Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001172767.2
Sequence Length
1485 nt
GC Content
0.4707
GUAUUAAGUCAUGAUGCAGGAAUCUGCGACAGAGACAAUAAGCAACAGUUCAAUGAAUCAAAAUGGAAUGAGCACUCUAAGCAGCCAAUUAGAUGCUGGCAGCAGAGAUGGAAGAUCAAGUGGUGACACCAGCUCUGAAGUAAGCACAGUAGAACUGCUGCAUCUGCAACAACAGCAGGCUCUCCAGGCAGCAAGACAACUUCUUUUACAGCAGCAAACAAGUGGAUUGAAAUCUCCUAAGAGCAGUGAUAAACAGAGACCACUGCAGGAAUUGCUUCCAGAAACAAAAUUAUGUAUCUGUGGCCACUCUUCUGGUGAUGGGCAUCCUCACAACACAUUUGCAGUGCCUGUGUCAGUGGCCAUGAUGACUCCCCAGGUGAUCACCCCUCAGCAAAUGCAGCAGAUCCUUCAGCAACAAGUCCUGUCUCCUCAGCAGCUACAAGCCCUUCUCCAACAACAGCAGGCUGUCAUGCUGCAGCAGCAACAACUACAAGAGUUUUACAAGAAACAGCAAGAGCAGUUACAUCUUCAGCUUUUGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAACAACAACAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAUCCUGGAAAGCAAGCGAAAGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAAUUGGCAGCCCAGCAGCUUGUCUUCCAGCAGCAGCUUCUCCAGAUGCAACAACUCCAGCAGCAGCAGCAUCUGCUCAGCCUUCAGCGUCAGGGACUCAUCUCCAUUCCACCUGGCCAGGCAGCACUUCCUGUCCAAUCGCUGCCUCAAGCUGGCUUAAGUCCUGCUGAGAUUCAGCAGUUAUGGAAAGAAGUGACUGGAGUUCACAGUAUGGAAGACAAUGGCAUUAAACAUGGAGGGCUAGACCUCACUACUAACAAUUCCUCCUCGACUACCUCCUCCAACACUUCCAAAGCAUCACCACCAAUAACUCAUCAUUCCAUAGUGAAUGGACAGUCUUCAGUUCUAAGUGCAAGACGAGACAGCUCGUCACAUGAGGAGACUGGGGCCUCUCACACUCUCUAUGGCCAUGGAGUUUGCAAAUGGCCAGGCUGUGAAAGCAUUUGUGAAGAUUUUGGACAGUUUUUAAAGCACCUUAACAAUGAACACGCAUUGGAUGACCGAAGCACUGCUCAGUGUCGAGUGCAAAUGCAGGUGGUGCAACAGUUAGAAAUACAGCUUUCUAAAGAACGCGAACGUCUUCAAGCAAUGAUGACCCACUUGCACAUGCGACCCUCAGAGCCCAAACCAUCUCCCAAACCUGUAAGUGCAUAUUGCUUUAUAAACAGUAAAUAGCUCUACCAAUGUAACAGACUAAGAAAAUGAACAAUUUAGUGACAGUUAGAAAACAAUGAGUGUGAUGAAAAAUACGGCAAUAAAAUGAAAGUAAAAUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-394.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -419.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 431.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((.((.(((((....))))).))..)))...........(((((.....(((..(((((((((.((((((..((.((((.........)))).)))))).)).........(((((((..((((((((((((...((..((((((.(((((((..((((.......))))(((.((((((..((((((.....)))).....((.((........(((........))).....((((((............))))))((((.(((((..((((.(((......))).))))((((((((......((((.((....)))))).(((((...((...)).))))).))))))))((((.(((.....))).)))).......((....))))))).))))...((....(((.(((......)))..)))....))...............((..(((((..((((((.((.((.............(((((....))))).((((((((.............)))))))).)).)).))))))))))).)).((.((.......)).)).......((....))................)).)).......((.((.((.((.((....)).)).)).)).))....))..)))))).)))..((......)).((.((.((....)).)).))....(((.((((.((...(((.(((.((......))))).))).)))))).))).............)))))))..))))))..)))))))).((((((.................)))))).(((((((...............)))))))..))))))........(((((((...))))))).........((((((..(((((.....(((..(((.((..(((........))).((((......))))............)).)))...))).....))))).)))))).......)))))))..........)))))))))..))).)))))((.((((((((((..(((...((((((....)))))).)))..))).))))))).)).((((((((....(((((((...........)))))))((((((....(((((.(((.((.......((.((((.(((((((......(((((......)))))..........(((((((((((.((((.(((....((((((((((((.....(((((((......))))))).....)))...(((.(((.....))).))))))))))))))).)))).))..)))).......................)))))....))))))).)))).))......)).))).))))).....((((((...........)))))).))))))..........)))))))).....)))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..(((.((.(((((....))))).))..)))...........(((({.,...{{{..{{({{{{{((((.(((((........)))))))))((.((..(((..((((.....((((((((....{(((((({.{...{{{{{{,.,..{((((({..((((.......||}}(((.({{(((..{({{,{,..,,||||,,.,,{,.,,.....,||{{{,,|....,}}}|.,||({{(((....,,{{.{{,,,||||((((.(((((..((((.(((......))).))))((((((((......((((.((,...}}}))}.{{{{{...{{.,.)),))))).))))))))((((.(((.....))).)))).......((....))))))).)))).,,},.....}}}}))),},,})}},,}}}...{||,,{{{,.........((.,(((((..((((((.((.((.............(((((....))))).((((((((,{......,,...)))))))).||.||.||,||,,,,)).)).||.||.......||.||.......}}.||.||................}}.||.......{{.((.((.((.((....)).)).)).)).))....||..}}||||.|||..||......}}||{.||.||,}|.}|.}}.||....}}...}||}||||,.}|.|||{({{{{{{{||.{{.|||,.,,,}),}))...{(((((((.,{{(({{{...)))))..((((...(.((((((.................))))))}))))..((((({,{.((((.{.(((({(((,,((.(({....}.)|.))))))...}}))))}.,)))).,)))))).)))))))}....}}.))))}))}},,|}}......,,})||))))).,.,,)))))))).....))))..)))..)).))...,,,,...||||,,,,|,.,,,,..,,.........,}}}}}}}},,})).)))}}{(.((((((((((..(((...((((((....)))))).)))..)))}))))))),}|,||{||{||.}},{((((((.,......,..})))))}||{{||}|..||{||}|{||||.{,}}}}|..||{|.{{{{(((..,,.,((,((,.,,.{|,|||{....}}}}.||,,||{|||{,||{|,||||...((((((((({((.....(((((((......))))))).....))}...(((.(((.....))).)))))))))))),})})},}.,)}}})))........,,,........||,.}}}||.,.,||}|}}}.,,}},}}....,|}|,}}}...|}|,,,,,{{{{{............}}}}}}.{||}|||........,))})))}),,,..}))))..........................
Back