Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001177304.2
Sequence Length
2935 nt
GC Content
0.3652
CUCCCUUCCGCGCGCUUACUUUGUUUAUAACUUGAAAAAUCCUCUCCGUCUCCCUUCCCUGCCUCCUUUCCUUUCCCUUUCCUCUGCCAGUACAACUAGACCCGGCGUCUGGCGUCCCCGGUGCCCAGCAUUCUGCGGGGCAGGCGGUGUGGUACCCACAGCCCCUGAACAGCCUGCAGGUGAAAUGGAAAAUCAAACAAAACCACCAGAUCCAAGGCCUGAUGCUCCUCCUGAAUACAAUUCUCAUUUUUUACCAGGACCCCCUGGAACAGCUGUCCCUCCACCUACUGGCUACCCAGGAGGCUUGCCUAUGGGAUACUACAGUCCACAGCAACCCAGUACCUUCCCUUUGUACCAGCCAGUUGGUGGUAUCCAUCCUGUCCGGUAUCAGCCUGGCAAAUAUCCUAUGCCAAAUCAGUCUGUUCCAAUAACAUGGAUGCCAGGGCCAACUCCUAUGGCAAACUGCCCUCCUGGUCUGGAAUACUUAGUUCAGCUGGAGGUGCAGUGUCCUCCUGGUGUCACCAUUGGCUUUGUUGCGGAACAUUGGAACCUGUGCAGGGCGGUGUACAGCAUCCAAAAUGAGAAGAAAGAAAAUGUGAUGAGAGUUCGUGGGCCAUGCUCAACCUAUGGCUGUGGUUCAGAUUCUGUUUUUGAGGUCAAAUCCCUUGAUGGCAUAUCCAACAUCGGCAGUAUUAUCCGGAAGUGGAAUGGUUUGUUAUCAGCAAUGGCAGAUGCUGACCAUUUUGACAUUCACUUCCCACUAGACCUGGAUGUGAAGAUGAAAGCCAUGAUUUUUGGAGCUUGCUUCCUCAUUGACUUCAUGUAUUUUGAAAGAUCUCCACCACAACGUUCAAGAUAGAGAGACACAGCAAGCCAUCAACUAUGGUUAAUUUUGAAAAAUGGAAAAGUUGGAUUGGGCUUACAGUCAGCACUCAGUUAUUUGCAAGUGUAUUUCUUUGCUUUGUAGAGUAUUUUUAUUGGGUGUUAACUUUGACAGCUGAGAGUGGGCUUGCAAGAACACAAUCUAAAAGUGUGUUUCAAUUGAGUAUCUCUCUAGUAGAAUAGGAGUUCAUCCUGAAAAGCUGUGACUCAUUAACCCAGUAAACAUAUACAAAGUAAGCUUAAAACACUAUAAACAUGAGAUAAGGGAAAAUGAAUCCAGAGUUCUCAUAUUAAUAGGUAGUGAAACAAUAAGGCUUUUUAGAGCAGACUUUGUUGGCAUAAAAUAACCUGGCUUCUAUCCCUAACCCUUUCCUACCUUUCCUCUCCGUCAACAUGUCCUCAUACUGAAGACAAACUUGUUUCAAUGAUAGUCUUCAUUUUUAAAAACAAAAAGGCAGGCAGACAGAAAUAAUGAUGUUUUCUUGCACUAAGAAGGUACUACUUGUACACAUAUAUCAAAACCUCAUUCUGCAAAGUUUUUGAAGGUUUCAAUGGGAAAUUUGAUUUUAUUACAAAAUAAAACAUUUUUUAAUGUUAAAGUUUAUAUAUUCCAUGCUUGUUUUCUCAUUCACUGGCAUGGAUGAUCAGGAGCUGCCUAUAUAUGAAGGCAGAAUCAGACUAUCAGGAAAGGAGCUGGCCAGGGCCACAGCCAGUCAAGAUCUCUGAGCAACUUAGAGACAUUGGUGUCAUUAUAUGAAGCUUGCAUUUAAUACAUUUAUACAUAAUACAUUUGUACAUUUAAUUCAUAACGUCUCUUGGUCACAGAUGCCUUAUAUAUAAAAUAAGUUGCCAGAUCUCUAAGAUUGCCUAGUACACCUUUGUAUCUCAUUUGAUGUGAUACCCAGAAGAGAUCAUUGUUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUUUCAAGAAGAUCCUUCGUGAUCACCAUGCUGUUCUCAUGGUAAGAACUGGAGUUAUGUUUUUAAAUUUGGAAAUAUGACAUUUUAUGUAGCACUUUAUAAAAAGUGAAAGCGACAAAUUCCACCGCUGCUUAAUACUGCUUUGCUUCUUUUUAUUGACAUGAUAGAUAAAUAUGUAUCUACACAGAGUAAUAAUAAUAAAACACAGUAAACAUUCUAUUUCUCUAUGGUCUACAGCAUGCCAGUAAAUAAUAUGUAGGACCAAUAAUAAAUUAUCAAUUACACAUUUUUGUGUUAACUAAUUAAAAGCAUAGUGUAUAAGUGAGUACACUCUAAUUAACUUGCUUCUGUUGCACUUUAGUUUUCUACCUGCAUAUGGACUGCAUUUUUUUUUUUUAACACAGUCAGUAUGUAGAAUGGGAUGUAUUCUUCUGCUGCUGCUUAUUAAAUAAAGAAAGCCUGAGUGUUCUUAGAUGGGGUUAUUCUGAGAUGAGGGUCUUAGCCUACAGUUCUUUUUGAAAUGAAAGGUGCUUUGUUUUUUAAUUAUAUUCAUCUUUUCAGGGUAAAUUUGUUUUUCUGAGUUUCUCGUAAUGCUCAUUUUUACAUGCUGCUACUAGCUUUUUUUUUUAAAAAAAGUAAAAGUUGCUGCUUUCUAAAAUAUUAAUUGCCUUAUAUUUGAAAGUGCCAUUGCAAUCGUAAGUAGACUAUGUAUUUCCUAUAAUGAUGUCUGAUAUUUAAAUAGGAAAUCAGACAAACAAUAUUCAGAAAGUUUAAGCAUAUAAACUUUUUAUUUUUAACUUGCCUAAAUCCCUGUAUUCCAAAACCUGCUGCAUCAUAAUAAAUAUAUCUAUAUAUAUUUAGCAUAAGACGUGAUAUUUUUAAUUUCUUUUUUAAAAAAUUAUAUUUGUCUCUUAGAGUUAAAAUUUUCUUUAUAUAAUAUUGUCAUAUGUCAUAGUUUUAAUACAAUUCACAUGAUUUCUAUGUUUCUUAAUGAUAUUUUGUUGUGUAAAAUUGAUCGGAUUGAUUAAAAAACAAAUUCUCUGGAAUUUGUGCGUUCAUGCUUUUUCGUAUUCUUUAUGGCUUUUAAAUAAAUAUACAAUGGUUAAUAGUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-714.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -772.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 887.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((......((..(((((.(((((((((.......((..((((..((.((.(((((((((((((.((((.(((((..((....((((((.....))))))...(((((((((...))))....)))))((((.(((((((...))))).))))))....))..))))).)))).))))........................((((.(((((((......((((...))))..........(((((....))))).((((........(((((.(((((((........((.((((...((((((......)))).)))))).)).((((.........)))).))))))).)))))........))))..)))))))))))((((.........)))).....((((((.((((......))))((((((((......))).))))).((((((((((.((.(((((........)))))))))))).)))))...(((((((((((((.(((..((((.((.(......(((((..(((((((......)))))))..))))).....))).))))..)))))))).((((((..(((((((((((........))).)))))))))))))).....((((((((((((((((((...(((.((((...((((.(......)))))...)))))))(((((((.((((....((.(.(((.((((((((((.(((((((..((......))..))))))).))))))..(((((((.((..((..((((((((((((............(((((((((.................)))))))))))).))...)))))))))..)).))))))).............(((((.((.(((..(((.............((((....((((..(((((.....((((((((((...((((.((((((((((........(.(((((((((((...(((((...(((((((.........)))))))....)))))..)))))........(((((.....)))))...)))))).).......)))))))))).))))))))))))))......))))).))))..))))...(((((....(((.((((.(((.(((((((....))).))))..((((((((((.........)).)))))))).........))))))).)))..)))))..)))..))).)).))))).....)))).))).))).....)))).)))))))((((((.(((((......))))).....))))))..(((((((.(((((..........))))).))))).))......((((.....))))...........(((((((..((....))....)).))))))))).))))..))))))))))...........((((((....)))))).............((((((((.((..........)).))))))))..))))))))((((((........))))))...))))))...))))))))))).))..))))..))((.(((((.(((..((((.((((((((..((((....))))((((.(((.......))).))))...((((((.((((..(((((((((......................)).)))))))..)))).)))))).))))))))))))..)))..))))).))....((((((((((((.(((...))).))))).(((((((.(....).)))))))................(((((((((((......((((((.(((((((((..((((((..((((.((((((((((((((((....))))))))))))...........((((((....))))))..((((...........))))((........))((((((...((((((((((.((.((((((......))))))..))..)).....))))))))...))))))...)))).))))))))))...)))))((((.(((.....(((((((((..........(((((......(((((....)))))....)))))........(((((((......)))))))..((((((..(((.......)))..)))))).....)))))))))..)))))))(((((((.(((((..(((.(((((.(.((((((.....)))))).)))))))))....))))).)))))))..(((((....))))))))))))))).(((((((....)))))))........)))))))))))..)))))))....))))))))))))))..))...((((((((..(((((((((((.(((((..........)))))....(((((((((((((..(((((((((...)))))))))....((((((((((((..((((((..........))))))))))))).....))))).)).))))).).))))).............((((((((.(((.....))).))))))))..........((((((((((......))))))))))..(((((((((...........((((...((.....)).))))......(((((((((....))))))))).....(((((((((.(((((((........))))))))))))....))))....))))))))).....(((((((((((.((((((....(((((.......................))))).......))))))...)))))))))))..(((((.....))))))))))))))))))))))))...))))))............((((..(((((.........))))).)))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........{{{{{,..,,,,(({,(({,,.{{(({{{,........{{..{{{{..((.({,{{{{{{{{(((((.((((.{((((,{(,....(({(((..,..)))))).},((((({(((...}}}}...,)))))((((.(((((((...))))).))))))....,,,,))))).)))).)))),.................,.....{((,{(((((((..,,,,({,....,,,,..........(((((....}}}||.((((........(((((.((((((({{..,(((((.((((...((((((......)))).}))))}.}}.,..,,,,,),,..)),..))))))).)))))........))))..))))))))))|((((.........)))),..,,((((((.((({......}}||(((((((({{,...,,,.)))),.((((((((((.((.(((((........)))))))))))).)))))...,,|||||||||,,,{{{,,({{(,{{|{{|....(((((..(((((((......)))))))..))))},,|{{|||,||}|..}}}}}|||.((((((,.(((((((((({,,.....,))).)))))))))))))){{,.,((((({{{{,,,||||{|{{||...,,...}}||{({((({{{{.,{((,,(({({(({((((({{.((((({..,,...||}}|||,((((((.(((((((..((......))..))))))).))))))..{{((({{.{{,,{{{.(((((((,{{{{..,,...,,.,.(((((((((.,.............,.)))))))))})),)}...}))}}))||,.,,.}))))))....,{{{.....(((((.((.(((..(((.,....,..,,..{((({{{,{{{{..(((((.{{..(((((((((({..{(((.((((((((((........{.(((((((((((...((((,...(((((((.........)))))))....}))))..)))))........{((((.....))))}...)))))).}.......)))))))))).))))))))))))))...}}.))))),|,}},.||||,..{{(((....{{{.||{{.{{|,||||,{,....}}},|}}},,((({{((((({....}}}},,.}})))))}.,.......))))))).)))..}))))..)))..))).)).))))).....,))),,}|{||,{|,...})).)))}..,,{{|{,,,{{{{..|||{||}||...,,{{{{||,,{{(((({,{(({({{{{{,,{{{|}|||{|||||.,,..,,|{((((.....}}}}......,,,,{(((((((..{{....}}....))}}))))},}},}}}}..})))}}||||,,,,..,}},.((((((....))))))....,,.......((((((((.({..........)}.))))))))..}}}}}}}}((((((........))))))..,}}}|}},,,}}||}}}|}}|,||,.}}})..}},|}||||{.{{{,.((((,(((((((({{{(,.,,{{||||((((.{((.......))}.)))}...{(((((.((((..((((((({{....................,,)).)))))))..)))).)))))}.}}))}))))))},}))),,)})))}}}.},.,|,||,,(((((.(({...})).))))).,||||||.|}}}})}}}}))))}}},},}}}}}}}}}}}.,}}})}}|||{..,,||}}|}{{((((,,,,..,|||||,.{{{|.{{{{((((((((((((....)))))))))))).......,...((((((....))))))..{|||,...,,,,,,,,}))|,.},,}}}}))|{{{{|},}|||||||{.{,({.(((({(...,,.|)))|||.,|,{|,||||..,,,,,,,...}}}},....}})),)}))))}|||{{{|||}}|||.,,,,.....{{{||||||}}},......,,,{{......(((((....)))))....,,,,,...((((.,(((((.{((((((({..{{{..,.{(({{{,|.{{{{..|{{{{{..({{{{{{..{(((({{|.{((((..,,,,........||..}}}}|,||}}}}||{,.{(({..,..}}}}}}||,,,,))},.},,,,.,,))))))).,)))))}.,,)))).}}))))).,..)))(({{((|.{{{{(...{(((,,,.{((({{|,.,|||||{|....|||,,,,}}},}}}..))}}}}}||||||..,|,||||,,..}}|||.,}}}}}}..})))))}}}.}|}}},.}|||,,,.(((((((((...}))))))))...}||,({.((((((..{(((((..........)))))})))))))}..,,||,...}}}}))))},}})))}|||.|}||.,}|.((((((((.(((.....})),))))))))..........((((((((((......))))))))))..,{{{{{{{,...........||||...,,.....||||}},......(((((((((....))))))))),,,..(((((,((({(((((((........)))))))}}})},,,})))).,,}}))))))},.....{((((((((((.{(((((,.,.(((((......,.........,,|,...))))).......})))))...))))))))))}.{{((((|...}))))}}.,,|||||{{|,,,,))))})))||},...,||.....,|{{|..,{|||},,......}}}}}.},}},,,))}....,}},...
Back