Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001177999.2
Sequence Length
4173 nt
GC Content
0.5169
AGUUUGUUUCUAUUAGGGCCCGUGGCCAUCAGCGAAGGGUCCGUCCUUCAGCCGUCUUGGGGAGCAAAGCCCGCAAUUUAUGUUUUCCAAGCCACAAAUGGACCAUGGCUCCCUGGCCUGAAUUGGGAGAUGCCCAGCCCAACCCCGAUAAGUACCUCGAAGGGGCCGCAGGUCAGCAGCCCACUGCCCCUGAUAAAAGCAAAGAGACCAACAAAAAUAACACUGAGGCACCUGUAACCAAGAUUGAACUUCUGCCGUCCUACUCCACGGCUACACUGAUAGAUGAGCCCACUGAGGUGGAUGACCCCUGGAACCUACCCACUCUUCAGGACUCGGGGAUCAAGUGGUCAGAGAGAGACACCAAAGGGAAGAUUCUCUGUUUCUUCCAAGGGAUUGGGAGAUUGAUUUUACUUCUCGGAUUUCUCUACUUUUUCGUGUGCUCCCUGGAUAUUCUUAGUAGCGCCUUCCAGCUGGUUGGAGGAAAAAUGGCAGGACAGUUCUUCAGCAACAGCUCUAUUAUGUCCAACCCUUUGUUGGGGCUGGUGAUCGGGGUGCUGGUGACCGUCUUGGUGCAGAGCUCCAGCACCUCAACGUCCAUCGUUGUCAGCAUGGUGUCCUCUUCAUUGCUCACUGUUCGGGCUGCCAUCCCCAUUAUCAUGGGGGCCAACAUUGGAACGUCAAUCACCAACACUAUUGUUGCGCUCAUGCAGGUGGGAGAUCGGAGUGAGUUCAGAAGAGCUUUUGCAGGAGCCACUGUCCAUGACUUCUUCAACUGGCUGUCCGUGUUGGUGCUCUUGCCCGUGGAGGUGGCCACCCAUUACCUCGAGAUCAUAACCCAGCUUAUAGUGGAGAGCUUCCACUUCAAGAAUGGAGAAGAUGCCCCAGAUCUUCUGAAAGUCAUCACUAAGCCCUUCACAAAGCUCAUUGUCCAGCUGGAUAAAAAAGUUAUCAGCCAAAUUGCAAUGAACGAUGAAAAAGCGAAAAACAAGAGUCUUGUCAAGAUUUGGUGCAAAACUUUUACCAACAAGACCCAGAUUAACGUCACUGUUCCCUCGACUGCUAACUGCACCUCCCCUUCCCUCUGUUGGACGGAUGGCAUCCAAAACUGGACCAUGAAGAAUGUGACCUACAAGGAGAACAUCGCCAAAUGCCAGCAUAUCUUUGUGAAUUUCCACCUCCCGGAUCUUGCUGUGGGCACCAUCUUGCUCAUACUCUCCCUGCUGGUCCUCUGUGGUUGCCUGAUCAUGAUUGUCAAGAUCCUGGGCUCUGUGCUCAAGGGGCAGGUCGCCACUGUCAUCAAGAAGACCAUCAACACUGAUUUCCCCUUUCCCUUUGCAUGGUUGACUGGCUACCUGGCCAUCCUCGUCGGGGCAGGCAUGACCUUCAUCGUACAGAGCAGCUCUGUGUUCACGUCGGCCUUGACCCCCCUGAUUGGAAUCGGCGUGAUAACCAUUGAGAGGGCUUAUCCACUCACGCUGGGCUCCAACAUCGGCACCACCACCACCGCCAUCCUGGCCGCCUUAGCCAGCCCUGGCAAUGCAUUGAGGAGUUCACUCCAGAUCGCCCUGUGCCACUUUUUCUUCAACAUCUCCGGCAUCUUGCUGUGGUACCCGAUCCCGUUCACUCGCCUGCCCAUCCGCAUGGCCAAGGGGCUGGGCAACAUCUCUGCCAAGUAUCGCUGGUUCGCCGUCUUCUACCUGAUCAUCUUCUUCUUCCUGAUCCCGCUGACGGUGUUUGGCCUCUCGCUGGCCGGCUGGCGGGUGCUGGUUGGUGUCGGGGUUCCCGUCGUCUUCAUCAUCAUCCUGGUACUGUGCCUCCGACUCCUGCAGUCUCGCUGCCCACGCGUCCUGCCGAAGAAACUCCAGAACUGGAACUUCCUGCCGCUGUGGAUGCGCUCGCUGAAGCCCUGGGAUGCCGUCGUCUCCAAGUUCACCGGCUGCUUCCAGAUGCGCUGCUGCUGCUGCUGCCGCGUGUGCUGCCGCGCGUGCUGCUUGCUGUGUGACUGCCCCAAGUGCUGCCGCUGCAGCAAGUGCUGCGAGGACUUGGAGGAGGCGCAGGAGGGGCAGGAUGUCCCUGUCAAGGCUCCUGAGACCUUUGAUAACAUAACCAUUAGCAGAGAGGCUCAGGGUGAGGUCCCUGCCUCGGACUCAAAGACCGAAUGCACGGCCUUGUAGGGGACGCCCCAGAUUGUCAGGGAUGGGGGGAUGGUCCUUGAGUUUUGCAUGCUCUCCUCCCUCCCACUUCUGCACCCUUUCACCACCUCGAGGAGAUUUGCUCCCCAUUAGCGAAUGAAAUUGAUGCAGUCCUACCUAACUCGAUUCCCUUUGGCUUGGUGGUAGGCCUGCAGGGCACUUUUAUUCCAACCCCUGGUCACUCAGUAAUCUUUUACUCCAGGAAGGCACAGGAUGGUACCUAAAGAGAAUUAGAGAAUGAACCUGGCGGGACGGAUGUCUAAUCCUGCGCCUAGCUGGGUUGGUCAGUAGAACCUAUUUUCAGACUCAAAAACCAUCUUCAGAAAGAAAAGGCCCAGGGAAGGAAUGUAUGAGAGGCUCUCCCAGAUGAGGAAGUGUACUCUCUAUGACUAUCAAGCUCAGGCCUCUCCCUUUUUUUAAACCAAAGUCUGGCAACCAAGAGCAGCAGCUCCAUGGCCUCCUUGCCCCAGAUCAGCCUGGGUCAGGGGACAUAGUGUCAUUGUUUGGAAACUGCAGACCACAAGGUGUGGGUCUAUCCCACUUCCUAGUGCUCCCCACAUUCCCCAUCAGGGCUUCCUCACGUGGACAGGUGUGCUAGUCCAGGCAGUUCACUUGCAGUUUCCUUGUCCUCAUGCUUCGGGGAUGGGAGCCACGCCUGAACUAGAGUUCAGGCUGGAUACAUGUGCUCACCUGCUGCUCUUGUCUUCCUAAGAGACAGAGAGUGGGGCAGAUGGAGGAGAAGAAAGUGAGGAAUGAGUAGCAUAGCAUUCUGCCAAAAGGGCCCCAGAUUCUUAAUUUAGCAAACUAAGAAGCCCAAUUCAAAAGCAUUGUGGCUAAAGUCUAACGCUCCUCUCUUGGUCAGAUAACAAAAGCCCUCCCUGUUGGAUCUUUUGAAAUAAAACGUGCAAGUUAUCCAGGCUCGUAGCCUGCAUGCUGCCACCUUGAAUCCCAGGGAGUAUCUGCACCUGGAAUAGCUCUCCACCCCUCUCUGCCUCCUUACUUUCUGUGCAAGAUGACUUCCUGGGUUAACUUCCUUCUUUCCAUCCACCCACCCACUGGAAUCUCUUUCCAAACAUUUUUCCAUUUUCCCACAGAUGGGCUUUGAUUAGCUGUCCUCUCUCCAUGCCUGCAAAGCUCCAGAUUUUUGGGGAAAGCUGUACCCAACUGGACUGCCCAGUGAACUGGGAUCAUUAAGUACAGUCGAGCACACGUGUGUGCAUGGGUCAAAGGGGUGUGUUCCUUCUCAUCCUAGAUGCCUUCUCUGUGCCUUCCACAGCCUCCUGCCUGAUUACACCACUGCCCCCGCCCCACCCUCAGCCAUCCCAAUUCUUCCUGGCCAGUGCGCUCCAGCCUUAUCUAGGAAAGGAGGAGUGGGUGUAGCCGUGCAGCAAGAUUGGGGCCUCCCCCAUCCCAGCUUCUCCACCAUCCCAGCAAGUCAGGAUAUCAGACAGUCCUCCCCUGACCCUCCCCCUUGUAGAUAUCAAUUCCCAAACAGAGCCAAAUACUCUAUAUCUAUAGUCACAGCCCUGUACAGCAUUUUUCAUAAGUUAUAUAGUAAAUGGUCUGCAUGAUUUGUGCUUCUAGUGCUCUCAUUUGGAAAUGAGGCAGGCUUCUUCUAUGAAAUGUAAAGAAAGAAACCACUUUGUAUAUUUUGUAAUACCACCUCUGUGGCCAUGCCUGCCCCGCCCACUCUGUAUAUAUGUAAGUUAAACCCGGGCAGGGGCUGUGGCCGUCUUUGUACUCUGGUGAUUUUUAAAAAUUGAAUCUUUGUACUUGCAUUGAUUGUAUAAUAAUUUUGAGACCAGGUCUCGCUGUGUUGCUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGAGAUCAAGCAAUCCGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUCACAGGCGUGAGCCACCACCAGGCCUGAUUGUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACUGGUUAUGGGAAGGGAGAAAUAAAAUCAUCAAACCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1405.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1481.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 808.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((....((((((.(.((.....)).).))))))((((.......(.(((((((((((..............)))))))))))).......))))...((((..((((((((...((((.....))))((((.....(((........)))...))))..)))))))).)))).((((...((((((...(((..(((((................(((((((..(((.(((.(((.((......(((((........))))).....((((((((((((((((((((.(((((((.((((((......))((.((((((((..(((((((.((.((((.(..(((((((..((...((((((..........((((((((....)))))))).........)))))))).))))))).((((((((((((((..((((......)))).)))))((((((......))))))......((..(((((.......(((....)))......)))))..))((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((.((.(((.(((((((.(((((((....(((.(((..((((..(((((((.((.(((((((..((((.(((..(..(((.(((((((((((..((((((.((.((((.(((.................))).)))))).))))))..)))))).))).)))))..)..)))..))))...)).)))))..))...))))).))....))))))).)))..))))))).)))).)))))).)).))).)))).....)))))))).........(((.(((..((((((.....))))))..)))..)))(((((((.......)))))))........))))).))))))..)))))).(((((((...((((.((((.....))))))))......)))))))...)))))))))..........(.(((((((.......(((((.........)))))))))))).)........))))))).)))).))).(((.....))).....((.(((.(((...))).))).))..((((....)))))).)))))).)).((((..((.(((((.....((.....))(((((.((((..(((......))).....))))..)))))((((((......))))))...))))).))..))))(((.(((((((((.((((.(((...))).)))).(((((.....)))))..((.(((((.((((..((((........((((((((....((.........))...))).))))))))))))).))))).)).(((..((((((((((((.((((........(((((((...))))))).....))))))).))....))))))).)))...))).....)))))).))))))).))))))))))).).))))))).(((.((((((((((((.((((((((...)))).......(((((((.(((((..(((((..((((....)))).))).))....))))).................(((((....((((.(((((...((((((((((.((.((((((......))).)))..)))))).)))....)))..)))))))))..)))))..(((((((........(((((............))))).....)))))))...((((.......))))))))))).)))).))).))))))))).)))......))))..))))))))).)))))).)))))))...........)))))..)))...(((((((.((....(((..((((....))))..))).....))...))))))).((.((((....((((((((.((((.(((((((((((..((((.((......((((((.((.((....)).)).)))))))).))))((((.((.((((((((((((.(.(((....).)).).))).))))))))))))))).))))))))))).))))..((((((((.((.(((((((..(((((((((((((.(((((....................)))))))))))..(((((....)))))((.((...)).))........)))))))..))))))).))..........(((((((((((..((((((..((((((((.(((.(..((.(..(((((((((....((((((........(.((((.....)))).)......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((......)))).)))..)))))).)))))...)).)))))))).....(((((......(((((....))))))))))(((((...(((..(((((((..(((((((.((...(((....((((((..((((.....)))).((.....))((((((.(..(((((...)))))..).))))))..........((((..((...((((....((((((.......((((((((((....((((((((.(..((((((((.(((((.....((.(((((......................)))))))..(((.((((....))))..))).(((((..((((.((..(((.((((.((((((((..((((..((((((((((....(((.(((...(((.(((((.....)))))..))).(((.....)))....(((....)))..(((......)))..))).)))...)))))))))).))))....).))))))).)).)).)))))))))..)))))(((.((((((((....)))))))))))...(((((((.(((.((.((((((((((((.....))))))).(.(((((...(((((((.(((((.((((((((..((.(((((((.((..((((((((.(((((...(((((((((.(((...))).)))))((((((((.(....).)))).))))...))))...)).)))...)))).))))...((((((...(((.....))).))))))......(((......)))....(((((...))))))))))))))))))))....((((((((((((((((((..(((...((...............)).))).........)))).)))).))))))))))...)))).))))))))))))..))))).)..(((((.....))))).............((((((.(((((((((((((....((..............))...)))))).)))....))))))))))(((((((((....))....(((((....)))))........))))))).))))))).))).)))))))))))).))))).)))..).))))))))..))).))).))))....))))))...)))).))..)))).............))))))......)))....))..)))))))..)))...))))..))).)))))......))))))))))))))).).))..).)))))))))))))))))))))))))))).))))))))..))))))))....)))))))))))).))))((((((.(((((........(((((((((............((((.......)))))))))))))(((((((((((....((((((...((((((((((.(((........))).)))))))))).....)))))).(((((....)))))(((((((......(((((((((((...((((......)))).)))))))))))...((((....))))....)))))))..((((..........................)))).))))))))))).(((((.(((((.(((.((.............((((..(((....)))..))))..........(((((((((((.(((.((......))..))))))))))))))...(((((.....((.....))....)))))..))))).))))).)))))..(((((.((.(......))).)))))...((((.................)))).))))).))).))).)))))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((...,(((,(({({(({{{..||{{{|||,,,,|||}}}.}}.(.(((((((((((.{,........},.))))))))))),.....}})),)}}}||,,}}||((((((...((((.....}}}}{{{{..,,.(((........))}..|)))}..)}||||||.||,,.{(((...((((((...(((..(((((................(((((((..((,{(((.(({{((......(((((........))))).....{(({{(((((((((({((({{(((((((.((((((......,)|{.((((((((..(((((((.{,{((((.,,,(((((({..({...((((((....,,....((((((((....))))))))..}}.....)))))))}.))))))).((((((((((((((..,{((,...,}),,).)))))(((((({....,))))))......((..(((((.......(((....)))......)))))..))((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((.((.(((.(((((((.(((((((....(((.(({..({{(..(((((((,,,.((((((,..((((,(({..{,.{((.({(((((((((..((((((.({{((((.(((...,..........,..))).)))))).))))))..)))))).))).)}))),,),.}}),,)))}...,|,||}}}.,})}}}})})).)}....))))))).)))..))))))).))))}}))))).)).))).)))).....}))))))}.........(((.(((..((((((,...,))))))..)))..)))(((((((.......))))))).......,))))),})))))..)))))).(((((((...(((||{(({.....})))))))......)))))))...))))))))).,,.,.....{.(((((((.......(((((.,.....,.)))))))))))).,........}}))))}.)))).))).(((.....))).,,,|{,.{((.{,,...))).))}.))..((((....)))))).)))))).,}.((((..((.(((((.....{{.....)}(((((.((((..(((......))).....))))..)))))((((((......))))))...))))).))..))))(((.(((((((((.((((.(((...))).)))),(((((.....))))}.}((.(((((.((((..((({.......,((((((({....({.........}}...))).))))))))))))).))))).)).{((..({{(((((((((.((((........(((((((...))))))).....)))))))},).}}})}}}))}.))}...)))}....}))))).))))))).))))))))))).).))))))}.,,{.{(((((((((((.((((((((.{(,((((((....{{((((((((((.{(((.....((((....)))).(((((....(((((((..................((({...})))))))))).))))).,{......,}..,,,......)))}.))),.}))))))||{{.......)))}.,|....|||||,.(((((((..,.....(((((............)))))..}..))))))).,,))).....)).)))))).))))))})).))),,)))))))|,},,.,,..,}}}},,}}},})))).)))))).))))))).}.....,}..)))))..)))...(((((((.((.{.,(((..((((....))))..))).}.,.))...))))))).{(.((((....((((((((.((((.(((((((((((..((((.((......((((((.((.((....)).)).)))))))).))))((((.((.((((((((((((.{.((,....}.)).).))).))))))))))))))).))))))))))).))))..((((((((.((.(((((((..(((((((((((((.(((((,.{{{........}}}.,,.)))))))))))..(((((....}))}}{{.{{...,,.}},.......)))))))..))))))),)}..........(((((((((((,.((((((..((((((((.(((.{..((....(((((((((....((((((.,......(,(({{,,,,,||}}.....}|}||||{,{{,{{,{((((.((((((,.{,|(({...,..}})).}}))})))))).))))|{.{||{|,,,,,,||.....,|||......(((((....)))))(((((((((....(((((((..((({......}))).,..,,.....((((((.{((.{(.{((((({.((.....)),|||||||.||(({(,..,,,,,,,}.,}},...........,(({{..{{...((((...,((((((....,,.((((((({((....((((((((.(.,((((((((.(((((.....((.(((((......................)))))))..{{{.((((....))))..|||.(((((..((((.((..(((.((((.((((((((..((((..((((((((((....(((.(((...(((.(((((.....)))))..))).||{.....}})....(((....)))..{((......))}..))).)))...)))))))))).))))....)}))))))).)).)).)))))))))..)))))||{.((((((((....)))))))))))...(((((((.(((.((.((((({((((((.....))))))}.{.(((((...(((((({{(((((.((((((((..((.(((((((.((..((((((((.(((((...((((({(({.{({,,..,,,)))),((((((((.{....}.)))).))))..,))))...)).)))...)))).))))...((((((.,,{{{.....))}.))))))......{((......)))...,(((((...))))))})))))))))))))....((((((((((((((((((..((({..{,...............},...,.....}}}.)))),,))),}))))))))).,.)))).))))))))))))..))))).}..(((((.....)))))............{(((((({.((((((((((((....((,,.........,,.))...)))))).)))..},).))))))))(((((((,,...,|{....(((((....))))).,}.....))))))).))))))).))).)))))))))))).))))).)))..).))))))))..))).)))}}))),},.))))))...)))).))..))))........}}}..))))))......,,.)))))))....)))))))))..))}}}.},.,.))}}......,))))))))))))))).).))..).)))))))))))))))))))))))))))).))))))))..))))))))....)))))})))))).)))){{{{{{}|||||...,,...(((((((((............((((.......)))))))))))))(((((((((((....((((((...((((((((((.(((........))).)))))))))).....)))))){(((((....)))))|((((((......(((((((((((...((((......)))).)))))))))))...((((....))))....))))))|,,((((.......,.........,,.......)))).))))))))))).({{{{.(((({.{((.((,,,......,,.,||||..{{{,,..||}..||||.,,.......{((((((((({{(((.((......))..})}))))))))))}...{{{{|,,,,,||.....)}....|||||,,|,}}}.))})),)))},..{{{||.{|.|,.....,)),)))))...{{{{.................}}}}.)))}}.)))}}))})))))))))................
Back