Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001178136.2
Sequence Length
1974 nt
GC Content
0.4504
ACUUCCUCCUCGCCCCCACCCAGACCCAGAAGGCGCCACCAUGGCGGCGCCCCCGCAGCCCGUCACCCACCUCAUCUUUGACAUGGACGGACUUCUUCUGGAUACUGAACGGCUGUAUUCAGUGGUGUUUCAAGAAAUAUGUAAUCGCUAUGACAAGAAAUACAGCUGGGAUGUAAAGUCCCUGGUUAUGGGGGCGGAGAAACUCAUCAUCCACCUGCGGAAACAUGGCAUCCCCUUUGCACUGGCCACCAGCUCGGGGUCCGCGUCGUUCGAUAUGAAGACAAGCCGCCACAAGGAGUUCUUCAGCUUGUUUUCCCACAUUGUGCUGGGAGAUGACCCCGAAGUGCAGCAUGGCAAGCCAGACCCGGACAUCUUCCUAGCUUGUGCCAAGAGGUUCUCUCCCCCUCCUGCUAUGGAGAAGUGCCUUGUCUUUGAAGAUGCUCCCAAUGGGGUGGAGGCGGCCCUGGCAGCUGGGAUGCAGGUGGUCAUGGUUCCUGACGGAAACUUGAGCCGAGAUCUGACAACAAAGGCCACCCUGGUGCUGAAUUCCCUGCAGGACUUCCAGCCCGAGCUGUUUGGUUUGCCCUCCUAUGAGUGAGAGGGAGGGCCUCAGUCUUCCGCCCCCAGCCCACUCUCAUGGUCCACACUGCUGGGGGAAAGGGAAAGGAAAUCAGCAACUCUUCAAUCCCAACCUGCGCUGUGAUUUUAGCCUCCUGAGAUUGGAGUUUCCAUCCCAUGUUGGUUUGUCCCAGUCUAACGUGUUGAUAAAAUGUGACUUGACGGUUGAGACAAAAAAUACAGUAGAGACAGAAACGAAGCCCAGAACAAAGAUGAAACUUGAAUUACCAUCUCAGAAGUCAAGCUGAUGGAGUAUGUGAUAAAGUGAAUGUACAUGUAUAUACACACACACCUCCAUAUAUACAUGUGUGUAUCAGUUUGGUAAUAUGCAGGUAGGCAUUACAUGCAUAUGUAUGUAGACAUAUGCAUGCAUGUAUAUGUAAAAUAUAUACUUUUCCAAGACAAAAUGGAACAUCACUUCUCUCUUCUAGUUUUUCUGAACACUGGCUGGGAAAUGUAAACUGUGUAUGCAUAUAAGUAUAUGCUUUAUGUAUGCAUAUGUAUGUAGAUAUGUUUAUAUCUAUCGUCUGCAUCACUCUCCUCAGUGUUGAUGUCAACAUGCAAUGACAACUGAUAAAGCGAGAUGGUAGUUCUGCCUGGUUUGCAGUCUGAGUGGGAAAGUCCUGUUUUUGAUGAGCACUCCUUGUUAGCUAACAUUUAAAUUCUUUUUGUGACCUCAGAAUGUCUCUGGAUCUUUCCUCAUUGACUGACUCUGUGCCACGUCAUCCAUAGUUUAUUGUUAGUAUGAACACAACUGUAACAUUUACCUGGUAUCUACAUCCUUACCUGCAUUGGAAAAUGUUUGCUACCUCACAACAACCAUUUGCCUCCUUUAAGAACACUGAUGGGCUGCACUUUUUGGAUAGAAAUAGAAUUUGAUUUCAGAAUGUAUGCUUGGUGAGUCUCAGUGCCCAGGAACACUUUUGGAAUAAUUUAUCAGACAUUGAACUUCUGUGAUUAAUCGCUUUUAUAGAUUUACUCAGUCUUUAAAAUUCGUCUCUGAUUUGCCAGAGAAAAACGGUGGUAGCCAUGGAAAUCGGGAGUGAAGGAGCACUGCUUCAUUGUGGCUCAGCCCUUCCUAGGGGCCUCUGCCCUUUGAUGUCCUUGAGCUACUCUUCAGCUCUGGAAGUUGUGGACAAACCGUAGGAAUGUAUGUGUGCGUGUGGUGGAGUGAUUGUCUGUGAAUGACAGGCCCUGGCUAUUGAUUGAUGUUGCAUCAAUUUAGCAAAUUCAUUUCCUCAUUCUUGAUGGCCUGAAUAUAUGUCUGCACUUUUAAUGCUCCUCUUAACCAGUUGUAACAUCUUACCAUUUCCCUAACAAAUUGAAUUAGUUUAAUAAAAUCUUUUGACACAUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-582.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -625.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((..(((((((.((((..(((((((((((((...)))))(((....)))((.((((...(((..(((....)))..))))))).))))))))))........((((((((((..((((((.((((.......)).)).)))))).......))))))))))((((.....))))))))...)))))))))))..((.((((((...(((((((...((((((..((((...(((((((((((((((((((((((..(.((((.((((..(((((((((((.((....)).).......))))))))))....)))).))..)).)..))))))))((((((((..((((((((((((((((......((((((((...((((.(.((((.(((((((((..((....((((......(((.......)))...))))))..)))).))))).)))))))))))))))))..(((((((((...((...((.((((..((((...)))).)))).))))...))))).))))..((((((.(((.....))).)).))))))).)..))))))))))))...((((.((((....(((((((....))))))).(((((((((((......)))........))))))))...((((.((((..........))))...)))).......((((......))))((.((((((((.(((((((.(((...(((((((((((..(.((((.(((((((.........(((((....)))))........))))).))..)))).)..)).)))))...))))..)))))))))).)......))))))).))((((((((((((((..((((.....(((.(((((....))))).))).)))).))))))((((((....))))))))))))))....(((((((((((.....(((((((((((......)))))))))))...((((((((...))))))))..(((((........))))).....(.((((.(((.((((.....(.((((((((..(((..(((((.((((((((((((((.((((....)))))))))))))))).....((((((((....)))))))).)).)))))..)))..).))))))).)(((((........)))))))))...))).)))).)((((...((((.((((((((((..(((((.....(((........)))...)))))..((((.(((((((..((((((......((((((.((((..(((...(((....))).....)))....)))).)....)))))....)))))).)))))))...))))..))))))).....))).)))).))))...))))))))))).((.(((((.(((...........))).))))).))...........)))).))))))))))))(((((((...((((...))))...))))))).....)).))))).))..))))))((((((....)))))).....((((..((((..(((...(((((((..........))))))).....))))))).)))).....((((((......)))))).....)).))..)))))).........(((((((........)))))))(((((((((....((..((((((....)))))).)).....)))))))))(((.(((((.....))))).)))....))))))).))).))).))(((((((..((((.((((((((((.....))))))....((((..((((((((...))))))))))))..(((((...(((((....))).))..)))))..((((.((((((.((((........))))..)).))))))))...................((((((....))))))..))))))))..))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((.,(((((((.((((..((((((((((((,...,})})|||}...,}}{{.((((,..{((..(((....)))..))))))).}},)))))))........(((((((((((,((((((.,,({.......)).,}.)))))),,.....})))))))))((((.....))))))))...)))))))))))..((.((((((...(((((((...(((((({{((((,..(((((((((((((((((((((((..,{((,{.{|,,.|||{(({{{{(,.,...,,|}.,..,,,}.})))))||(((((,,....}.)))))),.))))))))((((((((..((((((((((((,{((....,.(((((((,..,((({,(.((((.((((({((({,.....,((|{.,{{,.{{{.......})),}}))))}}..)))).))))).))))))))))))))))).,{{(((((((...(({..,{.{(({..{{({...))}).)))).}}})...)))))}),||{.((((((.(((.....))).)),})))))).}..)))))))))))).,,(,,{.{((({{.,(((((((....))))))).(((((((((((......)))........))))))))...((((..(((((.........((((((((.((....(.((((......)))))...)).))))))))))))).}))}.{(((((,{((,..|}|,||}||{(((.{,,,..,.{{{{,,.,{{||{{{.,.,.......|{{{((((|||,{..{({..{(|(({{.,..{{{{,{{{||.(((((((((((((....{((({(((((.((((...(((((,(({(({{((((((((((((((..............)))))))))))||}|{|}},|}||...,,{{||,.{{{,||.,|,(((({||{{{{,,.,,.})}}))))))),,,((((((({...})))))))..{((((........))))),,,,|},|.((((..(((((,{,....}}.)))))..))))...|,..,{((((((((((((.{(((....)))))))))))))))).}}.,((((((((....)))))))}.))})))))))),))))))))).})))|((((........)))),.,,.....,,.))))))))))))).,...})))}.{{{{|,.,{|{||{{{||{|||||,|{{{{{{{,,...,}}}}},|,,||||..,,,{,.......{{{{{,.||||..|||...|||.}}}))).}}},)))}}..)))).)}..})),,}....,})))),)))},,,....,,.})))))).....}}}}.,||||}}.}},,.,,},}}.,|,,.}}.,||||}|{|....,.,,,..,,.{||{|,,,,||,.....}..,,},})))))))))))){((((((...(({,...,}))...))))))}.....))}})))).)}}.))))))((((((....))))))....,{({,..((((..,{,...(((((((..........))))))).....,,})))).}}))},,..((((((......))))))...|.)).)),.))))))....{{.{{((((((({{{{...})))},,.(((((((((..,.((..((((((....)))))).)).,..,})))))))),||}||{||}}.},,}))).))}....))))))).))).))).}){(((((||||(({,|{{{((((((.....))))))....((((..((((((((...))))))))))))..(((((...({(((....))).))..)))))..,{({.{((({{.,{{{.,,.....}}},..}},,}}}}}}}......,............{{{|{,...,}}},,,..,}}}.,}}.,))))))).
Back