Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001178074.2
Sequence Length
4946 nt
GC Content
0.4408
AGAUGACAUGUAGCGGACCUCUGCAUCAGCCAAGAGGAAUUAAGCUUUGUCACUCCCCACUGGGACUACCUUUCUCCUGGUAUGUGCGCAAGGAAUUCAUAUGCUGCUGCUGCUGCAGCCACCAGAGCAGAGAGCCUUGAGUACACUUUGCCACAGAAAGCAGUGAGCAAGAAUGAUAGCUGUCUCUUUUAAAUGCCGUUGUCAAAUUCUGAGGCGACUUACUAAAGAUGAGAGUCCCUACACUAAAUCCGCCAGCCAGACAAAGCCGCCUGAUGGAGCGUUGGCUGUGAGGAGACAGAGCAUCCCAGAGGAAUUCAAGGGCUCCACAGUCGUCGAGCUGAUGAAGAAGGAAGGCACUACCCUGGGUCUGACGGUAUCGGGAGGAAUUGAUAAGGAUGGCAAGCCAAGAGUAUCUAAUCUGCGGCAAGGAGGAAUUGCUGCUAGAAGUGACCAGCUGGAUGUGGGUGACUACAUCAAAGCAGUGAAUGGAAUCAACCUGGCCAAAUUCCGCCAUGACGAGAUCAUCAGCUUGCUGAAGAAUGUGGGAGAAAGAGUGGUUCUUGAAGUAGAGUACGAGCUUCCACCGGUCUCUGUGCAAGGAUCAAGUGUUAUUUUCCGAACAGUGGAGGUCACAUUACAUAAAGAAGGCAAUACCUUUGGUUUUGUAAUUCGAGGGGGAGCACAUGAUGAUAGAAAUAAAUCUCGUCCAGUUGUGAUAACAUGUGUUCGUCCUGGAGGGCCUGCUGACAGAGAGGGCACGAUCAAACCCGGUGACAGGUUGCUCAGUGUGGAUGGAAUUCGGCUUCUUGGAACUACGCAUGCUGAAGCCAUGAGUAUUCUUAAACAAUGUGGACAAGAAGCAGCACUGCUGAUAGAAUAUGAUGUCUCAGUAAUGGACUCUGUGGCAACAGCAUCCGGGCCACUACUAGUCGAAGUUGCCAAAACUCCUGGUGCCAGCCUUGGGGUUGCCCUAACUACCUCGAUGUGCUGUAACAAACAAGUCAUUGUCAUAGACAAAAUCAAAUCUGCAAGUAUUGCAGACAGAUGUGGCGCAUUGCAUGUGGGAGAUCACAUCCUCUCCAUCGAUGGAACCAGCAUGGAGUACUGUACACUUGCAGAAGCAACCCAGUUCCUGGCCAACACCACUGACCAGGUCAAGCUUGAGAUCCUUCCCCAUCAUCAGACCCGGCUGGCCCUAAAGGGGCCCGACCAUGCAGCUUUGGUGUCUUCAUCCUUCUCUCCUACCUCCAUGAGUGCAUACAGCCUGAGUUCCCUGAACAUGGGGACUCUACCUCGAAGCCUCUACUCCACCAGCCCACGUGGAACCAUGAUGAGGAGGAGACUGAAAAAGAAAGACUUCAAAAGCUCAUUGUCCUUAGCCUCCAGCACAGUAGGAUUGGCUGGGCAGGUUGUUCACACAGAAACCACAGAGGUUGUGCUGACGGCAGAUCCUGUCACAGGAUUUGGGAUCCAACUGCAGGGCAGUGUGUUUGCCACAGAAACUCUCUCUUCUCCACCUCUGAUUUCCUAUAUCGAAGCUGACAGCCCAGCAGAGAGAUGUGGGGUGCUACAGAUUGGAGACAGAGUGAUGGCCAUCAAUGGAAUUCCAACAGAAGACAGCACCUUCGAAGAAGCCAGUCAGCUCCUCCGAGACUCUUCAAUCACGAGCAAGGUCACACUGGAAAUCGAGUUUGAUGUUGCAGAGUCUGUCAUCCCAAGUAGUGGAACAUUUCAUGUAAAGCUGCCUAAGAAGCACAAUGUGGAACUUGGAAUAACCAUAAGUUCACCAUCCAGUAGAAAACCAGGAGACCCCCUCGUCAUUUCAGAUAUCAAGAAAGGGAGUGUGGCACACAGAACUGGGACCCUGGAACUUGGGGAUAAAUUGCUCGCAAUAGAUAAUAUCCGGCUGGACAACUGUUCCAUGGAAGAUGCAGUUCAGAUCCUCCAGCAAUGUGAAGACCUGGUGAAGCUCAAAAUCCGCAAAGAUGAAGAUAAUUCAGAUGAGCAAGAAAGUUCCGGAGCAAUUAUUUACACCGUGGAGCUUAAACGCUACGGGGGGCCCCUUGGCAUCACAAUUUCAGGAACUGAAGAGCCGUUUGAUCCUAUAAUCAUUUCAAGCCUCACUAAAGGGGGAUUAGCUGAAAGAACUGGCGCAAUCCACAUAGGAGACCGAAUCCUAGCCAUCAAUAGCAGCAGCUUGAAAGGGAAGCCUCUGAGUGAAGCCAUCCAUUUGUUACAGAUGGCAGGAGAGACUGUCACCUUGAAAAUUAAGAAACAGACAGAUGCCCAGUCAGCAUCGAGCCCCAAGAAGUUCCCUAUUUCUAGCCAUUUGAGUGACCUGGGGGAUGUGGAGGAGGACUCCUCACCAGCACAGAAGCCAGGCAAGCUCUCCGACAUGUACCCCUCCACGGUGCCCAGUGUGGACAGUGCUGUGGAUUCAUGGGAUGGGUCUGCAAUAGACACCAGCUAUGGAACUCAAGGCACUAGUUUUCAGGCCUCAGGAUACAAUUUCAACACCUAUGACUGGAGGAGUCCAAAACAGAGAGGCAGCUUGUCCCCAGUCACUAAGCCUCGAAGCCAGACUUACCCAGAUGUGGGGCUGAGUUAUGAAGACUGGGACCGGUCCACAGCCAGUGGUUUUGCAGGGGCUGCCGAUAGUGCAGAGACAGAACAAGAGGAGAACUUCUGGUCUCAAGCGCUGGAGGAUUUGGAAACCUGCGGACAGUCAGGAAUUCUGAGAGAACUGGAGGCAACAAUCAUGUCGGGGAGCACGAUGAGUUUGAAUCAUGAGGCUCCAACACCUCGCAGUCAGCUGGGGCGACAGGCCAGCUUCCAGGAGCGCAGCAGCUCGCGGCCGCACUACAGCCAAACAACUCGGAGCAACACCCUGCCUUCAGAUGUGGGUAGGAAGUCAGUAACCCUGAGAAAAAUGAAACAAGAAAUAAAGGAGAUCAUGUCUCCAACUCCUGUGGAGCUGCACAAGGUGACCUUGUACAAGGACUCUGACAUGGAGGACUUUGGGUUCAGUGUAGCAGAUGGCUUACUGGAGAAAGGAGUGUAUGUCAAAAAUAUUCGCCCAGCUGGGCCAGGAGAUCUUGGUGGCUUAAAGCCCUAUGACAGGCUCUUACAGGUGAAUCAUGUCCGAACCAGAGACUUUGACUGCUGCCUUGUUGUGCCCCUCAUAGCAGAAUCCGGGAAUAAGCUGGACCUGGUUAUUAGUAGAAACCCACUGGCUUCACAGAAGUCUAUAGACCAACAGAGUCUACCAGGAGAUUGGAGUGAACAGAACAGUGCUUUUUUCCAGCAGCCUAGCCACGGUGGUAAUUUGGAGACACGAGAACCCACUAAUACAUUAUAGCAACGCUUUUUAUAAAGCAGGACAAAAGACAAUAUCUACAUGGUGCUAAAAAUCCUUUAAGAUUUCUGUGACCUUUGAAGCACAGAUAAUCAAUCAACGUGGCAUUAACUGCAAGCACAGGGGUCUUUUAAAUCUCUCUCAUGGCUCAUGUUCACUUCCCUUUUCAAGUUGAAGAGGUUUCUUUUUUGGUGACCACUAUGGUAUAUGGUGGGCAAUGCCCUGCCAGUCCCAACGGUAGAGAAAAAUAGGCCGUCCCCCACAACUCUACAAUUAACAUCAGAGGAAAUUUUUUACAAGUUCAUCUUACUAUCACUUUUUAAAAAGAGAAACAUCUGUUUGAAAAUAUUCUCUGUGAUGAUUUCCUUAAUUCACUUUGAAAUCAGUUUCUUACUAUGAAGUCAUUAAUGUAAGAACUUGGCCAACAAAGCUUUUCUUCUCAUAGGCUGGCUCUACUAGGGGAACUAGUGUUUGGUAAACUGCUGGGACUACCACAAUGGGAGGGGUACAGGUAUAAAAUUAAGUUAUCUUAAAAUGUUUCAGCAAUGAUGCACGUAGGAGACCAUAAUAGGUGGUGGUAAAUGUUUUGCCCACGUAUAGGAAUGAUUUUAACUAAGAUGUAUGCUAUUCCCUAUGCAACAAAUUAUCAAACAGGAUAUGUCUUGUGACCUGUUUUUUUUUUAAGGACACAUUUUUAAUAGCUGAAAAUCUCUGAUAAUGAAUUAGAGUGUGUAGUAAACAUGAGAAUUAGUUAUAUUAUCUUAUUUUUAAAAUUCAAGACUAAGAACUUCAGAGAAUGAAGAGUCUAUUAAAAUGAGGUUCAUCUUAAUGAUAGGCAAACCAAACUCAUACUGCUUGACAUGUUUUGAAAACUGGUAAUAUUGAGGGUGUACAGCACAUGUACUUAAAAAUGACACUGGACUAUCUUUUGCUCUGAGCCAUGCCACUUACCGAAAUUGUAAAUACAUUUUUCACAAAUGCAUUGCCAAUUAUUACCAUCCCUCAAAGCAAUAAAUUGUGACAGUUGCUUUAAAUGUUUGUCAGCAACUGUUUUCAUUUGUUCAGAUAUUUUGAAUAGCUACACUAAUAACUGUUAUUAUUUGGUGAACAUAAAAAAAUAAAUAGAUCUGUAUAUUGAUGGUAGACUCUCCAUAUUGAAAUGAUUAUUUUCCAAACAUUUUCAUUUUGGUCAAUAAUUCAAACUACCACUUAGGCAAAGUAUUCGAACACUGUGUCCUUUGUUUAAGGAAAUAUAAAAAAAAAAUCACCUUUCUUUUUGUGCAAAAAAAAUAUUAUUUCAAUCACAUUUCAGAACCGCCAGGGCAAGAAAGUAUAAAGCAGGAUCAUGUUAAGAAAAAAGAAAAAAAGAUCAUGAGUCACUUAAAUAUGUAUUUUUAUUUGUAACAAACAAGUAUUAAACUGUAAAGUAUUUUUGUACAAAUUUAAUACUUUAAUAGCAUGGUAUUUAUCGUCUAUGUAUGGUUUUGGGGAAUUCAAAAUUGUUCAAAUAUUUGUAUGGAAAAAAAUAAAACCCUCUACCAAAUGGAAUAAACAGUGAUUUUAAAAAGCCAAAUAAAGAGGAUAUGCAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1443.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1538.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 1331.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((...(((...(((((((....))..)))))......))).))))).))(((...)))(((..((((((..((((((((((.(((((..(((...(((((((((....)))))......)))))))..))))).)))))...))))).)))))).)))((((((((..((((((((((..((((((..(((...............)))(((((.(.......).)))))(((((.....(((.....((((((((...((.((((.((((((...(.(((((((((((.(((((....((((((((((.((((((((.((....)).))))..........(((.(((......((((((((((.(((...(((((((.....(((((.((((..((((.((((......((((((((((.......))))))).))).((((((.(((((((((((....)))))))..((((((..((((..((..(.((((........)))).)..))..))))..)).))))........(((((((((.(.(((((((((..((((((..((.(......)))..)))))).)))))))))..).)).)))))))..))))...))))))((((((....(((((.....))))).....))))))((.((((.(((((((((..((((((......))).)))((....))....))))))))).)))).))..((((.((.....)).))))............(((..((((..(((.(((.........))).)))..))))..))).((.((((((..(((((((((.(((((...((...))...))))).((..((((..((((........)))).))))..)).)))).)))))..)))))).))(((.(((.(.....).))).)))...)))).)))))))).)))))(((((((............(((.((((((.((((........)))).)))).))..)))...(((((((((..(((((((..((((((..(((((.(((.(((((........)))))))))))))...))).)))...)).))))).))))))))).)))))))(((((((((.((.......)).)))))...)))).....)))))))..))).))))))))))..((((((...)))))).(((.(((.((((((((.(((((..(..(((((((((.((((((((((.((.....))))((((((((.......)))))))).................(((((........)))))..))))..))))))))))..)))..)..))))).)).))))))))).)))....)))))).........((((((((.(((((..((((((((.((...((((.((.((((((((((....(((((((((...)))))))))((((((((((((...))))).((...((((.......((.((((((((((..((((...(((((((((...((((......)))).....))))))))).....)))).)))))).)))).))))))...)).))))..))).........))))))((((...(((((((((((((...((.(((.((((..........((((.((((.(((.(....).))).)))).))))((((((((((((((((((((.((((......(((((...(((........)))...)))))((((((((.....)))..)))))....)))).)......(((((.(.(((.(((.((.((((.........)))))))))((((...)))).....))).)))))).))))))).....((((.((......))))))..((((((((......(((((.(((....((((((((((((((((((((....(((.((((((((((.(((............((((((..(((..(((((((.((.....((((((.(((............((((((.(......).))))))((.(((....))).)).....))).)))))).....)))))))))...)))..))))))..))).))))))..((((.....(((((.....((((.(((.(((.....)))...(...((((.((((((..((((((..((((...((((....)))).....)))).......))))))..))))))))))..).(((((..(((((...))))).....))))).))))))))))))......)))).(((((((((((..((((.(((..((((((.....((((.(((((..(((((.(((((.....((......)).)))..)).)))))..))))).))))(((((((((((((...)))...))))))))))(((((((..((((((((...))))).))).)))))))))))))))).((((((((((...(((((((.......))....(((((..((((..(((((.........(((((....((........))....))))).......)))))..))))..))))).)))))...))))))))))...(((....(((((..((......))..))))))))...((......))))))....))).)))))))))))))))...)))))))))))))))...))))).....))))))))((((((....((((((((........(((((.(((((...((((.......))))...)))))....((((((.....)).))))))))).....))))))))((((......))))..(((.(.....).)))......)))))).......(((((((........)))))))...((((.....))))......................((((((...))))))..(((((((((((((..((((((...))))))....)).)))).))).))))..((((...(((((((.(((.....)))))))))).))))((((((.........))))))..))))))))((((((....))))))((((...))))..))))))))))))....(((.............))))))).))).))..))))..((((((((.....))))))))..(((((.......)))))...((((.........)))).)))))))))...)))).....(((((....).))))(((((((((..((((((((((.....((((((.......((((....((((((((((...((((......))))...)))).................(((((....)))))((((....((.((.(((....))).)))).....))))....((((((((((..........)))))).))))......)))))).....))))))))))..(((((.................))))).))))))))))((((((((...))))))))....))))))))))))).)).))))...))))))))))))))).)))))))).....((((((.......((....)).......))))))(((((.((.(((((((.((((((.(((.(((..((((..((........))..))))..)))...)))..)))))).))))))))).))))).))))))))).)))))...((((.(((((((...............))))))).))))........)))))))))))))))).)..)))))).))))))......))))))))....(((((((((((((.(........)))))...........(((((....)))))...)))))))))..)))....)))))..(((((.....)))))((((((...))))))...(((((((((((......((......))....)))).)))))))..((((((((((..(((((((((((..(((.(((............))).)))(((((((.....)))))))(((((((.....)))))))...((((((....((((..............(((((.((((.......)))).))))).(((((.....))))).((((((((...((((......)))).))))))))........))))))))))..))))))))))).....))))))).))).....(((((.....)))))))))))..)))...)).)))))))))))))...(((((((........((((.(((....))).))))(((((....(((((.....................)))))...)))))(((((((((.(((....)))..)))))))))......(((((((((...)))))))))...((((((.............))))))...........(((((((((..((((((((...(((.(((((.....(((((((((((((((..(((((.........)))))..)))).............(((((((((((.((.((.....)).)).)))))))))))....((((((((.(((......))).))))))))..........))))))))))).((.((((....((....))....))))))....((((......)))).......................))))))))..))))))))..))))))))).......((((((((((.(((((((....))).))))..)))))))))).....)))))))...((((.(((.(((.(((((((...(((.(((...((((((...((((((..((((..............)))).))))))))))))....))).)))..))))))).))).))).)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{((.(((({,({{{{(((((((....}}..}))))......|||,|{{|{,((((....)))}.,..(((((({,((((,(((((.(((((..(((...(((((((((....)))))......))))}}),.))))).)))))..{|||||{,|,,,,..))).})}}|,.{((((((.({,..........}}.))))))}..,|||{(((.(((({.{.......).)))))))).},.....,||||..((((((((...((.((((.((((((...(.(((((((((((.(((((....{{((((({((,({{(((((.((....)}.))))}..})},...(({{(((......((((((((((.(((...(((((((.,,..(((((.((((,.{(((.((((......((((((((((.......))))))).))).((((((.(((((((((((....)))))))..((((((..((((..((..(.((((........)))).)..))..))))..))}})))........{{((((({{.,.(((((((((..,(((((..((.{......}))..)))))}.)))))))))..,.)}.)))))),..))))...)))))){(((((.,,.(((((.....)))))..,..)))))}((.((((.(((((((((,{{({{{,......}}},}}}....,,},,,..))))))))).)))).)),,((((.((.....)).)))).|.....,,((,(.{,,|.}}}}|.}},,}},}}.{((,,(((((((..,(((..{,.((.((((((..(((((((((.{((({...(,...}}...))))}.((..{{((,,(({(........)))).))))..)).)))).)))))..)))))).)),,}}}.....)))))}),,..))}..)))).)))))))).)))))(((((((...........,((({{(((((.{{{{....,.,,)))}.}))).}}..,,,...(((((((((..(((((((..((((((..(((((.(((.(((((........)))))))))))))...))},)))...)).))))).))))))))).))))))),{{{(((((.((.......)).)))))...,}}},,,,.))))))),.))).))))))))))..((((((...)))))).(((.(((.((((((((.(((((..{..(((((((((.((((((((((.((....,|...((((((((.......))))))))...,,....}},}}...(((((........)))))..})))..))))))))))..)))..,,.))))).}))))))))))).)))....))))))..|.,.{{.((((((((.(((({{(((((((,(,,{,..{(((,({.{(({({(((({{((({(((((((...))))))}|((((({{{{((((..,|||}},{{.,,((((.,,...,((.((((((((((..((((...(((((((((...((((......)))).....))))))))).....)))).)))))).)))),}}|}}}...,..|||,.,})))...{{{(.......}}}},..{.,|||,||||||||||||,(((((((,,......,,((((.((((.(((.(....).))).)))).)))))))))))|{|.{{({{,{{,{{||,{{{,..,})}}...{||,,......))),,.,||}}|{{|||||,,,,,))...}||||{||||{{|.|,,...,(((((,{.(((((,.{(({{{{({{{{..,.{||{{|||{{(({{,,.,,},...,,||}.,})))}.,||||}((({...,,({(({{....,.,.,|||,,.((((({.,{((({,{{.,,,..,,,}}}}}|,,|.,,,}}}}))..,}|,..,,,,||||||,||,....}}}}.},.{{{(((..{{{..(((((((.((.....((((((,(({............((((((.(......},))))))||,(((....))).,|.....|||,|}}})),,...))))))))}...,}}..)))}})..}))},)))}...|||||,,..(((({....,((((.(({.{((.....))}...,...((((.((((((..((((({,.((((.{.((((,...}}}},,,|.}})}.......})))))..))))))))))..|.(((((..(((({...})))).....))))).}))))))))))),,,...)))).,,.,||}}}}}.,)))).}.,}}}))}}}}}|,,||}}}.{({(({(({,,..})))).,}.,||||,,,{{{(({,..(((((((((((((....(((((,((((((((..((((({((.((((((((((((((((..((((((((...))))).))).)))))}.......((..((((((((((.,.(((((({.......}}....{(({({,((((.{(((((.........{{{{{....{{,|,,,,},))....})))}.......)}))}.{||}}..})))).)))))...))))))))))..)),))))))))}}).))..}}}))).)))).))))..(((((.((((({{{.,..,{{,....)))))})))))..))))))))))..{{{....(((.(({.{..((((|...,))))..,..))).)))...,,,.)))))))))))))...(({{.......))}}((((........))))|{,,{((((((({{(({,..{,{((((((((((((,{,.,..||{,}}(({.{.....,.))}......{{{{|,||.,{..(((((((.,....,.)))))))..}|,,|,....)))),.....................((((((...))))))..)))))).)))))))}((((((...))))))....,..,,,(({((({,|,..((((...(((((((.(((.....))))))))))..,}}|,,|,}}}}}}}....,,,})}|))})}))}((((((....))))))((((...))))||||||,.|||}|,.{{{{{{{.,{{{.{{{{,..,,,).}}}.,))),},}})))},}}|||}}}..})))))||,..(((((.......))))),}}||||...,,,.,...,,.,))||||||...)}}}}|..{(((({....}.))))}||||||,|,,((((((((((,,.,.((((((.......((((....((((((((((...((((......))))...))))..........,,,,...(((((....))))),{{{....{{,...,,||,....}})))),....}},,....((((((((((.,.......,)))))).))))......)))))).....)))))))))),|((({,......,}))))....,)},)).))))))))))((((((({...)))))))).,,,)}}}}))))}}||.}},))),..}))))))))}.))))).))))))))...,.((((((.......((....}},......)))))),{{{{.((.(((((((.((((((.(((.(((..((((..((........))..))))..)))...)))..)))))).))))))))).))))}}))))}}}}}.}}}))...|{((.(((((((..{,,.....},...))))))).}}},....,...)))))))))))))))).)..)))))).))))))......))))))))...{{|{{{{{,{{,{({{{{|||{{||||{{{{{{{......,{{{(...,}||||..{((,({{,,,.}}}.|||,,|||||{({{,,....,}}|||((((({...}))))),,}(((((((((((.,..,.{{......}}....))))}))))))).......,,,,,.((((({....|}}})}|,,((((({{(((((((.(..(((.....(((((((,,.....(((((((.....))))))).(((((((,.,.{(((({.,,{{,...,...|||||}{|||,....,,|||}.},,},.(((((.....))))).((((((((...((({,....})))}.))))))))........,}},,..,}},}}}..{(((((((....(((((((({(({{(({(({((,....|}}}}........|,,,,}|{,,..,},..,},}}|,.((.((((........((((.(((....))).}))).......)))).))))}.})))))))....)))))))}....,,,|.((((((((((.{{{....})}..))))))))))..,},}|(((((({...)))))))))))}}}}........}))))))...,)))..}.}}}}}}}}.}}})}}}})}}}}},}}},}|||||.,}},,,..,{{{{{{{(((((((..(((((.........)))))..)))))},,....,,,}.(((((((((((.((.({.....}).)).)))))))))))....,{,,,,,,.,,,...,,,))),))})))))...........,,}}}}},,,..,.{{{|.,..{{,,,,))....)))))}....}}}||,(((((({{,................,,,}}||},}}.,,,..,,,,|||||,,|{|||{{.....},|{((((({,,.{{(({{{|{||,}}.}}}}.,},,)))))))}..))))))))),,.{(((.(((.(((.(((((((..{(((,(({...((((((...((((((,,,((,............,,,,)).))))))))))))....)))})))..))))))).))).))).))))}))}},.
Back