......)))))).))).(((.((((.((.{{........}}.}).)))).))))))))))}))))))))))}}}},..(((({((((((((...(((((((((((....(((({{(((((((((,,,,.({,.{((,.,{{(.((((,...||}}}}.,.}))..{{||||{{{..,..||,}}}}|,|||,||||}}}......{{........................((((((((((.......((((((..((....(((((((((..{((((...{........,.})))).,.)).)))))))))))))))......)))}..}))))))......,,,...((({,.....,(((,{,.{{.{{||{{,|,||{{{.,..|||..}))))..,},}}|||,|,,,,.....,||}|||||||{{{.((({....})))...}}}}}}}}}.,|,,,.,(((({....}))))....||||},,,,}})))),}}}))}.|(((((.......)))))}....{(((((....)))))}}}))}}))},}},...}}}.....}}}}}}},,..{((({...})))}(((..(((((.{{...(((.((((((((....({{...,(((((((....(((((((((((((,{.,.((,,{,,.(((.((((({,((((((((..(((...........)))..}).........((((((((,,.,,,,..,(,,,..,,,,,.....|{{||||,,.,{(((...((({.({......))))))))).||,,...|||,,,,)))....))))........)))))))))))))))))).)).))).})))...(((((((((({(((.(({......{((((((...(((((((.........,(((((.(((.(((((((...(((((((.........))))))}((((((....)))))),..........(((((((....)))))))...((((((..((((((.,(((.((((((((....((((((((......)))}})))).......((((((((((((((......(((.(((((((((.............))))))))).)))............{{..,,.,,,..........,.......,|,||,||,||..........,{{{,....}))))|||{,,.||||}},,,,,,}))},(((((.(((...((((((((((((((((((((((((((,.{{((({..,|}||(((({,({{,,.,,{{{,,,|||||,||}.}}}}.....,{{({...{(((({{(((({{{{{(((...,,{....,,,.|,.....{,{,.........(((((((((.....))))))))).........}}}}{{{{..{{{{{............(((((((((((((((((....))))))....)))))))))))..,))})}))))(((((({....{{....((((((((((.((((((((...(((.((((.......................,}},(((((((((...{,.........((((((((.......)))))))).......,..))))))))).{{{{,,....,{{{{{..,......,.,..}}}}}},............)))).))).)))))))).)))))))))),,|.....}),,..))))))).,.)}},,))))}))))))}}}))}),.}|}||,{{.{{{..........,.}}}},..,,|,,,,........................}))))))).)))))))))......)))).)))))..))).))))).......)))))))))))))).(((((,,...,{,....,,....})}))))).((((((..(((....))).)))))))))))))).))),.))))))...))))))...))))))).)))))).))}(((....}))..(((.....((((((((.,{{..((....))...,........{{{.....}}}{(((((((((((((.,...(((((((((((.....,,,...{{{{{........,,.)))}}..)))))))))))......)))))))).,,))))))..))))))))...))).....)))))))......(((.((((((........(((((.......((({{(((.{{.............,,.})))))).......))))).......)))))).)))..((((((.((((..,((((((....))))))|((.(((((((((....{,{((((...,,((((....,,,,)))}.,.....)))))}.))))))},))))}..(((((........))))))))).))))))....)))))),,..})).))))))))))))).,,,,..))))))))})))))..)))))))|(((((,,,.....((((((.........)))))),,{...,|||.....,,,||....,,,,.,,(((({{.(((((.((((((.{((((((((..(....}..})))))))},(((((((((,,,....,|,,,}}},,,.......},,,}})),)))))))))}}..))}}}}.|||||.}}}})).,,.,,....||||...)))}...)))))).))}..)))))))))))....}}.)))))..))),{(((.(((......))),))))))).)))))))).....))))))).)).))))},))}))))))}}.)))),})).....)))))))((((....))))(((((...........)))))})))))..((((......(((.(((((((((((.......,,))))).))))))...))}......))))((((.,.{{..,{{....}})},,))))
Back