Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172645.2
Sequence Length
4770 nt
GC Content
0.5090
AGUCGUCCGCGCCGACUCGCACAAGAAGGAACCCCGGGCCUCUGGAUCCGCUCGCCCGGCUAUGCUGCUGUGGCCGCUGCGGGGCUGGGCCGCCCGGGCGCUGCGCUGCUUUGGGCCGGGAAGUCGCGGGAGCCCGGCCUCAGGCCCCGGGCCGCGGAGGGUGCAGCGCCGGGCCUGGCCUCCCGAUAAAGAACAGGAAAAAGAGAAAAAAUCAGUGAUCUGUGUCGAGGGCAAUAUUGCAAGUGGGAAGACGACAUGCCUGGAAUUCUUCUCCAACGCGACAGACGUCGAGGGCCUGAUGUACCACGAUGCCUCUCGCUGGGGUCUUACGCUACAGACUUAUGUGCAGCUCACCAUGCUGGACAGGCAUACUCGUCCUCAGGUGUCAUCUGUACGGUUGAUGGAGAGGUCGAUUCACAGCGCAAGAUACAUUUUUGUAGAAAACCUGUAUAGAAGUGGGAAGAUGCCAGAAGUGGACUAUGUAGUUCUGUCGGAAUGGUUUGACUGGAUCUUGAGGAACAUGGACGUGUCUGUUGAUUUGAUAGUUUACCUUCGGACCAAUCCUGAGACUUGUUACCAGAGGUUAAAGAAGAGAUGCAGGGAAGAGGAGAAGGUCAUUCCGCUGGAAUACCUGGAAGCAAUUCACCAUCUCCAUGAGGAGUGGCUCAUCAAAGGCAGCCUUUUCCCCAUGGCAGCCCCUGUUCUGGUGAUUGAGGCUGACCACCACAUGGAGAGGAUGUUAGAACUCUUUGAACAAAAUCGGGAUCGAAUAUUAACUCCAGAGAAUCGGAAGCAUUGCCCAUAGGAGGCAAAAGGUCUAUGGCUCAUGUCUGAAAAAUGCCUGCUGCUGCCAAGUUAGCUAUUGGGAGCAAUCUGGAAAAACUUGCUCCCAGGAGGGCUUUGUGUCUGGCCAGCUUGAUUUUCCUAAUGGUCUCAUCUCCUUUGCUAGUGUCUUUGUCAUGCGUCUCUGGCCCUCGUGGGUAAAUGACAAACGGGACCAAUGGGUUUGCCAAGCCCUUUGCUGUUCGCAGCCUCACAUUCCCCCGGUGCCUCUCCCAUGGCUUUGUGCUGCUGAGUCGCUCUCAUGAAGCCCUUAGGGAGAGCACCUGUUGUGUGCCUGACACCACGCUGGAGCUGUGUACCAAUCGUCUCAGCCUUCAUUAGGAGGCCGAGGUAGGAGUCUUAUAUCCCAGGUGAGGAAUUUGAAGCUCAGAAAGGUUGAGGGGCUCCCCAGAGGUCACACAGCCUGUGUGCAGUGGAGCUGGCACCAUUCAGACUUUCAGCCGACUCAGCAACUUUCCCUUGCCCUGGGCUGCCUCCUCCUGAGAGCUGUUCCCCACCGCCCUGCCUCUUCCGGUUGGAGGCUCUCAUGUCUCUUUGGGGAGAGCUGGCAGUGUGCGGAGCUGAUAACAUUUUCCCAAUAUUGAGCAGUUCCCAAGGACAGUCAGCAUUUCUAGACUUCCACAAAAUUAUGCUGCAUUUGGCUGGAGCCCGGUGUUCAGUGGUUUCCCUGCCCGAGGUCGCUGCAGCCCCAUCUACCACAUCUUCAUGUGGACAUUGAGAUUCACAUGCUGGCUCCUGAAGGGUGCUCAGUCUCCUUGGUGAUUAAGGUCCUGCUUGAACUGCUGCCAACUCCAUGUCAGGGAAGUCGCUUUUGGUGCCUGGCUGGUUUGCCCAGAGCCAAGCUGGGGCAAGGGGCAGCCAGCCCUGGCUUCCAAGGCUCCCGUACUGUCUGUGUCCUUGUAUAAGGAGCUUUGCUCUUGGAAUUACUGAAAGUCUGUGGCCCAAGAGAGAGACACAAGUGGCCUUAAGUCUUUUUGAAGUGUUAUUUCAUCCAGGGAAAUGCCUCGAGCCAUAGAGCCUGAAAUCAUCUUUGUUGGCUCAGAAAAUACCUUAGCUUCACUCAGCUGGACUGCAUUGAAGGCGAGGCUGCCCCUUGGAUCAAGCAGAAAACAAGAGAAAGAAAGAACGUUCCCUUUGGGGAUAGUCUGGAAAGUUGGGAUUUGCAAAUAAAGGCUCUGGAAGCAUUGCUGGUCCUGAAGCUUUGGAGGUGGGCAGAGAGAGCUUCAAGAAGACUAGAUGCAAACCCUGGAAAGGAUUAAGGCUCAACUCUGGAGAAACAGGCCACAGCCUCUCAGAGCAGCUGUUGGCUGUAAAUAGAGGUAGCAAGGCCGCUCCCAGGCCCCUGUGAGUGUGGGCACCUGUGCAUGCAAUGCUCCGACUCUGCAGAGGUGCCAAGUGCCCCUGCUGGGCCAGUCCCAGAGAGUUAGGAAGUCAAGGCCUGCAACUCCUGGUUCUUCCUGUUUGGACCAGUUCUUGUGCCAUUGGCAGGAUGAGAGGCAGCAGCCAGGCGGGAGCUGUGUCUAGCAGCACCUGUAGCCCACGUGCUGCUAAUUAGCUGGAAAACUGGCGAAGGCAGAACCUUUGCUACCAGGAAUCUUGACAUGUGGGGUCUGUCUUUGAGAAUUUGUAAAUGAACAGUCCAAUAUUUCCUCUCGGCUCAUUUUGCACAUCCAUUUUUGGGGAAAUGUGAUUUCUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGCCUAAGGCACAAUCUCAAGAGGUCCUGAGACCACGUACCCAUGAUUUUUUUCUUGCUCUGUGAUACCCAAUAACUCCUUCACCUAAGCCCUGUUGUUGAUUUUGAAGUGCUUCCUAGGCCAGUGAUUUUAGCUUCUGCCAGCUGCUUUUGCCAGUAGAUUAACGUGUUUUUAUUUUUCAAACUCCGUGUUUCCUAACGUGGAGUGUAUGGGUCUAAGAGAGCCUGCUGUCCUCCCUGCCUUCCACCUUGGAGAGGAGGCUGGACGCAUCAGCAGUGGCCAGGGCAGGUCGCAAAAUCUCCCAGCCUAGAGACCACACCUGAAACGGCUGAAGCCAGCUUGCACAAGGGCUGCUGUCCCUCUGCGGCAGGCAGAGCUGGUGGGGGCAGGGGUCACAGAGCAGUCAUAGACACCAUGGACCAGGGCAGGAGAAGGGCAGAUGGCACAUGGGCACAACAGGGCCUUGUCCUUAGAGCACUGGGGGGUCAUGGCUGGGAGGGGCAUGGCAGGGGCUGGCAUCCCUGUAGAGCCAGAGGGGCCACCCAGGGCAGUGACAUUCCAGAUAUGUUGGGCUCACCUCAUCCUUGCUGUGAGACUGGAGUUCCAUGGGGACAUGAAGUCAGUACACCGCAGAGCUGCUCAGCUGCUCUACCUCUCGCUGACUUUUUUGUUGCACAUAUACAUUUUCUUUCAAUUAGCAUUUAUUUCAGCUUUUAUUUAAGCUUUUUGACAGUACAUGUAAAAUAUAUGAUUAUAACCAUUUAAAAAUACCUUAUGUACCUGGUUUUUUUUGGAAACUAGAUAGAAAUAUAUUUAUCUUUUACAUAAAAGAAGUGUGUAGUGGGGUGGUCCAGGGCUUUGUGGUGGCUUAGUGGCCAUCGGGGUCCCAGGCUCUUCCCACCUUUCUCUUUUGGGUCCACCUCUUGGCUCCUGGCUUCCUUCCUCUGGGGCCUGACUGUCCAGGAUGGCAGCUGGAGCUCCUGCUCUGGGCACGGUUGGCAUCAGAGCCCACUGCUCCCCAUCCACUCUUUAAUCCAGAUGCUGGUAAUGUCCCUUUCCAAGGCAUAACUAAGAUAAGCUGGAAGGUUCUUACGAGGCUUUGCUAGAGGCCCUGGGAGGUGGGGGGAAAGGCAAGAGGGCAGUGCCCACCCAUAGACCGGGUCACAUGACCUGGCAUCAGCGCCGUGGGGUCCUUUGGGCUUCACCUCCCUCUCCCCUCUGCCCCCACGUCAUCCCACCCUCAUCCUCACCCUCACCAUUCCCAUCCCGUACCGUAAUGUCCCUUGCAAGGCCUAACUCUGUGAGGAAUGAAACCACCUCAUCCUUGUUCCAAUAACAUGAGUGACCGAAUUUACAAACGAGUGAAUGUGGACCUCUGGAAACAUUACCCAGCUUGUUUUUACUUUUCACUUUCUCUUUCUGCCCCUUUCAUUUCCGUAGGAGCCCUUUACCUAGAUGAGAAGUGUCCCCCCGCCUGGGGAAUAUAUCAGUCAGAACAAUCUUCCUGCAGACAUGCACCAUUAGACCCGAGUGACGGUGGUGCCAUUUAAACCUCAGAGCAGGUAAAAGGUGGUCCUGAAACCUGUCUACCCACAGGGUGCUAUGGAAUCUGAAUCACUUCUUUUUUCCUAGAGCCCUGGGGUGGGGAGCUCCCUCAAGUGUUCACAUGUGUGUGGAAUGAGGAACACCCAUCUCCUUGGCCCUCUCCACCCUGAAGAGUUAGUUAUUAAAAUAAUUGGCAAGCUCUUGCAAAUGUCAGUCAUCCAUUGUUCAGAAUGGAAUAGCAAUAAUACAUCCCUGGCUGCCCUGGGCUUGGCCAGGAUUACUCACUGAAGGCCUCAGGGUUACUGGCACACACUUUCUUUUCCUAAUAAUCCCAUCCCCUCAGCUUUCCUAAGGCUAGAGUGAAUUUCGUGUUCCUUUAGUUUACAUAAGAUGGUGAACUUGGCAAAAGCUAUCAUUAAACAGAAGCUAAGAGAAAGCCUAUGUCGUGGAAUCCAGAAUGGGUAUUGCCAUUCACUGCUGUCCACAGAAGCUGUCUUGAAUUUCUUUCUGUGUCUUUUCUUUUUUUUUCUUUAAGACUGUUGUUUACCAGACUGGGCUCUGUGGAACACAGGUGUCCUGGGAGAUGGUUAAUCAUUACAAAAUAUUGGUAACAAUCUAAAGAUGCAUACAUAAGAGAGUGGUCAAAUAAACCAUUUUCCAUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1705.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1791.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 1072.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.......))))).(((...........(((((((.(((((.(((((..((((((((((......))))))....((((...(((((((((((.(((((((((.((((((((((((...((....)).)))))))...((((...)))).))))))))))))))))))))..))))))))).((((.(((((...(((((((((((.((((.(((..((.(((((((.((..(..(((((.((.((((.((.(((((((((((((((((((.(((((.((.(((((.((..(....)..)).))))).)).))))..((((((........))))))..((((((..((((.((..((((((.....)).)))).))))))....))))))....).))))))))..))))).))).))).....((((((((((.(.....).))))))))))..(((((.((((...((((((((...(......)...)))))))).))))))))).............)))))).)).)))))..)..)).)))))))))..)))))))(((((........))))).(((((((((((((((((.((.(((.((((.(((((...))))))))).(((....))).(((.((((....)))))))))).))...(((((((((.((.(((.(((((...))))).))).))..))))))).))......(((((..((((((.((.(((.((......))..))).)).))))))..)))))((((.((((((((.((((((....).))))).((((((.(((((....((((...((((...(((..(((((((((.((((((((((((((...........))))))))(((((((((..((((...(((((.........((((.(((((((.........((....)).((((((((.........((((....))))..)))))))).))))))).))))..(((((.((((((((((.(((.(((((......(((((((((((.((((((((((((.(.((((((((((((((((((.(((.....)))..))))))..(((.((.(((((...((((((((.((.((((((((((.....((((.((((((....)))))).))))..((((((((.((.((....((((..........))))....)).)).)))))))).....))).))))))))))))))..))).....)))))))..)))..........))))))))).(((((.((((((((((((((.((..(((((.(((((((((....((((((((((((((((.(..((((((......)))))).).))))))...))))).).))))....((........))........))))))))).).)))).)).)))).......(((((((.................((((((((((..(((((((((((((...((...(((((((..((((.((((((.((.......((..((((((((........))))))))..)).....)).))).)))))))..)))))).).....))..)))).))))).))))....))))).))))))))))))(((((.((.(((.((((((((.((((...(((.......)))...))))))))))))..)))..)))))))..((((..(((((((((((((....))))).((((.(((((((..((((.((...)).)))).)))))))))))......((((.((((.(.((((((((.(((((.....((((((((....((((((((((((((((..((....)).))))).))))))..........((((((......))))))...((.......)))))))....))))))))...((((((((.((((((((((((((((..((((....))))..))...((((((..((((.((((((....((((..((((((.(((((((.((((...((((((((.(((((.......((.((.((....)).)).))....(((....)))......))))).))))))))...))))))...((((((....((((((...))))))....))))))))))).))(((((.(((....))).)))))..(((((((.((((.((........).)..)))).)))))))....((((.....))))((((((((.(..(((((((.((((((((..((((...(((((((.........)))))))...))))))).)))))......(((.(((((..((....))..))))).)))((((((((.((.....)).))))))))......((((.....(((((((((.....)))))))))))))...))))))).).))))).)))...(((.((..((((......)))))))))...))))....))))...)))))).))))))))))((((((((...)))))))).)))))))))))))).))))))))....)))))....)))))))).).)))).))))........((......))((((((((((((.(((.......((((((((..(((.((((.............(((.((.((((((....((((((.((.((((((.((((((..(((.((((((..........))))))......((((((((((....))))))))))(((.((.(((...))).))))).((((..(((.(((((((...)))).))))))..)))))))..))))))......))))))..)))))))).....)))))).)).))).(((.....(((((....)))))......))).(((((((......))))))))))).)))))))))))..))))))))))))))).))))))))..)))).)))))))))).)))))))).).))).))))))......(((((...))))).))))))))))))))....))))).))).))))....))))))))))).(((((.((.(((...(((((((((((((((((.......((((..((((((((....((((((((..(((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((.......(((((.((...)).))))).......)))))))))..)))).).))).(((((...((.((((..(((......................)))..)))).))...)))))...((((....)))).(((...(((((.(((..........))).)))))))).....(((((((......)))))))..((((((.......))))))((((((.((((..((((((..((((((((....))))))))))))))..))))..)))))).......(((((((.((((((...((((((.((((.((.((((...((((......)))))))).)).))))))))))(((((((((((......((((((((((((.....)))).((.((.((((((((((......(((((((...(((((.....((((......((((((((((((..(((......((((........((((...(((((((((((((.(.(((..((((((..(((....((((..(((((((((....)))))(((......)))....))))...))))...)))..))))))..))).).)))))))..).))))).))))........)))))))................(((((((.....((((((.........((((((..((....))))))))))))))((((.......(((.(.(((.((((((......)))))).))).)))))))).)))))))))))))))))))(((((((((((..........((.(((...........))).)).........)).))))))))).......)))))))))...))))))).(((....)))...((((....))))..))))))...)))))).)))))))))).......)))))))))))....)))))).))))))).....((((((.((((((.(((.((((...(((....)))....))))))).))))))))))))))))))))....))).))))))...))..)).))))))....))))......((((.((((.((...)).))))...))))........(((((((.((....))...)))))))..((((((......))))))...........))))..))))))))))))))..)))))((.....))..))...))))))))))...)))))..))))............................))))))))).(((((((((.((((.....)))))))))))))......)))))).)))))))))..)))...))))...)))))))))..))...)))).....(((((...((((((((......))))))..))...)))))....))).)).))).))))))))))))))))))))))))))))))))....))))).)))).......))))...))))).).)))).).))))))((((.((((.(((...........))))))).)))).....)))........(((((((((.......)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((.,...,.})))}.,,....|,.,{..,(({((((.(((({.(((((..(((((((({{,..,,.)})))},,.,{((({..((((((((({(((((((((((.((((((((((((...((..,,|,.}}}}))),..)))|}},)})).))))))))))))))))))))..))))))))}.((((.(((((...(((((((((({.((((.(((.{(,{(((((((.{(.,(,,(((((.({.((((,,{.(((((((((((((((((((.{((((.((.(((((.((..{....)..)).))))).)).))))..((((((........)))))}.,((((((..((((.((..((((((.....)).)))).))))))....))))))}...,.))))))))..))))).))).))).....((((((((((.(.....).))))))))))..{{(((.((({...|{((((((...(.,,.,,|,,,}}}})))),))))))))}.....,,,,,,..}))))).}).))))).,),,)}.)))))))))}})))))))(((((........))))),((((((((((((((((({(((({{,,(((,(((((..,|||}}}}}},(({....})).|{,.|||||.|.))))))))},.||...(((((((((.({.(((.(((((...|}}}}.}}}.}}..}}))))).))......(((((..((((({.((.(((.{{......,,..))).)).})))))..))))),,|,.,,||,{||.{{((({.,.,}.)))},.{(((((.(((((....((((...((((...(((..(((((((({.((((((((((((((...........))))))))(((((((((.,((((.,{(((((...,.....{{{,.{((((((..,..{{,{((..{,|{{((((((((.........((((....))))..)))))))}.))}))},.||||..(((({{((((((((((.(((.(((((......(((((((((({{((((((((((((.(.((((((((((((((((((.,,{.....}},..))))))..(((.((.(((((...((((((((.((.((((((((((.....{(((.((((((....)))))).)))}..((((((((.({.((....((((..........))))....)).}).)))))))).....))).))))))))))))))..)))..,..)))))))..)))..........))))))))).(((((.((((((((((((((.((,.(((((.(((((((((..,,((((((((((((((((.{..((((((......)))))).}.)))))),..))))).).)})),,..(,........}}........))))))))).},}))).|}.)))).......(((((((.,.......,,......((((((((((..(((((((((((((...,(,,.{((((((..((((.((((((.((.......{{..((((((((......,.))))))))..)).....)).))).)))))))..)))))).}....,)).,)}))}})))).))))....))))).))))))))))))(({{{{((.(((.(((((({((((((...(((.......)))...))))))))))))..)))..)))))))..((((..(((((((((((((....))))),((((.(((((((..((((.({...}).)))).))))))))))).,....((((.((((.(.((((((((.(((((..,,.((((((((....((((((((((((((((..((....)).))))),})))))..........,,,((({{,..,|||,,..,}||..}}}}}}})))))....)))))))).,,((((((((.((((((((((((((((..((((....))))..)).,.{({{{{,.((((.((((({..,{(((({.(({{((,,,|||{{|||{||||||||,,,{,{{{{{.,,,||,|||||.,{..||}}|}},}}....(((....)))..,..,||||..||{{||,|,..}}||||,,,((((({....((((((...))))))....})))||{(({,((,(((({.{{(,,,.}}}.}}}}}.{(((((,({{(((,,|..|||.....,..,)))..}))))),.}})})}|||||}}|||{{|,{{{|,|{((({{{..{{{{{{{|,,{{{|,,,(((((((..,,.....)))}}}}...}})|})).,,)))},},.,|((.(((((..((....))..))))).))|((((((((.((.....)).))))))))}.....||||...,,||||{((((,,,..)))))))))))}},,.}))}}}},}|},}|},}})}}}}}|.},,,,|||}},.,.})}},}}.,,.,,}})}},,,)))}},)))))).})))},}}})|||((({|...}))))}}}.)))))))))))))).))))))))....)))))....)))))))).).)))).))))........{{......}}{((((((((((,.(((.....,{((((((((..(((.((((,,,..........(((.,({((((((..{.((((((.((.((((((.{(((((..(((.,(({((..........}}}}},......((((((((((....))))))))))(({.((.(((...))).))})).((((..(((.(((((({...})))},)))))..)))))))..)))))}}}}...))))))..)))))))).....)))))).)).))).{{{.....(((((....))))).},,..}))|({{{,|{..,,.,))))))))))).))))))))))).,))))))))))))))}.))))))))..)))).)))))))))).)))))))).).))).))))))......(((((...))))).))))))))))))))....))))).))).))))....))))))))))).|||||,||,|||}}}}}{((({(((((((((({,,,,,.((((..{{(,((((....((((((((.,((((((({(((((((((((,(((.((((.(((((((((.....,.(((((.((...)).))))).,.....)))))))))..)))).).))|(((((({{{(({(,,,..{({...,{,...{{{{{......)))))..,})}.,|{|{||||{...{{,{{{..,.....||,.,|,..,.||..,}}}}},{{|(((({|...})))))}||{{{{{..,,..}}}}}}|,,,....,))))))))))))}((((((.((((..((((((,.{(((((((....))))))))))))))..)))),.)))))).......{((((((.((((((...((((((.((((.((.((((...((((......)))))))).)).))))))))))(((((((((((....,.((((((((((((.....)))).((.{,(((((,{{,,,...,..(((((({{((({({{.....{|||,,....{(((((((((((.,{{{......{((({({(({..((((...(((((,(((((((.(.(((..((((((..((({{{{((({..{,(((((((....)))))||{......}}|,,,})}},,..))))}..}))..))))))..))).).))))))).,,.})))).))))....................,,,..,{...,|.,}}}......}}}}))}}}......{{((((..{{....,,}})))),,,||{((({.......(((.(.(((.((((((......)))))).))).)))))))},})),,,,)))))))))))}{((({{{((((,.,,,..,,,((.(((.........,.))).)).........)),})))))))),,{{{..,,,,)))))...,}}}})}.|{{....,}}...((((....))))..,,}})}...))))),.))))))))))......,)})))))))))....)))))).))))))}.....((((((.((((((.(((.((((...(({....}))....))))))).))))))))))))))))))))....))).)))))).}}),..))},)))))....))))......|||..,,,,,|,...,|{|||{{{.((((,.....,,|||}||,,||}}}}})..,)))),||..((((((......))))))...,,......,}},..}}})))))))))))..)))))|||.....,,.}}},,)}))}}}))},,,))))),.}}},..............,,............))))))))).(((((((((.((((.....)))))))))))))......)))))).}))))))))..)))...))))...)))))))))..)},..}))).,,||(((((...{{((((((......)))))).,})...))))),},.))),))))},.,)))))))))))))))))))))))))))))))....))))).)))).,,,.,.))))...))))).).)))).)}))})))((((.(((,,(((.,,.....,,.))))))).))))...,|||....,....(((((((((.......))))))))),.,,,.
Back