Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001190919.2
Sequence Length
2514 nt
GC Content
0.5784
AGCAGAUUGUUGGGGGAAAUGGCUGGUGACAGAGAAUAGAAAGAGCCUAUAUGGAGAAGGGUGACGUUGGAAAAGGGAGGCAGUGGAUCGGUAUUGAUGUUAGAAAUGAGAGGGGAGGGAGGUAACAGGGAAUGAACCCCCACAAGGAUGAAAAACGUAAGAUGAUUGAAGUUAAAAGGACAUCAGGGGUCACCUGCCCAGCCCUCGCAGCUGAAGCUUGAGGAAGCUCUGCCCCCGACAGCAGUGGCGAUUUGUCAAGGGAUCUCUGGACAGGACAAGACUCCGAAGCUACUCCCCCAGCACACAGCCCGGGACCCACAAACCCAGCUUGCCCCCAGCCCUCCCACCUGCCACUCCCUGGCCCCUCCCACCGCCCGCCCCCCUUGGGGCGCAGGGCAUGGUGUGAAAGGCCAAGUGCUGAGGCGGGUAUCAUGGGUGCUGUGCCCUAGGGCCUGGGUGGCAGGGGGUGGGUGGCCUGUGGGUGUGCCGGGGGGGCCAGUGUGCCCACCCCAGUCUCUUGGCGUGCUGGAGGGCAUCCUGGAUGGAAUUGAAGUGAAUGGAACAGAAGCCAAGCAAGGUGGAGUGUGGGUCAGACCCAGAGGAGAACAGUGCCAGGUCACCAGAUGGAAAGCGAAAAAGAAAGAACGGCCAAUGUUCCCUGAAAACCAGCAUGUCAGGGUAUAUCCCUAGUUACCUGGACAAAGACGAGCAGUGUGUCGUGUGUGGGGACAAGGCAACUGGUUAUCACUACCGCUGUAUCACUUGUGAGGGCUGCAAGGGCUUCUUUCGCCGCACAAUCCAGAAGAACCUCCAUCCCACCUAUUCCUGCAAAUAUGACAGCUGCUGUGUCAUUGACAAGAUCACCCGCAAUCAGUGCCAGCUGUGCCGCUUCAAGAAGUGCAUCGCCGUGGGCAUGGCCAUGGACUUGGUUCUAGAUGACUCGAAGCGGGUGGCCAAGCGUAAGCUGAUUGAGCAGAACCGGGAGCGGCGGCGGAAGGAGGAGAUGAUCCGAUCACUGCAGCAGCGACCAGAGCCCACUCCUGAAGAGUGGGAUCUGAUCCACAUUGCCACAGAGGCCCAUCGCAGCACCAAUGCCCAGGGCAGCCAUUGGAAACAGAGGCGGAAAUUCCUGCCCGAUGACAUUGGCCAGUCACCCAUUGUCUCCAUGCCGGACGGAGACAAGGUGGACCUGGAAGCCUUCAGCGAGUUUACCAAGAUCAUCACCCCGGCCAUCACCCGUGUGGUGGACUUUGCCAAAAAACUGCCCAUGUUCUCCGAGCUGCCUUGCGAAGACCAGAUCAUCCUCCUGAAGGGGUGCUGCAUGGAGAUCAUGUCCCUGCGGGCGGCUGUCCGCUACGACCCUGAGAGCGACACCCUGACGCUGAGUGGGGAGAUGGCUGUCAAGCGGGAGCAGCUCAAGAAUGGCGGCCUGGGCGUAGUCUCCGACGCCAUCUUUGAACUGGGCAAGUCACUCUCUGCCUUUAACCUGGAUGACACGGAAGUGGCUCUGCUGCAGGCUGUGCUGCUAAUGUCAACAGACCGCUCGGGCCUGCUGUGUGUGGACAAGAUCGAGAAGAGUCAGGAGGCGUACCUGCUGGCGUUCGAGCACUACGUCAACCACCGCAAACACAACAUUCCGCACUUCUGGCCCAAGCUGCUGAUGAAGGAGAGAGAAGUGCAGAGUUCGAUUCUGUACAAGGGGGCAGCGGCAGAAGGCCGGCCGGGCGGGUCACUGGGCGUCCACCCGGAAGGACAGCAGCUUCUCGGAAUGCAUGUUGUUCAGGGUCCGCAGGUCCGGCAGCUUGAGCAGCAGCUUGGUGAAGCGGGAAGUCUCCAAGGGCCGGUUCUUCAGCACCAGAGCCCGAAGAGCCCGCAGCAGCGUCUCCUGGAGCUGCUCCACCGAAGCGGAAUUCUCCAUGCCCGAGCGGUCUGUGGGGAAGACGACAGCAGUGAGGCGGACUCCCCGAGCUCCUCUGAGGAGGAACCGGAGGUCUGCGAGGACCUGGCAGGCAAUGCAGCCUCUCCCUGAAGCCCCCCAGAAGGCCGAUGGGGAAGGAGAAGGAGUGCCAUACCUUCUCCCAGGCCUCUGCCCCAAGAGCAGGAGGUGCCUGAAAGCUGGGAGCGUGGGCUCAGCAGGGCUGGUCACCUCCCAUCCCGUAAGACCACCUUCCCUUCCUCAGCAGGCCAAACAUGGCCAGACUCCCUUGCUUUUUGCUGUGUAGUUCCCUCUGCCUGGGAUGCCCUUCCCCCUUUCUCUGCCUGGCAACAUCUUACUUGUCCUUUGAGGCCCCAACUCAAGUGUCACCUCCUUCCCCAGCUCCCCCAGGCAGAAAUAGUUGUCUGUGCUUCCUUGGUUCAUGCUUCUACUGUGACACUUAUCUCACUGUUUUAUAAUUAGUCGGGCAUGAGUCUGUUUCCCAAGCUAGACUGUGUCUGAAUCAUGUCUGUAUCCCCAGUGCCCGGUGCAGGGCCUGGCAUAGAGUAGGUACUCCAUAAAAGGUGUGUUGAAUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-999.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1042.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((..(((((.......(((....)))(((((((..(((.....((((((((((.((((.........(((((((((..((((.(.((((..((((......(((.((((((((((((.((((((........)))...(((((((.....((((((((.((((.(((.....))).))))(((((((((...((((((((((((.((((((((....))))).........(((((.((((.(((..(((....)))((((((....(((.(.((((((..(((.(((((((.((((((..((((((..((((..((((..((((((((((((((((((.(((..((((...(((((..((.((((((((((((((...)))).)).))))..)))).))..)))))))))...))).)))......((((.....)))).)))).))))).))))))))))..)))))))).)))))))).)))))))((((.((((((...(((((..........))))).)))))).))))................(((........))))))....)))))).)..)))....)))))).....(((((((..(((.(((.((...................(((((((.(((((.((.....((((......((((.....))))......))))....))..))))).)).))))))).))).)))..))).))))...))).)))).))))).))).))))))))))))..))).(((((((((((((.(..(((.........................(((((....)).)))((((((((((........)).)))...((((((((....(((..(((((((....((((.(((.(((((....))))).))).))))(.(((.((....)).))).))))))))..)))....))))))))))))).....)))..))))))))))))))....))))))..((.(((...))).)).((((.(((((((.....))))))).)))).......((((((((((((......(((((((((((((...((((((((.(((....))).)))(((...))))))))...).))))).(((((((((..((((((((.........)))))))))))))..)))).(((((.(((((((((.((......((((((..(((.......))).))))))((((.((((......(((((...(((((..((((((((((((...(((.((.(((((((((((..((((((.(((.......(((.(((...((((((....))))))...)))..)))..))).))))))..))......)))).))))))))))..))))).))))))).))))))))))....)))).))))((((....(((((.......(((((((.....)).))))).......)))))...)))).))))))).)))).))))))))))))........(((((((((((((((.(((.(((.((.(((.((..(..(((..(((((.(((....))).))))).)))..)..))..))).))))).)))........(((((((((((((.(((((((((((((.(.(((.........(((((((((...)))))))))..........((((.....))))((((((((((((.(((((......)))))..(((((((((((((...))).)).))))))))..)))))))....)))))..))).).)))))))))))....)).))))))........((.((((((((.((......))..)))))))).))((((((.((....)).))))))........))))))).......)))))))))))))))(((((((((.(((((((.(((((((((((...))).))).(((((((((....((.((((((((.(((..(((.(((.....(((((.((..((((.((((...(((.((((...((((((((....((....))...))))))))..)))))))((((((....((((.....)))).....)))).))..)))))))).)))))))....))).))))))))).))))).))....)))))))))..(((((....)))))..........))))))))))))))...((((.......))))....)))))))...))))))..)))))))))))))))))))))(((((.......))))).))).))))))))))))..))).....))))..)))).).)))).)))))))))...)))).))))).))))).......)))..)))))))........((((((((.(((((((((...)))).)))))))))))))(((...(((((....((((.((((......)))))))).)))))...))).))))).....))).))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((..(((((,....,{((({,..|||(((((((..(((.....((((((((((.((((.........(((((((((.,((((.(.((((..((((......(((.((((((((((((.((((((.......,))}..,(((((((.....((((((((.,(((.(((.....))).)))}((((({(((.,.((((((((((((.((({((((,,..}}}))|.||.....(((((.((((.{{{.,,||....},|((((((....(((.{.((((((..(((.(((((((.((((((..((((((..((((..((((..(((((((((((((((...(((((((.(..{,(((((..((.((((((((((((((...)))).)).))))..)))).))..)))))}).)..}.))))))}.....((((.....)))).))))},)))).))))))))))..)))))))).)))))))).)))))))((((.((((((...((((({.......,.))))).)))))).)))).,,,..,,....,...,{{........))))))....)))))).)..)))....)))))),....(((((((..(((.(((.((......,............(((((((.(((((.{{.....((((.....,((((.....)))).,....))))....,}..))))).)).))))))).))).)))..)))},))).,.,)).)))).))))).))).})))))))))))..,))}(((((((((((((.,..(((.{.......,,..,,........,.((((,...,{|{{|,{,,,,|||||}},|,...,..},....((((((((....((({.(((((((,...((((.(((.(((((....))))).))).))))(.(((.,{..,,)).))),)))))))),.}))....)))))))),)))).....)))..,)))))))))))))....))))))..,,.{{({..,,),||.((((.(((((((.....))))))).)))).,,....{(((((((((({..,,,.(((((((((((({...((((((((.(((....))).)))(((...))))))))...).)))))}(((((((((..((((((((.........))))))))))))),.)))).(((((.(((((((({,{{......{{{(((.,{((......,)}).))))))((((.((((......(((((...(((((..((((((((((((...(({{((.((((((((({,..((((((,(((,,{{,..,,,.{||,.,((((((....))))))...}}}.,},.,,))).))))))..}},,....)))),))))))))))..))))).))))))).))))))))))....)))).)))){(((..|.(((((.......(((((((.....}}.))))).......))))).,.)))).))))))).)))).))))),))))))..,,,...(((((((((((((((.(((.(((.((.(((.{{.{({{{,,..(((((.(((....))).))))).}))}}...}}..))).))))).)))........((((((({(((((,(((((((((((((.{.{((.........(((((((((...))))))))).....,,{..{(({.....||||{(({{((((({{.{{{{{|,.,,.}||}|,.{{{{(((({{||{..,)},,)).))))}))),|}}}})})..,.)))))..))).}.)))))))))))....||,||}}}}{{,...{{((.((({({{{.{{,,,...)),,}}}))))),))((((((.((....)).)))))).,.,,,..))))))).......)))))))))))))))((((((({{.(((((((.(((((((((((...))).))).(((((((((,...((.((((((((.(((..(((.(((..,,.(((((,{{..(((,,((((,.,((,,((((...((((((((..,.((....)).,.)))))))),,)))))))((((({.,..((((.....))))....})))).)}}.)))))))).})))))),,..))).))))))))),})))).)).,,}}})))))))..(((((....))))).......,,.))))}}))))))}}.,|((((.......)))).,}.)))))))...})))))..)))))})))))))))))))))|((((.......))))}.))).))))))))))))..))).....))))..)))).).)))),)))))))))..,)))).))))).))))}.......)))..))))))}...,.,,,{(((((((.(((((((({...}))).))))))))))))},{{.,.||{||.,,,((((.((((......)))))))).))},)}}.,}}.))))}.....))).))))........
Back