Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001184783.3

Sequence Length

1987 nt

GC Content

0.4892

CUCUCAGGCACACAACCCAGCACAGCAAGGCAGUCACACCAAGGCGGUCCCCAGCGCGCUGCCUCCGCCGUUCCCCGCCCCCUCGCCUCUGAGGCUGCCCGGAUAGCUGCCUGAUCCAAGGCCCAGCAGCUUCUGCCUUCCGGAUCCCCACCGACGGACGGAGGCAGCCCACCUGCAGGACCGGGGCGCUGUCGGUCCACGUGGCCGCUCUGGAGCAGGUUGGAGUUGGCAGCGGGCUGCGCUGCAGGGACAGGCGCGGCGGACAGCCCCGGGGGCAGCGGCGGGGUCCUGUCUGGGAGAGGACAGGGUUGCGGCGGGCGGAACGGUGUCUCCUUCACUUCGCCCUCCAGCUGCUGGAGCUGCAGCCCGACCGCGAGCGUGCCAAGCGGCUUCAGCAGCUAGCGGAGCGGUGGCGGCGGCCCCCCUCAGGACACCACCAGAUUCCCCUCUUCCCGCGGCCUCGCCAUGGCGACCCACGGACAGACUUGCGCGCGUCGAUCGGAUCAAUCACUUUUCUAGAGGAAGUAGCAGUCCCUCUUGUGAGAGCGCAAGGUCAUUACUUGUGCUCCUAAGGGCGUGGACGUGCUUUGUGGAAUGAAUGAGCUGGUGUAAUGAGCUCAGAUUGCCUGCCCUUAAGCAGCACAGCAUUGGCCGAGGACUUGAGAGUCACAUUACAAUGUGUAUUCCUCCAUCAUAUGCUGACCUUGGCAAAGCUGCCAGAGAUAUUUUCAACAAAGGAUUUGGUUUUGGGUUGGUGAAACUGGAUGUGAAAACAAAGUCUUGCAGUGGCGUGGAAUUUUCAACGUCCGGUUCAUCUAAUACAGACACUGGUAAAGUUACUGGGACCUUGGAGACCAAAUACAAGUGGUGUGAGUAUGGUCUGACUUUCACAGAAAAGUGGAACACUGAUAACACUCUGGGAACAGAAAUCGCAAUUGAAGACCAGAUUUGUCAAGGUUUGAAACUGACAUUUGAUACUACCUUCUCACCAAACACAGGAAAGAAAAGUGGUAAAAUCAAGUCUUCUUACAAGAGGGAGUGUAUAAACCUUGGUUGUGAUGUUGACUUUGAUUUUGCUGGACCUGCAAUCCAUGGUUCAGCUGUCUUUGGUUAUGAGGGCUGGCUUGCUGGCUACCAGAUGACCUUUGACAGUGCCAAAUCAAAGCUGACAAGGAAUAACUUUGCAGUGGGCUACAGGACUGGGGACUUCCAGCUACACACUAAUGUCAAUGAUGGGACAGAAUUUGGAGGAUCAAUUUAUCAGAAAGUUUGUGAAGAUCUUGACACUUCAGUAAACCUUGCUUGGACAUCAGGUACCAACUGCACUCGUUUUGGCAUUGCAGCUAAAUAUCAGUUGGAUCCCACUGCUUCCAUUUCUGCAAAAGUCAACAACUCUAGCUUAAUUGGAGUAGGCUAUACUCAGACUCUGAGGCCUGGUGUGAAGCUUACACUCUCUGCUCUGGUAGAUGGGAAGAGCAUUAAUGCUGGAGGCCACAAGGUUGGGCUCGCCCUGGAGUUGGAGGCUUAAUCCAGCUGAAAGAAACCUUUGGGAAUGGAUAUCAGAAGAUUUGGCCUUAAUAUAUUUCCAUUGUGACCAGCAGCAGGCUUUUUUCCCCCAAGAAGAUGAUCAAAACAAAGGAUGAUCUCAACAAGAGCUGUAUUUUAAGUAUUUAGACAGUUCUUUGUUAGCUGGUUUCUAGUUGGUUAUCUAGUUACCAAUGCUGCAGUCCUGCAGUCACCUAUACAUUAUUUAAAUGUAUUUAACUGUUAAAUGCGCUACCCACCAAUAAUGAAAUAGACCUUUAUGAAAACUGUGCAAUUGUGUGCAUGUUUGUUUUUAUGUUCCUUUAGAAAACAUUGACUGUUACCAUUGAAUGAGAUGGAUCAGUGGAUAUUAAGAUGAGGUUACAAAUUUUGUUAAGUUCAGCCAUUAUUACUUUUGGUAUCCCAGAACAUGACAAAUUAUGAAUAAAACAAGUAUACAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-689.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -726.50

Frequency: 0.0000

Diversity: 453.04

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((((((((....((((((..((((..((((((((.(((((((.((.((.((((((.(((((....(((((((..((.(((((((.(((((.(((....((.(((((.(((...((...(((((((((((((((((..(((........)))))))))((((((((((((....(((((((((((.((.....))))).)))))))).))))).))).)))))))).)))))))...))..))))))))))..))).))))).))))))))).)))))))((((((((......))))))))....((.((((((...((((.......)))))))))).))(((((((((((((((.((.((........)).))...))))))))))))))).))))))))))))))).))))...((((..((((((.(..((((.(((((..(((.((..((((....)))).)).)))..))).....(((((((.((.((((.....((((((.....))))))....))))((((((.(.(((((((((.......)))))))))))))))).)).))))))).....))...))))..).))))))..))))((((((.(((.(((......))))))(((((((((..(((((......(..(((((....)))))..))))))..))).))))))...((((((....)))))).((.....))..((...((((((((((((((((((((((.(((((((((((((....(((.......)))......))))).))))))))))))))...........((((((....)))))))))))..)))))))))).)...))((.((((((((((((((((((..(((((..((((((............((((....)))).(((((((((((((((..(((((((((.(........)))))......((((((.((((..((.......))..))))..)))))))))))..))))))......((((...........)))))))))))))((((.(((((((((.((((((((..........))))))((((((...((((((..((..(((((....)))))))..))))))...)))))))).))))))))).))))(((......))).((((((((.....((.(((((....)))))))..((.((.(((((...(..(((.......((((((..((((.((.(((.((...)).))).))..))))..))))))....)))..)...))))).)))).(((((((.......((((((......))))))...)))))))..)))))))))))))))))))..))))))....(((((((.....))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).))))......(((((((((((.((((((((.((((....)))).(((((((.(((.((.(((((......))))).))..))).(((((.((.((((....)))).))..)))))(((....))).)))))))......))))))))...))))).))))))((((((......))))))..(((((..........)))))..((((((((((((...............))))))).)))))...((((..((((........))))..))))..((((((....))))))...((((.(((((((....(((((((((...))))))))).........)))))))..)))).............))))))..))))))))..(((((((...((((((...............((((.(.(((((......)))))).))))((((((((((((((((((...(((((....))))).)))).)))))....)))))))))..)))))))))))))((((.(((.......))).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.......((((((((....((((((..{(((..((((((({{(((((((.{{.((,((((((({((((,,,,(((((((..((.(((((((.(((((.(((....((.(((((.(((..,((...(((((((((((((((((..(((........)))))))))((((((((((((....(((((((((((.((.....)))))}}))))))).)))))},)).)))))))).))))))),,,))..))))))))))..))).))))).))))))))).))))))){(((((((......)))))))}....((.((((((,..((((.......)))))))))).))(((((((((((((((.((.((........)).))...))))))))))))))).))))))))))))})),)))}...((((,.(((((({{,.(((({,,{((..(((.((..((((....)))).)).)))..}}}.....(((((((.{{.((({.....((((((.....)))))),,..}}||((((((.(.(((((((((.......)))))))))))))))).}}.))))))),,,,,))}},,,.}|,|,|}}}}}..)}))|||{{,.((,{(((......))))))(((((((((..(((((......{,.(((((....))))).,))))))..})).)))))).,,{(((({....))))}|,{,...,|||..,,..{{{(((((((((((((((((({(((((((((((((((,...{((..,,...}))..}}..))))),}))))))))))))).....{{{..,(({{{,.,}}}})))}))))}..}))))))))}.,...}}((.((((((((((((((((((..(((({..((((({............((((....)))}.,{{{{{{{,{{,{,|,,||,|||{({{({{{{,..,||}}}|{{{{{((((((.((((..((.......))..))))..)))))).,}))}}))||||{,.,,|||||,,|}....,,}))))}}))))))|((({.(((((((((.((((((((,,.....,,.)))))){(((((...((((((..{({.(((((....)))))))..))))))...)))))))).))))))))).})))|{{......)),.((((((((.....((.(((({....}))))))...,.{{.{((((...{..{{|,,,....((((((..((((.{(.(((.(,...}).))).})..))))..))))))....}}},,|{{,}}}}},)))),(((((((.......((((((......))))))...)))))))..)))))))))))))))))))..)))))),...(((((({.....}))))))}))))))))))).))))))))))))))))))).))))......{(((({{{{{|,||{(((((,(((,....||||,({(((({.,,,.,|}||||(,{..,,|||}|,||||||,.(((((.((.((((....)))).))..))))),{{....}}}.,))))))......,)))))}},,,})))),)}})))||||||},,,....|}|(({,(((,........}}),)))},((((((((((((...,,{,....,,}}))))))))}}))).,,((((..((((........))))..))))..{({(((....}|||||...,,((,(((({{,..,,|||||{{{|,,,)}}}})))}.........}}}}}}}..}}}}..,,,,.,,....))))))..)))))))).|{(((((({{{(((({(,,,........,,,.((((.{.(((((......)))))}.)))){|||{{{{{{{{||||{{||,{,,{{||,,|}||||}|||.,,},...,,}))))}}}}..))))}))))))},,,,|.,,|}}}}},.,},.,,,..