Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001190819.2
Sequence Length
3106 nt
GC Content
0.5068
CCUUCCACCUUCUUUUCAUUUCUAGUGAGACACACGCUUUGGUCCUGGCUUUCGGCCCGUAGUUGUAGAAGGAGCCCUGCUGGUGCAGGUUAGAGGUGCCGCAUCCCCCGGAGCUCUCGAAGUGGAGGCGGUAGGAAACGGAGGGCUUGCGGCUAGCCGGAGGAAGCUUUGGAGCCGGAAGCCAUGGCACACUACCCCACAAGGCUGAAGACCAGAAAAACUUAUUCAUGGGUUGGCAGGCCCUUGUUGGAUCGAAAACUGCACUACCAAACCUAUAGAGAAAUGUGUGUGAAAACAGAAGGUUGUUCCACCGAGAUUCACAUCCAGAUUGGACAGUUUGUGUUGAUUGAAGGGGAUGAUGAUGAAAACCCGUAUGUUGCUAAAUUGCUUGAGUUGUUCGAAGAUGACUCUGAUCCUCCUCCUAAGAAACGUGCUCGAGUACAGUGGUUUGUCCGAUUCUGUGAAGUCCCUGCCUGUAAACGGCAUUUGUUGGGCCGGAAGCCUGGUGCACAGGAAAUAUUCUGGUAUGAUUACCCGGCCUGUGACAGCAACAUUAAUGCGGAGACCAUCAUUGGCCUUGUUCGGGUGAUACCUUUAGCCCCAAAGGAUGUGGUACCGACGAAUCUGAAAAAUGAGAAGACACUCUUUGUGAAACUAUCCUGGAAUGAGAAGAAAUUCAGGCCACUUUCCUCAGAACUAUUUGCGGAGUUGAAUAAACCACAAGAGAGUGCAGCCAAGUGCCAGAAACCCGUGAGAGCCAAGAGUAAGAGUGCAGAGAGCCCUUCUUGGACCCCAGCAGAACAUGUGGCCAAAAGGAUUGAAUCAAGGCACUCCGCCUCCAAAUCUCGCCAAACUCCUACCCAUCCUCUUACCCCAAGAGCCAGAAAGAGGCUGGAGCUUGGCAACUUAGGUAACCCUCAGAUGUCCCAGCAGACUUCAUGUGCCUCCUUGGAUUCUCCAGGAAGAAUAAAACGGAAAGUGGCCUUCUCGGAGAUCACCUCACCUUCUAAGAGAUCUCAGCCUGAUAAACUUCAAACCUUGUCUCCAGCUCUGAAAGCCCCAGAGAAAACCAGAGAGACUGGACUCUCUUAUACUGAGGAUGACAAGAAGGCUUCACCUGAACAUCGCAUAAUCCUGAGAACCCGAAUUGCAGCUUCGAAAACCAUAGACAUUAGAGAGGAGAGAACACUUACCCCUAUCAGUGGGGGACAGAGAUCUUCAGUGGUGCCAUCCGUGAUUCUGAAACCAGAAAACAUCAAAAAGAGGGAUGCAAAAGAAGCAAAAGCCCAGAAUGAAGCGACCUCUACUCCCCAUCGUAUCCGCAGAAAGAGUUCUGUCUUGACUAUGAAUCGGAUUAGGCAGCAGCUUCGGUUUCUAGGUAAUAGUAAAAGUGACCAAGAAGAGAAAGAGAUUCUGCCAGCAGCAGAGAUUUCAGACUCUAGCAGUGACGAAGAAGAGGCUUCCACACCGCCCCUUCCAAGGAGAGCACCCAGAACUGUGUCCAGGAACCUGCGAUCUUCCUUGAAGUCAUCCUUACAUACCCUCACGAAGCUCAAGCCUAGAACGCCACGUUGUGCCGCUCCUCAGAUCCGUAGUCGAAGCCUGGCUGCCCAGGAGCCAGCCAGUGUGCUGGAGGAAGCCCGACUGAGGCUGCAUGUUUCUGCUGUACCUGAGUCUCUUCCCUGUCGGGAACAGGAAUUCCAAGACAUCUACAAUUUUGUGGAAAGCAAACUCCUUGACCAUACCGGAGGGUGCAUGUACAUCUCCGGUGUCCCUGGGACAGGGAAGACUGCCACUGUUCAUGAAGUGAUACGCUGCCUGCAGCAGGCAGCCCAAGCCAAUGAUGUUCCUCCCUUUCAAUACAUUGAGGUCAAUGGCAUGAAGCUGACGGAGCCCCACCAAGUCUAUGUGCAAAUCUUGCAGAAGCUAACAGGCCAAAAAGCAACAGCCAACCAUGCGGCAGAACUGCUGGCAAAGCAAUUCUGCACCCGAGGGUCACCUCAGGAAACCACCGUCCUGCUUGUGGAUGAGCUCGACCUUCUGUGGACUCACAAACAAGACAUAAUGUACAAUCUCUUUGACUGGCCCACUCAUAAGGAGGCCCGGCUUGUGGUCCUGGCAAUUGCCAACACAAUGGACCUGCCAGAGCGAAUCAUGAUGAACCGGGUGUCCAGCCGACUGGGUCUUACCAGGAUGUGCUUCCAGCCCUAUACAUAUAGCCAGCUGCAGCAGAUCCUAAGGUCCCGGCUCAAGCAUCUAAAGGCCUUUGAAGAUGAUGCCAUCCAGCUGGUAGCCAGGAAGGUAGCAGCACUGUCUGGAGAUGCACGACGGUGCCUGGACAUCUGCAGGCGUGCCACAGAGAUCUGUGAGUUCUCCCAGCAGAAGCCUGACUCCCCUGGCCUGGUCACCAUAGCCCACUCAAUGGAAGCUGUGGAUGAGAUGUUUUCAUCAUCAUACAUCACGGCCAUCAAAAAUUCCUCUGUUCUGGAACAGAGCUUCCUGAGAGCCAUCCUCGCAGAGUUCCGUCGAUCAGGACUGGAGGAAGCCACGUUUCAACAGAUAUAUAGUCAACAUGUGGCACUGUGCAGAAUGGAGGGACUGCCGUACCCCACCAUGUCAGAGACCAUGGCCGUGUGUUCUCACCUGGGCUCCUGUCGCCUCCUGCUUGUGGAGCCCAGCAGGAACGAUCUGCUCCUUCGGGUGCGGCUCAACGUCAGCCAGGAUGAUGUGCUGUAUGCGCUGAAAGACGAGUAAAGGGGCUUCACAAGUUAAAAGACUGGGGUCUUGCUGGGUUUUGUUUUUUGAGACAGGGUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCAUGGCUCACUGCAGCCUUGACUUCUCAGGCUUAGGUGACCCCCCAACCUCAUCCUCCCAGGUGGCUGAAACUACAGGCACAUGCCACCAUGCCCAGCUGAUUUUUUGUAGAGACAGGGCUUCACCAUGUUGCCAAGCUAGUCUACAAAGCAUCUGAUUUUGGAAGUACAUGGAAUUGUUGUAACAAAGUAUAUUGAAUGGAAAUGGCUCUCAUGUAUUUUGGAAUUUUCCAUUAAAUAAUUUGCUUUUUCCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1029.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1087.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 698.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((...((............((((((((((((((.((((((((((....(((((............)).)))((((....))))....(.(((((.((((((((((..((.(((......)))))(((((....(.(..(((((.(((((..((((((....))))))))))).))))).).)....)))))(((((((((((..((((.(((.......)))...))))..)))..))))).)))........((((((.........((((......))))(((....)))((.((((((.((.((..((((((((((((...)))).....))))..))))...))))((((((((((((((.(((((((((((...((((((((((((((....))))))))((.((((((((((((.....((((....)))).(((((((...(((..((((((.(((((((((.......))))..(((((((((((.....(.((((.(((((....))))))))).)....)))))))..))))(((.......))))).)))((..((((((..(((((((((((..((((.........(((((((..(((.((.((.(((...........)))...)))).)))..)).)))))((..(((((........((((((((((((.........(((..((((............((((.(((.((((((((((.((((......((((((.....(((...((((((...((..((((.((((.((.((........)).))))))))))......))...))))))...)))....))))))...............((((((...............)))))))))).))))))).....(((....)))..((.(((......))).))...))))))))))....))))..))).........))))))))))))((((..(((...........)))..))))))))).))(((......)))...(((((((((..(((((.......)))))......((((((......))))))........))).))))))))))..)))))))))))..)).))))..))..........))))))..))).))))))).....)))).)))))).)).))....((((((....))))))(((.(((.(((..((((.((..(((((.((((((....))))).............(((.((((..(((((((..(((((((......((..((((((...............((((((....)))))).(((((((((.((((((...((((.((((...(((((((((((...(((....((((......((((...((((((((((.....))))).)))))...))))....(((((...((((.(((.........))).))))((((((((.....(((..(((....)))....)))...)).))))))..)))))............))))...)))...)))))))).)))..))))))))..)))...))).))))))))).((((((((((......).))))))).))..))))))..))....))).))))...)))))))..))))))).(((((..(((((((((((....((....))......((((((....)))))).................(((((((((((((....))).)))))))))))))...)))))))))))))..((((........))))....((((((((...)))))))).((.((((.(((....((((..............))))))).)))).))....).))))))).)))).)))))).)))((((...))))....(((....)))....)))))).)).))).))))))((((((.((((.....)))).)))))).((.((((....)))).)).......(((..(((((((...((((.((.((.....)).))))))...))))).))..)))....(((((..(((((((((((.((....(((.(((((((((((((((((((((....(((......)))...)))))).)...))))))).)..)))))).)))....)).))))))..((((((((.((((..((((.((((....))))...)))).)))).)))))..))).((((((...(((((.................))))).....))))))..((((((..((.((((((((((((((......)).))))))))..((.(.(((((.((.(.(((((((....))))).)).).))..))))).))))).))))))))))..)))))((((((((((.....)))..)))))))..))))))))))))))))))).....)))))).)).....((((((((((((((.((.(((((..(((.(((.....))).)))))))).))...))))))).)))))))(((((((....((.........))....)))))))...))))))..))).)))).))).))))).).....))))).))))).)).)))))).))))))..(((((((.(((.......(((((((((((((((((((.....)))))).(..((.(((((((.((.((((......)))).)).))))))).))..)..............))))))))))))).....))).)))))))..((((((............((((((((...))))))))))))))(((((.(((..((((((.......((.(((((..(((((.((....)))))))..))))).))...................(((.(((......))).))).))))))..)))))))).(((.(((((((((.....(((..((...))..))).......))))))))).))).))...))))))..((.((((..........((((((.((((((((((((....((.((.......))))..))))))))...)))).)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((...{(............((((((((((((((.((((((((((....(((((............)).))|((((....))))|...{.(((((.((((((((({..((.(((......)))))(((((....{.,..(((((.(((((..((((((....))))))))))).))))).}.,....)))))(((((((((((..((((,(((.......))).,.))))..))).,)))))}}))........((((((............,{{{,..{((,((({{..(((((((((((,{({.{(,,{{{({(((({((,,,||||,,||,}}}}}.}}}}...|||}|{{,{{{,,.,..,,(((((((((((...((((((((((((((.,,,|||}}|||{{.{{((((((((({.....(({{,,,,))}|,(((((((...{((..{((({{..,,..((((.......))))..(((((((((((.....{.((((.(((((....))))))))).}....)))))))..))))|||..,....|||||,{.{((..,,}}|{,}(((((((((((..((((.....{,,.{((({{{,{{.,,,{,{{,(((........}|,.,...,}}}}}))}..}}})))))||..(((((........((((((((((((...,..,,.{{{{.{{,{{{.....,.}|,||||,{|||{{.(((((((.((((......((((((.....(((...((((((.,,{(..((((.((((.((.((........)).))))))))))......))...))))))...)))....))))))......,.,......{(((((.....,,,,}...,.,,}))))))).)))))))..||,{((,...})},,{{.(({......))).}}.}}}}}|||({{(({...)))))),,,........))))))))))))||||,{((({{...,.....,,,..}})))))),...(((......)))...(((((((((..(((((.......)))))......((((((......))))))........))).))))))})))..))))))))))}.}))},,}},.,}.,,.,,,,..}})}}).,))).}}}}}}}.....)))).)))))).)}.,,....((((({....}))))),||}|||}|||}.((((.((..(((((.{(((((....)))))....,,.....,,(((.((((..(((((((..(((((((..,,..((..((((({.........,.....((((({....}))))).(((((((((.((((((...((({,((((.,.(((((((((((...(((....((((......((((...((((((((((.....)))))}}))))...))))....(((((...((((.(((.........))).))))(((((((({,.,.{{(..(((....)))....))).,.})}))))))..)))))............))))...)))...)))))))).))),.))))))))..)))...))).))))))))).((((((((((......),})))))).,,}}))))))..)).,,.))).))))...)))))))..))))))).|||,({((((((((({(({,..{{..,}))......((((((....))))))...,....,||},|.,.(((((((((((((....,}),)))))))))),},.,,))))))))))),}..((((........))))....((((((((...)))))))).{{.{{{{.{|{,,.,{{||..,,,,,......,))})))).)))}.))..,.}.)))))}}.)))).,||}}}.|,(((({...})))).}.|||....)))....}))))).))}})),})))))((((((.((((.....)))).)))))).{(.((((....)))).)).......{||||,,,,|||))}}|,|,,}))))))))))....))))}.}}}.,,{,...}}}....|||||((((.{((((.........(((.((((((,((((((((((((((....(((......)))...)))))).}.,.}))))}).}..)))))).))).{{,({{{((({(((...(((((.((((..((((.((((....))))...)))).)))).))))),))),)))))|)}..|{{{{,...},,,.}},,}}},)}|{{{{....,,}))},((((((..((,{,{{((((((((((......)).)))))))),.((.{.(((((.((.(.(((((((....))))).)).).}),.))))).))),}.)),,)))))),}}}|{,((((((((((.....)))..))))))){|||{({{,...)))),)))}......,))))}))},...((((((((((((((.((.(((((,.{((.(((.....))).)))))))).))...))))))).)))))))(((((((.,..{(.........))..,.)))))))...))))))..})).)))).))).))))).,.....))))).))))).))}})))))},)))))..{((((((.(((.......(((((((((((((((((({.....}))))).,..((.(((((((.((.((((......)))).)).))))))).)}|,,..............))))))))))))).....))).))))))}.{((((((............((((((((...))))))))||},}}||{((,({((((((((.{......})),)))))){((({,((....))))))}.{(((|,.......}}})....},,,..(((((({{...,....}...},.))))))..))))))).(((.(((((((((..,..(((..({...})..)))..,....))))))))).))).))...})))))..,,.|||{.........,{{{{{{,{{{.{{{(((((..,,{,.,{.......||||..}})))))}.,}))...})))})))))...
Back