Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001177358.2
Sequence Length
1811 nt
GC Content
0.6367
CUCCCUCCUUCGGCCCCGGGGCUCACAUCCUCGCUGCCUCACACCUUGGGCGUGUGUGGGAGCAGGAGAGGGAUUCUCUGGGGUCCCCAUUUGGAACCUGGAGACCCACUUCUGCCAACAAGUCCUUCAGCCCCUCUGGGCCUUAGUUUCCCCCCAGUGAAGUGGGGAUAGUGACAGCUCCCCCGGGAGCCAGUGAAAACUUUGUGAAGGGAGUGAUUACUGCGGGCGAAGGCGCUUGGCACAGCCACAACUGAAGCUCAGCCGUCGGAUGUGAUUAUUGUUGCUAUUGUUACCGCUCCGCCUGGACUGGGUGCCCGGUCGGAAAGUCCCGCUCCCCGCUCCUCCUCCCAGGCGCGGAAGCUUCGCGCCGCCCGCCUCGGGGGACACCUCCCGCGCCAUCUCGGGGGCACUGGAGAUAAGGCCUCCCUCCCUGACAUGGAGAGUAACCUGUCUGGCCUGGUGCCUGCUGCCGGGCUGGUGCCUGCGCUGCCACCUGCUGUGACCCUGGGGCUGACAGCUGCCUACACCACCCUGUAUGCCCUGCUCUUCUUCUCCGUCUAUGCCCAGCUCUGGCUGGUGCUUCUGUAUGGGCACAAGCGUCUCAGCUAUCAGACGGUGUUCCUGGCCCUCUGUCUGCUCUGGGCCGCCUUGCGUACCACCCUCUUCUCCUUCUACUUCCGAGAUACUCCCCGCGCCAACCGCCUGGGGCCCUUGCCCUUCUGGCUUCUCUACUGCUGCCCCGUCUGCCUGCAGUUCUUCACCUUGACGCUUAUGAACCUCUACUUUGCCCAGGUGGUGUUCAAGGCCAAGGUGAAGCGUCGGCCGGAGAUGAGCCGAGGCUUGCUCGCUGUCCGAGGGGCCUUUGUGGGGGCCUCGCUGCUCUUUCUGCUGGUGAACGUGCUGUGUGCUGUGCUCUCCCAUCGGCGCCGGGCACAGCCCUGGGCCCUGCUGCUUGUCCGCGUCCUGGUGAGCGACUCCCUGUUCGUCAUCUGCGCGCUGUCUCUUGCUGCCUGCCUCUGCCUCGUCGCCAGGCGGGCGCCCUCCACUAGCAUCUACCUGGAGGCCAAGGGGACCAGUGUGUGCCAGGCGGCCGCGAUGGGUGGCGCCAUGGUCCUGCUCUAUGCCAGCCGGGCCUGCUACAACCUGACAGCACUGGCCUUGGCCCCCCAGAGCCGGCUGGACACCUUCGAUUACGACUGGUACAAUGUGUCUGACCAGGCGGACCUGGUGAAUGACCUGGGGAACAAAGGCUACCUGGUAUUUGGCCUCAUCCUCUUCGUGUGGGAGCUACUGCCCACCACCCUGCUGGUGGGCUUCUUCCGGGUGCACCGGCCCCCACAGGACCUGUAUGUCGGGCAGUCUAGGCUCUGGGAGCUGGUAUGGUGCCAUCGGGCGUGAGCCGGGCUGGUAUGGGGGCAGCCAGACGAAGACCACUCCUCUGCUCUUCUCCCAGGUGCCAGGACCAGGCGGCCACCACCACAGUCUCUACUCCACCCCACAGACGUGAUCCCCCUCCCUCCCCCACAGAAUACCCAGGCCCCAGUCCCCCUCACCCUAGGCCCCUGUGCCAAGUUUGUCUGCCGCUUCUUGCCCAGGAUCCUGGGGGUCGUGGCUACCCCCUCCUCUGGCCGGCUCCUUGCUGCUCCUGUCAUAGUGAGCUUGUGCCGUCCCCCUAGGAUGGGGGGCAUGGCCCUGGCUGCCAGAUGCCCACAGCACCCUGGCAUGACCUGCCACCUCUGCUUCCACACCGGAGCCAGCUACCUCUCCUGUGCCUGCCACUCAAUAAACAGUGUCUGCGCCCCACAGUUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-751.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -781.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 453.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((..(((((.......)))))..))).((((.((.(((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((......))).)))))))).(((((((............((...((((....))))...))............)))))))((((((((((((((((....))))).(((....)))..(((..((((((.......((((((...(((((.((((((((.((((.((((.((...))..)))).))))....))).)))))..(((.((((...((((((...(((.((..((.(((......)))..))..)).)))....)))))))))).)))...)))))))))))(.((((((....)))))).)..((((((((((....(((((((((((....((((.......))))((.(((((((((((...((((...((.(((((((....))))).)).)))))).((((.(((.((((((..((.(((.((.((((......)))).))...)))..))..))))(((((((((((((....))))).......))))))))...)).))).))))..)))))))).))).))(((((............))))))))))).............))))).....))))))))))))))))..))).....(((.(((((....)))))...)))......(((((.((.......))..)))))...((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).)))))))))))))))))(((.(((((((....)).))))).))))).)))))))))..((((((((((((((((..(((((((.......)).)))))((((.(((((.((((((......((((((((((.((((((.(.((((.((((..((......(((((...(((((..(((.....)))..))))).))))).........((.((((((((..((......)).))))))))))((((((.(((...)))..)))))).)).)))).)))).))))))).))).)))..))))(((((((((.(((((((((((((((((((((.(((.(((.....(((((..(((((.(((..(((..((((((((((((((...(((.(((....)))..))).......(((..((((((....))))))....)))..(((((....((((((.........))))))..))))).((.((((((.((....((((((((......))))))))......(((.....))))).)))))).))((((.....)))))))))..))))))))).))))))..)))))..))))).))).))).)))))))))))))(((.((.((.(((((.((......)).)))))))...)))))))))))))))).))))))..)))))).............))))))))).............))))))))).......))))))).))))).))).(((((((..((((.(.((((...((.....))..)))).)))))..))))))).....(((.((...(((((.((((((((.....)))).....)))).)).)))...)))))(((((((......))))))).((((...(((((((((.(((.....)))..)))))).).)).))))...))))))))))))(((.(((((.........))).))))).((((........))))...))))))...)).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........(((..(((((.,.....})}))..))).((((.{{,((({({{{((((({(((((((,(((..((((((((.{((......))}.))))))))}||{||||,|,.........{{...((((....))))...}}...,,,{,{,..}}}))))||{{,{{|{{{(((({..||))|)),(((,...}}}..{{{..|||||{....,,,({((((,..(((((.{((({{{|,|{{{.{{((,((,..}|,,|}||,}|||....,.|,.||.,..|||,||||},}(((((({..(((.((..((.(((......)))..))..)).)))..,.)))))))))).))),,,)))))}}})}}{.{(((((,...}))))|,|..((((((((((....(((((,,(((,..,.{{{{.......))}){{.{(((((((((({..((((...((.(((((((....))))).)).)))))).((((.({(.{{(((((.,((((..(,...,..,...})))..))}}}},,.......,||{{,..,(((((((....))))).))....},}})))},,,|}|)}}.}}))...))))))).))}.}}(((((...,........)))))||,,,),.......}}}..))))).....))))))))))}}}}}}.}))}.....(((.(((((....)))))...)))......(((((.((.......))..))))).{(((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).))))))))))))))))))|,{((((((({{{.,|{|||||{}},,,,)))}}}}}}..((((((((((((((((..(((((((.......)).))))){(((.(((((.((((((.....,((((((((((.((((({,{.((((.((((,,.{,..{.,,((((.,.(((((.{(((.....)))}}))))).),)))}.}.,....}}.((((((((..((......)).))))))))|,((((((.{((...))}..)))))),..,)))}.)))).))))))).)))}})),,))))|((((((((.(((((((((((((((((((((.(((.,,{.,,..(((((..(((((.(((..(((..(((((((((((((({{{(({.({(....}}}..))).....|,|||{.((((((....)))))).}..}}}..(((((....((((((.........))))))..))))).((.((((((.({....((((((((......)))))))).....,(((.....))))}.)))))).))((((.....)))))))))..))))))))).))))))..)))))..))))).))).))).)))))))))))))(((.((.((.(((((.((......)).)))))))...))))))))))))))))}}))))}..)))))).............))))))))),............))))))))),......})))))),|}|},.,,}.(((((((..((((.(,{(((...{,.....}}..))))).))))..)))))))|,,|,|||}.,,,,|{{||}}||}||||.....||,{{{{{{|...,)).))))..)}))})}}}))}.}}),}))))))}.||||,.,(((((((((.(((.....)))..)))))).,.}}.))))...}})}}}}}}}}},||||||||......,,,)))})))}}.{{{{........)))).,.})))))...)).}))}
Back