Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001191028.3
Sequence Length
4153 nt
GC Content
0.4703
AAACGAACCUUAGGUACACUGGUGUGUGGCCUCCCAAGAUAGGCUUCUGAGGGCAAGUCAGCGACUGAAGACGGGAGCGCCAGAAUCUGUGGACUCAAGAGUCUAGAAUCAAGUGGAAAAACCGGAAAAAAGGCCAGGAACCUGAAUACGACCUAAUAGCUGUUUCCGAGGGGGCAACUUCCACGGAGAGCCUUCUGCCCUGGUAACGGCCAAAGAGGAGGAGAUGGCGCCAGUCAGGGAGCGGCCGUGGCCCAGACAGUGAGGAAGCGCGAAGGCGGAGCAACCGAGGAAUCCUCCGGAGAAGAAUCAGAGCCGUCGCUACCGCCACUACCGCCACCACCAUGGAAGGAGCAAAGCCGACAUUGCAGCUCGUGUACCAGGCAGUGCAGGCGCUUUACCACGACCCAGAUCCCAGCGGAAAGGAGCGCGCCUCUUUUUGGCUUGGGGAGCUGCAGCGUUCGGUUCAUGCAUGGGAGAUCUCAGACCAGUUGUUACAGAUCCGGCAGGAUGUGGAGUCAUGCUAUUUUGCUGCACAGACCAUGAAAAUGAAGAUUCAGACCUCAUUUUAUGAGCUCCCCACAGACUCUCAUGCCUCUUUACGGGACUCAUUGCUAACCCAUAUCCAGAACUUGAAAGACUUGUCACCUGUUAUUGUAACGCAGCUGGCUUUAGCAAUAGCAGAUCUUGCCCUACAGAUGCCUUCCUGGAAGGGAUGUGUGCAAACACUGGUGGAAAAAUACAGCAAUGAUGUGACUUCUUUGCCUUUUUUGCUGGAGAUCCUUACAGUGUUACCUGAAGAAGUACAUAGUCGUUCCUUACGAAUUGGAGCUAAUCGGCGCACAGAAAUUAUAGAAGAUUUGGCCUUCUACUCUAGUACAGUAGUAUCUCUAUUGAUGACCUGUGUAGAAAAAGCAGGAACAGAUGAGAAAAUGCUUAUGAAGGUUUUUCGCUGUUUGGGAAGUUGGUUUAACUUGGGAGUUUUGGACAGUAACUUCAUGGCUAACAAUAAAUUACUAGCACUCCUUUUUGAGGUUUUGCAACAGGAUAAGACCUCGUCUAACCUACAUGAAGCUGCUUCGGACUGUGUAUGCUCAGCUCUCUAUGCCAUUGAGAAUGUGGAGACUAACUUGCCAUUAGCCAUGCAACUUUUUCAGGGAGUGCUGACAUUGGAGACUGCCUAUCAUAUGGCCGUGGCACGUGAAGAUUUAGACAAAGUUCUGAAUUACUGCCGUAUUUUCACUGAACUAUGUGAAACUUUUCUUGAAAAAAUUGUUUGUACUCCAGGCCAAGGUCUUGGGGACCUUCGAACUCUGGAGCUGCUGCUUAUCUGUGCAGGCCAUCCUCAAUAUGAGGUAGUAGAAAUUUCAUUUAACUUUUGGUACCGACUGGGGGAACAUUUGUACAAAACUAACGAUGAAGUUAUUCAUGGCAUCUUCAAAGCUUACAUUCAGAGGCUGCUUCACGCCUUGGCUCGACACUGCCAGCUGGAACCAGACCAUGAGGGGGUUCCUGAGGAGACUGAUGACUUUGGGGAGUUUCGCAUGAGGGUAUCAGACCUGGUAAAGGACUUGAUUUUCUUGAUAGGGUCUAUGGAGUGUUUUGCUCAGUUAUAUUCUACUCUGAAAGAAGGCAACCCACCCUGGGAGGUGACAGAAGCGGUUCUCUUUAUCAUGGCUGCUAUAGCAAAGAGUGUUGAUCCGGAAAACAAUCCAACACUUGUGGAAGUCCUAGAAGGAGUUGUCCGCCUCCCGGAGACCGUACAUACGGCUGUGCGAUACACCAGCAUUGAAUUGGUUGGAGAGAUGAGUGAAGUCGUUGAUCGAAAUCCUCAGUUCCUUGGGACAGCACUUGUCCUAGCCCGAUUACCUUUGGAUAAGAUUACCGAAUGUCUUAGUGAACUAUGUUCUGUUCAGGUUAUGGCAUUGAAAAAGCUGUUGUCUCAAGAGCCCAGCAAUGGCAUAUCCUCAGAUCCCACAGUGUUCUUAGAUCGCCUUGCAGUGAUAUUUAGGCAUACCAAUCCCAUUGUGGAAAAUGGACAGACUCAUCCGUGUCAGAAAGUCAUACAGGAAAUAUGGCCAGUUUUAUCCGAGACUCUAAAUAAGCACCGAGCUGAUAAUCGGAUUGUAGAGCGUUGUUGCAGGUGCCUGCGCUUUGCUGUUCGCUGUGUAGGCAAAGGAUCUGCAGCACUGCUGCAGCCACUAGUCACACAGAUGGUGAAUGUGUACCACGUACAUCAGCAUUCCUGCUUCCUGUACCUUGGCAGUAUCCUUGUGGAUGAAUAUGGCAUGGAAGAAGGCUGUCGGCAGGGACUGCUAGACAUGCUCCAGGCACUGUGCAUCCCCACCUUUCAGCUCCUAGAACAGCAGAAUGGUCUCCAGAAUCACCCUGACACUGUAGAUGACCUGUUCCGGCUAGCCACCAGGUUUAUUCAGCGUAGCCCUGUCACCUUGCUGCGGAGCCAAGUGGUCAUCCCUAUCUUACAGUGGGCCAUUGCCUCUACUACCCUGGACCACCGGGAUGCCAAUUGUAGUGUCAUGAGGUUUCUACGAGACCUCAUUCAUACAGGGGUAGCCAAUGAUCAUGAAGAAGACUUUGAAUUACGGAAAGAACUGAUUGGACAGGUGAUGAACCAGCUUGGACAGCAGCUUGUCAGCCAGCUGCUGCACACCUGCUGCUUUUGCCUCCCCCCCUAUACCCUACCAGAUGUGGCUGAAGUGCUCUGGGAGAUCAUGCAGGUUGACAGACCGACUUUUUGUCGAUGGUUAGAAAAUUCCUUAAAAGGUUUGCCAAAGGAAACAACCGUGGGAGCCGUCACAGUGACACACAAACAACUUACAGACUUCCACAAGCAAGUCACUAGUGCUGAGGAAUGUAAACAAGUUUGCUGGGCCUUGCGAGACUUCACCAGGUUGUUUCGAUAGCUCACACUCCUGCACUGUGCCUGUCACCCAGGAAUGUCUUUUUUAAUUAGAAGACAGGAAGAAAACAAAAACCAGACUGUGUCCCACAAUCAGAAACCUCCGUUGUGGCAGAGGGGCCUUCACCGCCACCAGGGUGUCCCGCCAGACAGGGAGAGACUCCAGCCUUCUGAGGCCAUCCUGAGGAGUUCCUGUUUGGGGGUGUGAGGGAAAAUCAGCGCGGAUUUUAAAAAGAUGGCUGUGGCCUGCCCGGCGUGGUGGGAGGGGAGCUGGUUUCCUGGUGAACUUUCUAAAAGGAAAAAUAAUUUUAAGUAAAGAAAAAAGAAAAAAAAGGAAGACUAAACAGAAACCAGAACUGAAACAUUCACCUGGUAGCAAAUGACACAUGCACGCACACACACAUACACGCACAAGCGCCAGUGCGCACGUGUACACAGAAAAACAAAAGGACAAGCUUUCUGUGAAACAAAAUAUUUACUUAGGGAUAAUGUGGGGAUUCACAUGAAUUAAAUAGCUGCAAUUGGAAGAAGAGGGUCAGGGUCAUUUGUUCAGGUUUUCUAUUGUUUUGUCCUCUCUUUCCUCUCCUACCCUUCCUUCUCUUUCUCUCUCCCCUCCUUUUAAAUGCAAAUGAGUAGAAAUUUCUUCUACCUUCCCCAGCUGUUUCUUCCCACCUUUAGAGUUGUUUAGACAAGGAGGAGUAAGCAAGGAACUUGUUCUGCUUUCUAUCGUGGUCACAUUGGUGAUGCUCGGGACCUGCCAGGGUCAGAAUUUAUGGAUAUCUGAACCCUGACCCCGUUCAUUCUCUCAGUCCACUUCCAAUCCACAUCAGUUUGUUGUCUGCCUUGGAGAGAAGAGCCAAAACUGGGGUGGGCGGGUGGGUGGGGAGUGCAGGAUAUAAAUGUGUAAGUUUUUGUUUUUUAAGGUUUUUUUCUUAGUGAAUUAUUCACCCACAGACAUGAGAGAAAAAAAGAGGGAGGGUGUGUGGAGAAAAAAUGUUUACAGGGCUAACAAGGGAUGAUGUGUCAUUUAGUAUGUUACUAAAAAGUGUGGAAAUGACUUGAUUUUAAGGGGAGGGUGAGGCCGAAGAGGGAAGCCCAAAGCAGAUCUUAAUGUUUCAAAGGAGUGCAGCCCUUCACAGCCAUCAGAUAUGAGGGCACUGUUCUGUCUGGUGUUGUAGCCAUCUCAAGAACAAAUCAACAGCAACAAAAGAGAAAGAAUAAAUUUUUAAAAUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1285.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1365.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 1252.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((((((....)))).)))).(((.((.((((.((((((((((((...((..(((....)))..))(((.((.((((((((((...(.(((((((.((..(((.(..(((((.......((((((....)))..............(((.((((((.((.(((..(((((((((...(((.(((.(((((((....)))....))).).))).))).)).))..)))))..)))(((((......((((.((.((((....(((.((....((((((...))).))).......))...)))..)))).))..))))...)))))..)).)))))).)))...)))(((.(((((((((.(((((......)))))((((........)).)).....((((((.((((((((.....)))))))).)).))))))))))))).))))))))..).)))..))..))).)))))))))..)))))))).))).((((((((.(((.(((.........)))..)))....(((((((.(........))))))))(((((.((((...(((..(....)..)))....))))))))).......))))))))......(((........))).((((((((((((.((.....)).)).))))))))))..)))))))).)))).)))))).)))..(((((.((.(..(((((((..(((......((((((.((.((((.....))))..)).))))))....)))...)))))))(((((((..((.(((((((.(((((.........)))))(((((((((((((((((((......))))).(((((((.........((((((.....))))))(((.((((((((((..((((((((((((.((((((...((((....))))))))))))))))((.((((((((((.....(((((((((.((.((((.(((((((((((............))))..........(((((((((........)))))))))..........))))))).)))))).))............)))))))....((((.......)))))))))))))).))......((.((((.((((((((((((..((........))((.(((........))).))((((.((...((((((((......))))))))))))))....((((((........))))))..)))))))))))).)))).))..(((((((.((((((((...))))))).)...)))))))...)))))).)))))))))).)))(((((...))))).(((((((.............(((((((((..(..(.(((((................(.(((((....))))).)..(((((((((.(((...((((((((........))))((((........))))...((((((...((....)).))))))........))))))))))))))))))))).)..)..))))))))).(((((((((.((((.((...(((....)))...)).)))).)))))).))).....))))))).....)))))))........((((((((((((...(((((((...........)))))))....((..((((((((...............)))))))).)).((.((((...)))).)))).))))))))))...((((....))))))))))).....(((((.........))))).(((.((((.((..(((.....)))..)))))).))).((((((((.....)))))))).)))))))........((((((........))))))....))))))).)).)))))))((((.(((((.....(((.(((...))).)))....))))).))))..).)).)))))((((((((((((.(((((((.............)))).........(((((......)))))......((.(((((((((....(((.((((((..((((.(((((..(((((..((.(((............)))))))))).(((((.(((((((((....((....))..))))))))).)))))((((((.(((..((...(((((((...)))))))...)).))))))))).(((((......))))).(((((..((((....))))...))))).))))).)))).))))))))).....))))))))).)).((((((.((.((((.((((.......(((((.(((((....((((((........(((.(((.(((((.........((((((....((((((..((((((((((((((.((((((((.((....((((.((((.....)))).))))....)).))..)))))).....))))))).......)))))))(((....)))........(((((....))))).((((..(((((.((..((((((((((...)))))))))).))))))).))))...((((((((((((((((((((((((..(((((((..((..(((((.((((((.((..(((...))).((((((((........))))))))))))))))))..((((((((((((.(((((.(((((((.(((((((..((((((..((((((((....(((((((.......((((.....))))..((((......((((((....((....)).))))))..))))((((((((.((...(((............))).)).).))))))).((((..(((((((((.(((((((.(((((((((((.......((((((...(((((.((...((((((.((((((((.(((.........)))((((.....))))..((((((((......))))))))((((((((..........(((...)))(((((((.((....))..)))))))(((.(((((((((((((((.....)))).(((.(((((((((((...........(((((.(((....))).))))))))))))))))))).)))))))((((((......))))))........(((........)))..((((...((((((((((....((((((...((....))....))))))......................(((((...(((((((........(..(((((...((((...)))).)))))..)..........((((.((.........((((((.....((((....)))).))))))((((((((...............))))))))........(((((......)))))((((((....))))))..........))))))...(((((.((((((.(((((.((..................))))))))))))).))))).........)))))))...)))))..)))))))))).....))))......((((((.....))))))...))))..)))))))))))........)))))))).)))))))).)))))..)))))))))))))).))).)))).......))))))))))))))))...)))))))(((((((((((((....))).)))).))))))...........))))))))..))))))....)))))))...((.((.(((.(...).))).)).))(((....))))))))).).))))).)))))).))))))....)))..))...)))))))..)))))))))))))))...))).))))))..(((......................)))))))))..)))))).....)))))..)))))).....))))))..))))).(((((((...))))))).......(((((......))))).......((((....((.....))...)))).(((((........)))))....)))))))))))))))))))))....))).))))))))))))..(((.((.(((((......((....))......))))).)))))...)))......(((((((...))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......{(((((((((((....}|}}|,|||.(((.({.((((.((((((((((((,,.((..(((....)))..))(((.(,,(((((((((,...{.(((((((.((..(((.{..,{(({.......{({({(....}}}..............(((.((((((.((,(((..((((({{{{.,.(((.(((.(((((((....)))}...})).).))).))).}}.})..)))))..)))(((((...{..((((.((.{(((,,..(((,({.,..((((((...)))},)).......))...))).})))).))..))))..,))))),.)).)))))).)))..,|||(((.(((((((((.(((((......))))}(({{........)).}).....((((((.((((((((.....)))))))).))},)))))))))))).))))))))..}.)))..))..))).))))},,},)))))))))),))).((((((((.(((,{((......,,.}}),.}}}..,.(((((({.(........}))))))){((((.((((...(((..{....)..)))....))))))))).......))))))))......,{,....,..,)}..((((((((((((.((.....)).)),})))))))))..)))))))).)))).))))}}.))).}||,,{|{({{{,,{(({((.,({,......||{||{.|,.{|{,..,,,||}}{{||,||||||..,,|}}...|||||||(((((((..{(.((((((({(((((.........)))))((({{(((((((((,,{{{...,,,|}}}}.(((((((,.{{.,,,,((((({.,,,.|}}}||{{(.((((({((((..{((((({(((((.(((((({..,({{....})})))))))))))}|((.((((((((({.....(((((({,({((.((({.(((((((((({..,.........)))).........,(((((((((,.....,.)))))))))}.........))))))),}|}}}}.}},,{,,,..,,.}})}}|||....((((.......)))))))))))))).))}...,,((.((((.((((((((((((,,{{........,,((.(((........))).)}((((.(({,.,{((((((......))))))))))))))....{(((((........))))))..,))))))))))).)))).))..(((((((,,(((((((...))))))).)...))))))).},)))))}.))))}))))).))}|{{||...,))))}|{||{{{,,,,,,,,.....{(({(((({..{,,{.{{{{|..,,}},,...,....{.|||||,,..})))),),,|||||{{{(,{{,|,,{{{{|{{(,,,|||,.||}}((((........))))}|,((((({...((,,..}|,}}||}}||||||,.|}|}}},))))))))}})))).),,).,||}}}}}||,(((((((((.((((.((.,,(({....)))...)).)))).)))))).}}).....}}})})},,)}.}))))))........(((((((((((({,.((((((,,..........}))))))....(,..((((((((....{.....,..,.)))))))).}},,{.((({...)))).)))),}))))))))).}.((((....))))))))))).....(((((.......},))))).((,.((((.((..(((.....)))..)))))).})),{(((((((,...,)))))))}.||}}}}}...,,}}.((((((........))))))..}|})))))).}).))))))}{{{|,|||||.....(((.(((...))).)))....)}|||,||||.|,|||{||.,,((((((((((((.(((((((.............)))).........(({{{..,,..}}))},,,,..{{.(((((((((....(((.((((((,.,(((.(((((,,{{,,,.||},||,......{((...,,))),},..,|||{{.(((((((((.{..((....)),.))))))))).}}}})((((((.(((..,(,..(((((((...))))))),}.}}.))))))))).{((((...,,,}}})).(((({..((((....))))...))))).,)))).))))})}})))))).....))))))))).)|.{(((({,((.((((.{(((..,,,,,((({{.{(({{.,,.{{((((,....,,.{((,({{.{{{{{{|,......((((((....((((((..((((((((((((((,{(({{{{{,{({,,.((((.,,{,.,,,,}}}},}}}}..,,|,.))||})}))},,.,.))))))).......)))))))(((...,|||{,,.....(((((....))))).{{{{..{{(({{((..((((((((((...)))))))))).))))))),)))),}|,{(((((({(((((((((((((((..(({{{{,..{{|...,{|,{{{((|.||..|||,|,})}.((((((((.{....,.)))))))),}))|||)}||.((((((((((((,(({({.(((((((.(((((((.,((((((..((((((((....(((((((,,{,,,.((((.....)))){{((({.,....{(((({....{{....|}.}})))}.,}}))}),,((({|(((((,((({(.{{({{{({{{({...{{(((,{....|.}}}}}.,{{{{{{.,{({{,,(({{,...,|}}},{((((,(,.((((((.,(.....}..))))))..}))))}..,}}}}))})))}}{(((.....))))..((((((((......))))))))((((({{{.,......,.{.({,,|,.(((((({..(,...,)}.)))))))}}{||{{|{|||((((||{.....)))).{((.(((((((((({...,{{{{.{{((,,,.|||}...,,,.,)))))))))))))))))).)}))))}|{||,{,,|,.,}}|||}....,,,.{((,,.,|}}.,)}})))|,|||((((((((({||||{(({|(|,,|...,{||{...}}}}},.....,{{{......,,,....,,,,,...{||||||..,....,|,.{((((...((({...,))}.))))}.,|,.,,,,,.,.{(|{|{{,,...,,,.,,,,(({,,..{{{{..,,)))}.,)))).((((((({...............))))))))..........,,|.,,,,,}},,.{(((({.,,,||}}}},,}},.....|||||,...(({{{.{(((({.{{{{|,||,,.|..,,,,........)))))))})}})}.})))),}}|}},,,}||}}}},,.}}}}},,|}))))))||.,,..|.,|....,.((((((.....)))))),,,|||}.,}}}})))))))........})))))))},||,,|||{|||||,{({{{{...)))))).)})))))).,,}}}}))))....))))))))),.}))))))(((((((((({{{....}},.))))}}))))).,,,.......})))))))..))))))....))))))).,.{{.{{.(((.{...}.))).)),)}{{,...,))))))))).),})))).)))))).))))}|,,....,.,,,.,})))))))..)))))))))))))))...||||,}}})),,|{{.......,,...........,.))))))))),.)))))).....))))}.,}))))).,.,.)))}}}..))})),{{({{{{...}||}},,.|||,,.,,,||.}}}},..}}},,}}}}}|||{,,,,{{...,,})}..)}}}.{((((........)))))....))))))))))))))))))))).||.))}.))))))))))))..,||}||}{|,||}.},}}},....,.....,,)..))}))),),}}},.}}}}},{{{{{{{...,}}}}}}.
Back