Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172633.2
Sequence Length
2340 nt
GC Content
0.3940
AGUUUGUUGAAGUUCGUGACUGCUUCACUCUCUCAUUCUUAGCUUGAAUUUGGAAAUGACUUUUGAUGACCUAAAGAUCCAGACUGUGAAGGACCAGCCUGAUGAGAAGUCAAAUGGAAAAAAAGCUAAAGGUCUUCAGUUUCUUUACUCUCCAUGGUGGUGCCUGGCUGCUGCGACUCUAGGGGUCCUUUGCCUGGGAUUAGUAGUGACCAUUAUGGUGCUGGGCAUGCAAUUAUCCCAGGUGUCUGACCUCCUAACACAAGAGCAAGCAAACCUAACUCACCAGAAAAAGAAACUGGAGGGACAGAUCUCAGCCCGGCAACAAGCAGAAGAAGCUUCACAGGAGUCAGAAAACGAACUCAAGGAAAUGAUAGAAACCCUUGCUCGGAAGCUGAAUGAGAAAUCCAAAGAGCAAAUGGAACUUCACCACCAGAAUCUGAAUCUCCAAGAAACACUGAAGAGAGUAGCAAAUUGUUCAGCUCCUUGUCCGCAAGACUGGAUCUGGCAUGGAGAAAACUGUUACCUAUUUUCCUCGGGCUCAUUUAACUGGGAAAAGAGCCAAGAGAAGUGCUUGUCUUUGGAUGCCAAGUUGCUGAAAAUUAAUAGCACAGCUGAUCUGAUUUAGAGUCCGAGGCGCUGUCUCCCAGACAUACCCUUCAGGUACCUGUGCAUAUAUACAACGAGGAGCUGUUUAUGCGGAAAACUGCAUUUUAGCUGCCUUCAGUAUAUGUCAGAAGAAGGCAAACCUAAGAGCACAGUGAAUUUGAAGGCUCUGGAAGAAAAGAAAAAAGUCUUUGAGUUUUAUUCUGGAAUUUAAGCUAUUCUUUGUCACUUGGGUGCCAAACAUGAGAGCCCAGAAAACUGUCAUUUAGCUGGCUGCAGAACUCCUUUGCAGAAACUGGGGUUCCAGGAGCCUGGCACCUUUAUGUCAACAUUUUUGAUUCUAGCUACCUGUAUUAUUUCACCUAGCUUGUCCCAAGCUUCCCUGCCAGCCUGAAGUCCAUUUUCCCCUUUUUAUUUUAAAAUUUGACUCCUCUUCAAGCUUGAAAACCCUCUGAACUCAGUCUUCUUUACCUCAUUAUCACCUUCCCCUCACACUCCUAAAAUUGCAUGAAAGACAGAACAUGGAGAACUUGCUCAAGUGCAGGCAGAGAGCAAAAAGGGGAAAUAUGUCUGGGAAAAAGUGCACGUGAAGAAACAAAGAAGGACAGAGGCCAUUCCGAAAUCAAGAAACUCAUGUUCUUAACUUUAAAAAAGGUAUCAAUCCUUGGUUUUUAAACUGUGGUCCAUCUCCAGACUCUACCACUUACGGACAGACAGACAGACAGACACACACACACACACACACACACAUUUUGGGACAAGUGGGGAGCCCAAGAAAGUAAUUAGUAAGUGAGUGGUCUUUUCUGUAAGCUAAUCCACAACCUGUUACCACUUCCUGAAUCAGUUAUUAUUUCUUCAUUUUUUUUUCUACCAGAGGACAGAUUAAUAGAUUUAACCCUUCACAACAGUUCUUGUUAGAAUCAUGGGAUGUGUGGCCCAGAGGUAAGAAUAGAAUUUCUUUCCCUAAAGAACAUACCUUUUGUAGAUGAACUCUUCUCAACUCUGUUUUGCUAUGCUAUAAUUCCGAAACAUACAAGACAAAAAAAAUGAAGACACUCAAUCUAGAACAAACUAAGCCAGGUAUGCAAAUAUCGCUGAAUAGAAACAGAUGGAAUUAGAAAUAUAUCUUCUAUUUUUAGGCUUCUAUUUCCUUUCCACCCACUCUUCACAGGCUAUUCUACUUUAAAGGAAGCCUUUUUAUUUUGCUGCACACAAUCUAGCAGGAAUCUUUUUUUUUUUUUAAGAGCUGUGUCAUCCUUAUGUAGGCAAGAGAUGUUUGCUUUUGUUAAAAGCUUUAUUGAGAUAUAAUUAACAUAAAAUAAACUGAACAUAUUUAAAGUGUACUAUUUGAUAAGUUUUCACACCUUGUGGAGAACAUGCAUACUACAAUUAAGAGAGUGAACAUAUCCAUCAUCCCUCAAAGUGUCACAAUGCUCCUCCUGAUGACUCCUCCCCAGAAAACCACCAAUCGGCUUUCAUUUUGCAUUUUGUAGUUUUAUGUGAAUGGAAUCAUAUAGUAUGUCUUUUUUUUUUGUCUGGCUUCUUUCACUUUGCAUAAUUAUUUUGAGAUUCAUAUGUCUCCAUCUUGAUGCUCGUAUGAAUUCAUUCUUUUAAAUGUUGAAUAUUCCCUUGUAUGGAUAUACCACAAUUCAUUUACCCAUUUACUUGUUGAUGACAUUUGGGUUGUUUUAGUUUUGGGAUAUUACAAAUAAAGCUGCUGUGAACAUUUGUGUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-569.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -614.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 616.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((........)))))....(((((.((((.(((((.((..(((..((((...((((((..((((((...((((((.(..((((.(((.(((.(((.((((((((((((((...(((..(((((((((((((((((..(((....((((((....((.((((..(.(((((((((((...((((((((((.....(((.(((.........))).)))......))))))))))...)))).)))......))))).))))..))..)).))))))).)))))))))))))((.(((.....(((..((..((((((((..((((....(((((((((((((...(((((((((((...(((((.........((((((..((((((.(((.(((((((((.(((.((((..((((...........))))..)))).....(((((((((..((((((..((.((((...((..(((((......)))))..))..)))).))...))))))...)))))(((.(((((.(((........))))))))..))).)))).))))))))))))....((((((((........)))))..)))..))).))))))..))))))...)))))..(((((.....(((((((((.(((((((((((((((...(((((((((...((((((....))))))..))))).))))..)))))))).......(((....)))....)))))).).))))))))).)))))...............)))))))))))..)))))((((.......)))).(((.((...((((((((...((((.((.........)).))))......((((.(.(((((((............)))))))..).))))))))))))...)).)))..............))).)))))....))))..)).)))))).))..)))...))))).))))..)))...))))))...............)))))))).))).))).))).).......)))...).))))))))))))..)))))).....(((((((....((((.....((((......).))).....))))...((((((..((....))...))))))..)))))))(((..(((.((((((((.....(((((((......((((((.(((((((....................((((((((...(((((((((((.......)))...))))))))(((.((((((((.(((((.((((........(((.((.(..(((((.((((.(((.(((..((......((...(((((((.(.........))))))))..)).....))..))).)))))))..)))))..)))..)))((((.(((((.........((((((.((((.....(((((................))))).....)))).)))))).........)))))...)))))))).)).)))))))...)))))))(((.(((((......)))))..))).)))))))).....((.(((((((..(((((.......(((((((.((((..............)))))))))))........)))))...)).))))).)).......(((..(((((....))))))))(((((((...(((((............))))))))))))...)))))))...))))))........)))))))(((((.((((.......))))))))).......((.((((..........)))).)).......)))))))).)))..))))))))))..)).))))))))).......((((((...)))))).....)))))..............))))))))..(((((((((.(((((..((((((....((((((.(((...))))))))).........(((.((((((((((((((((((.(((((...(((((((((.((.((((......(((((.......................)))))....)))).))))))))).))..((((((((((((((.....(((..................))).....))))).))))))))).......(((((......))))).....)))))...)))))..))))))))))))).)))..((((((((.......(((((..(((....(((((.((..........)).)))))....)))..))))).......)))))))).))))))..)).))).))))....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,...{,((((((........)))))).....{{{{.,.{{((((,.{{..(({,.(((....((((((..((((((...((((((.{..(({,.(((.(((.(((.(((((((({{{{((,,,{,,,{(((,(((((((((((((..({,...{((((((....((.((((,,..,{,((((((((...((((((((((..,{,(((.(((......,,.))).)})......))))))))))...)))).)))).....,}})).})))..)}..)).))))))).)))))))))))))(({{,{...,{(({,.(({,{(((((((..((((....(((((((((((((...(((((((((((...,,,,,.......,{((((((..((((((.(((.(((((((((,((,.((((..((({...........))))..)))}.....,,{{{{,(({{(((({{,,(,,(({{.{{((.,((((,......,)}})..))},}))),,,.,,})))}}}},)))))(((.(((((.(((.......,)}.)))))..))).}})),)}})))))))))....,(((((((........))))),.))}..))).))))))..)))))),},||,|((.(((((.....(((((((((.(((((((((((((((...(((((((((...((((((....))))))..))))).))))..)))))))).......(((....)))....)))))).).))))))))).))))).})}..,,.......)))))))))))..}}}}}{{{{...,,,.}})),{((.((...((((((((...,(({,((,,,,,....}}.}}}}......({((,(,(({{{{{,,|,,,...,..))))))),.}.})})))))))))...)).))}.....,})}}}}},))).)))))....})))..)).)))))).,}..))}...})))).)}))}}}))}..,}}}}},}}}}...,}},...)))))))).))).))).))).).....,.))}...,.))))))))))))..))))))}},..||||,{{....,{{{,....{((({({{{{{{{{{,.{{.||||{,,{(((,,.,{{|||||,,{{|||{,,..,|||||.....,(((((({,,.(((((({(((((((......((((((.(((((((..,........{{({{,,,,.{||||||..,{(({{{{((((.......)))}.,})))}}},(((.((((((({,(({((.((((.,,.....(((.{{.{..(((((.((((.(((.({(.,,,,,.....,...(((((((.{.........,)))))))..}}.....))..))).)))))))..)))))..}}}..))),{{{.(((((.........((((((.((((.,.,.(((((................)))))...,.)))).)))))).........)))))...})),)))).)).}))))}).,.))))))){((.|{(((,,,,..))))).,},,.,,}},|||{{{{{((,(((((((..(((((.......(((((((.((((..............)))))))))))........)))))...)),})))).,},,,,...,,,.}|||||}...,,,}}}||(,,{{{{...||{{(|||.{,,,,.,.,,}})))))))),,.)))))))...))))))........)))))))(((((.((((.......))))))))).....,{(({((({........,,))))|}|,,,,....||||..|||||{{}}}},|||||{,.,,,}}}})))}}|||,,,|||||||..}}}}}|,{,,,,}}},,.....,,.....,,,}},,.,,.,..,..,,...))))}}}.,,|,....((((((,(({...)))))))))..{|{,...{{{.{{,,((({((((,,,,,,.,,|||,..|||,,{{||,,,.,|||}....,|||||}}....,,}})}||,,.||.,,....}),}}}).,)})))})))}),}},.{(((((((..,,,.}}}}}}}|........,,}}},.))))))...)))))))...)))).........,||{(({{{{{{{,|,,,,...,))})..})))))}}))}}}}},,,,,}.}}|,|{((({{((,......{((((..(((.{{,(((((.,,.{{......,),.))))).,,,))),.))))}.,.....)))))))).)))}}.)))))}..}))}|{,...}},},},.
Back