Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172417.1
Sequence Length
3376 nt
GC Content
0.3682
AGUCCAAGAAGAGAACCUACAAACUAGACUUGUAGAUUAAAAUUAUCUGAUCAAAAAGGCAGACUCUGUAAAUUUCCUUAAGACCUACCUUGGCAUAAAGGCUGACCCAGCAAAAGAACUGUGCUCUGGUAUGUUCUGGCUGAGAUGAAUGGUGAUCUGGAACUAGAUCAUGAUGCCCCACCUGAAAACCACACUAUCUGUGUCAAGUAUAUCACCAGUUUCACAGCUGCAUUCUCCUUCUCCCUGGAGACACAACUCACAAUUGGUUAUGGUACCAUGUUCCCCAGUGGUGACUGUCCAAGUGCAAUCGCCUUACUUGCCAUACAAAUGCUCCUAGGCCUCAUGCUAGAGGCUUUUAUCACAGGUGCUUUUGUGGCGAAGAUUGCCCGGCCAAAAAAUCGAGCUUUUUCAAUUCGCUUUACUGACACAGCAGUAGUAGCUCACAUGGAUGGCAAACCUAAUCUUAUCUUCCAAGUGGCCAACACCCGACCUAGCCCUCUAACCAGUGUCCGGGUCUCAGCUGUACUCUAUCAGGAAAGAGAAAAUGGCAAACUCUACCAGACCAGUGUGGAUUUCCACCUUGAUGGCAUCAGUUCUGACGAAUGUCCAUUCUUCAUCUUUCCACUAACGUACUAUCACUCCAUUACACCAUCAAGUCCUCUGGCUACUCUGCUCCAGCAUGAAAAUCCUUCUCACUUUGAAUUAGUUGUAUUCCUUUCAGCAAUGCAGGAGGGCACUGGAGAAAUAUGCCAAAGGAGGACAUCCUACCUACCGUCUGAAAUCAUGUUACAUCACUGUUUUGCAUCUCUGUUGACCCGAGGUUCCAAAGGUGAAUAUCAAAUCAAGAUGGAGAAUUUUGACAAGACUGUCCCUGAAUUUCCAACUCCUCUGGUUUCUAAAAGCCCAAACAGGACUGACCUGGAUAUCCACAUCAAUGGACAAAGCAUUGACAAUUUUCAGAUCUCUGAAACAGGACUGACAGAAUAAGACUUAUCCAUUUUUUAAUGUAUUAAAUACACCCAGCCAGUUAUGCAGCUACUUUUUCUUUACUGUAUCUCAUGUUUUCUUUUUUCAAUGCUAAUUAUAGCUCUCUACAUCACGGUAAUCAUGCCUAUGCCUACAUAAGAAUGGCUGAGCUAACAAUACACAUUCUGGAAACAUAACACUCUACAUUACAAAGUUUGUUACCUGCUGAAAUCAAUGUAACUCAACUUGACAGACACUUAUACAGAAAUGUUGCUGGUGAAUUUAUAAGAAUGUGGUAUGAUACUAGUAAUGAAGGCAAAAUGGACAGUGAAGUUUAACACAACUGAACUCUAAGAAAAUCAACCAUUAAUCUCUCAUUUUCAUCUGCAAAUUGAAGCAACAGUUUAGUUUCAAACCUAGCUCCCUGGGUGGAAUGACGACUUCACUAUACUUAGUGAAUAUCCUUUAAGAGCUGGGAUUUUUUUCAAGACAACAAAGAUCAUUCAUUUGGUUCUUUAUACUAUGAAACUUGAGUAAGUAUUACCUCCUUAAUUUUUAACAACUAAGAACAAAAAUUAACGAGAAAAACAACAAAGUACAGAUUUAUACAUAAACCUAAAAGCAUUUGAACAUGACACCCGAACACAUACAUAUAUGUUCACUUAUUUGUGGCAGAAGGUGAUCAGAUAAGCUCCAGCCCAAAUGGAACCUGUGGGGUGGUAUUUUGCAUUGCAAGGAGACGCAAAAUUUUAUUUUAAAACUGUCCUCCAUAAUAAUCAAACGGUGAUUCAUCUAAAUGACUUCUAGCAACCUAAGUAAAAACAUUCCCCUCCUAUGUAUGAUUCAUUUGAUCAUAUAAAACAUCAUGAUGGCUCUAAUUCAUAAAUACAAAAAUAUAUUUAAGUCUUUAUAGAUAUAAAGCUUUACUUAGAUAUAACUUGAGUGAGUAGGGAAAAAAAUCUACAGUAGAUAAAGCAAAAGAUAAUUAGGCAACAAAGCAUUUUCAAACUCAAAUUCCUGUUUCCAACUUCAAAUAGUUUUUUCUAUAAACACAAAAUCAGUGUUUAUUCACCAGUAGGAGGUUGGACUAGAUGAACUCUAUUAUUUCUUUCUAAAUCUAAUAGUCUAUAAAAAUUAUGUUUCCUCUGUUUUUUAUUUUAUCUAUGCUAAAAUGAGCCCUUUCCCUUAUGUCCAGUUUAAGAUGAUCAUUUGCAUGAUUUUCAUUUCAAUAAAAAAAAGAGAAACUGUCCUUAAAACAAAACAAAAACCAAAAAAGUCACCCUAUCAGGUUUCAAACAGAUUUGUGGCUGUUCUUUUCUGAAAUUUCCCUUAUUCAGGUUUCUGUGGGAAAAAUGAAAGAUUAACCUUCCCCACUGGUGAUGACCUAGGCAGGAAUCAUCUCUUGAAAUAAAUACUAGCUGAGUAAAGGCAAGCAGGUGUGAAGAGCAGGGCUCAGCAGCAAGUCACAUUUUUCUACUAUUUGACCAAAAGGAAAAGAAAAUAAAGAAGAACUCUGGAGUGGUCUAAGACUGAUAAUAGCAGAAGAAUAUCAAGAACACAGAAACUUAAUUAUUGUGAACUUUUGCUGUUUGAAAAUCUUAGACAUUCAUUCUUAAGUAGAAAUCAGACCAACAGAUUUUCCCAACCCAAGACUAUUGUAACACAUAAAGACAGCAAGAAUUCUUAUUUCUAUAAUAAAUUAACAAGAUUCACCUAACCUUUGAAAAUAAAGUAGUAUUGAAGACUUACAUGGUAUGUUUUUUCCUAAAGGCACUACAUCACUUACACAGUUCACCCUCUCGCUUGUUAAGUGAAGCUGCCCAAGGUGACAUAAGUGAAUGAGUAAAACCUGAGAUCUAAGGUUCCAUUUAAGUCAGAUGAGUUUCAUAUUAUACUUACUGUUUAUAAUAAAUUUGGCAUUUGAAAACUAAAUAUGACUUCCCCUACACAUGCCAAAAAAAACUAUUGGUAAACUACUGUUAUUUAAUAAACACUUUAUAAAUCUAUAAGAAACGUGAUCCAAAACUUUUUUGCAGGAGAUAGAAAGUUUCUGGGAGGACUGUUCAUUGUUUCUUUCACUUAUUUCAAAUCACAGUUUCUAGGUUAAGGAUUAGGUUUUCUAUAGAAAGACCAUUAUCCUCUGAGGAAAAGGAAGUAACAAUGGAAAAAGGGCGGAAAUUACUGGGAGGGAGGAAUGGCUGCUCUGCCUUUCUGGAUGUGCAGCUCACUAACCUGGAUCAUCUGGGAGCUUGGUCAUGAAGUCUUGCACACAUGAUCAGGAAGACUACUUCGGAACUAACUUUAAACGUUCCUUUGGAAACUGAUAAAGAUAGCAUGACAGUUUCAACAAACUGGAGGCAUGUCGUUACCUAAAAAUCUCAGGGGCCUAGUUUUACAUAUGUACAAGCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-768.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -837.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 753.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((........((((((.......))))))...........(((((((..(((((((....(((((.........((((....(((......)))((((...)))).........(((...(((((((((.(((..((((((((((((((((((....)))))))(((((((.((...((((.(((((((.((((.((..(((.....(((((((....((.((...(((((........)))))..)).))...))))))).((((((((((........))))).)))))..(((.((....)))))..((((((((((((.((.((((((((((......))))))).......))).)).)))))((((((((..((.(((........))).)).))))).....(((((((((......)))))).))).(((.((((.((.((........)).)).)))).))))))...(((((((((.(........).)).)).)))))(((..(((........)))....)))...))))))))))..))))))..))))))).)))).....))..)))))))((((....))))..))))...))))))).)))..))))))))).)))................((((((((((.......((((((..((....(((((((((..(((((..............)))))...)).)))))))))))))))......)))...)))))))............)))).........)))))...)))))))(((...((..(((((..(((((((..((((((...........(((.(((((((((.((((....))))...))))).....)))))))(((((....)))))....((((..(((.(((.((((((...((((((.......))))))......((((.((.(((...)))))))))..........................(((((...)))))(((..(((((.((...(((.((((((((....(((....(((((((....(((((((((((((.....((.((...(((.((((((.((((((((..(((...........)))..)).........((((((((((.((((.(((...............))))))).))..(((...((((.((......))))))))).((((...(((....)))....))))........)))))))))))))))))).)).))).))))...(((((((((((.((.(((.......((((((...(((((((.........((((((.(((.(((((((...(((((((.........)))))))((((((....))))))...........(((((((....)))))))...((((((..((((((..(((.((((((((....((((((((......))).))))).......((((((((((((((......(((.(((((((((.............))))))))).)))............((.(((((....................))))).)).............(((((....)))))((((((.((((...))))))))))(((((.(((...((((((((((((((((((((((((((....((((...))))((((..(((...(((((...))))).))).)))).....(((((...((((((.((((((((((((.....................((((.........(((((((((.....))))))))).........))))((((..(((((............(((((((((((((((((....))))))....)))))))))))...)))))))))(((((((....((....((((((((((.((((((((...(((.((((...........................(((((((((..............((((((((.......))))))))..........))))))))).(((((......................))))).................)))).))).)))))))).))))))))))........))....)))))))...)))..)))).)))))))))))....))))).................(((.((.....)))))........................)))))))).)))))))))......)))).)))))..))).))))).......)))))))))))))).(((((.....................))))).((((((..(((....))).)))))))))))))).)))..))))))...))))))...))))))).)))))).)))(((....)))..(((.....((((((((......((....))............(((.....)))((((((((((((((.....(((((((((((.....(((...................)))....)))))))))))......))))))))...))))))..))))))))...))).....)))))))......(((.((((((........(((((.......((((.(((...................))))))).......))))).......)))))).)))..((((((.((((...((((((....))))))(((.(((((((((....((.((((.....((((........)))).......)))))).)))))).))))))..(((((........))))))))).))))))....))))))....))).))))))))))))).......)))))).)))))))..)))))))((((((........((((((.........))))))......((((........)))).........((((((.(((((.((((((.(((((((((..(....)..)))))))))((((((..(((((...(((................)))...))))))))))).....)))))).))))).))))))..........((((...))))...)))))).)))..)))))))))))....)).)))))..)))(((((.(((......)))))))))))))).))).)))....))))..)))))).))))))))))))...))...))).....)))))))((((....))))(((((...........)))))))))))..((((......(((.(((((((((((.........))))).))))))...)))......))))((((....((.(((....))).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((........((((((.......))))))...........(((((((....,(((({{{,{{{,,.........{{{(...,{||||{,{,,,|((((...}|}}........,{|||,.(((((((({.(((..(((((((({{((((((((....)))))))|((((((.{{..,((((.(((((((.((((.((..(((......(((,((,,{{(({((...(((((........)))))............{(((,.,{({{(({{{........))}))||}|||,,}|{.({|,||}},....{{((({,(((((.((.((((((((((......))))))).......))).)).))))))))||,||}}||.{(({,......,,|,|}..,,},.....{{{{(((((......)))))).))),|{{.((((.{{.{,........}}.}).)))).))))}}...{((((((((.(........}.)).))||)))}..}}}|||}.,(((....},,.}}})}}|,)))...)))..))))))..))))))).)))),,...,}..))))))}{{{{.,..},,},,)})},.}))))))).)))..})))))))}.}},................((((((((((.......((((((..{(....(((((((((..{((((...{........,.})))).,.)).))))))))}))))))......)))}..}))))))............||||,,..,.,{{|,|||...,|}},,{({(...{{..{(({{.,{(|((((..{(((({...,.......{(|{((((({(((.((((....))))...)))))}}}}.}},,,.,(((({....}))))....((((..(((.(((.((((((,..((((((.......))))))....{{((((.{,.|||,,.}}))}}))}.,,,...,,.....,,},,,......{((({...})))}(((..(((((.{{...(((.((((((((....({{...,(((((((....(((((((((((((,{.,.((,,{,,.(((.((((({,((((((((..(((...........)))..}).........((((((((,,.,,,,..,(,,,..,,,,,.....|{{||||,,.,{(((...((({.({......))))))))).||,,...|||,,,,)))....))))........)))))))))))))))))).)).))).})))...(((((((((({(((.(({......{((((((...(((((((.........,(((((.(((.(((((((...(((((((.........))))))}((((((....)))))),..........(((((((....)))))))...((((((..((((((.,(((.((((((((....((((((((......)))}})))).......((((((((((((((......(((.(((((((((.............))))))))).)))............{{..,,.,,,..........,.......,|,||,||,||..........,{{{,....}))))|||{,,.||||}},,,,,,}))},(((((.(((...((((((((((((((((((((((((((,.{{((({..,|}||(((({,({{,,.,,{{{,,,|||||,||}.}}}}.....,{{({...{(((({{(((({{{{{(((...,,{....,,,.|,.....{,{,.........(((((((((.....))))))))).........}}}}{{{{..{{{{{............(((((((((((((((((....))))))....)))))))))))..,))})}))))(((((({....{{....((((((((((.((((((((...(((.((((.......................,}},(((((((((...{,.........((((((((.......)))))))).......,..))))))))).{{{{,,....,{{{{{..,......,.,..}}}}}},............)))).))).)))))))).)))))))))),,|.....}),,..))))))).,.)}},,))))}))))))}}}))}),.}|}||,{{.{{{..........,.}}}},..,,|,,,,........................}))))))).)))))))))......)))).)))))..))).))))).......)))))))))))))).(((((,,...,{,....,,....})}))))).((((((..(((....))).)))))))))))))).))),.))))))...))))))...))))))).)))))).))}(((....}))..(((.....((((((((.,{{..((....))...,........{{{.....}}}{(((((((((((((.,...(((((((((((.....,,,...{{{{{........,,.)))}}..)))))))))))......)))))))).,,))))))..))))))))...))).....)))))))......(((.((((((........(((((.......((({{(((.{{.............,,.})))))).......))))).......)))))).)))..((((((.((((..,((((((....))))))|((.(((((((((....{,{((((...,,((((....,,,,)))}.,.....)))))}.))))))},))))}..(((((........))))))))).))))))....)))))),,..})).))))))))))))).,,,,..))))))))})))))..)))))))|(((((,,,.....((((((.........)))))),,{....|||.....,,,||....,,,,.,,(((({{.(((((.((((((.{((((((((..(....}..})))))))},(((((((((,,,....,|,,,}}},,,.......},,,}})),)))))))))}}..}}}}}},|||||.}}}})).,,.,,....||||...)))}...)))))).))}..)))))))))))....}}.)))))..))),((((.(((......))),)))))))))).))).)))....))))},))))))}))))))})))))...))},.))).....)))))))((((....))))(((((...........)))))})))))..((((....,,(((.(((((((((((.......},))))).))))))...))}......))))((({.|.|{,.|,,....},),.}))))
Back