Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001184935.2
Sequence Length
3721 nt
GC Content
0.6197
AUCCUCCUCCAGGUCCUGGCGCACAGGGUGGGAGCGCUGCGCUGCGCCGCGCUGCGCAUCGCGGCCCGCUUGCCGCCUGCCCCCUGCCCUAGCUGGGCCACCUCCCCGGGCUGCCGGUGGAGGGCUAAGAGGCGCUAACGUUACGCUGUUUCCGGUUUUCCAGCGGGCUCUGUUUCCCCUCCCAAGGCGGCGGCGGCUGAGCGGCGGAGCCCCCCAAAUGGCCUGGCCAGAUGCGGCAGGUUUGCUGCUCAGCGCUGCCGCCGCCGCCACUGGAGAAGGGUCGGUGCAGCAGCUACAGCGACAGCAGCAGCAGCAGCAGCGAGAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGAGAGCGGCAGCAGCAGCAGGAGCAGCAGCAACAACAGCAGCAUCUCUCGUCCCGCUGCGCCCCCAGAGCCGCGGCCGCAGCAACAGCCGCAGCCCCGCAGCCCCGCAGCCCGGAGAGCCGCCGCCCGUUCGCGAGCCGCAGCCGCCGGCGGCAUGAGGCGCGACCCGGCCCCCGGCUUCUCCAUGCUGCUCUUCGGUGUGUCGCUCGCCUGCUACUCGCCCAGCCUCAAGUCAGUGCAGGACCAGGCGUACAAGGCACCCGUGGUGGUGGAGGGCAAGGUACAGGGGCUGGUCCCAGCCGGCGGCUCCAGCUCCAACAGCACCCGAGAGCCGCCCGCCUCGGGUCGGGUGGCGUUGGUAAAGGUGCUGGACAAGUGGCCGCUCCGGAGCGGGGGGCUGCAGCGCGAGCAGGUGAUCAGCGUGGGCUCCUGUGUGCCGCUCGAAAGGAACCAGCGCUACAUCUUUUUCCUGGAGCCCACGGAACAGCCCUUAGUCUUUAAGACGGCCUUUGCCCCCCUCGAUACCAACGGCAAAAAUCUCAAGAAAGAGGUGGGCAAGAUCCUGUGCACUGACUGCGCCACCCGGCCCAAGUUGAAGAAGAUGAAGAGCCAGACGGGACAGGUGGGUGAGAAGCAAUCGCUGAAGUGUGAGGCAGCAGCCGGUAAUCCCCAGCCUUCCUACCGUUGGUUCAAGGAUGGCAAGGAGCUCAACCGCAGCCGAGACAUUCGCAUCAAAUAUGGCAACGGCAGAAAGAACUCACGACUACAGUUCAACAAGGUGAAGGUGGAGGACGCUGGGGAGUAUGUCUGCGAGGCCGAGAACAUCCUGGGGAAGGACACCGUCCGGGGCCGGCUUUACGUCAACAGCGAAGCCGAGGAGCUGUACCAGAAGAGGGUCCUGACCAUCACGGGCAUCUGCGUGGCUCUGCUGGUCGUGGGCAUCGUCUGUGUGGUGGCCUACUGCAAGACCAAAAAACAGCGGAAGCAGAUGCACAACCACCUCCGGCAGAACAUGUGCCCGGCCCAUCAGAACCGGAGCUUGGCCAAUGGGCCCAGCCACCCCCGGCUGGACCCAGAGGAGAUCCAGAUGGCAGAUUAUAUUUCCAAGAACGUGCCAGCCACAGACCAUGUCAUCAGGAGAGAAACUGAGACCACCUUCUCUGGGAGCCACUCCUGUUCUCCUUCUCACCACUGCUCCACAGCCACACCCACCUCCAGCCACAGACACGAGAGCCACACGUGGAGCCUGGAACGUUCUGAGAGCCUGACUUCUGACUCCCAGUCGGGGAUCAUGCUAUCAUCAGUGGGUACCAGCAAAUGCAACAGCCCAGCAUGUGUGGAGGCCCGGGCAAGGCGGGCAGCAGCCUACAACCUGGAGGAGCGGCGCAGGGCCACCGCGCCACCCUAUCACGAUUCCGUGGACUCCCUUCGCGACUCCCCACACAGCGAGAGGUACGUGUCGGCCCUGACCACGCCCGCGCGCCUCUCGCCCGUGGACUUCCACUACUCGCUGGCCACGCAGGUGCCAACUUUCGAGAUCACGUCCCCCAACUCGGCGCACGCCGUGUCGCUGCCGCCGGCGGCGCCCAUCAGUUACCGCCUGGCCGAGCAGCAGCCGUUACUGCGGCACCCGGCGCCCCCCGGCCCGGGACCCGGACCCGGGCCCGGGCCCGGGCCCGGCGCAGACAUGCAGCGCAGCUAUGACAGCUACUAUUACCCCGCGGCGGGGCCCGGACCGCGGCGCGGGACCUGCGCGCUCGGCGGCAGCCUGGGCAGCCUGCCUGCCAGCCCCUUCCGCAUCCCCGAGGACGACGAGUACGAGACCACGCAGGAGUGCGCGCCCCCGCCGCCGCCGCGGCCGCGCGCGCGCGGUGCGUCCCGCAGGACGUCGGCGGGGCCCCGGCGCUGGCGCCGCUCGCGCCUCAACGGGCUGGCGGCGCAGCGCGCACGGGCGGCGAGGGACUCGCUGUCGCUGAGCAGCGGCUCGGGCGGCGGCUCAGCCUCGGCGUCGGACGACGACGCGGACGACGCGGACGGGGCGCUGGCGGCCGAGAGCACACCUUUCCUGGGCCUGCGUGGGGCGCACGACGCGCUGCGCUCGGACUCGCCGCCACUGUGCCCGGCGGCCGACAGCAGGACUUACUACUCACUGGACAGCCACAGCACGCGGGCCAGCAGCAGACACAGCCGCGGGCCGCCCCCGCGGGCCAAGCAGGACUCGGCGCCACUCUAGGGCCCCGCCGCGCGCCCCUCCGCCCCGCCCGCCCCACUAUCUUUAAGGAGACCAGAGACCGCCUACUGGAGAGAAAGGAGGAAAAAAGAAAUAAAAAUAUUUUUAUUUUCUAUAAAAGGAAAAAAGUAUAACAAAAUGUUUUAUUUUCAUUUUAGCAAAAAUUGUCUUAUAAUACUAGCUAACGGCAAAGGCGUUUUUAUAGGGAAACUAUUUAUAUGUAACAUCCUGAUUUACAGCUUCGGAAAAAAAAAAGAAACAACAAAAAAAAAAGAGAGAUGGGCCAAUUUUUUGACUCUUUAAUAGAAACCUAUUUUGUGGUGCCUUUUGCUGUAUGCUCAUCUGGGGCUCCGGGGGACAGGUCUGGGUUGUGGGGUGCUGAGAGUGACAGCUGGGAGAGAAGAGGUGCGGGUUCUGUUGGGGGCGAGGGUGGGGGGCGGUGGGGGGUUGGCCCUAAGGAAGAACUGAGGACGGAAGUAGCUUUGCUCCCAGGCAAGAGCUGAAGUUCCCGACCCCUGGGAGGAGAGGGCCAGGACCCUAGGCUUGGAGCUGGAGCUGGGGUAACUUCCAGGGGGAGAUAAAGACACAGCUACCCGAAUGGGGAAGCCCUGGCUACUCACAGCUGUUAAAGGAGGGGGGGCAGAGAAACGUUUCCCCAAGAGCCUGAGCCCAGGGAGGUGGCAGCUCUGCCAGGGGCCCAAUGUUGGCGGCUCCUGUCCCCCACAGCCUCCAGGACGCCCCUCCGUCCUCUGCAGCACCUUCGUUUACAGGUCGUCUUUUCUAUUUUACACCUGCAUGUCCUUUGCAUUUCAGAUUCUUUAGAUUGGAUGCAUGGUCACGCUGGGACCGAGAAGAGCCACUCGACAGUGUAUUCCCCUUUUAGCAAUAAAGUAACACCAUUUCCUUCUCACAGGCUGCCUCCUAGCCCCCAACCCACCUAUGACAUCCACUCGUCUCCAGUCCUGCCCUCCCACCCCCAAAAACUGGGUCCACUGCUAAUUUGUCAAAAAGGUAAUUGUUUAAAAAAAAAAAAAAUCCCAAACAGAAACAGAUGGGAAUCCUGUCCUGAAAUGUCUGAACACCUGACUGUUGACACUUGAACAUUUUUAUAUUAUAAAUAAAAUCAGAAAUAACUCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1593.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1656.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 992.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((..(((.....)))((((((((.((.(((.(((((......))))).)))(((......)))((((((((((.(((((((.(((((..(((((((((....)))).)))))((.(((((((((((.(((((.((((..(((..(((((((((((.((((((((((.((((...(((((((((((((((((((((((.(..((((..((((...))))..)).))..).))))))))))).....))))))))))))...))))..(((.(((.((.((.(((...((....))))).)).(((((.((((((((.((.((.((..(.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)..)).)).((.......)).)).))))))))...)))))((((((.(((((((.((..((((.(((((.(.((.(((...((((((.....))).).))((((((((((..(((.((.((.(((((((((....((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((((....(((..((((...(((.......))).))))......))).((((((((((((.((..((..(((((((((((((((((.((..(((.((.(((((((..((((((((.((.((((((((((...)).)))))))).)).)....))))))).........(((((....)))))))))))).)))))..)).)).)))))))(((((((((.(((((.((((.(........))))).))))).........)))))))))......(((....((((...))))))).(((((((.((((...........................)))).))))))).))))))))..)).)).))))))).((((...(((......)))...).)))..)))))...))))))))))..)))..)))))))).....)))))).((.(((..(((...(((.(((((((...)))...)))).)))..))).....))))).((((...(((...........)))....)))).....(((((.........)))))............)))))))).))))))).(((((((((((..((((((.......(((((..((((...))))((((((..((((..((..(((((...........)))))))..))))..))))))(((.(((.((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((.(((((((...))))))))))).........((....)).)))))....))))..))))))))....(((((((((.(.(((((((.(((((.(((....((((.((((((......)))))).))))(((((((..(((.((((.........(((((((((.(((...............(((.((((........)))))))))).)))).)))))))))...))).)))))))....)))..)))))...............(((((((((.................))))...)))))..)))))))).)))(((.((((((((...)))))))).))).(((......)))))))))..((....)).......((((..((((((((((((((((.((((........))))......(((.((((..(((.((((...(((((.................)))))...)))).)))..)))))))......(((((((.((((..(((.........))))))).)))))))))))).)).))))))).))..))))))))))))))))))......)).)))...)))))))).))))))((((...)))).((((((((((((((.((......))..))))).)).)).))))).(((((....)))))..((((.((((...((((((((.((((....)))))))))))).))))))))))))))))))).....((((.....))))........((.(((.((((((((.(.(((((..(((((((((((((((..((((((.((..((((.((((.(((((......(((((((.(((....))).).)).)...))).....))))))).))..))))..)).))))))(((....)))))))))))...)))))))....)).)))).)))))))).))).)).)))).))))))))))....))))))))))).)).))))))))))))).))).)))))))).)))).)).)))))))))).)))(((...)))((.((((((.....)))))).))....(((((.((((((((((((((((((..........(((((((((((((.(((((......((((((((..((((.(.(((((..........))))))))))..)))).............(((........)))..))))((((.((.((.......)).)).)))))))))))))))))...)))))))))))(((.......)))..))))).))))))))))))...))))).)))...........))))).))))).))))....)))))))...)))((((((.(((((((....))))))).)))))).(((((.((((...(((.((((...)))).))))))).)))))((((...))))..........)))))))))......((((....((((.....))))....))))......((((.........)))).........................((((((((((......)))).....))))))(((((....)))))...))))))))))))).....))))).)))))))...))))).))))).(((((..(((((.((((.(((.(.((((((((((.((((.((((.((((.((((.(((((((.(((((((((((.((((((((((..((....))..)).(((.(((..((((...))))..))))))(((.((((((......((..((((((((..(((..((((((((((((((.(((.......))))))))))..(((((...)))))...........(((.(((.....))).)))))))))).))).(((((.((......((((((((........)))))))))).)).)))..))))))).)..)))))))))))(((((((((.......).)))))))))))))))).))))))....)))))...))))))).)))).))))..(..((((.((((.(((((((........((.((.((.((..(((((((..((((.....))))))))))).)).)).)).)).....))))))).....))))..))))..)..((((.......))))...)))).)))))))))....))))))))).)))))))))))))).....(((........))).........)).))))))))((((.....)))).............((((((..((((...(((((..................)))))....(((((((((......)))).....)))))...)))).....)))))).((((....((((((.......))))))))))........))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........({(({{{{({((({,{(({((((,({(((((((((({(,,{((((({{{.,(((((......))))).|||.,.,,(({(..{,,||||..(((((((((....)))).))))){{{....|||({,..{{,,.,{{{{||.{||,|...,,}})))||{{{{{,,(((((((((.(((((((((((((((((((((((,({.((((..((((...))))..)).))..)}))))))))))),....})))))))))))..))).),,))){((.(((.((.(((.{.((....)).).))).)).))).)))..))}))))}})).)).}},}},}}||||||{.((((((({|({|(,||{(((({{(({{{.......)},}}..,,,,.,....||||||,,....{.((.(((((.({.{{....)),)).)),,,)}.}}..,}||||..(((((((((..(((.(.((((..(((.((((((....)))).)).))))))).).)))...))))}})))).}))))))))},},)})}}})))},})}))).}},})}}},},|...||.,)})}})}}}}|||,|,....((.((((((((.((((((((((,,((.((.(((((((....)))))(((((((({.(((.....)))....}.))))))))...{{.((((((((((((((.(((...(((((.(((.....((((((({.({{((,({((((((,..(|,..}}.,|}}.....((((((((((.(((((.((((.(........,)))).))))}.........))))))))))...))))))),.|,|}},.}),))))){((((((.((((...........................)))).))))))).))).,,))))).))})))))))))))))).}).(((((((..(((((.((.{{..((((((.(((((((,(({{,..((((......)))){||....}}|(({..,{({..(((.(((((((...)))...)))).)))..)),,....}}}},.((((...(((...........})).,..)))).{{,((({...((((((...((..(((((((((...((((((((((..((((.{{.,,((((.(((((,,{{......||{|({..((((.,,}))){((({(((((({.(,,.....)})))))))((((((((..((({.,..((((((({.......(((((,...{((((..((((((((..(((((((((((((.(((((((...})))))})))).........((....)).)))))....))))..)))))))).)))))))))){{{{,{..,..{(({,{{{,||{{.}}|)))((((((......)))))).((((((((((.....,.(((((..{,...........,}..)))))............(((.((((........)))))))...)))))))))).(({(((((((((((((((((({((((((((((....((((.(((.((((((((..((((,{({{{.{({,,....}..)}}),)..}))))))((((((((((((((..((((((((.((((({..((...((...(((.((((((.{{...{({....{|(((((..((((((((((((((((.((((,,,,....))))......{((.((((..(((.((((...(((((............}....)))))...)))).)))..))))))}....,,(((((({.((((,.(((.........)))}))),)))))))))))).)).))))))).))..)))))}...)).)))))).)))...)),,.}}.))))))..{({({(({{..||||{{{{((((((((((((((.({......)}..))))).))},).))))).(((((....)))))..,{{({(((({,,((((((((.((((....)))))))))))).)))}}}))|||.}}}}))).))))((((.....))))...........(((((((((((((({..(.((((((((.(((((((.(((((((((((,{{,{,,||.}}}})||||{((((({(((((.{({,{{,|{,{{.{{.{,.{{.,.,,.{{{{.,.{||||{(({{{{(((({{{{{|{||,.{|||||},},,))||||{|}}}.)).)),)}}))))|{(({{(((((,{(((((({.({{((,....)))).))))))))))))).,.,}}||||||{{,..)))}|||||(((((((.{{.||,,..)),)),))))}))}||}((((((.....))))))}},.}}.))))).)))),))))})})))))).))..........,,((((((((.(((((,..,..(({(((({{,((((.{,(((((,{....,|..,))))))})}..}}||,.........,..|||,...,},.}})}.))))|||{.{{.{{.,.....)).)),)))))))))))))))))..))))).)))}})))).)})}.))))))))))))(((((((.{.((((.(((.(((((.{.........((((.((((({,{{.(({.{{....}}..))}.||,,,,.{((((((,,,.|}})))),}|||||...,,,}||||{{{(((.{(({...)))).))))))}.}}}}|(({,...||||.....,,....{((..((((((((((((((,,,{{{({,,..|{{{,.....,,,...,,({({.........}})).........................,,{((({({,,,....,,,,.))..)))))),}}}}..,||}}}.....}))))))))))))))..))),.)))))..))))))))).).))},.)))).).))))))).,.}}}},...))))))))...)))))).)))))))))))))))).).))))))))))))))))(((((((,.(({.{(......)}.))).,{{{{.{(((((((((....}))}}|})))}...)))))))))))})))))).)))))||)))}((((.((((({(,((({|(((((((((..,{{(({.,{||||...........,||.|||....,))).})))))))}),})).))))).,.......((((((((........))))))))...}))))))))),)))).))))))}}}}})),},}))))))....})))))))))))}}))))}...))))))))))).))))..))))))))))..)))))).))).)).))))))...)))).}))).))))))).))))))}))).)))))..)))))))((.(((((((((((,...,.((((...((((((...((((....)))).......,{((,,....,))))............))))))...(((((.....))))))))).,..,,)}))).)))))).))....)).))))))))))))}))).))).....)))))))..,|,.....({{{{{..{{{{...{{{{{.................,,.,{{,...{{{{((((,..)))))}})}...}})})).,,}})),.,,,)))}}}.||{|....{(((((.....,,)}}},,}}}}......,.))),
Back