Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001177998.2
Sequence Length
4112 nt
GC Content
0.5195
GGCCGCCGCCUCCAGCCCAGCACCUGCGGAGGGAGCGCUGACCAUGGCUCCCUGGCCUGAAUUGGGAGAUGCCCAGCCCAACCCCGAUAAGUACCUCGAAGGGGCCGCAGGUCAGCAGCCCACUGCCCCUGAUAAAAGCAAAGAGACCAACAAAAAUAACACUGAGGCACCUGUAACCAAGAUUGAACUUCUGCCGUCCUACUCCACGGCUACACUGAUAGAUGAGCCCACUGAGGUGGAUGACCCCUGGAACCUACCCACUCUUCAGGACUCGGGGAUCAAGUGGUCAGAGAGAGACACCAAAGGGAAGAUUCUCUGUUUCUUCCAAGGGAUUGGGAGAUUGAUUUUACUUCUCGGAUUUCUCUACUUUUUCGUGUGCUCCCUGGAUAUUCUUAGUAGCGCCUUCCAGCUGGUUGGAGGAAAAAUGGCAGGACAGUUCUUCAGCAACAGCUCUAUUAUGUCCAACCCUUUGUUGGGGCUGGUGAUCGGGGUGCUGGUGACCGUCUUGGUGCAGAGCUCCAGCACCUCAACGUCCAUCGUUGUCAGCAUGGUGUCCUCUUCAUUGCUCACUGUUCGGGCUGCCAUCCCCAUUAUCAUGGGGGCCAACAUUGGAACGUCAAUCACCAACACUAUUGUUGCGCUCAUGCAGGUGGGAGAUCGGAGUGAGUUCAGAAGAGCUUUUGCAGGAGCCACUGUCCAUGACUUCUUCAACUGGCUGUCCGUGUUGGUGCUCUUGCCCGUGGAGGUGGCCACCCAUUACCUCGAGAUCAUAACCCAGCUUAUAGUGGAGAGCUUCCACUUCAAGAAUGGAGAAGAUGCCCCAGAUCUUCUGAAAGUCAUCACUAAGCCCUUCACAAAGCUCAUUGUCCAGCUGGAUAAAAAAGUUAUCAGCCAAAUUGCAAUGAACGAUGAAAAAGCGAAAAACAAGAGUCUUGUCAAGAUUUGGUGCAAAACUUUUACCAACAAGACCCAGAUUAACGUCACUGUUCCCUCGACUGCUAACUGCACCUCCCCUUCCCUCUGUUGGACGGAUGGCAUCCAAAACUGGACCAUGAAGAAUGUGACCUACAAGGAGAACAUCGCCAAAUGCCAGCAUAUCUUUGUGAAUUUCCACCUCCCGGAUCUUGCUGUGGGCACCAUCUUGCUCAUACUCUCCCUGCUGGUCCUCUGUGGUUGCCUGAUCAUGAUUGUCAAGAUCCUGGGCUCUGUGCUCAAGGGGCAGGUCGCCACUGUCAUCAAGAAGACCAUCAACACUGAUUUCCCCUUUCCCUUUGCAUGGUUGACUGGCUACCUGGCCAUCCUCGUCGGGGCAGGCAUGACCUUCAUCGUACAGAGCAGCUCUGUGUUCACGUCGGCCUUGACCCCCCUGAUUGGAAUCGGCGUGAUAACCAUUGAGAGGGCUUAUCCACUCACGCUGGGCUCCAACAUCGGCACCACCACCACCGCCAUCCUGGCCGCCUUAGCCAGCCCUGGCAAUGCAUUGAGGAGUUCACUCCAGAUCGCCCUGUGCCACUUUUUCUUCAACAUCUCCGGCAUCUUGCUGUGGUACCCGAUCCCGUUCACUCGCCUGCCCAUCCGCAUGGCCAAGGGGCUGGGCAACAUCUCUGCCAAGUAUCGCUGGUUCGCCGUCUUCUACCUGAUCAUCUUCUUCUUCCUGAUCCCGCUGACGGUGUUUGGCCUCUCGCUGGCCGGCUGGCGGGUGCUGGUUGGUGUCGGGGUUCCCGUCGUCUUCAUCAUCAUCCUGGUACUGUGCCUCCGACUCCUGCAGUCUCGCUGCCCACGCGUCCUGCCGAAGAAACUCCAGAACUGGAACUUCCUGCCGCUGUGGAUGCGCUCGCUGAAGCCCUGGGAUGCCGUCGUCUCCAAGUUCACCGGCUGCUUCCAGAUGCGCUGCUGCUGCUGCUGCCGCGUGUGCUGCCGCGCGUGCUGCUUGCUGUGUGACUGCCCCAAGUGCUGCCGCUGCAGCAAGUGCUGCGAGGACUUGGAGGAGGCGCAGGAGGGGCAGGAUGUCCCUGUCAAGGCUCCUGAGACCUUUGAUAACAUAACCAUUAGCAGAGAGGCUCAGGGUGAGGUCCCUGCCUCGGACUCAAAGACCGAAUGCACGGCCUUGUAGGGGACGCCCCAGAUUGUCAGGGAUGGGGGGAUGGUCCUUGAGUUUUGCAUGCUCUCCUCCCUCCCACUUCUGCACCCUUUCACCACCUCGAGGAGAUUUGCUCCCCAUUAGCGAAUGAAAUUGAUGCAGUCCUACCUAACUCGAUUCCCUUUGGCUUGGUGGUAGGCCUGCAGGGCACUUUUAUUCCAACCCCUGGUCACUCAGUAAUCUUUUACUCCAGGAAGGCACAGGAUGGUACCUAAAGAGAAUUAGAGAAUGAACCUGGCGGGACGGAUGUCUAAUCCUGCGCCUAGCUGGGUUGGUCAGUAGAACCUAUUUUCAGACUCAAAAACCAUCUUCAGAAAGAAAAGGCCCAGGGAAGGAAUGUAUGAGAGGCUCUCCCAGAUGAGGAAGUGUACUCUCUAUGACUAUCAAGCUCAGGCCUCUCCCUUUUUUUAAACCAAAGUCUGGCAACCAAGAGCAGCAGCUCCAUGGCCUCCUUGCCCCAGAUCAGCCUGGGUCAGGGGACAUAGUGUCAUUGUUUGGAAACUGCAGACCACAAGGUGUGGGUCUAUCCCACUUCCUAGUGCUCCCCACAUUCCCCAUCAGGGCUUCCUCACGUGGACAGGUGUGCUAGUCCAGGCAGUUCACUUGCAGUUUCCUUGUCCUCAUGCUUCGGGGAUGGGAGCCACGCCUGAACUAGAGUUCAGGCUGGAUACAUGUGCUCACCUGCUGCUCUUGUCUUCCUAAGAGACAGAGAGUGGGGCAGAUGGAGGAGAAGAAAGUGAGGAAUGAGUAGCAUAGCAUUCUGCCAAAAGGGCCCCAGAUUCUUAAUUUAGCAAACUAAGAAGCCCAAUUCAAAAGCAUUGUGGCUAAAGUCUAACGCUCCUCUCUUGGUCAGAUAACAAAAGCCCUCCCUGUUGGAUCUUUUGAAAUAAAACGUGCAAGUUAUCCAGGCUCGUAGCCUGCAUGCUGCCACCUUGAAUCCCAGGGAGUAUCUGCACCUGGAAUAGCUCUCCACCCCUCUCUGCCUCCUUACUUUCUGUGCAAGAUGACUUCCUGGGUUAACUUCCUUCUUUCCAUCCACCCACCCACUGGAAUCUCUUUCCAAACAUUUUUCCAUUUUCCCACAGAUGGGCUUUGAUUAGCUGUCCUCUCUCCAUGCCUGCAAAGCUCCAGAUUUUUGGGGAAAGCUGUACCCAACUGGACUGCCCAGUGAACUGGGAUCAUUAAGUACAGUCGAGCACACGUGUGUGCAUGGGUCAAAGGGGUGUGUUCCUUCUCAUCCUAGAUGCCUUCUCUGUGCCUUCCACAGCCUCCUGCCUGAUUACACCACUGCCCCCGCCCCACCCUCAGCCAUCCCAAUUCUUCCUGGCCAGUGCGCUCCAGCCUUAUCUAGGAAAGGAGGAGUGGGUGUAGCCGUGCAGCAAGAUUGGGGCCUCCCCCAUCCCAGCUUCUCCACCAUCCCAGCAAGUCAGGAUAUCAGACAGUCCUCCCCUGACCCUCCCCCUUGUAGAUAUCAAUUCCCAAACAGAGCCAAAUACUCUAUAUCUAUAGUCACAGCCCUGUACAGCAUUUUUCAUAAGUUAUAUAGUAAAUGGUCUGCAUGAUUUGUGCUUCUAGUGCUCUCAUUUGGAAAUGAGGCAGGCUUCUUCUAUGAAAUGUAAAGAAAGAAACCACUUUGUAUAUUUUGUAAUACCACCUCUGUGGCCAUGCCUGCCCCGCCCACUCUGUAUAUAUGUAAGUUAAACCCGGGCAGGGGCUGUGGCCGUCUUUGUACUCUGGUGAUUUUUAAAAAUUGAAUCUUUGUACUUGCAUUGAUUGUAUAAUAAUUUUGAGACCAGGUCUCGCUGUGUUGCUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGAGAUCAAGCAAUCCGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUCACAGGCGUGAGCCACCACCAGGCCUGAUUGUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACUGGUUAUGGGAAGGGAGAAAUAAAAUCAUCAAACCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1390.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1464.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 974.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....))).((((((.(((((((((..(((((((..........)))))))((((.......(((((((((((((((.....(((........))).((((((.((......)).)))).))((((((......((((.((((.(((..........(((.((((.(((.(((....(((.......)))(((((........)))))......((.((((((((.....(((((((.((.((...))......(((((....(((((.((.((((....(((((((.(((((..........((((((.........)))))).(((((..(((((............(((.(..((((....((((((((((((((..((((......)))).)))))((((((......))))))......((..(((((.......(((....)))......)))))..))((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((.((.(((.(((((((.(((((((....(((.(((..((((..(((((((.((.(((((((..((((.(((..(..(((.(((((((((((..((((((.((.((((.(((.................))).)))))).))))))..)))))).))).)))))..)..)))..))))...)).)))))..))...))))).))....))))))).)))..))))))).)))).)))))).)).))).)))).....)))))))).........(((.(((..((((((.....))))))..)))..)))(((((((.......)))))))........))))).))))))..)))))).(((((((...((((.((((.....))))))))......)))))))...))))))))).))))..).)))(((((((.......(((((.........))))))))))))..........(((...........)))(((.....))).)))))..))))).((((((.((..((((.((((....)))).........((((..(((...)))...)))).))))..))))))))..))))).)))....)))).)))).)))))))..)))))))))))))))))))).)).))..))).))))))).))).......((((.(((...))).)))).))).)))).))))..))))))((((.((((..((((........((((((((....((.........))...))).))))))))))))).))))((((((...((...((((((((((((...))))..(((((((...))))))).(((((((((((...............))..)))))))))....(((((..((((((...........(((((((.(((..((.(((............)))))..)))..))).)))).))))))..)))))......((((....)))).(((((....(((((((..................((((...))))))))))).)))))..........))))))))...)).))))))...))))))))))...)))))((((........)))).(((((((........(((((............))))).....)))))))...((((.......)))))))).))))))))))))))).(((((((.((((((((..(((((.(((((((((((.((((((((((.......((((((.(((.(((((((((....((.((((....((((....)))).))))..))))).))))..((((.(((.(.(((.((((((.((.((((.............)))).))))))))((((((.((.((....)).)).))))))))).).))).)))).....)).))).)))))).((((((.((.....((((((....)))))))).)))))).))))))))))(((((((((((.((((((..(((((((((((((.(((((....................)))))))))))..(((((....)))))((.((...)).))........)))))))..))))))..............((((.(((((((........((((.......)))))))))))))))..)))))).)))))..........(.((((.....)))).)......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((......)))).)))..)))))).)))))...)).)))))))).....(((((......(((((....))))))))))...)).)))))))))..((((......))))...)))))..)))))))).((((((((.((((((...((.((((((.((((.(((.(((......)))..)))............((((..((...((((....((((((.......((((((((((....((((((((.(..((((((((.(((((.....((.(((((......................)))))))..(((.((((....))))..))).(((((..((((.((..(((.((((.((((((((..((((..((((((((((....(((.(((...(((.(((((.....)))))..))).(((.....)))....(((....)))..(((......)))..))).)))...)))))))))).))))....).))))))).)).)).)))))))))..)))))(((.((((((((....)))))))))))...(((((((.(((.((.((((((((((((.....))))))).(.(((((...(((((((.(((((.((((((((..((.(((((((.((..((((((((.(((((...(((((((((.(((...))).)))))((((((((.(....).)))).))))...))))...)).)))...)))).))))...((((((...(((.....))).))))))......(((......)))....(((((...))))))))))))))))))))....((((((((((((((((((..(((...((...............)).))).........)))).)))).))))))))))...)))).))))))))))))..))))).)..(((((.....))))).............((((((.(((((((((((((....((..............))...)))))).)))....))))))))))(((((((((....))....(((((....)))))........))))))).))))))).))).)))))))))))).))))).)))..).))))))))..))).))).))))....))))))...)))).))..))))...(((..((((.(((((.((..(((...............(((((((..((.((......))))...)))))))))).)).))))).))))..))).(((..(..(((((....)))))..)..))).....)))).)))))).)).))))))...))))).)))..))))))).(((((..((((((((((............((((.......))))))))))))))....((((.(((..((((((...((((((((((.(((........))).)))))))))).....))))))((((((....)))))))))))))..((((((((...(((((((((((((.......((((........))))..(((..(((((((((((((((((((((..........................)))).))))).((((.((.....((((......(((((.........)))))...))))((((.((((((..........(((((((((((.(((.((......))..)))))))))))))).......))))))))))..)).))))((((((((.....)).)))))).....))))))).)))))....)))...................)))))))))))))...)))))))).))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((.({.((((.,,(((((((((((((({(((((((.((((,(({{((.,{..,(((((.,..{|,,,},.},.,))|||,..,..,,,,,.})))))))..))))))).||...{((((((({,....{(((.((((.(({..........(((.((((.(((.(((....(((..,....,,,(((((........)))))......(,.((((({(({{{{.((((((({{({,{{{{((..,,,..,,,....,||||..||||||,,|,.{((({{{.(((((,,,.,,...{((((({..,,..,..||||||,({{{{.,|||||,.,{{,....,,|||.{,.|||||||.{(((((((((((((..,,((,...,}),,).)))))(((((({....,))))))......((..(((((.......(((....)))......)))))..))((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((.((.(((.(((((((.(((((((....(((.(({..({{(..(((((((,,,.((((((,..((((,(({..{,.{((.({(((((((((..((((((.({{((((.(((...,..........,..))).)))))).))))))..)))))).))).)}))),,),.}}),,)))}...,|,||}}}.,})}}}})})).)}....))))))).)))..))))))).))))}}))))).)).))).)))).,...}))))))}.........(((.(((..((((((,...,))))))..)))..)))(((((((.......))))))).......,))))),})))))..)))))).(((((((...((({{{(({.....})))))))......))))))),,.)})))}})).))}}..,.}}}(((((((.......(((((.,.....,.)))))))))))),,,|,.....||},.,|.,....,)},(((.....))).)))))..)}))}.{{{{||,{|,,{||{.((((....)))),|,|,.,{,,{{{,,(({.,,,||,,,,,,},|}},..}))}}}}}..}))))|}},...,)))),})..}},}.,}},,)}||||,.}}}}}}})))),..},},..))).))))))).))),,,|,,.((((.(((...))).)))).})),)))).))))}.)))))))|{{,,,...,{,,........))),((((....))))........)))))))))).))),|{,(((((....))))).....{.(((((((((((((.........{(((((({,,,}}}}|||...{{(.(((,...((((((..,(,(((((.(((((((((.,,,,..,{{{..},,))).....)))))))))..))))},},|((((((((((.((((((((.{(,((((((....{{((((((((((.{(((.....((((....)))).(((((....(((((((..................((({...})))))))))).))))).,{......,}..,,,......)))}.))),.}))))))||{{.......)))}.,|....|||||,.(((((((..,.....(((((............)))))..}..))))))).,,))).....)).)))))).))))))})).))),,)))))))))))).}}).))}....,,||,....,})}).|||||||{{,.......((((({,,||}||...(((((((.((.(.{(((..((((....))))..))).}.}.))...)))))))...{{.{{{{{,(((((({(,{(((,{({{((((({(..{(((.((...,,.((((((.((.((....)).)).)))))))).))}){{{|.({.((((((((((({.{.{{,....}.)).}.))).))))))))))))))).))))))))))),)))),,((((((((,((.(((((((..(((((((((((((.(((((,.{{{........}}}.,,.))))))))))),.(((((....}))}}{{.{{...,,.}}|.......)))))))..))))))).},..,,...,,.(((((((((((,.((((((..((((((((.(((.{..((.,,.(((((((((....((((((.,......{,(({(,,,,,||}}.....,|}||||{{{{,{{,{((((.((((((,.{,|(((...,..}})).}})}})))))).))))|,.{||,|,,,,,,||.....,|||......(((((....)))))(((((((((....(((((((..((({......}))).,..,{,....((((((.,((,((.{({((({.((.....)),|||||||,||({{(,..,,,,,,,}.,},,............((((..((...((((...,((((((....,,.((((((((((....((((((((.(.,((((((((.(((((.....((.(((((......................)))))))..{{{.((((....))))..|||.(((((..((((.((..(((.((((.((((((((..((((..((((((((((....(((.(((...(((.(((((.....)))))..))).||{.....}})....(((....)))..{((......))}..))).)))...)))))))))).))))....)}))))))).)).)).)))))))))..)))))||{.((((((((....)))))))))))...(((((((.(((.((.((((({((((((.....))))))}.{.(((((...(((((({{(((((.((((((((..((.(((((((.((..((((((((.(((((...((((({(({.{({,,..,,,)))),((((((((.{....}.)))).))))..,))))...)).)))...)))).))))...((((((.,,{{{.....))}.))))))......{((......)))...,(((((...))))))})))))))))))))....((((((((((((((((((..((({..{,...............},...,.....}}}.)))),,))),}))))))))).,.)))).))))))))))))..))))).}..(((((.....)))))............{(((((({.((((((((((((....((,,.........,,.))...)))))).)))..},).))))))))(((((((,,...,|{....(((((....))))).,}.....))))))).))))))).))).)))))))))))).))))).)))..).))))))))..))).)))}}))),},.))))))...)))).))..))))........}}}..))))))......,,.)))))))....)))))))))..})}||.},.,.))}}......,))))))))))))))).).))..).))))))))))}))))))))))))))))).)))}}}}}..})})))))...{{|{||,,....},,,,},....))))}),,......,(((((((((............((((.......)))))))))))))|,.{,({,,{{||..((((((...((((((((((.(((........))).)))))))))).....))))))((((((....))))))}}})))},,...(((((((((((...((((......)))).)))))))))))...((((....)))).))))))))))))),,..................,........)))).))))).))))))...{{{{.....((((((((({..,,,,,,{((({..(((....}}}..}}}}.,,,,,..,,|||{{{{,(((((((.(,,{.{,.||{{|,{|{{(((((|......}))))))},||....,||,...((((((((.....)).)))))).....,|||,||}}}.}},,}})})))))......,.,,,,,{{((((((({{{,.,......,))))))))))))}.})))))))))....}}},.
Back