Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001173393.3
Sequence Length
1623 nt
GC Content
0.4393
GCUAUUACUGCAUAUGAUGUAGGUUUAGUUUUCCAAGUUCUUCCGUGGCCCUUUUUGCUUAUUAUAUCAAUCCUUGGUGGGAGAUAGAGGAAGCAUUUUUAGUGCUAUUUUACAACUGAGGAAAUAGAGGUUUGAAGAGAACUCAGGAACUCUCAGGGUUACCCAGCAUUGUGAGUGACAGAGCCUGGAUCUGAACGCUGAUCCCAUAAUGCAUCCUCAAGUGGUCAUCUUAAGCCUCAUCCUACAUCUGGCAGAUUCUGUAGCUGGUUCUGUAAAGGUUGGUGGAGAGGCAGGUCCAUCUGUCACACUACCCUGCCACUACAGUGGAGCUGUCACAUCCAUGUGCUGGAAUAGAGGCUCAUGUUCUCUAUUCACAUGCCAAAAUGGCAUUGUCUGGACCAAUGGAACCCACGUCACCUAUCGGAAGGACACACGCUAUAAGCUAUUGGGGGACCUUUCAAGAAGGGAUGUCUCUUUGACCAUAGAAAAUACAGCUGUGUCUGACAGUGGCGUAUAUUGUUGCCGUGUUGAGCACCGUGGGUGGUUCAAUGACAUGAAAAUCACCGUAUCAUUGGAGAUUGUGCCACCCAAGGUCACGACUACUCCAAUUGUCACAACUGUUCCAACCGUCACGACUGUUCGAACGAGCACCACUGUUCCAACGACAACGACUGUUCCAAUGACGACUGUUCCAACGACAACUGUUCCAACAACAAUGAGCAUUCCAACGACAACGACUGUUCUGACGACAAUGACUGUUUCAACGACAACGAGCGUUCCAACGACAACGAGCAUUCCAACAACAACAAGUGUUCCAGUGACAACAACUGUCUCUACCUUUGUUCCUCCAAUGCCUUUGCCCAGGCAGAACCAUGAACCAGUAGCCACUUCACCAUCUUCACCUCAGCCAGCAGAAACCCACCCUACGACACUGCAGGGAGCAAUAAGGAGAGAACCCACCAGCUCACCAUUGUACUCUUACACAACAGAUGGGAAUGACACCGUGACAGAGUCUUCAGAUGGCCUUUGGAAUAACAAUCAAACUCAACUGUUCCUAGAACAUAGUCUACUGACGGCCAAUACCACUAAAGGAAUCUAUGCUGGAGUCUGUAUUUCUGUCUUGGUGCUUCUUGCUCUUUUGGGUGUCAUCAUUGCCAAAAAGUAUUUCUUCAAAAAGGAGGUUCAACAACUAAGUGUUUCAUUUAGCAGCCUUCAAAUUAAAGCUUUGCAAAAUGCAGUUGAAAAGGAAGUCCAAGCAGAAGACAAUAUCUACAUUGAGAAUAGUCUUUAUGCCACGGACUAAGACCCAGUGGUGCUCUUUGAGAGUUUACGCCCAUGAGUGCAGAAGACUGAACAGACAUCAGCACAUCAGACGUCUUUUAGACCCCAAGACAAUUUUUCUGUUUCAGUUUCAUCUGGCAUUCCAACAUGUCAGUGAUACUGGGUAGAGUAACUCUCUCACUCCAAACUGUGUAUAGUCAACCUCAUCAUUAAUGUAGUCCUAAUUUUUUAUGCUAAAACUGGCUCAAUCCUUCUGAUCAUUGCAGUUUUCUCUCAAAUAUGAACACUUUAUAAUUGUAUGUUCUUUUUAGACCCCAUAAAUCCUGUAUACAUCAAAGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-423.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -457.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 487.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.......))...(((((((((((((..(((((.((((.....(((((.((...(((((....((((..((((....))))))))....))))).....)).))))).....))))..)))))..(.((((((((((((((...(((((((...))))).))(((..(((.((((((.((((...(((((........)))))............(((((.((((((((.(((.(((......((((((((((..((.((((.(((((((((...((((((((((((((((((.................)))))).....(((((.((((.((((....))))...((((((((((....).)))))))))..((((((...))))))((((((((....((((((...(((((((....))..(((((((.(((.((..((((.(((((((.((((.....)))).))))).....))))))....)).))))))))))((((((((..........((((((.(((((((.(((((((((..((.(((((................(((((((.(((((((......)).)))))...))))))))))))....))..)).)))..))))..)))))))))).))))))))))).....((((.....))))....)))))...))))))........((((.....))))..(((((.((..........)).)))))(((.((((.....)))))))(((........)))))))..))))..(((((((............))))))).((.((((.....)))).))......((((......(((((......))))).......))))))))..)))))......))))))))..)))).))))))..)))..))))))..)))).((((((.....((......)).....)))).))..((((....))))...))))))(..(((....)))..).))).))).)))))))))))))............((((.(((((((...))))...(((....)))((......)).((((((((.(((.((((((.((((((.........(((((.(((((.((.(((.(((((((((((((((............(((((.....)))))((((((..(((((((...))))))).(((............))).((((...)))))))))).....(((((..(((((((((.((.(((......))))).)))))).)))...)))))......))))))))((((...))))...))))))).))).)))))))))))))))))).))))))....)))..))))))))......(((((.......)))))((((.(((.(((((((......)))))))))).))))))).))))..)))).))))))))).))).((((((...((..(((.....)))..)).........)))))).(((((((.....(((.....))).....)))))))....(((.((((((...)))))).)))...)))))))))))))).).)))))).....))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,....{{{{{{{{(((((,(((((,{{,{((((.((((.,...(((((.((...(((((....((((..((((....))))))))....))))).....)).))))).....})))..)))))..{,(((((({{(({{{{|.,{{{{{{{...|||||,|}{,({{(((,((((({.((({...(((((.,....,.))))),,,,,,},.{(((..((((((..,.,...{{{,,......(((((((.(((((((((.(((((((,,((.,{(({{(((((((.((({({((((.{{{{..,.{,.,,,||.....})))}))),}}}}|{{{....,}}},,{((((((((((....),})))))))).|{(((({...}))))|{|{{||||,|..((((((...((((({{....||..(((((((.(((.{,..((({,(((((((.((((.....)))).))))),....))))))....},.))))))))))((((((((.,........(({(((.(((((((.(((((((((({((.{,,.{||,...,}},)||.,|{((((((.(((((((......)).)))))...)))))))})},},...,|,.|.,||.,,}}))..})))}))))).))})))))))).....{,{,.....}))),...)))))...))))))........{(({{..........|||||.{|....,.....}}.||||}{{{.{{{{.....}))}}}},,|.,...,.,}||},.,.,}.,...(((((({............})))))),((,({{{.....)))).||,,.,,,((((......(((((......))))),,.....)))}.}}}.}}}.)))))})})))).)}...})))})),,.......{{{{.{{....}).}))),{{,,...((.{{{...,.....}))).}},||||........,....,,||||........)))).)))))))))))))))),,{.,{({{,,,...............|||||,..)}}},..(((....))))))....})))))..)))}..,,.{(((((.((((((...,,.,,.(((((.(((({{((.(((.(((((((,{,{{(({.,,,,.,{{,,,,((({.....|||||((,,,{..(((((((...))))))).|||}||,......,.}|,.((({...})))))))},..,,.(((((..(((((((((.{{.(({.....,)}}}}.)))))).)))...)))))....,,}}}}))))||{|,,,})))}..))))))).))).)))))))))))))))))).))))))..,,}),.{||||,,}},....,||||.....,{{||,|{((((.(((.(((((((......)))))))))).)))))}}}|||...}))).)}))))}},.}|),},..,,,.}))))}}}}}}..}))})))..,..........{{{(.,,,|}}}...,{{,{,.{|||...{{|||}}|,...,{{{.{{{(({...,}}}}}.,}),,,))))|}}}}))),,.,.}}}}..)}}}}.,,)))),,}.,,.
Back