Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001190918.2
Sequence Length
2266 nt
GC Content
0.5984
ACUCGCACUCACACCCGGGCGCAGGAGGCGGGCGGCCCGGGCCCCACCGGCCCCCCAUGGACGCCCCCAGCACGGGGCGCUGAGACCCCCGCGUCGCUGCCCAGCCCGGUCCGGCGCGCCACGCCGAGGGAUCUCUGGACAGGACAAGACUCCGAAGCUACUCCCCCAGCACACAGCCCGGGACCCACAAACCCAGCUUGCCCCCAGCCCUCCCACCUGCCACUCCCUGGCCCCUCCCACCGCCCGCCCCCCUUGGGGCGCAGGGCAUGGUGUGAAAGGCCAAGUGCUGAGGCGGGUAUCAUGGGUGCUGUGCCCUAGGGCCUGGGUGGCAGGGGGUGGGUGGCCUGUGGGUGUGCCGGGGGGGCCAGUGUGCCCACCCCAGUCUCUUGGCGUGCUGGAGGGCAUCCUGGAUGGAAUUGAAGUGAAUGGAACAGAAGCCAAGCAAGGUGGAGUGUGGGUCAGACCCAGAGGAGAACAGUGCCAGGUCACCAGAUGGAAAGCGAAAAAGAAAGAACGGCCAAUGUUCCCUGAAAACCAGCAUGUCAGGGUAUAUCCCUAGUUACCUGGACAAAGACGAGCAGUGUGUCGUGUGUGGGGACAAGGCAACUGGUUAUCACUACCGCUGUAUCACUUGUGAGGGCUGCAAGGGCUUCUUUCGCCGCACAAUCCAGAAGAACCUCCAUCCCACCUAUUCCUGCAAAUAUGACAGCUGCUGUGUCAUUGACAAGAUCACCCGCAAUCAGUGCCAGCUGUGCCGCUUCAAGAAGUGCAUCGCCGUGGGCAUGGCCAUGGACUUGGUUCUAGAUGACUCGAAGCGGGUGGCCAAGCGUAAGCUGAUUGAGCAGAACCGGGAGCGGCGGCGGAAGGAGGAGAUGAUCCGAUCACUGCAGCAGCGACCAGAGCCCACUCCUGAAGAGUGGGAUCUGAUCCACAUUGCCACAGAGGCCCAUCGCAGCACCAAUGCCCAGGGCAGCCAUUGGAAACAGAGGCGGAAAUUCCUGCCCGAUGACAUUGGCCAGUCACCCAUUGUCUCCAUGCCGGACGGAGACAAGGUGGACCUGGAAGCCUUCAGCGAGUUUACCAAGAUCAUCACCCCGGCCAUCACCCGUGUGGUGGACUUUGCCAAAAAACUGCCCAUGUUCUCCGAGCUGCCUUGCGAAGACCAGAUCAUCCUCCUGAAGGGGUGCUGCAUGGAGAUCAUGUCCCUGCGGGCGGCUGUCCGCUACGACCCUGAGAGCGACACCCUGACGCUGAGUGGGGAGAUGGCUGUCAAGCGGGAGCAGCUCAAGAAUGGCGGCCUGGGCGUAGUCUCCGACGCCAUCUUUGAACUGGGCAAGUCACUCUCUGCCUUUAACCUGGAUGACACGGAAGUGGCUCUGCUGCAGGCUGUGCUGCUAAUGUCAACAGACCGCUCGGGCCUGCUGUGUGUGGACAAGAUCGAGAAGAGUCAGGAGGCGUACCUGCUGGCGUUCGAGCACUACGUCAACCACCGCAAACACAACAUUCCGCACUUCUGGCCCAAGCUGCUGAUGAAGGGUCCGCAGGUCCGGCAGCUUGAGCAGCAGCUUGGUGAAGCGGGAAGUCUCCAAGGGCCGGUUCUUCAGCACCAGAGCCCGAAGAGCCCGCAGCAGCGUCUCCUGGAGCUGCUCCACCGAAGCGGAAUUCUCCAUGCCCGAGCGGUCUGUGGGGAAGACGACAGCAGUGAGGCGGACUCCCCGAGCUCCUCUGAGGAGGAACCGGAGGUCUGCGAGGACCUGGCAGGCAAUGCAGCCUCUCCCUGAAGCCCCCCAGAAGGCCGAUGGGGAAGGAGAAGGAGUGCCAUACCUUCUCCCAGGCCUCUGCCCCAAGAGCAGGAGGUGCCUGAAAGCUGGGAGCGUGGGCUCAGCAGGGCUGGUCACCUCCCAUCCCGUAAGACCACCUUCCCUUCCUCAGCAGGCCAAACAUGGCCAGACUCCCUUGCUUUUUGCUGUGUAGUUCCCUCUGCCUGGGAUGCCCUUCCCCCUUUCUCUGCCUGGCAACAUCUUACUUGUCCUUUGAGGCCCCAACUCAAGUGUCACCUCCUUCCCCAGCUCCCCCAGGCAGAAAUAGUUGUCUGUGCUUCCUUGGUUCAUGCUUCUACUGUGACACUUAUCUCACUGUUUUAUAAUUAGUCGGGCAUGAGUCUGUUUCCCAAGCUAGACUGUGUCUGAAUCAUGUCUGUAUCCCCAGUGCCCGGUGCAGGGCCUGGCAUAGAGUAGGUACUCCAUAAAAGGUGUGUUGAAUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-934.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -975.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((..(((((((((((((.(((.((((((((((((.((.(((((..((..(((.(((.(((((((((((((.((((((.((((...((...........))..)))))))))).))..(((((((((...((((...(((......))).......(((((((.((((((..((((((..((((..((((..((((((((((((((((((.(((..((((...(((((..((.((((((((((((((...)))).)).))))..)))).))..)))))))))...))).)))......((((.....)))).)))).))))).))))))))))..)))))))).)))))))).)))))))...(((....))).)))))))))))))))))))).)))).))))))..))........((..(((........)))..)).))))).)).))))))...((....))(((((((((..(((((((.((.((((..............(((((.....)))))........((((......((((.....))))......)))).(((.((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((.......)))).)))....)))))..(((.((..(((.(((((...............)))))..))).)).)))......)))))))..))))))))))))).)))).))).............((((((((....(((..(((((((....((((.(((.(((((....))))).))).))))(.(((.((....)).))).))))))))..)))....))))))))(((((((((((((((...((.(((((((((.(((......)))...((....))((.((((.(((((((.....))))))).)))).))....((((((((((((......(((((((((((((...((((((((.(((....))).)))(((...))))))))...).))))).(((((((((..((((((((.........)))))))))))))..)))).(((((.(((((((((.((......((((((..(((.......))).))))))((((.((((......(((((...(((((..((((((((((((...(((.((.(((((((((((..((((((.(((.......(((.(((...((((((....))))))...)))..)))..))).))))))..))......)))).))))))))))..))))).))))))).))))))))))....)))).))))((((....(((((.......(((((((.....)).))))).......)))))...)))).))))))).)))).))))))))))))........(((((((((((((((.(((.(((.((.(((.((..(..(((..(((((.(((....))).))))).)))..)..))..))).))))).)))........(((((((((((((.(((((((((((((.(.(((...(((......)))...))).).)))))))))))....)).))))))........((.((((((((.((......))..)))))))).))((((((.((....)).))))))........))))))).......)))))))))))))))(((((((((.(((((((.(((((((((((...))).))).(((((((((....((.((((((((.(((..(((.(((.....(((((.((..((((.((((...(((.((((...((((((((....((....))...))))))))..)))))))((((((....((((.....)))).....)))).))..)))))))).)))))))....))).))))))))).))))).))....)))))))))..(((((....)))))..........))))))))))))))...((((.......))))....)))))))...))))))..)))))).........((.(.((((((.......)))))).).))))))))))))).)))))).(((((((......))))))).........))))).))))))))))))))).)).....)))))))))........((((((((.(((((((((...)))).))))))))))))).....)))))).)))...)))))))(((.((.(((((........))))).)).)))....)))))).)).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{((,.({((((((((((({(((.(((((,(({{{(((((.....))))).,{..((,{(((((,,,,..||}||||||.|.}}))}}}.}}.}}))...))}})}|||||||,.,,.}||||,{{{{,{{((((...,(({.,.{{{||,..{{{.(((((((.((((((..((((((..((((..((((..(((((((((((((((...(((((((.(..{,(((((..((.((((((((((((((...)))).)).))))..)))).))..)))))}).)..}.))))))}.....((((.....)))).))))},)))).))))))))))..)))))))).)))))))).)))))))({{{.{{{{{|...||||||,},,}}}),))))).))))}),))))..||........{,..{((........))),})..}})))))).)}})))...,|}}}})|(((((((((..(((((({,((.((((,.{{..........(((((.....})))).{{{.....|||..,{{{|(((,{...,,},.,.,,}))}),||,.((((((((((.(((((((((((((((,,(((,..,{(((.......)))}.,}}....}}}}},.(((.((..,(({,(((({{,............,)))),,))).)).))).},,.,))))))}.,))))))))))))).)))).,}|.......,.....((((((((....((({.(((((((....((((.(((.(((((....))))).))).))))(.(((.{{....)).))),)))))))),.)))....)))))))),{{{(((((((((((,,,((.(((((((((.{(({{,...,}|.{{({..,,)}|{.((((.(((((((.....))))))).)))).,,....,{(((,{{{{||,,{{{.(((((((({{{{,.,,((((((({.(((,,,,||}.|||((,...,}}}}}}},,,|,}}||||(((((((((..((((((((.........))))))))))))),.)))).(((({.{{{{{{{||,,|},,..,||||{{..,((,,,,,,|},}.))))))|{|{.{{{{......|||||..,|||{|,,|||||||||||{...{{,,{{.(({{{{({{{,..||||||}||||}||.,,,|,,{|||.,||||||{{.{||||||{.{,,,..,..,})))}))}))|,,|||{,,{{|||||||||}}||||,.|||||,|||||}}.}}}}}}||||,,,{||||.||||((((..{.(((((.......(((((((.....}}.))))).......))))).,.)))).},)))),,)))},)))))})))))),.......(((((((((((((((.(((.(((.((.(((.{(.{({{{,,..(((((.(((....))).))))).}))}}...}}..))).))))).)))........(((((((((((((.(((((((((((((.{.(((,.,(((......)))...))).,.)))))))))))....)).)))))),,....,|((.((((((((.((......))..)))))))).))((((((.((....)).))))))........))))))).......)))))))))))))))((((((({{.(((((((.(((((((((((...))).))).(((((((((,...((.((((((((.(((..(((.(((..,,.(((((,{{..(((,,((((,.,((,,((((...((((((((..,.((....)).,.)))))))),,)))))))((((({.,..((((.....))))....})))).)}}.)))))))).})))))),,..))).))))))))),})))).)).,,}}})))))))..(((((....))))).......,,.))))}}))))))}}.,,((((.......)))).,,.)))))))...,})))),.))))),}}}},....{{.,.{{{{||.,,,,..)))))),)})}))))))))))).)))}}}.(((((((......})))))).}},,,}..))))).))))))))))))))).)).....))))))))}........((((((((.(((((((({...}))).))))))))))))).....,|||||,|,,{(((.((((......)))))))}.}},,}||,}},.}}}}......)))))).,,.......
Back