Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001190943.2
Sequence Length
1289 nt
GC Content
0.4251
GACCGGCUGCCUGGCUGACUUACAGCAGUCAGACUCUGACAGGAUCAUGGCUAUGAUGGAGGUCCAGGGGGGACCCAGCCUGGGACAGACCUGCGUGCUGAUCGUGAUCUUCACAGUGCUCCUGCAGUCUCUCUGUGUGGCUGUAACUUACGUGUACUUUACCAACGAGCUGAAGCAGUUUGCAGAAAAUGAUUGCCAGAGACUAAUGUCUGGGCAGCAGACAGGGUCAUUGCUGCCAUCUUGAAGUCUACCUUGCUGAGUCUACCCUGCUGACCUCAAGCCCCAUCAAGGACUGGUUGACCCUGGCCUAGACAACCACCGUGUUUGUAACAGCACCAAGAGCAGUCACCAUGGAAAUCCACUUUUCAGAACCAAGGGCUUCUGGAGCUGAAGAACAGGCACCCAGUGCAAGAGCUUUCUUUUCAGAGGCACGCAAAUGAAAAUAAUCCCCACACGCUACCUUCUGCCCCCAAUGCCCAAGUGUGGUUAGUUAGAGAAUAUAGCCUCAGCCUAUGAUAUGCUGCAGGAAACUCAUAUUUUGAAGUGGAAAGGAUGGGAGGAGGCGGGGGAGACGUAUCGUAUUAAUUAUCAUUCUUGGAAUAACCACAGCACCUCACGUCAACCCGCCAUGUGUCUAGUCACCAGCAUUGGCCAAGUUCUAUAGGAGAAACUACCAAAAUUCAUGAUGCAAGAAACAUGUGAGGGUGGAGAGAGUGACUGGGGCUUCCUCUCUGGAUUUCUAUUGUUCAGAAAUCAAUAUUUAUGCAUAAAAAGGUCUAGAAAGAGAAACACCAAAAUGACAAUGUGAUCUCUAGAUGGUAUGAUUAUGGGUACUUUUUUUCCUUUUUAUUUUUCUAUAUUUUACAAAUUUUCUACAGGGAAUGUUAUAAAAAUAUCCAUGCUAUCCAUGUAUAAUUUUCAUACAGAUUUAAAGAACACAGCAUUUUUAUAUAGUCUUAUGAGAAAACAACCAUACUCAAAAUUAUGCACACACACAGUCUGAUCUCACCCCUGUAAACAAGAGAUAUCAUCCAAAGGUUAAGUAGGAGGUGAGAAUAUAGCUGCUAUUAGUGGUUGUUUUGUUUUGUUUUUGUGAUUUACUUAUUUAGUUUUUGGAGGGUUUUUUUUUUCUUUUAGAAAAGUGUUCUUUACUUUUCCAUGCUUCCCUGCUUGCCUGUGUAUCCUGAAUGUAUCCAGGCUUUAUAAACUCCUGGGUAAUAAUGUAGCUACAUUAACUUGUUAACCUCCCAUCCACUUAUACCCAGGACCUUACUCAAUUUUCCAGGUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-344.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -370.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 378.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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