Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001184968.2

Sequence Length

1106 nt

GC Content

0.4141

GGUGGUGUCUCGGGAUACCUUGUUUAUAGUACCUUCUCUUUGCCAGUCCAUCUUCAAAUUGGAAUUAUAGAAAGUAGAGGGAGGGAUAGUCUACCGUCUCUCACUGGAUUGGUGCCACCUAAAACAUUGUUAUGCUGGAAAUGCUAGAAUAUAAUCACUAUCAGGUGCAGACCCACCUCGAAAACCCCACCAAGUACCACAUACAGCAAGCCCAACGGCAGCAGGUAAAGCAGUACCUUUCUACCACUUUAGCAAAUAAACAUGCCAACCAAGUCCUGAGCUUGCCAUGUCCAAACCAGCCUGGCGAUCAUGUCAUGCCACCGGUGCCGGGGAGCAGCGCACCCAACAGCCCCAUGGCUAUGCUUACGCUUAACUCCAACUGUGAAAAAGAGUUUAUGAAGCAGUGAGAAUGCAGAGAGAGGAGAAGGGGAGGUGGAAAAGGAAAAGCAAAAAUAGAAGAGGUGUGGGACAUGCUGUUUAGAAGUUCCGCUUGUUGUGAAUGUCUGGAAUAUUAUUUUUAUUUCUCCCUGAGUUGGGGGAAGAAAGAAUGGAAUAUGCAUGGAUGGAUUUGAAUCAUAUAGCACAUGAGACUUUAACGGAAACGCAAAGGUUUAAUUGCUGGAUACAUUCUGUUUCAUAAUAAAAUUGCCACUGCCCGUUAAAUCUGCUUUGGUGAAGGCUGGAUUGGAAACAAGACUCAAACUACCUUCAAGCUAAUUGGUGCAUCAAAAUUUGCAGCAUACAAAUACCUGAGAGCUGUGAUUUAAUGCUCAUUAUUUCCAAAUUAUGAGAUGAUGAGCUUCAUCUCAAUGGGAUUUACCGUACUAUGGACUAUGAAGUGUUUAUGCAAAUUCGGAGGCAACUUUUCUAGAGUUGGAUUGAUUUUAAUUUCUAGAGGGACUAAAAUCUUUGCCCCUAUGCCCAAACCAACUGCUUUAUUUUUCUCUACCCAAAUUUGUCAUCUAGCAAGAUGAUUUGACACAAGUUCUUCCUUCAUUAUUUCAUCUUUUGGUCAGAUUCCACUUUGUUUGAAAGCUUAGUUCAUCUUGUUGCUGUGCCAUCAGCUUUGUGUGAACAGGUCAUUAAAAAGUCAUUUGCAAAUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-283.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -305.84

Frequency: 0.0000

Diversity: 273.32

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((((((....)))))).............(((((((((((...((((.........)))).........(((.((((((.((........)).)))))))))(((((((((.((........(((((((.(((((...(((((((............(((((((......))))).))............(((.....))).((..(((....))).))(((((......))))).........))))))).....(((((.....(((((.....))))).))))).....))))).))))))).......)).))))))).))(((..((...)).)))...((((....))))...(((((((((......((((.(.....).))))....)))).)))))...))))))))))).(((((((.((((((.(((((((((((...........(((.((((.((((...((((((.((((.((.....)))))).))))))....(((((((.((((((((......)))))))).)))))))((((.(((((((((....(((((((((..(((.....(((.((((((((....(((..(((..........((.(((...))).))...........)))..))))))))))))))(((....((((((.(((.((((.........)))).))))))))))))....((.((((........)))).))...............)))))))))))).((((((((((((........))))))))))))(((((.(((((((......))))....)))...)))))..))))))))).))))((.(((((.(((((((((((((((.....))))).))))))))))..........))))))))))))))).)))...)))))).))))).)))))).......(((((((....)))))))..(((....))).)))))))............((((..(((((...(((((..((((..((((.((((((......((((......)))).....))))))))))..))))))))).))))))))).))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.((((.(({,|||}.........},,,|,,,,,..,((((((((,,,({{....,})}.........{((.((((((.((........)).)))))))))))))))))(.{((({.....,{{(((({,((((.....))))..})}}}}.......)))))}}}}}})))),.,........,,,..,,..((((((.(((..,....((((((((((({{{((..{{{,||,,,|}|,.|||}}(({.....,,,||}....,,.{..,{{{|||||{||,||........)).))))|},...,,|,,|{||..({|{{,,(((.((...)).))}....|||,..}))),,},(((((((((..{,,.,{{{.{.....},))))....)))).)))))..}}}|||||||}||{{{{({(,((((((,(((({((((((...........(((.((((.((((..,((((((.((({{((.....)))))).)))))).,..(((((((.((((((((......)))))))).)))))))((((.(((((((((,...(((((((({,,(((.....(((.((((((((....(((..(((...,(({.((((.(({...}))}))}}},}.,....)))..)))))))))))))){{{,,,,((((((.(((.((((.........}))).))))))))},}),...((.((((........)))).))...........,.,.)))))))))))).((((((((((((........)))))))))))){{{({,{{,((((......))))...,)))|,.,,,,},,))))))))).))))((.(((((,{{(((((((((((((.....)))))}})))))))}|..........))))))))))))))).)))..,)))))).))))).)))))),......(((((((....))))))},||,,..,,|,,.,}))))}....,,}},}}}},}}}|{{{{{...,,,..}}}}}},}))}},},,|..))))))))))).......))).)))))).}},||}..,,....,,,..,}},.........