Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001178112.2
Sequence Length
3429 nt
GC Content
0.5675
CCCCGCCCCCAGCCCCGGAGCGGCUCGCGGCCGGCUCCGCGCCGCAUCGCUCGGGUGCAGCGCAGCUCAGCGCAGCGCUGCGGCCUUUCGGCAGCCGAACGGCCGCGGCAGAACCCCGACCAAGAACAGAUGCCGGGCCCCCAGUCGCUGCCCCAUCAAGGUUCAGGACAAAGAGGUGUGGGCAGGCCACUGGGCCAGCUGGUAACAUCAUGGCAGAGAAAGUGAACAACUUCCCACCAUUGCCCAAAUUCAUCCCGCUGAAGCCAUGUUUCUACCAAGACUUCGAGGCAGAUAUUCCUCCCCAGCAUGUCAGCAUGACCAAGCGCCUCUACUACCUCUGGAUGUUGAACAGCGUCACGCUGGCCGUGAACCUGGUGGGCUGUCUCGCGUGGCUGAUCGGAGGCGGGGGAGCCACCAACUUUGGCCUCGCCUUUCUCUGGCUCAUCCUCUUCACACCCUGCUCCUACGUCUGCUGGUUUCGGCCCAUUUACAAGGCCUUCAAGACUGACAGCUCCUUCAGUUUCAUGGCAUUCUUCUUUACCUUCAUGGCUCAGUUGGUCAUCAGCAUCAUCCAGGCCGUGGGCAUCCCAGGCUGGGGCGUCUGCGGCUGGAUUGCUACCAUCUCCUUCUUCGGAACGAACAUUGGCUCGGCGGUGGUGAUGCUAAUUCCCACUGUCAUGUUCACAGUGAUGGCCGUCUUUUCCUUCAUCGCCCUCAGCAUGGUUCAUAAAUUUUACCGGGGAAGUGGGGGGAGUUUCAGCAAAGCUCAGGAGGAGUGGACCACAGGGGCCUGGAAGAAUCCACAUGUGCAGCAGGCAGCCCAGAACGCAGCCAUGGGGGCAGCCCAGGGUGCCAUGAAUCAGCCUCAGACUCAGUAUUCCGCCACCCCCAAUUACACGUACUCCAAUGAGAUGUGAACCAGCCACGCCUACCAGGUGGCAGAGCUGGGGCCAUUGGGACAGGGGGCUCAAGCCACAUCGUCAUUUGUGGUUACCAAGCAGGGUUCCCCCUUCCCUUUUCUCCUUCCCUACUUUGUACAAAGGACCAGAGUUAUAUAUAUAUAUAUAUGUAUAUGUCUGUACCCCAGCCCCCACCUUUCAGAUUCUGCUCUUGGCACUCAGCUGUGGGCUGCACGUGGAGCUGUCCCGUGCGGUAGUAGCUGUGUCUGUGUCCCCUCGUGAAAUAGUGUGCAGUGGAGGUCUCUUGUGGUGCUAGAUGUGUGUUUAGAGCUAAACCAGCCCCCACCCCCACCCUCCACCUGCCCCUCUUGCCUCUGGCCCCUCUGACCCUGGCCCAGGGACCCCUCACGGGGCCAGGGGAGGCAUAGCAGAAAGACUGGCCCCUUCCUAGGGUUAUGAGCUGGAACUGUUUCUACUUUCAGUCUUCCUGGGAAGUAACAGUACUUAGCACUCUUGGUGGUGGGUGGGAGGGUGGGUACAGGCCAGGGAUAUUCCCUUGCUCUUUUGAUCCCUCCAGGCCUCGCCUCCUUCAGCCUCCUCCUCCCUCAUCUGUUCCCUGAUGUCACAUUCCCUGUGCAAUCUUCCCUUGCCCAUGGUCUGUCUAUCUCUUUCCUAUGUGGCUUUUCUUUGUCUUCCCCAAGGCUGAGUGUCCCAGUUUUAUCUGCUCCUGAGACUGAGCCCAGAUCCCCAAAUCUAAUCUGAUUUACAGUUCAAGGAAGCUGAUGGGGAGCUGGGCCUUACCCCUGAUGUAGGAGGGGCACACAGCUGGGGGUGCAGAGCCCACCUGGGUACCUGACCCCCAGGGGAUGAAAAUGCAAGGAUGAGUCUGCUUGGGCCUGAGAGUUUGAUCUGCAGGGGCAGGCUCAUCUUUUCUCUCCCCUGCCUUCUCCUCCUUCUCUCCCCAGAGCCCCCUUGAGCCCCUCUGCCUAUGUCCCUCUGCCUCCUCCCCAUGCCCCCAGUUGCUGUGGCUUGAUUCUGCUACCCUGACCCCACCAUGUGCCAGGUGGCAUCUGCCUUACUGCCUUCCCUGAGGAGCUGGGACAUGCUGGGCAGUUGUCAGAUGUAAAGGCACAGCUGGAGCAGAGGGCAUGUCAGUAAUGAUUGGUCCCUGGGGAAGGUCUGGCUGGCUCCAGCACAGUGAGGCAUUUAGGUAUCUCUCGGUGACCGUUGGAUUCCUGGAAGCAGUAGCUGUUCUGUUUGGAUCUGGUAGGACAGGGCUCAGAGGGCUAGGCACGGAGGGAAGGUCAGAGGAGAAGGCAGGCAGGGCCCAGUGAGAGGGGAGCAUGCCUUCCCCCACCCUGGCUUGCUCUUGGUCACAGGGCGGUUCUGGGCACUUGAACUCAGGGCCCAAGCAGAAGCACAGGCCCAGUCCUGGCUGCAAGCACAAUAGCCUGAAUGGGAUUUCAGGUUAGGCAGGGUGGGAGGGGAGGCUCUCUGGCUUUAGUUUUGUUUUGUUUUCCAAAUCAAGGUAACUUGCUCCCUUCUGCCUACAGGCCUUGGUCUUGGCUUGUCCUCACCCAGUCGGAACUCCCUACCACUUUCAGGAGAGUGGUUUUAGGCCCGUGGGGCUGUUCUGUUCCAAGCAGUGUGAGAACAUGGCUGGUAGAGGCUCUAGCUGUGUGCGGGGCCUGAAGGGGAGUGGGUUCUCGCCCAAAGAGCAUCUGCCCAUUUCCCACCUUCCCUUCUCCCACCAGAAGCUUGCCUGAGCUGUUUGGACAAAAAUCCAAACCCCACUUGGCUACUCUGGCCUGGCUUCAGCUUGGAACCCAAUACCUAGGCUUACAGGCCAUCCUGAGCCAGGGGCCUCUGGAAAUUCUCUUCCUGAUGGUCCUUUAGGUUUGGGCACAAAAUAUAAUUGCCUCUCCCCUCUCCCAUUUUCUCUCUUGGGAGCAAUGGUCACAGUCCCUGGUACCUGAAAAGGUACCUAGGUCUAGGCCCUUCUUCCCUUUCCCUUCCUCUCCCCUACCCCAGAACUUUGGCUCCCUUUCCCUUCUCUCUCUGGUAGCUCCAGGAGGCCUGUGAUCCAGCUCCCUGCCUAGCAUCCAUGACCUGUUGGAUGUUACCUCCAAUCAGUUUCCUGUCCUACCUGCCUCUUUGGCUUGGACCUAUAUGGCCAUGCUCUGGCUCUACCCUUGGGAAGCCUGAUCCCGGUGUGUGGCCCAGCUUGUUCAGGCCCUGGGAUGCUGCAUCUCCAGGCAACUAUGCACUUUCCCGGGGAGAGAACCAGUAUGAGAAGUGGGGGCAGGGCACACAUUCAUCUUUGUAGGAAGGUCUGGCCUGGGGUCGGGUGAAGGAGGGCCCAGGUCAGUUCUGGGGUCCCAGUGACCUGCUUUGCCAUUCUCCUGGUGCCGCUGCUGCUCCCUGUUUCUGGAGCUGGAUGUUCCCCAGCUGGCAGUUGAGCUGCCUGAGCCAAUGUGUCUGUCUUUGGUAACUGAGUGAACCAUAAUAAAGGGGAACAUUUGGCCCUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1415.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1473.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 941.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.....(((((((((((((...)))).)))))((((.(((((.....))))).)))).((((((.((((((((((((((.(((((...))))).))))))))).....((((...............))))...(((((.(((((((((((...(((...))).....)))).))))).)).)))))(((((((((.((((((..((.((((((((((..........)))..((((.....(((((((((((((.((((((........((((....((((........)))).........(((((((..(((.................)))))))))).(((((...)))))((((((((.((((.((((((((....(.((.((((((((((.(((.((((((.......))).))).))).))))))).))).)).).....(((..((..........)).)))...((((.........)))).........)))))).)).)))).))))))))..)))).........))))))))))).(((((((((((..((((((.((((((((.(((((...))))).))))))))))))))))))......(((......)))..((((((......((((((((.((.......)))))))))))))))).....)))))))((((((((((.((((((.((((((.(((..............((((((((((((((((((((.....))))))((((((((((((.....((((((((((.(.((((((((...((..(((..((.((((.((((((..((((((..((...((((((..(((.((.......)).))))))))).))..))))))....(((((.(((....))))))))......((((((...(((((.(((((((((((((.....((((.((((((....(((((((........)))))))(((......))).)))))))))).....(((((...(((...)))..))))).((((..(((((((((....)))))))))..))))..)))))))...............)))))))))))......)).))))((((((((.(((....)))))))))))....)))))))))).))..)))..)).....)))))..((((.((.((....((((.((((((....)))))).))))....)))).)))).(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((..((((((((...))))).....))).))))))))))))))....((...(((((((....((((((((((...((((.(((((....)))))..))))....))))))))))...)))).))).))......)).))))))).))))))))))....(((.(((((...))))).))).....))).).))))))))))......))))..)))))))))))))))...))))))).((.((((.....))))))..........((((((((................))))).)))...............)))..)))))).))..((((((((........)))))))).((((((.((((((((((......))))).(((((......)))))..))))).)))))).........)))).)))))))).))....((((((((.(((.((((....))))..)))))))))))))))))))...))))(((((((((((((....(((((((......))).)))))))))))))))))))))))).))((((((((((((((((((((((((..(((((.((.((((((.((((((...((((...((((((.((((((.(((....(((((((..(((...(((((((.........(((.(.((((((.....(((((((.(..(((((((((((.........))))......))))))).).)))))))...))))))).)))))))))))))....)))))))....)))...))))))....(((((((....)))).))).)))))).(((((.((((..(((...)))..)))).)))))((((((........))))))))))..))))))...)))))))).))))).))...))))))))))....))))))))))))(((((((((((.((((((((((...(((((((((((((((((((((((((((....)))))..(((.(((((.((((....))))))))))))...(((.((((......)))))))))))))....(((((((((......)))))))))..))))))))..)))))))).....(((...((((.((((((((..(((((((((((....)))((((......((((..((((((.(((.((((..........((((..(((..((....((((((((....))))))))...))..)))))))........(((((((((.(((.(((((...((..(((..(((((((.((.....)))))))))...(((((((((((....((.......))....))))))))))))))..)).))))).)))..((((((.(((.(((..(((((((......))))))).((....))...))).)))..)))))).))))))))))))).))).))))))..))))......)))).(((((((((.((((......)))).)).)))))))..)))))))).)))))))).))))))).))))))))))((((((((((....))))).)))))....((.((..(((((((....)))))))..)).)).((((((((((((((..((((.((...(((((((...(((....(((..((((.(((((.((.((((.(((((...((((((((...((((...((.....)).(((((((((........)))))))))......))))))))))))..))))).(((.....))).(((.((.....)))))....((((.(((..(((((((((((((((.(..(.((.......)).)..).))))))(((((((((...)))).)))))............)))))))))..))).))))...)))))).))))).))))..).))....)))..)))))..))...))...))))..))).)))))))))))(((((((...((((....))))))))))).............)))).))).)))).(((((........)))))..))))))..)))))))))......)))))))))))...............((((.((...))..)))).......)))).......)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{(,({((((({(({((((((...(((((((,,..}|,||}||,||}}}}.)),||.||||.,{,..}}}}.))(((((((((.(((((...))))).))))))))).,..{((({(({,((,.,,({((((..(((((((.(,,({,,,((((..(((((((((.((((((((((((((((((..(((({(({({,(({...||{|,||||((((((((((....{{{{{{{.(((({,({{....{(((((((((({{(((((((((.,.((((((....((((,,{,,.,.}}},....{{,,,||.}}(((((((({.((({{.{,..,,...)},.}}.}}.(((((...)))))((((((((.((((.((((((((...,{.((,(((({(((((,(((,((((((.......}))|,)),))}.,}}}))),))}.}}........||},||,,,...|||.)),|||...((((.........)))).....},,.)))))).)}.)))).))))))))..................)))....}))))))}.((((..((((({{((((((((.(((({...})))).)))))))))))))))))).....,}|,.)))).))...)))))},)))))))))).))))},,,,......{{{{{(,,,,,,.}}}}}),,(({,(,,,...,,.||||,}||,,.}}}}||{{...........}}}}))).,)))))))|||||,..,,.||||||{(((((,(((({{,,.,(((({{{({.,,,.{((((.(((((({{(((..((.((({{((((((..((((((..((...((((((..(((.((.......)).))))))))).))..)))))}....(((((.(((....)))))))).....{({{{||,,.,,{{||||,.{.(((((((.....((((.((((((..,.(((((((........))))))),((.....})),.)))))))))).....(((((...{((...))}..))))).((((..(((((((((....)))))))))..))))..))))))),,}}}}}}...,|....|{{{|.,|}|,..,,}}}}}))|(((((((.(((....)))))))))))....)))))))))).))..))).}).......))))}}}}}}}||}}},,,||{{|.((((({....}))))).|||,..},))),,},,,..}}}}))))),.((((....({{.(((((((((((..((((((((...))))).....))).))))))))))))))....)))).{((((((....((((((((((...,((({(((((..,..,,}),,))))}...))))))))))...)))).))),||,.{{{{(((((.(((.(((((((((((....(((.(((((...)))))(((((((,...{((((.(((((((((((.,((..((((((..((.,((,(({({({,,...({{{.((((...,.||}||||,,.......|(((((((,,||...{{{.{,,,{|{,.|{((|....,,{{,((.(((((..{((((.((((((((((((((........)))))))|.((((((.((((((((((......)))),.(((((......))))).,))))).))))))|,,,,.{{{,..,)))).))))))).))))|((((((.(((.((((....))))..)))))))))}))))).)}....|,|||((((((((((((....(((((((......))).))))))))))))))))}}}.......(((((((((((((((((((((((((..(((((.({{((((((.((((((.,.((((..,{((((((((((({{((..{{{,..((((((.(((...((((,,,..(((..((((.(((((.((((.,(((....)))...,,.((((,,..}}))}.)))).))))).)))))))..).)))).,,.))).))))))})),)))}}||||..((((....))))..)}}},)))))}.}|.{{{((((,...}})}.}}}|,))}},{(((((.((((..(((...)))..)))).)))))|{||{{..,,,,,.)))}},))))..))))))...)))))))).))))).))...)))))))))}...,)))))))))))))(((((((.((..(((((((((((.((((((((((((((((((((((,(({(,...}}|||||{{{,(((((.((((....))))))))).||.,.{{|.{{{|,,,.,.)))))))))}}))....(((((((((......))))))))),.))))))))}.})))))))......,,.,,,,{((((.((((.....)))).))))},,...)))))))))))..))...)))))))....,||}}}|}.,,,,,,}}},}||,,|,,...{||||{{,.,,,))))})))..})))})))}})}(({{,,..},,,},}))))}|}}}),}}}.))..))..))))))..))..}.).)))))))))).))))}..{((((....))))))))))))...))).....))))))))))).,))})))))))}|}|||}},}))))}(((((((......)))))))......{((((....{((((((.....(((((((..........)))))))..))))))).,,,,))))|((((((((.((((......)))).)).)))))),.,||,,,|||{{...........)))}},..,}},.,,,|}}}}}}}}}...|||{|{..,(((({{((.{(,,(((((((....))))))).,)).}},({||.,,,,,|}|,..,,{{{((,..,,,(((({..(((....,({........,}}....,||},,||}}}...,})))))|)})))),)}})))}}}.},.(((((((((........))))))))).......,))))..)))),))}))..))))))))).)))))))))..}))),{{{{{,{{((,(((.,(((((((((((((((.,..({({.,..,,}},,}..}.)))))){((((((((...)))).))))|{,....,}}...))))))))),,))}.))))}}}),),,.)))))))..)))}........}|}|,)}.))..))))})}.}))))),)))).,.|{|(((((|(((((((...((((....)))))))))))....||||..,,,,)))}||,}..)),||{{{......,.))})),||(((((((((.{{{((((((...))))))..})),,,,{,|,,...{,,|{||..,.,,}...,})),......)))))))))},)))}},...
Back