Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001184744.1
Sequence Length
2007 nt
GC Content
0.5999
GGAGCGGCAGACGCCGAGGGCCGGCGGCGGCGGCUGCCCCGAGGGACGCGGCCCUAGGCGGUGGCGAUGGGGACCGCCCGGAUCGCACCCGGCCUGGCGCUCCUGCUCUGCUGCCCCGUGCUCAGCUCCGCGUACGCGCUGGUGGAUGCAGAUGACGUCAUGACUAAAGAGGAACAGAUCUUCCUGCUGCACCGUGCUCAGGCCCAGUGCGAAAAACGGCUCAAGGAGGUCCUGCAGAGGCCAGCCAGCAUAAUGGAAUCAGACAAGGGAUGGACAUCUGCGUCCACAUCAGGGAAGCCCAGGAAAGAUAAGGCAUCUGGGAAGCUCUACCCUGAGUCUGAGGAGGACAAGGAGGCACCCACUGGCAGCAGGUACCGAGGGCGCCCCUGUCUGCCGGAAUGGGACCACAUCCUGUGCUGGCCGCUGGGGGCACCAGGUGAGGUGGUGGCUGUGCCCUGUCCGGACUACAUUUAUGACUUCAAUCACAAAGGCCAUGCCUACCGACGCUGUGACCGCAAUGGCAGCUGGGAGCUGGUGCCUGGGCACAACAGGACGUGGGCCAACUACAGCGAGUGUGUCAAAUUUCUCACCAAUGAGACUCGUGAACGGGAGGUGUUUGACCGCCUGGGCAUGAUUUACACCGUGGGCUACUCCGUGUCCCUGGCGUCCCUCACCGUAGCUGUGCUCAUCCUGGCCUACUUUAGGCGGCUGCACUGCACGCGCAACUACAUCCACAUGCACCUGUUCCUGUCCUUCAUGCUGCGCGCCGUGAGCAUCUUCGUCAAGGACGCUGUGCUCUACUCUGGCGCCACGCUUGAUGAGGCUGAGCGCCUCACCGAGGAGGAGCUGCGCGCCAUCGCCCAGGCGCCCCCGCCGCCUGCCACCGCCGCUGCCGGCUACGCGGGCUGCAGGGUGGCUGUGACCUUCUUCCUUUACUUCCUGGCCACCAACUACUACUGGAUUCUGGUGGAGGGGCUGUACCUGCACAGCCUCAUCUUCAUGGCCUUCUUCUCAGAGAAGAAGUACCUGUGGGGCUUCACAGUCUUCGGCUGGGGUCUGCCCGCUGUCUUCGUGGCUGUGUGGGUCAGUGUCAGAGCUACCCUGGCCAACACCGGGUGCUGGGACUUGAGCUCCGGGAACAAAAAGUGGAUCAUCCAGGUGCCCAUCCUGGCCUCCAUUGUGCUCAACUUCAUCCUCUUCAUCAAUAUCGUCCGGGUGCUCGCCACCAAGCUGCGGGAGACCAACGCCGGCCGGUGUGACACACGGCAGCAGUACCGGAAGCUGCUCAAAUCCACGCUGGUGCUCAUGCCCCUCUUUGGCGUCCACUACAUUGUCUUCAUGGCCACACCAUACACCGAGGUCUCAGGGACGCUCUGGCAAGUCCAGAUGCACUAUGAGAUGCUCUUCAACUCCUUCCAGGGAUUUUUUGUCGCAAUCAUAUACUGUUUCUGCAAUGGCGAGGUACAAGCUGAGAUCAAGAAAUCUUGGAGCCGCUGGACACUGGCACUGGACUUCAAGCGAAAGGCACGCAGCGGGAGCAGCAGCUAUAGCUACGGCCCCAUGGUGUCCCACACAAGUGUGACCAAUGUCGGCCCCCGUGUGGGACUCGGCCUGCCCCUCAGCCCCCGCCUACUGCCCACUGCCACCACCAACGGCCACCCUCAGCUGCCUGGCCAUGCCAAGCCAGGGACCCCAGCCCUGGAGACCCUCGAGACCACACCACCUGCCAUGGCUGCUCCCAAGGACGAUGGGUUCCUCAACGGCUCCUGCUCAGGCCUGGACGAGGAGGCCUCUGGGCCUGAGCGGCCACCUGCCCUGCUACAGGAAGAGUGGGAGACAGUCAUGUGACCAGGCGCUGGGGGCUGGACCUGCUGACAUAGUGGAUGGACAGAUGGACCAAAAGAUGGGUGGUUGAAUGAUUUCCCACUCAGGGCUGGGGCCAAGAGGAAAAACAGGGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-813.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -847.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 534.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((((.((.(((.(((((((((....))))))...((((......))))((((((..(((((.(((....)))..)))))..)).))))))).)))..)))))))))).))((((.(((((((((....))((..(((((((.((.((.(((...........(((((......)))))(((((((((((((((((((((((((........)).......(((((.((((.(((((((((.(((.......((((((.((((.(((((......)))))....((((...(((((..............)))))...)))).))))..))))))...(((((.((.(((.(((..(((.........))).))).))))))))))(((((.((((((.....)))))).)))))((((.((....)).))))..))).)))))).)))))))..))))).......(((......)))...((((...)))).((.(.(((((.(......).)))))).)).))))).))))))))))..(((((..(((((((.((((.(.(((...........(((((....))))).(((((..((((.(((.....))).))))..)))))...((.(((.((((........)))).))).))..))).).)))).)).))))))))))(((((...))))))).))))..))..))))).)).)))))))..))...(((((..((((.(((.((((.(((((((((((((...((((...))))..)))))).))...))))))).)).))).).))).)))))((((...)))).))))))).)))).......(((.(((((..((.((((((....((((....))))...)))))).)).))))).)))...((((.(((((((..((((((.((((((....(....).....)))))).((((((((......)))))))).(((((.((((((((((((...))))))))...((((((....))))))....((((...(((((.(((((.(.(((.(((((.((((.((((((.((.......)).)))))).)))).(((((((.((((((((.....((((......((((((....(((((.......)))))..))))))((.....))....)))).....))))....)))).)))))))))))).)))).))))))))))...))))(((((((((......((((((..........))))))......))))))))).((((.((((((.((((.(((((((((...((((..((.(((((..((.........((((((((((..(((((((.....))))).))..(((((..(((........((((....)))).........))).)))))..........(((.((((.((((...(((((((..((((....))))..((((.(((....(((((.(((.......(((..((((..((.(.(((.(((..(((....)))..((((....((.(((((((((.....((((....))))......))))))))))))))))))))).).))....))))..)))))).)))))...))).))))....))))))))))).)))))))....((((((.......))))))...)))).))))))...(((((((((((((((((((((((((((.....).))))....((((...(((((((((((((.(......).))))))))))))))))).((((........)))).....)))))).)))))))).)..))))...)))))..))).))))..)))))))))))))..)))).)).........(((((((..(((....)))))))))))))))))))))).)))))....))))))....................)))))))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.(((((((,{({{(.,((({((((((((,(((|(((,{,{{((.,{{{{||||{((((({{(((((,(({....))),,.}))).,))})))})))||||{{,|||,|}||}.,,(((({((((({{((,,..||((.,((((({(,({,{(.(((,.,,,,....,(((((......}))}|{{{((((((((((((((((((((((........)).....,.(((((.((((.(((((((((.(((.......((((((.{(((.(((((......))))}...,((((..,((((({............})))))...)))).)))),.))))))...((((,,((.(((.(((.{(((,,.,,,,..}|}.))).)))))))))){||{{.{{({{{.....)))))).))))){{{{|{|,,..)),}}}}..))).)))))).)))))),..))))).,..},.|{|......}}....((((...)))).((.{.(((((.{......).)))))).)).))))).))))))))))..(((((..(((((((.((((.(.(((.({{{{,....(((((....))))).(((((..((((.(((.....))).))))..)))))...,{.{{{.((((........)))),)))}),}.))).).)))).)).))))))))))(((((...))))))).)))}..)),.}}}}}.}}.}}}}}}}..))..,,||||,,,|,,.{{(.((((.((((({|(((((|,..((((...))))..)))))).))...)))))}).)).})}.},})),))))))||}}..))),})))))}}}))))}.}}},.,,|}||||,}}||}|||,||}..}|{||}}}}))})}.{||||}|.}}.}})))})))}}.((((.(((((((.,((((((.((((((....{....),....)))))).((((((((......)))))))).(((((.((((((((((((...)))))))}.,,((((((,,,,}}}}))....((((,,,(((((.(((((.(.(((.(((((.((((.((((((.((.......)).)))))).)))).(((((((.((((((((.....((({......((((((....(((((.......)))))..))))))||,.,,.}.....}))}.....))))....)))).)))))))))))).)))).))))))))))...})))|||(((({{.....,(({(((..,.......)))))}.....,)}))}})))|{{{{.((((.{{(((({((((((((({..((((..((.(((((..((......(((((((((((((..{(((((((.....{(((.(((.((((,{{(((.,...,,.((((....)))).,,...}..))}.)),))}}.))).)))|,.{((((.((((...{((((((.,((((....))))|.((((.(((....(((((.(((.,.....{{|..,{({..{{,(|(((.(({{,{{{,...)}}..{|||....|{.(((((((((..{.,((((....)))),}....))))))))).}))))}}}}}}.}.)),|,,))}}..})}))).)))))...))).)))),...))))))))))).)))))},...))|||||.,.....))))}}})}}}}))).,.{{,...(.(((({(((((((((((((((((((.....),})))....((({..,(((((((((((((.{.{,...)}))))))))))))))))).{((,.{{{{...))))..,..)))))).)))))))).)..)))).).))))),.))).))))..)))),,)))),))},),}..,).}},,,,}.(((((((..(((....)))))))))))))))))))))).)))))....)))))}....................)))))))))))..................
Back