Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001190971.2
Sequence Length
2801 nt
GC Content
0.4684
GUUACUGGGCGUAUGGCGUACAGACACGAGGCCGGCGCCCGGGAGGCGGUGUUCAUCCGCCCGGGAAAAGAGCGCCUGUUGCUCGCUGCCCGCGUGUCCCUGGCUCUCUCGGGAACCCAGCGCCGAAGGCGAGGUGGGCGCGGGCCGAAGGAGGUCCUGGGAGGUCGGCGGCGCGGAGGGAUCUCCGCGGGAGCCGUUGGGGCUGUUGGCCUCGGGCUGAGGUGCAAGGACCAGGACUAGGGCGAGGGCAGCGGUCCAAGAAAUAGAAAACAAUGACUGGGAGAGCCCGAGCCAGAGCCAGAGGAAGGGCCCGCGGUCAGGAGACAGCGCAGCUGGUGGGCUCCACUGCCAGUCAGCAACCUGGUUAUAUUCAGCCUAGGCCUCAGCCGCCACCAGCAGAGGGGGAAUUAUUUGGCCGUGGACGGCAGAGAGGAACAGCAGGAGGAACAGCCAAGUCACAAGGACUCCAGAUAUCUGCUGGAUUUCAGGAGUUAUCGUUAGCAGAGAGAGGAGGUCGUCGUAGAGAUUUUCAUGAUCUUGGUGUGAAUACAAGGCAGAACCUAGACCAUGUUAAAGAAUCAAAAACAGGUUCUUCAGGCAUUAUAGUAAGGUUAAGCACUAACCAUUUCCGGCUGACAUCCCGUCCCCAGUGGGCCUUAUAUCAGUAUCACAUUGACUAUAACCCACUGAUGGAAGCCAGAAGACUCCGUUCAGCUCUUCUUUUUCAACACGAAGAUCUAAUUGGAAAGUGUCAUGCUUUUGAUGGAACGAUAUUAUUUUUACCUAAAAGACUACAGCAAAAGGUUACUGAAGUUUUUAGUAAGACCCGGAAUGGAGAGGAUGUGAGGAUAACGAUCACUUUAACAAAUGAACUUCCACCUACAUCACCAACUUGUUUGCAGUUCUAUAAUAUUAUUUUCAGGAGGCUUUUGAAAAUCAUGAAUUUGCAACAAAUUGGACGAAAUUAUUAUAACCCAAAUGACCCAAUUGAUAUUCCAAGUCACAGGUUGGUGAUUUGGCCUGGCUUCACUACUUCCAUCCUUCAGUAUGAAAACAGCAUCAUGCUCUGCACUGACGUUAGCCAUAAAGUCCUUCGAAGUGAGACUGUUUUGGAUUUCAUGUUCAACUUUUAUCAUCAGACAGAAGAACAUAAAUUUCAAGAACAAGUUUCCAAAGAACUAAUAGGUUUAGUUGUUCUUACCAAGUAUAACAAUAAGACAUACAGAGUGGAUGAUAUUGACUGGGACCAGAAUCCCAAGAGCACCUUUAAGAAAGCCGACGGCUCUGAAGUCAGCUUCUUAGAAUACUACAGGAAGCAAUACAACCAAGAGAUCACCGACUUGAAGCAGCCUGUCUUGGUCAGCCAGCCCAAGAGAAGGCGGGGCCCUGGGGGGACACUGCCAGGGCCUGCCAUGCUCAUUCCUGAGCUCUGCUAUCUUACAGGUCUAACUGAUAAAAUGCGUAAUGAUUUUAACGUGAUGAAAGACUUAGCCGUUCAUACAAGACUAACUCCAGAGCAAAGGCAGCGUGAAGUGGGACGACUCAUUGAUUACAUUCAUAAAAACGAUAAUGUUCAAAGGGAGCUUCGAGACUGGGGUUUGAGCUUUGAUUCCAACUUACUGUCCUUCUCAGGAAGAAUUUUGCAAACAGAAAAGAUUCACCAAGGUGGAAAAACAUUUGAUUACAAUCCACAAUUUGCAGAUUGGUCCAAAGAAACAAGAGGUGCACCAUUAAUUAGUGUUAAGCCACUAGAUAACUGGCUGUUGAUCUAUACGCGAAGAAAUUAUGAAGCAGCCAAUUCAUUGAUACAAAAUCUAUUUAAAGUUACACCAGCCAUGGGCAUGCAAAUGAGAAAAGCAAUAAUGAUUGAAGUGGAUGACAGAACUGAAGCCUACUUAAGAGUCUUACAGCAAAAGGUCACAGCAGACACCCAGAUAGUUGUCUGUCUGUUGUCAAGUAAUCGGAAGGACAAAUACGAUGCUAUUAAAAAAUACCUGUGUACAGAUUGCCCUACCCCAAGUCAGUGUGUGGUGGCCCGAACCUUAGGCAAACAGCAAACUGUCAUGGCCAUUGCUACAAAGAUUGCCCUACAGAUGAACUGCAAGAUGGGAGGAGAGCUCUGGAGGGUGGACAUCCCCCUGAAGCUCGUGAUGAUCGUUGGCAUCGAUUGUUACCAUGACAUGACAGCUGGGCGGAGGUCAAUCGCAGGAUUUGUUGCCAGCAUCAAUGAAGGGAUGACCCGCUGGUUCUCACGCUGCAUAUUUCAGGAUAGAGGACAGGAGCUGGUAGAUGGGCUCAAAGUCUGCCUGCAAGCGGCUCUGAGGGCUUGGAAUAGCUGCAAUGAGUACAUGCCCAGCCGGAUCAUCGUGUACCGCGAUGGCGUAGGAGACGGCCAGCUGAAAACACUGGUGAACUACGAAGUGCCACAGUUUUUGGAUUGUCUAAAAUCCAUUGGUAGAGGUUACAACCCUAGACUAACGGUAAUUGUGGUGAAGAAAAGAGUGAACACCAGAUUUUUUGCUCAGUCUGGAGGAAGACUUCAGAAUCCACUUCCUGGAACAGUUAUUGAUGUAGAGGUUACCAGACCAGAAUGGUAUGACUUUUUUAUCGUGAGCCAGGCUGUGAGAAGUGGUAGUGUUUCUCCCACACAUUACAAUGUCAUCUAUGACAACAGCGGCCUGAAGCCAGACCACAUACAGCGCUUGACCUACAAGCUGUGCCACAUCUAUUACAACUGGCCAGUAAGUGCUUCUACUUGUUGAUGUUUAGCAAAUAAAGGACAUUCACUUUUCAAAAUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-855.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -911.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 827.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((.((((.(.(......)).))))))))))))(.(((((.......))))))..((((((.((((.(((..(((.(((.(((((.((((((((((((((((((..(((((((((.(........).)))))(((((......)))))........((((..(((((((....)))))))...))))...(((((((((.((((..(((..(((.(........).)))..))))))).)))))))))....................))))....))))))..)))))))).....)))).))))).))))))))))))).(((((..(((......)))..)))))..(((((((......)))).)))((((.((((((((...((((..........))))...)))).))))...))))..(((((((.(((...((((((((((...((((((.((.((((...)))).)).))))))((((((..((..(((((........(((.((.((((((..((((((.(((((((...(((((.(((((((....(((((.(((((((.......)))))))..)))))..)))...(((((.....)))))..(((.((((..((((........((((((..((((((((((.....))))).)))))))))))))))..)))).)))......)))).)).)))....))).)))).))))))......)))))).))))))))))..)).)))))).....((((((...(((((((.(((..........))).))))))).)))))).((.....))....((((((.(((.........................)))...)))))).((((.(((((.(((((((......((.((((((((((...)))))))))).))))).))))))))).))))............(((((....((((....(((......)))))))..)))))))))))))))(((((((((...((((.(((((..(((((((........))))))).(((.(((..(((((.................(.((((((((((((((.((.((((((...((((.((....)).)))))))))).)).))).))))).)))))))...((((.....((((.((((.(((((((.........((((((..(((.....)))..)..)))))..(((((......)))))..((.((((.(((((.(((.((.((((((.(((((.(((((((((....)))..))))))........(....)......)))))..)).))))(.((((((.(.....).)))))).).((((((.((((((.((....)).))))))))))))..(((((....))))))).))).))))).))))))......((((((........))))))..)))).))).)))).))))))))........)))))..))).)))...(((((((((((((((.((.(((.((.(((((((((........))..))))((((((.((((((((....))))))))...))))))...........(((((((((..((..(((((((..........))))))).)).(((((......)))))((((((.((((((....((((..(((...........)))....))))...(((.((((((......)))))).))).((((((((........................))))))))..((((((........(((..((...((....(((....)))....)).))..))).......)))))).....))))))(((....((((((.((.......)).))).)))......)))((((((((((..(((....)))..))))))))))...))))))))))))))).....((((((..(((.((((.(((((.....(((((.(((.(((((.((((.((((((((((((...((.....((.....)).....))...)))))))))...........(((..(((.....)))......)))....(((((....((((.((....))))))..)))))((((((((((.......))))))))))....)))))))...)))).).))).)))))))))))))).)))..))))))))).))))).)).)))))).....))))))))).......))))).))))....(((((........)))))...((((.(((((...(((((....((((.((.....(((......))).)).)))))))))(.((((((((...))))))))))))))))))((((.((((......((((((.(((......((((((((((..((((((......))))))(((((..(((.......)))..)))))....))))))))))........)))...)))))).............(((((((.....))))))).(((((..(((((..((.....(((((.(((((((((((........))))..))))))).)))))))..)))))..))).)).((((.((.....)).)))).........(((((....))))).))))))))))))))))).........(((((((.........((((.((((.............)))))))))))))))))).)))))))((((((..........))))))...)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,.((((((((.{(((.(.{......}).)))})))))))),.(((((,,,,,.,||}}}..|||.,,|||||||{(((,(((.(((,(((((.((((((((((((((((((..(((((((((.{........}.))))}(((((......))))),,......((((,,(((((((....)))))))...))))}|,(((((((((.((((,.{((..(((.(........).)))..)}))))).)))))))))...................}))))....))))))..)))))))).....)))).))))).})}}}),)}))||.((((({{({{....,})))}})}}))..(((((({......)))).)))((((.((((((((..,({{(.,,.......)))),,.)))).)))).,.)))}..|||{{(({(({{,,{{{{,{((,{...{(((((.{,.,(((,{{||||.}|.}}})}||||{{|||||||,,,,|||{{{|,|{{{.{{,{{{{{(..({((((.((((({{...,{(({.{(((|,{,,.,{((({.(((((((.......)))))))..}))}}..,.|,..(((((.,,.,}}}}}.,(((.((((..(((,.......{((((((..((((((((((.....))))).)))))))))))))))..)))).||||.{{..}}}}.)},))}.,..})),,}}},))))})....,,|}}|||,||,|}||}}|,,||,,,,}}},,,..((((({,{{(((((((.(((.,,....,,.))).)))))))})))))).{{{,..||}.,.,((((({{((.......{{{.||.....,.}}}.,.,}}.}}}}}|||,((((,(((((((((((((......,,.((((((((({...}))))))))).}})))}}}))))}}}.||||................,..,,|||,,,,,||{.{,,,,||||||}||}}}}}))))}||||,{((((((({,..{{{{|(((({,,{((((({......,.}}}}}}},{||.,|(|,|{{({,,.,,..|||,{{{...{.((((((((((((((.((.((((((..{((((.((....)).))}})))))).)).))))))))),})))))}...||{{{....,||||.|{{{{{||{{{...}}}.}}}}}}.,,,},},}.}}}|}}})}.,,,,,..(((((......))))),{{{,,{{(,{{{{{.{((.{{.||||||,|||||.((((((({(....)),.,))))))........,,.,.,,,},,})))))}.,|.||||(,((({((.,.,,,,|,||}}}}.,.(((((((((((((.((....)).))))))))))))..{(((,.,,,|||||||{|}}.}}||},||}},,..}}}.{{{{{{,{,,.,..}}}))},}}|,{{{{{.{,,,..,.},}}}}}.,..}.}}},,..)))})),...(((((((((((((((.{{.(((,(({{,.,{{{{|........,,..,}}}{(((((.((((((({....})))))))...))))))...,.......(((((((((..((..(((((((..........))))))).}).{((((......))))}((((((.((((((.{{{((((..,((,(,,.......,,,..,,||,},,,,{{.{(((((......)))))}.}},.((((((((..{{..........,.......,.))))))))..,,,,,{,,.....,||,..,....,,....{{{,,,.}})}}.}))))))........(({{....)}))..))))))(((....((((((,((.....,}}).))).)))......)))((((((((((..(({....,))..))))))))))...))))))))))))))).....((((((..{{{.((((.(((((.....(((((.(({.(((((.((({,((((((((((((.,..,.....((.....}}...,,}}...})))}}})).},...,,},,|(({,{{{.....}}},....,))}.},.(((((,.,,{(((.{{....)))))},.)))))((((((((((.......)))))))))),}}.})}))))...)))).).})).)))))))))))))).}}}..)))))),}},,,)}).)).)))))).....))))))))).....}})))),.))),...}|{|||}||,|,}|)))}|...((((.({{{{...{((({....((((.{{...,.{{{.....,,}}.)).)))))))))|.{(((((((...))))))))}))))))))){(((,(((({{{{,.{(((({.(((......|(((((((({.,((((((......)))))){((((..(((.......)))..))))}..,.}))))))))}.......|})),,.)}}}}}..},}},},},..{((((((.....))))))}.,{(((..(((((..((.....(((((.(((((((((((........)))),.})))))).)))))))..)))))..))).)}.|}}|}||}}}}}}}}),,},.,,,,,..(((({....))))).}}}}||}}||}}}}))).}}......,||||||,.,,,.,..((((.((({.............)))))))),}}}}}}}}}.,||||||{,,,|}}}},,..,,,}}}),},..)}}|||....,,,,.
Back